钩端螺旋体黄疸出血群赖株LipL41基因的克隆表达及鉴定

目的　对钩体黄疸出血群赖株LipL4 1基因进行克隆、表达及鉴定。方法　采用高保真PCR ,从我国钩体黄疸出血群赖株基因组中扩增全长LipL4 1基因片段 ,并构建原核表达系统。结果　所克隆的LipL4 1基因核苷酸和氨基酸序列与已发表LipL4 1基因序列 (GenbankL4 6 794 )同源性分别为 96 2 5 %和 98 87% ;所表达的目的蛋白经Westernblot证实为具有良好免疫反应性的广谱抗原。结论　可作为研制基因工程疫苗的候选抗原     

问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB_2和fliR的克隆及原核表达系统的构建

目的克隆问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB2和fliR,并构建其原核表达载体。方法按常规苯酚-氯仿法提取问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型56601株基因组DNA,高保真PCR扩增flhA、flhB2和fliR基因片段,T-A克隆后测序,构建原核表达载体,采用SDS-PAGE和免疫印迹法检测目的融合蛋白的表达。结果问号钩体56601株flhA、flhB2和fliR基因扩增片段的核苷酸序列与报道的相应序列同源性分别为100%、99·9%和99·9%,氨基酸序列同源性分别为100%、99·8%和100%。所构建的重组原核表达系统在IPTG的诱导下,能有效地表达目的融合蛋白Trx-FlhA、Trx-FlhB2和Trx-FliR,产量约为细菌总蛋白的10%。结论已成功构建了问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB2和fliR原核表达系统。     

问号钩体Ⅱ型分泌系统相关基因特征分析

目的　分析问号钩体Ⅱ型分泌系统相关基因特征。方法　根据问号钩体黄疸出血群赖型赖株全基因组数据库 ,应用BLAST ,Tmpred ,Pfam等软件分析问号钩体Ⅱ型分泌系统的基因组成和编码蛋白的结构特征 ,并比较问号钩体与铜绿假单胞菌和大肠埃希菌K12Ⅱ型分泌系统组成蛋白的同源性。结果　问号钩体中与Ⅱ型分泌系统相关的蛋白有 11个 ,其中 6个为一般分泌途径蛋白 ,5个为Sec分泌途径蛋白 ,问号钩体中可能存在Ⅱ型分泌系统 ,但一些辅助蛋白未发现 ,需要进一步研究。结论　初步预测了问号钩体中Ⅱ型分泌系统的作用模式 ,为深入研究问号钩体的致病机制奠定基础     

6省市28株钩体菌株血清学检定及2个新型菌株的发现

目的　为了解洪涝灾害对钩端螺旋体 (钩体 )病流行菌型的影响 ,在我国钩体病流行比较严重的省市地区进行菌株分离观察。方法　采用经典的显微镜凝集试验和交叉凝集素吸收试验进行血清学分类比较。结果　 6省市的 2 8株钩体菌株分属 7个血清群 9个血清型 ,其中发现 2个新的血清型 ,暂定为贺岩型和沅江型 ,代表菌分别为L2 31株和沅江 2 7株。结论　对流行区的 2 8株钩体菌株进行了血清学分类 ,为钩体病的诊断提供了新的依据。     

狂犬病病毒CVS-11株全基因序列测定及分析

目的对狂犬病病毒标准攻击毒株CVS-11株进行全基因序列测定,并就主要抗原位点与我国现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,评价CVS-11株作为抗狂犬病病毒中和抗体检测毒株的适用性。方法将CVS-11全基因组RNA分成8段进行RT-PCR扩增,分别将产物克隆入pGEM-TEasy载体中,测定全序列;用DNAStar软件包中的相应软件对基因全序列进行分析,并与5株生产用狂犬病病毒(CTN-1、aG、FluryLEP、PM和PV)进行基因比对分析和主要抗原位点比较。结果 CVS-11株基因组全长11927bp,其结构基因排列与已知其他狂犬病病毒相同,但G和M基因的非编码区偏长。CVS-11株与我国现用疫苗株的序列同源性在84.3%～99.5%之间。以相对保守的N基因作进化树分析,CVS-11株与PM株同源性最高,与CTN-1和aG株的亲缘关系较其他疫苗株远。各毒株G蛋白抗原位点存在一定的氨基酸差异。结论 CVS-11株与我国现用疫苗株具有较高的同源性;CVS-11株与不同疫苗株G蛋白抗原位点的差异可能对不同疫苗免疫效果评价产生不同程度的影响。     

