利用AFLP技术研究海湾扇贝不同养殖群体的遗传结构及其分化

采用AFIP分子标记技术对我国海湾扇贝的4个不同地理群体共80个个体利用7对引物组合进行了遗传多样性分析。4群体的多态位点比例分别为：加拿大养殖群体48．8235％,墨西哥湾养殖群体49．2914％,秦皇岛养殖群体38．2353％,浙江养殖群体41．1765％。平均杂和度分别为0．1878,0．1886,0．1265和0．1618。遗传距离介于0．1188～0．0941之间。4个群体的Fst为0．1883。根据遗传距离绘制了UPGMA聚类图。4个群体间的遗传关系如下：加拿大群体和浙江群体聚为一支,墨西哥湾群体和秦皇岛群体聚成一支,最后这两支聚在一起。试验结果表明,经过长时间累代养殖的浙江、加拿大、墨西哥湾群体仍保持较高的杂合度,与引种时间最短的(2年)、最为接近美国自然群体的秦皇岛群体比较,以上3个群体没有出现多态位点比例和杂合度显著下降的现象。     

泥蚶遗传多样性的研究

采用垂直聚丙烯酰胺同工酶电泳技术对我国及周边海域的7个泥蚶群体的11种同工酶、近28个位点的表型变异及遗传分化进行了研究,结果发现,绝大多数同工酶在7个群体之间谱型上都存在较大差异。遗传变异统计结果表明：7个泥蚶群体多态位点比例（P．99）和（P．95）分别在39．3％～53．6％和28．6％～44．4％之间;平均杂合度观测值在0．035～0．083之间,平均杂合度预期值在0．086～0．186之间;而平均位点等位基因数在1．786～2．381之间。比较了7个群体之问的遗传相似度和遗传距离表明,7个泥蚶群体明显地分为两大类群,第一个类群包括釜山、荣成、奉化、乐清、福鼎5个群体,它们的平均遗传距离是0．0072;第二个类群包括汕头和湛江两个群体,它们的遗传距离是0．0320;而这两个类群问的不同群体问的平均遗传距离为0．4279。因此这两个类群的分类学地位值得进一步探讨。     

几种江蓠属海藻的ISSR标记分析

用ISSR标记对几种江蓠属海藻进行了遗传多样性的研究。所用的7种实验材料包括4株龙须菜(其中3株分别来自中国青岛、委内瑞拉和南非，及1株青岛产龙须菜的高温选育种)和细基江蓠繁枝变型、真江蓠、芋根江蓠。用9条ISSR引物进行筛选，有6条可扩增出清晰可辨条带。这6条引物在7种材料中共扩增出151条带，其中117条(77．48％)表现出多态性。根据Nei等的遗传相似性系数(S)对7种材料进行分析，结果显示青岛产龙须菜与其选育种的相似性最高(S为0．939)。在3株不同产地龙须菜中，青岛龙须菜与南非龙须菜的遗传距离最近(S为0．643)，委内瑞拉龙须菜与前两者的S分别为0．167和0．192，因此初步推断委内瑞拉龙须菜不属于龙须菜种。包括龙须菜(产自青岛或南非)在内的4种江蓠间的相似性系数在0～0．143之间。     

利用AFLP技术分析中国明对虾的韩国南海种群和养殖群体的遗传差异

利用AFLP技术对新发现的中国明对虾的一个地理种群——韩国南海种群（SP）和中国明对虾的养殖群体（CP）进行了遗传分析。每个群体随机取样30个,5对AFLP引物获得326个位点。其中SP多态位点比例（P0.99）46.93％,Shannon多样性指数（Ⅰ）0．1884,Nei（1978）基因多样性指数（h）0．1197,群体差异性位点9个,占检测位点总数的2．7％。CP多态位点比例（R9q）51．84％,Shannon多样性指数（Ⅰ）0．1954,Nei（1978）基因多样性指数（h）0．1229,群体差异性位点19个,占检测位点总数的5．8％。SP种群各项遗传参数都低干CP种群。两个群体的非偏差遗传相似度和遗传距离分别为0．9899和0．0102。利用中国明对虾的韩国南海种群和养殖群体杂交可以获得新的种质资源,这将为获得最大变异数量性状表型和基因多样性的产生提供可能。     

用RAPD技术对我国栉孔扇贝野生种群与养殖群体的遗传结构及其遗传分化的研究

利用RAPD技术对我国栉孔扇贝野生种群和养殖群体的遗传结构及其分化进行了研究，在对20个野生栉孔扇贝和20个养殖栉孔扇贝的基因组DNA的检测中，20个10碱基的随机引物共扩增出153条清晰可分辨的DNA片段，片段的长度为200－3000bp其中多态性片段分别为116和112条，野生种群和养殖群体的多态位点比例分别为75．82％，和73．47％，杂合度分别为0．27和0．26。根据基因频率计算出两个群体的近交系数为0．00129，遗传距离为0．028。栉孔扇贝野生种群的多态位点比例和杂合度处于较高水平，说明我国栉孔扇贝野生种群的遗传多样性水平较高，种质资源尚处于较好状态，应制定相应的渔业生产和管理措施加以保护，养殖群体的多态位点比例和杂合度都低于野生种群，这与人工累代养殖过程中，群体较小，近交机会增加有关。     

