土壤中烟草根黑腐病菌的real-time PCR分子检测

根据烟草根黑腐菌与其它近缘真菌在ITS序列上的差异,设计PCR检测引物TbF/TbR,并通过对各菌株基因组DNA扩增验证其特异性;以接种10倍浓度梯度的根黑腐菌孢子的土壤DNA为模板,建立土壤烟草根黑腐菌real-time PCR检测的标准曲线,得出每个反应体系中分生孢子数目的对数（x）和对应的Ct值（y）之间呈线性关系:y=-1.5373x+24.955,R2=0.9909（P < 0.01）。通过对5块烟田土壤烟草根黑腐菌检测和烟田烟草根黑腐病的调查,证实上述方法可以准确检测土壤中烟草根黑腐菌孢子数量。      

烟草五种土传病原菌的多重PCR快速检测

【目的】建立一种可同时检测烟草黑胫病菌（Phytophthora parasitica）、青枯病菌（Ralstonia solanacearum）、立枯病菌（Rhizoctonia solani）、根腐病菌（Fusarium oxysporum）和根黑腐病菌(Thielaviopsis basicola)5种烟草重要土传病原菌的五重PCR快速检测方法。【方法】筛选5种病原菌的特异性引物组合,通过不同的引物浓度和退火温度对多重PCR体系进行优化,检测体系的灵敏度,并对土壤和植株样品进行测试,验证其实用性。【结果】根据青枯病菌fliC基因、立枯病菌RPB2基因、根腐病菌COI基因以及根黑腐病菌TEF1基因设计特异性引物,并结合已报道的黑胫病菌parA1基因的特异性引物,成功建立5种烟草土传病害的多重PCR检测方法。反应体系(25μL):Sf1/Sr1、Ff1/Fr1、Pf1/Pr1每条引物分别0.3μL,Rf1/Rr1每条引物各1.8μL,TBf1/TBr1每条引物各1μL,2×PCR Mix 12.5μL,退火温度为58℃,灵敏度可达到100 pg/μL。【结论】本研究建立的多重PCR体...     

基于锁核苷酸(LNA)增敏的植烟土壤中烟草黑胫病菌定量PCR检测方法

为了快速有效地检测植烟土壤中的烟草黑胫病菌的定殖数量,以一种锁核苷酸(LNA)引物为基础,进行了植烟土壤中烟草黑胫病菌数量的定量PCR 检测方法研究。结果表明:①与普通DNA引物相比,LNA 引物提高了PCR 反应的退火温度,减少了引物二聚体和非特异性产物的形成,提高了烟草黑胫病菌分子检测的灵敏度与特异性;②定量分析检测出14 个烟草-大蒜轮作土样中烟草黑胫病菌的定殖数量为2.76×103～5.20×104个/g,且在4～5 h 内完成检测,具有较高的灵敏度和检测效率。      

烟草拟茎点霉快速检测方法的建立

为实现烟草拟茎点霉的快速准确检测,利用真菌rDNA-ITS通用引物对拟茎点霉和其他10种烟草病原菌基因组DNA进行了PCR扩增、片段回收及DNA测序,在序列比对基础上设计了两对特异性检测引物,并鉴定了引物的检测灵敏度和特异性,同时优化建立了PCR反应体系。结果表明,在退火温度为60 ℃时,两对特异性引物P2F/P3R和P3F/P3R从烟草拟茎点霉DNA样本中分别扩增出来420 bp和381 bp的特异性条带,而在其他10种烟草病原菌DNA以及阴性对照中均不能扩增到任何条带。两对特异性引物的检测灵敏度均达到10 pg/μL。建立的基于两对特异性引物P2F/P3R和P3F/P3R的分子检测方法可实现对病原菌烟草拟茎点霉的快速准确检测。      