狂犬病病毒PV-2061株基因序列测定及其抗原性和免疫原性分析

目的测定狂犬病病毒(rabies virus,RV)PV-2061株全基因组序列,并分析其抗原性及免疫原性。方法 RTPCR法对RV PV-2061株基因组进行分段扩增,分别克隆至p MD18-T Simple Vector,转化感受态E.coli TOP10,挑取阳性克隆,进行测序。应用DNAstar Meg Align软件对测序结果进行拼接和分析;ELISA法检测PV-2061株的抗原性;用主种子批毒种制备的原疫苗免疫小属,检测PV-2061株的免疫原性。结果 RV PV-2061株的基因组全长11 932 bp,由3′端至5′端依次排列着N、P、M、G、L 5个结构基因,每个基因由3′端到5′端的非编码区及中间的编码区构成。与Gen Bank中已知全基因组序列的毒株比较,基因组前端3′先导序列和N基因的非编码区均无长度变化,从P基因开始,基因非编码区的长度开始出现差异,导致各毒株基因组长度不同。RV PV-2061株的抗原值为7.46 IU/ml;主种子批毒种制备原疫苗保护指数为1 585。结论确定RV PV-2061株全基因组序列为基因1型,且具有RV特有的抗原性和良好的免疫原性,为狂犬病疫苗的设计和毒株的筛选提供了实验依据。     

钩端螺旋体疫苗菌种分子遗传质量控制方法的建立

目的建立钩端螺旋体(简称钩体)疫苗菌种分子遗传质量的控制方法。方法采用PCR扩增7株钩体的7种管家基因序列,进行多序列位点分析(multilocus sequence typing,MLST),并系统评价不同传代次数菌种的分子遗传稳定性。同时组织协作标定,验证MLST方法用于疫苗菌种分子遗传质控的适用性。结果 7种钩体疫苗株呈现7种不同序列基因型。疫苗菌种在动物增毒前、后及在体外连续传代20代,细菌MSLT序列基因型未发生改变,证明钩体疫苗菌种具有良好的分子遗传稳定性。协作标定研究结果也表明,该方法具有良好的重复性,且结果易于标准化。结论建立了评价钩体疫苗菌种的分子遗传质控方法,疫苗菌株MLST序列基因型可作为一项候选的质量控制标准,完善了当前疫苗质控监管体系。     

肾综合征出血热病毒PS-6株全基因组序列分析

目的分析肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫苗用PS-6毒株的分子基础和遗传背景,从分子生物学角度确认分型。方法 PCR法扩增PS-6毒株的L、M、S片段并进行序列测定,对获得序列进行拼接及序列分析。结果 PS-6株全基因组L片段由6 533个核苷酸组成,编码2 152个氨基酸;M片段由3 617个核苷酸组成,编码1 136个氨基酸;S片段由1 702个核苷酸组成,编码430个氨基酸。PS-6毒株3个片段与Ⅰ型病毒的同源性为83%～99%,与Ⅱ型病毒的同源性为70%。结论从分子生物学角度证明疫苗用PS-6毒株为Ⅰ型出血热病毒,为进一步研究该疫苗株的基因组结构、生物学特性、免疫原性及基因工程疫苗的研制奠定了理论基础。     