中国对虾人工选育快速生长群体不同世代间的AFLP分析

利用7对AFLP引物组合检测了中国对虾连续五代选育群体基因组DNA的遗传结构,根据AFLP分析结果计算了选育世代群体间的遗传相似系数和遗传距离.结果表明,AFLP标记表现出较高的多态检测效率,7对引物共产生500余条带,平均每对引物组合检测到33.7个多态性标记,平均杂合度为0.0854～0.1025,非常适合于遗传多样性分析.结果显示,随着选育世代的增加,选育群体的遗传多样性呈现下降趋势,但随着选育时间的延长,群体之间的分化逐渐降低,群体的遗传结构开始趋于稳定,成为一个品系.     

黄渤海中国对虾6个地理群的遗传结构及其遗传分化

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对黄渤海水域6个地理群(包括辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾、海洋岛渔场及朝鲜半岛西海岸群)的中国对虾共114个个体进行了遗传多样性分析。筛选的13个随机引物共检测到96个位点(200～2500bp),利用Popgene Version 1．31、TFPGA以及ARLEQUIN软件中的AMOVA进行分析。结果表明：中国对虾多态位点为25．00％～34．38％,Shannon信息指数(H0)为0．1476～0．1852,并按朝鲜半岛西海岸-乳山湾-海州湾-渤海湾-辽东湾-海洋岛渔场群顺序呈递减趋势;有超过3／4的遗传变异来自群体内;无论是遗传分化指数Gst、UPGMA聚类分析还是AMOVA群体间遗传分化ФST分析等,均证实中国对虾群体间存在着一定程度的遗传分化,即除RSB和HZB两群间的遗传分化很弱外(Gst=0．032、ФST=0．0255),其余任意两群间的遗传分化达中等(Gst、ФST值均为0．05～0．15)或大的水平(Gst、ФST值均为O．15～O．25)。     

红鳍东方鲀与假睛东方鲀的微卫星DNA多态性分析

为了对中国近海分布的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）资源进行深入调查,以确定红鳍东方鲀与假睛东方鲀（Takifugu pseudommus）的种间关系,利用根据红鳍东方鲀基因组序列设计的9对微卫星引物,对野生红鳍（WR）、野生假睛东方鲀（WP）两个地理种群和一个养殖红鳍东方鲀（CR）群体进行了遗传多样性分析。结果表明：9对引物在三个群体中均表现为多态;共获得106个等位基因,每个位点的等位基因数目在5～25之间,9个位点在三群体观测杂合度的范围从0．8167到1．0000,三群体平均杂合度观测值E,排列顺序为wR（0．8661）〉WP（0．8272）〉CR（0．7832）;3个群体之间的遗传距离较小,其中WR和WP群体间的遗传距离最小（0．0586）,WR和CR群体的遗传距离最大（0．0923）;3群体的遗传分化系数Gsr很小,其中,WR和WP两群体间遗传分化系数最小（0．0177）,WR和CR群体间的遗传分化系数最大（0．0290）,与遗传距离的分析结果相一致。群体遗传结构的分析结果表明：红鳍东方鲀养殖群体遗传多样性显著下降,应及早加强对其种质的保护;从分子遗传学的角度来看,红鳍东方鲀与假睛东方鲀应为同一个种。     

马氏珠母贝选育系遗传变异的AFLP分析

利用AFLP技术对马氏珠母贝两个选育系DDS-G1和JCS-G1及大亚湾养殖群体(DDC)进行了遗传变异分析.5对选择性扩增引物共扩增谱带265条,DDC的多态位点比率为79.25%,DDS-G1为73.58%,JCS-G1为75.85%.两个选育系的单态位点明显增加,而Shannon's遗传多样性指数和Nei's基因多样性有所下降.三个组间的遗传距离为0.1615～0.2744,两个选育系间的遗传距离较大.研究结果表明,经过一代的选择,马氏珠母贝选育系的遗传结构和遗传多样性已发生改变,AFLP标记能够有效地监测选育系的遗传变异.     

应用微卫星标记分析柱花草的遗传多样性

采用18个微卫星(SSR)DNA标记对42个柱花草品系进行了遗传多样性分析，共扩增出84条带，其中多态性带71条，平均多态性水平为84．5％。运用POPGEN32软件计算了各品系的等位基因频率、多态性信息含量、遗传杂合度、等位基因数及有效等位基因数，结果表明，抗病柱花草品系的遗传变异高于感病柱花草品系的遗传变异程度。用NTSYS-pc软件计算品系间的遗传相似系数，其变化范围为0．26～0．94。按非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析，获得了聚类树系图，以所有品系的平均遗传相似系数0．60为阈值，42个品系分为6类。这些结果表明，SSR技术是分析柱花草遗传多样性的有效方法。     