烟草根黑腐病根际拮抗菌的筛选、鉴定及其促生防病效果

为挖掘对烟草根黑腐病菌有较高拮抗效果的根际促生菌资源,从四川广元和陕西汉中等地采集30份烟草根际土壤,以烟草根黑腐病菌为靶标,采用温度筛选法和平板对峙法分离筛选出有高效拮抗活性的菌株,并对该菌株进行系统发育分析,采用抗生素标记法和温室盆栽法测定菌株LY79的定殖规律、对烟草的促生效果以及对烟草根黑腐病的防治效果。结果表明：（1）从烟草根际土壤分离到一株烟草根黑腐病高效拮抗菌株LY79,经形态学、生理生化鉴定结合16S rRNA和持家基因ropB分析将菌株LY79鉴定为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）。（2）抗生素标记菌株LY79^A在烟草根际土定殖规律为先下降后上升再下降最终趋于稳定,且施药40 d后仍能在烟草根际土、根系、茎、叶分离到1.34×10⁶、2.91×10⁴、1.81×10⁴、1.01×10⁴ CFU/g的菌株LY79^A,说明其定殖能力较强。（3）菌株LY79对烟草促生效果较好,处理60 d后,烟草的株高、茎粗、整株干质量、根干质量分别增加了34.68%、37.85%、103.79%、72.55%。（4）1×10⁹ CFU/mL浓度的菌株LY79发酵液对烟草根黑腐病的盆栽防效达71.54%,仅略低于对照药剂70%甲基托布津500倍液。解淀粉芽孢杆菌LY79在烟草根黑腐病防治中具有较大的应用潜力。     

皖南烟田三种土传病原物分子检测

为检测皖南烟田土传病害的分布,2011-2012年从皖南烟区烟田共采集土样51份,采用分子生物学方法对烟田土壤进行了烟草黑胫病、根黑腐病和青枯病检测。结果显示,烟田土壤中烟草黑胫病菌、根黑腐病菌和青枯病菌的阳性率分别为19.6%、41.2%和56.9%,3种烟草土传病原菌在皖南烟区多数烟田均有分布,其中青枯病菌检出率最高。本研究证明了应用分子生物学方法检测土传病原菌的可能性,生产上可为烟草种植提供理论依据。     

烟草靶斑病LFD-RPA快速检测方法的建立

烟草靶斑病是由立枯丝核菌(Rhizoctonia solani Kühn)侵染引起的烟草叶部病害，近年来在我国部分省份发生严重，危害烟草生产。为开发烟草靶斑病的早期快速诊断方法，本研究根据该病原菌的内转录间隔区(ITS)，设计了重组酶聚合酶扩增技术相关引物Rs RPA-F3/R3，建立了一种靶斑病菌的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条(LFD-RPA)检测方法。该方法能够在37℃，15 min内特异性地检测到R. solani(1.40×10² copies/μL)质粒DNA，与常规PCR灵敏度一致。在田间烟草靶斑病实时检测中，准确率达95.83%。本方法具有快速、简单、可视化等特点，为烟草靶斑病菌的田间快速诊断提供了技术支撑。     

基于RAPD分子标记的烟草青枯病菌特异引物筛选及效果评价

为建立烟田土壤和烟株烟草青枯病菌的快速诊断方法,本研究采用RAPD方法筛选获得了6对可用于烟草青枯病菌PCR检测的特异性引物.经对6种细菌(烟草青枯病菌、多粘芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、节杆菌、荧光假单胞菌、野火病菌)和2个烟草品种(中烟100和云烟87)的检测验证,6对引物均具有良好的灵敏度、特异性和可靠性.对青枯菌菌液...     

基于致病基因靶点的PCR法特异性检测土壤青枯菌

利用分子生物学手段,以R.solanacearum染色体上的16S rDNA ITS以及毒性质粒携带的致病性相关基因fliC为靶点,分别设计5对序列特异性引物,筛选得到了特异性扩增16SrDNA ITS保守序列的引物对RaITS-1/2以及特异性扩增病菌fliC基因片段的引物对RalfliC-F/R.比较这两对引物的扩增灵敏度、稳定性和特异性可以发现,它们均能够稳定、快速、灵敏地检测青枯菌DNA,检测灵敏度可以达到10 fg DNA/μL.在此基础上成功构建了直接检测土壤青枯菌DNA的PCR检测技术体系.     