中国15群钩端螺旋体代表菌株分群血清参考品的研制

目的研制中国15群钩端螺旋体代表菌株的分群血清参考品。方法制备1批冻干钩端螺旋体15群候选分群参考血清,与国内15株代表菌株进行显微镜凝集试验,同时组织协作标定,并对冻干候选制剂进行稳定性分析。结果冻干的血清候选参考品外观色泽均匀、形态饱满,水分含量均3%。每个协作实验室检测结果的室内和室间变异系数(CV)均低于15%。各血清候选参考品于-20℃保存24个月的抗体滴度与协作标定及于-20℃保存12个月的结果差异无统计学意义(P0.05)。结论研制的中国15群钩端螺旋体代表菌株分群血清参考品具有良好的稳定性,可用于钩体菌株血清分群和菌体疫苗鉴别试验。     

钩端螺旋体疫苗部分菌种分子特性及毒力分析

目的分析钩端螺旋体(简称钩体)疫苗部分菌种的分子特性及毒力。方法应用多位点可变数量串联重复序列分析(multi locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)方法,结合脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)技术,分析我国4株钩体疫苗弱毒株的分子特性;通过豚鼠动物模型攻击实验分析4株弱毒株的毒力。结果 4株钩体疫苗弱毒株经MLVA分析呈现4种不同的型;PFGE分析显示,经NotⅠ酶切,染色体呈现8～13个长度不等的片段;所有经弱毒株攻击动物的主要脏器均出现典型的钩体感染病变。结论明晰了4株钩体疫苗弱毒株的分子特性及其对豚鼠的毒力,为完善该疫苗菌种的质量控制积累了资料。     

33株柯萨奇病毒A组16型分离株的全基因序列分析

目的对2008～2010年北京和青岛地区流行的33株柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus A16,CA16)分离株的全基因序列进行分析。方法收集2008～2010年北京和青岛地区CA16感染患者咽拭子标本,采用Vero细胞对病毒进行分离,并经噬斑纯化。提取病毒RNA,采用RT-PCR法分段扩增CA16全长基因,经序列测定和拼接后,利用DNAStar和MEGA5.10软件分析全基因序列。结果经病毒分离和噬斑纯化,共获得33株CA16分离株;33个分离株之间的核苷酸序列同源性大于90.9%,与CA16国际标准株G10各区段的核苷酸序列同源性为72.7%～89.0%,氨基酸序列同源性为79.3%～100.0%;与近年中国分离的CA16 SZ/HK08-7株同源性较高,全基因组同源性大于91.5%,各区段核苷酸序列同源性均大于83.7%;在基于VP1序列的种系进化树中,BJWG16、BJWG17、BJWG20等23个分离株属于C1亚型,其余10个分离株属于C3亚型。结论 2008～2010年北京和青岛地区流行的33株CA16分离株均为C基因型。本研究对我国CA16分子流行病学、毒力位点的研究以及疫苗株的选择具有重要意义。     

国内外卡介菌的分子遗传学特性

目的比较我国生产用卡介菌上海菌株与国际常用卡介菌亚株(巴斯德1173P2株、法国F6株、丹麦1331株、丹麦2株、日本172株、Connaught)在分子遗传学上的差异。方法应用PCR和多重PCR方法,对国内外不同卡介菌的各缺失区(RD1、RD2、RD8、RD14、RD16、nRD18、RDDenmark/Glaxo)、插入序列IS6110拷贝数及基因座SenX3-Regx3串联重复序列拷贝数进行检测。结果我国生产用卡介菌上海菌株(BCG Chinese)缺失RD1和RD2,不缺失RD8、RD14、RD16、nRD18及RDDen-mark/Glaxo,含有1个IS6110插入序列,SenX3-Regx3基因座有3个串联重复序列,PCR产物为353bp;巴斯德1173P2株缺失RD1、RD2、RD14和nRD18,含有1个IS6110插入序列,SenX3-Regx3基因座有2个串联重复序列;法国F6株缺失RD1、RD2和nRD18,含有1个IS6110插入序列,SenX3-Regx3基因座有2个串联重复序列;丹麦1331株缺失RD1、RD2及RDDenmark/Glaxo,含有1个IS6110插入序列,SenX3-Regx3基因座有2个串联重复序列;丹麦2株与丹麦1331株相似,只是SenX3-Regx3基因座有2个串联重复序列和3个串联重复序列并存的现象;日本172株只缺失RD1,RD16只显示401bp的产物,含有2个IS6110插入序列;Connaught株缺失RD1、RD2、RD8及nRD18,含有1个IS6110插入序列,SenX3-Regx3基因座有1个串联重复序列。结论我国生产用卡介菌上海菌株与国外其他卡介菌亚株在分子遗传学特性上有一定的差异。     

