婴儿配方粉中克罗诺杆菌属菌株的分子溯源技术

克罗诺杆菌属菌株水平上的快速准确的鉴定和区分对于控制由该属引起的食源性疾病的监控、预防和控制具有十分重要的意义。同时,对于分子流行病学的研究也是至关重要的。越来越多的基因分型方法已经被用于克罗诺杆菌属内菌株的分子分型。为了切断克罗诺杆菌属菌株的传播途径和快速确定感染源,本综述主要针对目前克罗诺杆菌属菌株的分子分型方法进行了较为详细的探讨。简要介绍了克罗诺杆菌属分子分型方法的最新研究进展,以便发生乳粉污染克罗诺杆菌属菌株时能够快速溯源,防止食物中毒事件的进一步蔓延。     

婴儿配方粉中克罗诺杆菌属菌株的分子溯源技术北大核心CSCD

克罗诺杆菌属菌株水平上的快速准确的鉴定和区分对于控制由该属引起的食源性疾病的监控、预防和控制具有十分重要的意义。同时,对于分子流行病学的研究也是至关重要的。越来越多的基因分型方法已经被用于克罗诺杆菌属内菌株的分子分型。为了切断克罗诺杆菌属菌株的传播途径和快速确定感染源,本综述主要针对目前克罗诺杆菌属菌株的分子分型方法进行了较为详细的探讨。简要介绍了克罗诺杆菌属分子分型方法的最新研究进展,以便发生乳粉污染克罗诺杆菌属菌株时能够快速溯源,防止食物中毒事件的进一步蔓延。     

克罗诺杆菌属快速检测体系的建立

以克罗诺杆菌属具有代表性的2?株模式菌株（丙二酸盐阳性克罗诺杆菌和阪崎肠杆菌）为实验对象,建立了一套集一步法DNA提取和快速实时聚合酶链式反应（real-time polymerase chain reaction,real-time PCR）法检测为一体的速测技术体系。通过优化,建立的快速real-time PCR程序可将扩增时间由普通程序的82?min缩短至27?min?18?s。建立的一步快速DNA提取流程,取样后仅需12?min热循环反应即可直接获取DNA,简便快捷。与传统方法的对比结果显示,快提法与传统煮沸法对纯菌液和人工污染培养前6?h的样品灵敏度一致;对人工污染样品培养7、8?h时,快检法的灵敏度比传统方法低1 个数量级。本研究建立的微生物速测技术快速、简便且具有较高灵敏度,在口岸食源性病源微生物现场快速检测方面具有较好的应用前景。     

等温扩增技术在克罗诺杆菌属快速检测中的研究进展

环介导等温扩增技术、重组酶聚合酶等温扩增技术、滚环扩增技术和依赖解旋酶扩增技术作为常用的4种等温扩增技术,被广泛应用于克罗诺杆菌的快速检测中.通过分析不同技术的原理并以近5年的具体应用为例,从增菌时间、检出限、鉴定时间、目标菌群、目的基因这几个方面进行系统比较,希望能对企业和监管部门在食品安全控制方面提供相关理论支持....     

全球副溶血弧菌环境菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型

为了了解来自全球的副溶血弧菌环境菌株的群组结构和克隆复合体构成,利用PubMLST公共数据的数据,筛选其中具有完整序列分型（sequence type,ST）及肽序列型（peptide sequence type,pST）的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据,进行亚群分析和克隆复合体分析,并分别构建了基于ST型和pST型的最小生成树。结果表明,从数据库中共筛选到具有ST型及pST型的来自全球的副溶血弧菌环境菌株数据886 条,共含有663 个ST型,以ST3型为最多,但也仅含27 条菌株信息。其中,有436 条菌株数据来自中国（包括大陆、香港和台湾）,覆盖了410 个ST型,每个ST型含1～4 条菌株数据,这436 条菌株数据又可分为128 个pST型,其中pST1型为最多,达116 条菌株数据。利用eBURST软件对数据进行分析,共发现了73 个组,483 个单体。STRUCTURE软件分析显示来自全球的副溶血弧菌环境菌株的适宜亚群数为4,各亚群内的样品平均距离为0.981 7。综上结果表明,来自全球的副溶血弧菌环境菌株具有高度多态性,可更细分为4 个亚群,MLST分型时以ST3型为多,AA-MLST分型时以pST1型为主。     