烟草野火病菌特异性检测引物筛选及应用

烟草野火病是山东烟区主要的细菌性病害之一,为了能够对该病害进行精确、快速的分子鉴定,本研究从NCBI基因组数据库中下载了假单胞菌属25个不同菌种和127个丁香假单胞菌属不同致病变种的全基因组数据,利用Mauve 2.3.1进行全基因组比对,获得丁香假单胞菌烟草致病变种特异性区段。在此基础上利用Primer Premier 6.0进行引物设计,筛选出了一对丁香假单胞菌烟草致病变种的特异性检测引物40429。利用7株山东不同烟区的烟草野火病菌和4株分别来自于贵州、湖北、福建及云南的烟草野火病菌进行了该引物的适用性验证,结果表明该引物均可扩增得到大小为203 bp的单一目的条带。说明该引物对于烟草野火病菌的检测具有良好的适用性,可以用于野火病菌的分子鉴定。     

枣褐斑病菌实时荧光PCR快速检测方法研究

根据枣褐斑病原菌链格孢子基因组保守序列,设计特异性引物和双荧光标记探针,建立了枣褐斑病菌的TaqMan实时荧光PCR检测方法。此外,还对其他2种红枣植物病害病原菌和6种链格孢菌种进行了荧光PCR检测。结果表明,只有枣褐斑病菌产生荧光信号,其他病原菌均没有荧光信号产生。与常规PCR相比,TaqMan实时荧光PCR检测特异性强,灵敏度高,能检测到浓度为1.4pg/μL的DNA样本。该方法全程不必通过病原菌的分离与纯化培养,可直接用于病变样品的检测以及枣褐斑病的筛查与动态监测,适合枣褐斑病的快速诊断和分子监测。     

TaqMan荧光PCR法快速检测太平洋鳕鱼源性成分

目的建立TaqMan荧光PCR法检测太平洋鳕鱼源性成分的方法。方法以太平洋鳕鱼线粒体细胞色素氧化酶CoxⅠ检测靶标,设计特异性引物和探针,进行特异性和灵敏度试验,并对市售样品进行检测。结果该方法引物探针特异性和灵敏度较好,可以良好区分近属鳕鱼和其他科鱼类,灵敏度达到0.04 ng/μL。市售样品中, 90.9%太平洋鳕鱼切片及71.4%太平洋鳕鱼罐头中检出太平洋鳕鱼成分。结论该方法的特异性和灵敏度较好,适合用于大多数制品中太平洋鳕鱼成分的真实性甄别。     

玉米内州萎蔫病菌的巢式PCR检测方法

目的建立了一种特异、敏感、快速的玉米内州萎蔫病菌的巢式PCR(Nest-PCR)检测方法。方法根据玉米内州萎蔫病菌(Clavibacter michiganensis subsp.Nebraskensis,Cmn)和C.michganensis种下其他4个亚种细菌Cmm、Cmi、Cms、Cmt的ITS序列差异性基因位点设计Cmn FP-OUTER/Cmn RP-OUTER为外侧引物,Cmn FP-INNER/Cmn RP-INNER为内侧引物的巢式-PCR,并对所有参试菌株DNA和菌悬液进行了扩增。结果经过两轮扩增,能从参试的玉米内州萎蔫病菌中特异性地扩增出1条122 bp的片段,而其他参试菌株没有扩增信号。该巢式PCR检测方法对菌悬液的最低检测限为3.54×102 CFU/m L,检测灵敏度比常规PCR提高了1000倍。结论本研究建立的玉米内州萎蔫病菌的巢式PCR(nest-PCR)检测方法具有良好的特异性和灵敏性,将会在玉米内州萎蔫病的早期诊断及预防传入方面发挥重要作用。     