狂犬病病毒aG株糖蛋白遗传稳定性及生物信息学分析

目的研究狂犬病病毒(rabies virus,RV)aG株糖蛋白(glycoprotein,GP)的遗传稳定性,并对GP基因组进行序列测定及生物信息学分析。方法采用RT-PCR法扩增6代次aG株RV(4aGV4、4aGV5、4aGV7、4aGV11、4a-GV15、4aGV18)G区基因,分别将产物克隆入pGEM-T载体中,测定序列并进行拼接;测定6代次aG株RV的滴度、荧光滴度和毒力;应用DNAStar和Mega4.0软件包中的相应软件对基因组序列进行分析,并与我国近期分离且具有地域代表性的RV街毒株进行基因同源性分析。结果 6代次aG株RV GP基因保持高度稳定,未出现核苷酸突变位点;6代次aG株RV的滴度有所不同,但其毒力指标基本一致;RV aG株与我国街毒流行株GP抗原区具有较高的同源性,且膜外区同源性远高于跨膜区及膜内区;aG株RV第147位关键位点氨基酸与街毒流行株该位点不同,其余各关键抗原位点在各毒株间均高度同源;6代次aG株RV关键毒力位点均未出现氨基酸突变,传代稳定,aG株RV与各街毒流行株关键毒力位点均高度同源;aG株病毒信号肽结构与我国多株流行株高度同源,而其GP则与法国巴斯德原株PV2061株及分离自美国的HEP-Flury株高度同源,与我国流行街毒株亦具有较高的同源性。结论 RV aG株GP遗传稳定,且与我国近期分离的街毒株高度同源,本研究为完善该毒株的质量控制及全面评价其在我国的适用性提供了实验依据。     

安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒的N基因序列分析

目的对安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒(Rabies virus,RABV)的N基因进行序列分析,并比较其与代表性RABV街毒株及疫苗株之间的差异。方法采集安徽省淮北地区狗肉市场的犬脑组织121份,伤人犬脑组织10份,采用直接免疫荧光法和双抗体夹心ELISA法检测RABV抗原,并通过颅内接种昆明乳鼠进一步鉴定毒株;RT-PCR扩增分离病毒的N基因,与pMD18-T载体连接测序后,与代表性RABV街毒株及疫苗株的N基因序列进行比对,并进行遗传学分析。结果在送检的131份犬脑组织样品中检出RABV阳性19株,其中伤人犬脑组织阳性率为90%,狗肉市场犬脑组织阳性率为8.26%。19株RABV N基因核苷酸序列同源性为97.5%～99.7%,推导的氨基酸序列同源性为98.7%～100%;与代表性人用和兽用RABV疫苗株相比,N基因核苷酸序列同源性为85.4%～89.9%,推导的氨基酸序列同源性为94.9%～99.1%,核苷酸序列的变异主要为同义突变。分离的19株RABV在系统进化树上高度聚集,与以往国内分离的代表性街毒株系统进化关系较近,在同一个分支(HN10除外)与我国疫苗株CTN-181株亲缘关系最近,处于同一个亚群。结论从安徽省伤人犬和狗肉市场的犬脑组织中成功分离并鉴定了19株RABV,这些病毒株均属于基因I型RABV,且具有地域性特征。本研究对特定区域RABV的流行及监测具有一定的意义。     