多位点序列分析在食品用双歧杆菌分类鉴定中的应用

双歧杆菌是一类被广泛应用于食品工业的益生菌,准确、快速地分类和鉴定双歧杆菌对其应用和管理具有重要意义。选择了可在食品中使用的双歧杆菌菌种中的12个代表菌株,使用多位点分析的方法对其16S r DNA和7个管家基因进行研究,从系统发育的角度讨论利用多基因串联的方式对双歧杆菌属建立稳定可靠的分类方法的可行性。研究发现双歧杆菌属中部分菌株存在特异性序列缺失,可以为菌株的快速检测提供线索;多基因系统发育分析较16S r DNA分析方法分辨力更高,可应用于食品中双歧杆菌的分类鉴定。     

阪崎克罗诺杆菌的ITS序列分析

以分离自不同来源(不同地区乳制品及某一企业婴儿配方乳粉加工生产环境)、经API20E鉴定为阪崎克罗诺杆菌的37株分离株为研究对象,采用ITS序列对其进行鉴定分析。结果表明,ITS序列分析在阪崎克罗诺杆菌鉴定中具有一定的优越性,且研究发现,ITS序列中含有两种功能基因tRNAgul和tRNAile+ala,这为今后阪崎克罗诺杆菌的鉴定及ITS基因的进一步分析提供了可供参考的理论依据。     

多点位分型技术在婴幼儿配方乳粉中克罗诺杆菌的鉴定与溯源中的应用

克罗诺杆菌属是肠杆菌的独立新属,即阪崎肠杆菌属。传统的分子分型方法如随机扩增多态性DNA标记(RAPD)不能将克罗诺杆菌鉴定到种,且辨识度较低、重复性不高、容易混淆,而近几年发展较快且更高效快捷的分型方法多位点序列分型(MLST),能清晰地分辨出克罗诺杆菌每个基因的差别。对婴儿配方乳粉工厂的克罗诺杆菌属进行分子分型研究,并对克罗诺杆菌属的鉴定和溯源,在婴幼儿配方乳粉企业在克罗诺杆菌属在监控、预警、控制方面具有重要意义。选取具有代表性的婴儿配方乳粉中分离菌株24株,经API20E试剂条鉴定为克罗诺杆菌属,再经过MLST分型找出其中有22株有克罗诺杆菌ST分型,其中19株属于C.sakazakii,2株属于C.turicensis,1株属于C.dublinensis。通过构建进化树能清楚地识别进化关系和亲缘关系,能够很好地定种和追根溯源。     

多位点可变数量串联重复序列分析在细菌分子分型中的应用

多位点可变数量串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)是通过基因组中可变数量串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的特征来实现分型的分子分型技术,其特征是简单、快速、通量高、分辨力强,目前已广泛用于多种细菌分子分型.本文就MLVA技术的原理、在细菌分子分型中的应用及与其他分型方法的比较进行综述.     

我国婴儿配方粉来源的克罗诺杆菌脉冲场凝胶电泳分子分型和多位点序列分型研究

目的探讨我国婴儿配方粉污染克罗诺杆菌的主要分子分型特征,分析不同地区间菌株亲缘相关性,为我国克罗诺杆菌引起的疾病溯源提供技术支撑。方法采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)两种方法,对全国19个省/自治区/直辖市婴儿配方粉来源的49株克罗诺杆菌进行分型研究。结果 49株克罗诺杆菌PFGE分型得到38个带型,未发现有明显的优势分型和聚集现象。MLST共获得15个已知序列型(ST型)和2个新ST型,ST4、ST1和ST64为优势型别,分别占菌株总数的20.4%(10/49)、18.4%(9/49)、10.2%(5/49)。PFGE型和MLST型结果分析表明,具有相同PFGE型的菌株也有相同的MLST型,而相同MLST型却不一定具有较高的亲缘关系。结论我国婴儿配方粉来源的克罗诺杆菌图谱具有高多态性和离散性,据此预测我国婴儿配方粉污染克罗诺杆菌导致婴儿患病以散发为主,出现多人患病的暴发事件几率较低。     

乳粉中克罗诺杆菌属阪崎肠杆菌能力验证样品制备及应用

目的 制备均匀性及稳定性均满足要求的克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)检验能力验证样品,用于组织能力验证考核.方法 通过生化及基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法鉴定背景菌株及所使用的克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)菌株.采用冷冻干燥技术制备均匀性及稳定性均满足要求且各种菌含量为104 CFU/瓶的能力验证菌球.依据CNAS-GL0...     