3组常见马源性成分鉴定引物特异性和灵敏度比较

比较筛选基于聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)技术的马源性成分鉴定方法中高灵敏度和特异性引物。方法 选取来自国标法、专利和文献报道的3组马源性成分鉴定引物, 比较其灵敏度和特异性, 筛选高灵敏度和特异性引物。结果 3组引物的灵敏度和特异性存在差异, 以线粒体DNA为靶标的Ⅱ组马源性成分鉴定引物的特异性和灵敏度优于分别以线粒体和核基因组DNA为靶标的马驴通用鉴定引物, 检出最低限度均满足检测需求。结论 通过比较马源性成分鉴定的3组PCR引物, 以线粒体DNA为靶标的Ⅱ组马源性成分特异性鉴定引物可作为马成分鉴定的首选, 线粒体和核基因组靶标联合可提高马成分鉴定的准确性并可用于杂交种鉴定, 为马源性成分及产制品鉴定提供了一定基础。     

荧光假单胞菌YG-1对烟草根黑腐病菌的体外拮抗

为丰富烟草根黑腐病菌高效拮抗菌资源,从玉溪烟草种植区根际土壤中分离烟草根黑腐病高效拮抗菌,结合生理生化特性和16S rDNA序列分析鉴定高效拮抗菌,测定菌株发酵液挥发性物质及发酵液粗提物对根黑腐病菌的拮抗活性。结果表明,筛选得到的12株拮抗菌中YG-1表现出最强的拮抗活性,经生理生化特性和16S rDNA序列分析鉴定为荧光假单胞菌（Pseudomonas fluroescens）。菌株YG-1发酵液挥发性物质可有效抑制烟草根黑腐病菌的生长,使菌丝扭曲畸形,并且降低产孢量,经GC-TOF-MS测定,YG-1发酵液含有酸、醛、酯以及一些含硫化合物,其中酸类物质和含硫化合物抑菌效果强。菌株YG-1发酵液粗提物能破坏烟草根黑腐病菌孢子质膜,当粗提物质浓度为0.25 mg/mL时,孢子失膜率达55.42%,同时检测到有明显的离子和核酸渗漏。拮抗菌YG-1具备开发为生防菌剂的潜力。     

棘孢木霉T-6对烟草促生及对黑胫病和根黑腐病的抗病作用

利用生防菌防治土传病害是植物病害防治中的重要措施,在温室盆栽条件下研究了棘孢木霉T-6对烟草促生和抗病效果。结果表明,棘孢木霉T-6对烟草黑胫病菌、烟草根黑腐病菌的菌丝生长抑制率分别达49.62%、59.23%;温室盆栽条件下,棘孢木霉T-6对黑胫病和根黑腐病的防治效果分别达到74.45%和75.14%。棘孢木霉T-6处理后提高了烟草叶片叶绿素含量、类胡萝卜素含量和超氧化物歧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶的活性,棘孢木霉T-6处理的烟株生长状况明显好于对照。棘孢木霉T-6能够促进烟株生长和提高烟草对黑胫病和根黑腐病的抗性,具有良好的应用潜力。     