云南省1株柯萨奇病毒A组8型分离株全基因组分析

目的 分析柯萨奇病毒A组8型（Coxsackievirus A8,CVA8）云南分离株A8-1/YN/CHN/2019全基因组序列及其遗传特性,以期了解CVA8的流行和变异情况。方法 设计针对CVA8的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增VP1序列并测序,BioEdit 7.2.3拼接得到全基因组,使用MEGA 7.0软件进行系统进化分析,应用Simplot 3.5.1及RDP4软件进行重组分析。结果 A8-1/YN/CHN/2019株长7 396 nt,编码2 188个氨基酸。其VP1与CVA8原型株AF081299/Donovan/USA/1998核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为81.04%和95.24%;A8-1/YN/CHN/2019株属于基因型E,其他中国分离株位于D和E型。重组分析发现A8-1/YN/CHN/2019株在非结构编码区的P2和P3段上发生重组。结论 A8-1/YN/CHN/2019株为E基因型,并在P2、P3段的非结构区发生了重组事件。     

结核病药效评价用结核分枝杆菌参考菌株的筛选

目的筛选结核病(tuberculosis,TB)药效评价用结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)国家参考菌株。方法取169株MTB临床分离株,采用结核杆菌生长指示管(mycobacterial growth indicator tube,MGIT)960液体培养基,对4种一线抗TB药物[链霉素(streptomycin,STR)、异烟肼(isoniazid,INH)、利福平(rifampin,RFP)和乙胺丁醇(ethambutol,EMB)]进行药敏试验,并对耐INH和/或耐RFP的菌株的相关耐药基因位点进行测序,确认突变位点;用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)对所有菌株进行基因分型,多位点可变数量串联重复序列分型方法(mutiple loci VNTR analysis,MLVA)对北京家族MTB临床分离株进行基因分型。结果 169株MTB临床分离株中耐STR 118株,INH 143株,RFP 129株,EMB 95株,耐多药(至少对NIH和RFP耐药)120株,单耐INH 5株,单耐RFP7株,四种抗TB药均敏感共11株。143株INH耐药菌株中,kat G基因突变菌株占76.9%,inh A基因突变菌株占27.3%,aph C基因突变菌株占25.2%,至少2个基因发生突变的菌株有31株;129株RFP耐药菌株中,rpo B基因531位点发生突变,占67.4%,526位发生突变,占17.8%,516位点发生突变,占16.3%,至少2个位点发生突变的菌株有10株。169株MTB临床分离株分为北京家族和非北京家族,北京家族111株;非北京家族58株,主要有CAS家族2株,EAI家族7株,H家族11株,LAM家族6株,MANU家族6株,T家族7株,U家族1株,X3家族3株,还有15株在数据库中未表现的新基因型。111株北京家族MTB临床分离株分为4大群,其中Ⅱ群分布最广,占68.5%,代表性最好。筛选出耐多药菌株27株,敏感菌株5株,单耐异烟肼2株,单耐利福平3株。结论成功筛选出敏感菌株、单耐药菌株、MDR菌株作为候选菌株。     

森林脑炎病毒Vero细胞适应株的全基因组序列分析

目的对森林脑炎病毒(tick-borne encephalitis virus,TBEV)森"张"株在Vero细胞上的适应株(以下称SZV株)进行全基因组测序,并与TBEV远东亚型的其他毒株、欧洲亚型毒株进行比较。方法设计TBEV的特异性引物,提取SZV株病毒总RNA,以其为模板,采用RT-PCR方法分段扩增序列并测序,应用Vector NTI 9.0软件进行拼接,并与森"张"株、Gen Bank中报道的TBEV远东亚型Oshima 5-10株、Sofjin-HO株及欧洲亚型263株、Neudoerfl株的全长基因序列进行比对分析。结果 SZV株的全基因组由10 782个核苷酸组成,仅编码1个开放阅读框,长度为10 245个核苷酸,共编码3 414个氨基酸。SZV株与TBEV远东亚型的Oshima5-10株和Sofjin-HO株ORF区编码的氨基酸序列同源性分别为95.0%和94.6%,与TBEV欧洲亚型的典型毒株263株和Neudoerfl株ORF区编码的氨基酸序列同源性分别为91.1%和91.0%。结论对TBEV Vero细胞适应株SZV进行了全基因组序列测定及分析,为研制基于Vero细胞基质的森林脑炎疫苗奠定了基础。     