多位点序列分型技术以及在乳酸菌分类鉴定中的应用

多位点序列分型(Multi-Locus Sequence Typing,MLST)技术是通过测定同种细菌管家基因(housekeeping gene)的序列,来确定等位基因的差异,进而比较分析菌株之间进化关系的一种分子分型方法。该方法在细菌生物学基础研究方面已经发挥了重要的作用,本文主要阐述MLST技术的方法和其在乳酸菌分类鉴定中的应用。     

基于CRISPR/Cas12b的乳粉中克罗诺杆菌属检测

目的:开发一种基于CRISPR/Cas12b的克罗诺杆菌属分子检测方法。方法:以克罗诺杆菌菌属特异性基因序列为候选区域,针对区域设计扩增引物和向导RNA靶向序列,对其进行条件优化、特异性检测、反应体系优化,并用人工污染样品对体系的灵敏度、重复性进行验证。结果:该方法的特异性很好,方法的灵敏度达0.01 ng/μL,在人工污染样品中可检测到初始菌量<10 CFU/g的样品,方法检出限<10 CFU/100 g。对市售的51份乳粉样品进行检测,结果与传统国标方法一致。结论:建立的CRISPR/Cas12b方法可用于乳粉中克罗诺杆菌属的快速检测。     

克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)的分离与鉴定能力验证结果与分析

目的 通过参加“奶粉中克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)的检测能力验证计划”,验证实验室对克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)的检测能力,提高实验室检测技能。方法 依据GB 4789.40-2016 《食品安全国家标准 食品微生物学检验 克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)检验》中的第一法,对能力验证样品进行检验,对分离出的可疑菌落进行生化鉴定,同时用BIOLOG鉴定系统对可疑菌落进行鉴定。 结果 编号G785和编号V995的两个能力验证样品皆检出克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌) 结论 本次能力验证获得满意结果,证明本实验室具备克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)的检测能力。在本次能力验证实验过程中,在以国标法检测的同时,辅以BIOLOG进行鉴定,与传统生化鉴定结果互为印证,提高了检测结果的准确性,对以后的检测工作具有一定的参考价值。     

阪崎克罗诺杆菌分离菌株的核糖体分型研究

利用Riboprinter对分离到的15株阪崎克罗诺杆菌进行了鉴定及核糖体分型,并利用Bio Numeicrus软件对其结果进行分析,如果按照相似性大于80%计算,根据辛普森方程计算该分型方法的分辨率可达到0.808。结果表明,核糖体分型(ribotyping)是一种适用于阪崎克罗诺杆菌的快速分子分型方法,可将不通来源的阪崎克罗诺杆菌分离菌株区别开来,能够对由该菌引起的食品中毒事件能够进行快速的溯源。     

某实验室参加食品检验用克罗诺杆菌属标准(样)品协作标定结果与分析

为对食品检验用克罗诺杆菌属标准(样)品克罗诺杆菌属菌的含量水平进行考察,锻炼和提高实验室对克罗诺杆菌属的检验能力,实验室按作业指导书要求进行样品的前处理及培养,计数参照GB 4789.2-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验菌落计数检验》,对10份编号分别为CODE 1至CODE 10的球状西林瓶装样品使用TSA...     