烟草黑胫病菌全基因组DNA遗传多态性RAPD标记

应用ＲＡＰＤ分子标记技术,从８０个随机引物中筛选出１０个分别为ＯＰＡ０２、ＯＰＡ０１３、ＯＰＡ０１４、ＯＰＡ０１６、ＯＰＡ０１８、ＯＰＢ０４、ＯＰＢ０５、ＯＰＤ０２、ＯＰＤ０３、ＯＰＤ０１１,对来自云南省６大主产烟区的２４个烟草黑胫病菌株全基因组ＤＮＡ进行随机扩增。结果表明：１０个引物共标记出８９条ＲＡＰＤ图带,其中多态性图带６３条,多态率７０．７％。引物ＯＰＤ０１１、ＯＰＤ０２、ＯＰＡ０１６、ＯＰＢ０４对每个受试样品均可标记出分子量为０．８７Ｋｂ和１．１Ｋｂ的ＤＮＡ片段,此４个引物对受试样品全基因组ＤＮＡ具有特征性分子标记的特性,利用核酸分子杂交技术对田间寄主体内的黑胫病菌的有无进行分子检测。被标记出的分子量为０．８７Ｋｂ和１．１Ｋｂ的特征性ＤＮＡ片段,可用来制备特异性探针,对田间烟草黑胫病菌发生动态进行检测和预报。     

SYBR(R) GreenⅠ实时PCR快速检测沙门菌

为应用SYBR(R) Green Ⅰ实时PCR技术建立沙门菌的快速检测方法,根据沙门菌invA基因序列的特点设计特异性引物,进行SYB(R) Green Ⅰ实时PCR检测.以沙门菌及非同源性参考菌株做特异性检测;沙门菌不同群菌株做重现性检测;将沙门菌菌株稀释成不同梯度,做灵敏度检测.该方法有较好的特异性、重现性,沙门菌属5个群菌株均为阳性,而其它非同源菌株均为阴性.该方法灵敏度较高,检测低限为19 CFU/ml.该方法特异性强,重现性好,敏感性高,可以快速、准确检测食品中沙门菌.应用实时PCR技术,利用SYBR(R) Green Ⅰ染料能选择性结合双链DNA的特点,可检测到沙门菌中inv A基因特异性靶序列扩增所产生的荧光信号,且通过熔解曲线可知其熔点值约为80.4℃,而对其它非沙门菌则检测不到荧光信号.SYBR(R) Green Ⅰ实时PCR能通过熔解曲线有效地区分特异性产物、非特异性产物以及引物二聚体,是基因鉴定检测的新方法.     

人参根腐病拮抗菌的筛选、鉴定及其抑菌活性

目的：从人参根际土壤中筛选出拮抗人参根腐病的菌株,初步研究其抑菌作用。方法：采用平板稀释法从人参根际土壤中分离获得菌株,以人参根腐病菌为靶标菌采用平板对峙法筛选出拮抗菌;通过形态学特征、生理生化特征及16S rDNA序列分析对筛选出的拮抗菌进行鉴定;检测拮抗菌无菌发酵液对根腐病菌菌丝生长、孢子萌发的影响,同时测定拮抗菌的抑菌谱。结果：分离获得一株对人参根腐病原菌拮抗作用较强的菌株HB-3,经鉴定菌株HB-3为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）。菌株无菌发酵液对人参根腐病菌菌丝生长和孢子萌发均有显著抑制作用;菌株HB-3的抑菌谱较广,对根腐病菌、疫霉病菌、锈腐病菌、菌核病菌、灰霉病菌均有一定的抑菌活性。结论：筛选得到一株解淀粉芽孢杆菌HB-3,能显著抑制人参根腐病菌的生长,对人参根腐病有较强的生物防治效果。     

菠萝成分的实时荧光PCR检测方法的建立

目的本文研究建立食品中菠萝成分的实时荧光PCR检测方法。方法根据菠萝rbcL基因设计菠萝物种特异性检测引物和荧光探针,对样品中的靶标基因片段进行检测,并进行物种特异性检测、灵敏度测试和实际应用检测。结果通过对供试的58种动植物材料进行检测,只有菠萝出现特异性扩增,其他物种材料无扩增;对不同浓度菠萝DNA样品和不同含量的菠萝粉样品进行灵敏度测试,该检测方法对菠萝成分的检测灵敏度分别为0.01 ng/μL菠萝DNA和0.1%菠萝粉;对市场销售的实际样品进行检测,能够满足于检测需求。结论该方法简单、灵敏、快速、准确,能应用于食品中菠萝成分检测。