BRD-Ⅱ风疹病毒疫苗株的连续传代及其基因稳定性

目的观察上海生物制品研究所有限责任公司BRD-Ⅱ风疹病毒株(S-BRD-Ⅱ株)在MRC-5细胞中连续传代的基因稳定性,并比较该毒株与其他上市风疹毒株E1基因的差异。方法将S-BRD-Ⅱ株病毒在MRC-5细胞中连续传10代,检测每代病毒的培养特性和E1基因序列,第28、29、33和38代病毒的ORF序列及第28、38代病毒的5′-和3′-末端序列,同时测定B-BRD-Ⅱ株(北京天坛)及进口疫苗风疹病毒株(RA 27/3)E1基因,并对各基因的核苷酸及其相应的氨基酸序列进行分析。结果 S-BRD-Ⅱ株病毒在MRC-5细胞上连续传10代,其培养特性、细胞病变(CPE)程度及病毒滴度基本稳定,S-BRD-Ⅱ株病毒E1基因未发生变异,与Gen Bank中登录的BRD-Ⅱ株比较,有一个特异性的沉默突变,与RA 27/3疫苗株病毒比较,有122个核苷酸位点及其相应6个氨基酸发生突变。第28、29、33、38代S-BRD-Ⅱ株病毒的ORFⅠ和ORFⅡ基因区域与Gen Bank登录的BRD-Ⅱ株病毒比较,有5个位点发生变异,且P150非结构蛋白编码区域基因出现大片缺失。第28和38代S-BRD-Ⅱ株病毒的5′-末端与Gen Bank中登录的BRD-Ⅱ株序列的5′-末端一致,而3′-末端有一个氨基酸发生突变。结论 BRD-Ⅱ风疹病毒疫苗株在MRC-5细胞中具有良好的传代稳定性,所有上市风疹病毒株的E1基因氨基酸序列差异不大。     

中国百日咳鲍特菌ptxS1和prn基因多态性分析

目的分析我国近50年来分离的百日咳鲍特菌抗原百日咳毒素(Pertussistoxin,PT)S1亚基(ptxS1)和百日咳黏附素(Pertactin,prn)基因多态性。方法收集85株百日咳杆菌,分别进行ptxS1和prn基因的PCR扩增和测序,并对序列进行比较分析。结果共发现4个ptxS1基因型和6个prn基因型的百日咳杆菌。自20世纪60年代,非疫苗型ptxS1A菌株逐渐取代疫苗型菌株;含有prn2和prn3新基因型的菌株出现在2000年以后。基因的系统进化树显示,菌株ptxS1和prn基因型的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别在97%以上。结论我国近50年流行的百日咳临床分离菌株ptxS1和prn基因存在抗原漂移现象,本研究为加强我国百日咳的流行病学监控与新型无细胞百日咳疫苗的研发奠定了基础。     

传染性法氏囊病病毒疫苗株B87基因组A节段的克隆和序列分析

目的获得传染性法氏囊病病毒疫苗株B87 A节段全长cDNA,并对其进行序列分析。方法使用蛋白酶K、酚/氯仿抽提法提取病毒基因组,用LiCl分级沉淀方法纯化病毒基因组dsRNA,通过RT-PCR一步扩增获得A节段的全长cD-NA。将其克隆至pGEM-T载体上,测序,并用DNAStar软件进行序列分析。结果测序结果表明,克隆的B87株A节段全长为3 260 bp,与Gt株的同源性最高为99.5%,与其他毒株的核苷酸同源性介于95.2%~99.4%之间,与Ⅱ型毒株OH仅为84.0%。结论通过对20株IBDV编码氨基酸序列的分析、比较,推测A片段上7个独特的氨基酸位点可能与毒力相关。