嗜热链球菌多位点序列分型及其特性测定

本文旨在研究嗜热链球菌多位点序列分型方法的可行性。利用多位点序列分型技术,对实验室保藏的8株和全基因组公布的6株嗜热链球菌进行基因分型,并分析菌株的同源性,最后测定8株嗜热链球菌的产酸速率和蛋白质水解等表型特征。结果显示8株实验室菌株分属于4种基因型,6株全基因组菌株分属于5个基因型;菌株亲缘关系远近不一,其中分离自中国的ND03、MN-ZLW-002和0#具有较高同源性,分离自新疆酸奶的09086、09087和09088具有较高同源性,分离自内蒙古酸奶的菌株09067、09078和09079与分离自法国酸奶的JIM8232具有较高同源性,分离自法国发酵剂的s4与分离自法国酸奶的CNRZ1066具有较高同源性;8株实验室菌株的产酸速率和蛋白质水解具有菌株特异性,且表型特性与基因分型基本一致。多位点序列分型可对嗜热链球菌进行有效分型。     

禽肉空肠弯曲杆菌的多位点序列分型技术研究

目的:了解禽肉空肠弯曲杆菌的耐药表型和基因型.方法:采用琼脂平板稀释法测定从零售禽肉分离的120株空肠弯曲杆菌对环丙沙星(CIP)、强力霉素(DOX)、红霉素(ERY)和硫酸庆大霉素(GEN)的敏感性.采用多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术,选择空肠弯曲杆菌的7个管家基因aspA、glnA、gltA、glyA、tkt、pgm和uncA作为目标基因,对这些基因分别进行PCR扩增及产物测序,并将120株菌的测序结果提交到http://pubmlst.org/campylobacter/进行分析.结果:有15株菌(占12.5%)对环丙沙星药物不敏感,19株菌(占15.8%)对强力霉素药物不敏感,4株菌(占3.3%)对环丙沙星和强力霉素都不敏感的菌株,所有菌株对红霉素和硫酸庆大霉素敏感.通过MLST得到68个(含10个新的)等位基因(alleles);43个(舍14个新的)序列型(Sequence type,ST),其主要流行序列型依次是ST-353(占15.8%)和ST-50(占7.5%);10个序列型克隆系(ST clonal complexes)和9个没有序列型克隆系,其主要流行序列型克隆系依次是ST-353克隆系(占45%)、ST-48克隆系(占13.3%)、ST-21克隆系(占10.8%)、ST-45克隆系(占5.8%)和ST-460克隆系(占5%);对环丙沙星药物和强力霉素不敏感的序列型和序列型克隆系分别是ST-353和ST-353克隆系.结论:出现对环丙沙星和强力霉素的耐药菌株.禽肉中空肠弯曲杆菌主要流行的序列型克隆系依次是ST-353克隆系、ST-48克隆系、ST-21克隆系、ST-45克隆系和ST-46 0克隆系,耐环丙沙星和强力霉素的序列型和序列型克隆系主要是ST-353及ST-353克隆系.说明应加强禽肉空肠弯曲杆菌的耐药监测.     

16S rDNA序列关键位点的信息论分析

16S rDNA中含有较多的菌种特异性信息,但是如何使用这些信息进行菌种鉴定却因不同菌种间序列的特征变化缺少规律而变得困难。作者使用信息论方法对那些种内较保守,种间变异明显的关键位点进行研究。结果表明,16S rDNA序列中仅有少数位点对菌种的分类是重要的。基于少数关键位点的相似度比传统的全序列鉴定有着更好的统计学特性。     

金黄色葡萄球菌肠毒素与多位点序列分型分子分型研究进展

金黄色葡萄球菌是引起临床疾病、社区感染和食物中毒的常见革兰氏阳性菌;肠毒素是参与金黄色葡萄球菌引起食物中毒、猩红热、全身感染等疾病的重要毒力因子;目前已发现27种金黄色葡萄球菌肠毒素/类肠毒素,不同来源金黄色葡萄球菌携带肠毒素/类肠毒素存在差异;多位点序列分型(MLST) 是一门新兴的基于细菌多个管家基因位点差异性分析、可长期监测细菌遗传进化趋势的分子分型技术;截至2021年初MLST已建立128种细菌的分型数据库,金黄色葡萄球菌数据库中已有6583种分型,金黄色葡萄球菌ST分型存在明显的地区流行性,各地已形成独特优势克隆。目前研究表明金黄色葡萄球菌肠毒素/类肠毒素携带与MLST分型间存在一定的相关性,本文将围绕金黄色葡萄球菌肠毒素/类肠毒素、MLST分型及相关性进行综述。