栉孔扇贝种群的遗传变异分析

采用不连续聚烯酰胺凝胶电泳技术研究了中国栉孔扇贝和日本栉孔扇贝两个天然种群的六种同工酶。结果表明,两个种群具有基本相同的基因位点控制同工酶的表达,二者都具有居群内的个体差异,中国和日本的两个种群的多态位点比例（P．99）分别为41．18％和45．45％,平均杂合度观测值（Ho)分别为0．1295和0．1531,平均杂合度预期值（He)分别为0．1695和0．2331,各位点平均等位基因数（Ne)分别为1．5294和1．6363。日本栉孔扇贝自然种群的遗传变异明显高于中国栉孔扇贝自然种群。同时各群体中普遍存在杂合子缺失现象。     

栉孔扇贝不同地理群体的遗传多样性分析

应用AFLP技术对栉孔扇贝的中国长岛群体和韩国东部、西部群体进行了遗传多样性分析。实验表明，中国长岛群体的群体内遗传相似度最高，为0．6754，韩国东部群体次之，为0．6714，韩国西部群体最低，为0．6309；中国长岛群体与韩国东部、西部群体间的遗传距离分别为0．1703和0．1786，韩国两群体间的遗传距离只有0．057。这一结果说明，长岛群体与韩国群体遗传差异较大，韩国两个群体遗传相似度较高，应视为同一个群体。本研究共获得6个韩国两群体的共享特征标记，4个长岛群体的特异性标记，1个韩国西部群体所特有的标记，这些标记可以用于鉴定和区分这三个群体。为提高我国栉孔扇贝群体遗传多样性，以引进韩国西部群体为好。     

五个紫菜品系间遗传差异的RAPD分析

应用随机引物扩增片段多态性（RAPD）技术对2种紫菜的5个品系进行遗传多样性分析。共筛选出21条随机引物,PCR反应得到147条扩增片段。根据共享扩增片段计算遗传相似性指数（F）和相对遗传距离,利用NJ法构建系统树。结果表明,条斑紫菜或坛紫菜的养殖品系首先聚类在一起,两个条斑紫菜养殖品系之间的遗传距离是0．32,两个坛紫菜养殖品系之间的遗传距离是0．31。条斑紫菜养殖品系CPY1－08A与坛紫菜养殖品系CPH8－83之间的遗传距离最大,达0．42。本文结果显示RAPD可以作为简便有效的分子工具应用于紫菜的遗传多样性和种质鉴定研究中。     

RAPD技术对茶树品种鉴别的研究

本研究利用RAPD技术对我国 30多个国家级及省级茶树优良品种进行了分析 ,从 36 0个十聚体随机引物中筛选出了 14 4个有多态性的引物 ,占所用引物的 4 4 %。但同时能在红茶、绿茶两大茶类上产生多态性的引物有5 7个 ,占所筛引物的 16 %左右 ,能在红茶、绿茶、乌龙茶三大类茶树种类上产生多态性的引物只有 38个 ,占所筛引物的 11%左右。 38个能在三大茶类茶树中都能产生多态性引物中仅有 2 2个引物多态性效果好 ,仅占所筛引物的6 %左右。结果发现 :使用OPI14一个引物扩增的DNA指纹图谱能区别开绿茶的 15个品种 ,使用OPI13能区别开绿茶、红茶的 12个品种 (其中绿茶 5个、红茶 7个 ) ,使用OPA10能区别开绿茶、红茶、乌龙茶共计 12个品种。研究表明了利用RAPD技术进行茶树品种鉴别是完全可行的。     

Risk assessment of cadmium-contaminated soil on plant DNA damage using RAPD and physiological indices

Impact assessment of contaminants in soil is an important issue in environmental quality study and remediation of contaminated land. A random amplified polymorphic DNA (RAPD) 'fingerprinting' technique was exhibited to detect genotoxin-induced DNA damage of plants from heavy metal contaminated soil. This study compared the effects occurring at molecular and population levels in barley seedlings exposed to cadmium (Cd) contamination in soil. Results indicate that reduction of root growth and increase of total soluble protein level in the root tips of barley seedlings occurred with the ascending Cd concentrations. For the RAPD analyses, nine 10-base pair (bp) random RAPD primers (decamers) with 60-70% GC content were found to produce unique polymorphic band patterns and subsequently were used to produce a total of 129 RAPD fragments of 144-2639 base pair in molecular size in the root tips of control seedlings. Results produced from nine primers indicate that the changes occurring in RAPD profiles of the root tips following Cd treatment included alterations in band intensity as well as gain or loss of bands compared with the control seedlings. New amplified fragments at molecular size from approximately 154 to 2245 bp appeared almost for 10, 20 and 40 mg L(-1) Cd with 9 primers (one-four new polymerase chain reaction, (PCR) products), and the number of missing bands enhanced with the increasing Cd concentration for nine primers. These results suggest that genomic template stability reflecting changes in RAPD profiles were significantly affected and it compared favourably with the traditional indices such as growth and soluble protein level at the above Cd concentrations. The DNA polymorphisms detected by RAPD can be applied as a suitable biomarker assay for detection of the genotoxic effects of Cd stress in soil on plants. As a tool in risk assessment the RAPD assay can be used in characterisation of Cd hazard in soil.