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相似文献
 共查询到17条相似文献,搜索用时 78 毫秒
1.
基因表达调控决定了基因组中遗传信息表达为影响细胞生命活动的蛋白质组的数量、成分和功能,现有的电子细胞模型对基因表达调控模拟得较少。提出Analog Cell电子细胞模型,通过定义反应过程中的调节因子和酶以及制定合理的反应规则,有效地模拟了基因表达中主要的调控机制,真实地再现了细胞内基因表达这一生命活动,并得到了比较理想的模拟结果。  相似文献   

2.
提出了一种在电子细胞模型中基于并发约束的随机模型架构方法,应用该架构建立了模拟基因表达过程的电子细胞模型Analog-Cell.模拟结果表明Analog-Cell这种基于并发约束的随机模型构架能更准确地反映出生物系统的真实性,相比其他电子细胞模型含有更丰富的图像信息,能更清晰地观察细胞内基因表达的全过程,具有良好的应用前景.  相似文献   

3.
真核细胞前体mRNA的剪接加工包含内含子剪切和外显子拼接两个过程,是真核细胞基因表达过程中的一个重要环节.针对这一环节,提出了一种模拟真核细胞前体mRNA内含子剪切及其选择性剪接的算法,并在自主研发的电子细胞模型Analog-Cell中实现了该算法,且获得了符合生物学原理的模拟结果.模拟结果表明,该算法可使剪接体高效、准确地模拟内含子的剪接过程,并形成套索结构,同时有选择地将外显子片段拼接起来,最终形成成熟的mRNA.  相似文献   

4.
前体mRNA的加工是基因表达过程中必需的一个步骤,是调节基因表达和产生具有生化活性的蛋白质的重要机制,现有的电子细胞模型对前体mRNA的加工过程模拟得较少。自主开发设计的Analog-Cell电子细胞模型定义了反应过程中的反应规则,提出了模拟前体mRNA加工过程的多个算法,真实地再现了基因表达这一细胞内重要的生命活动,并得到了比较理想的模拟结果。  相似文献   

5.
用于逻辑调控基因表达分子自动机的研究是DNA计算的重要研究领域.文中将脱氧核酶技术应用于DNA计算研究当中,利用脱氧核酶的特性,特别是可以作为反义药物的特点,作为构建分子自动机的主要材料,设计了调控基因H—ras表达的DNA计算模型,而且模型也可适用于其它过表达基因的调控.结合DNA计算具备的高度并行性和智能性的优点,该模型为DNA计算在基因表达调控方面的应用做了进一步探索.  相似文献   

6.
提出一种自动图像分割模型——人工协作细胞(ACoCells)。在ACoCells中,细胞生存于图像映射成的环境中,按照一系列体现生命特征的协作、繁殖、遗传、死亡等规则进化。图像分割的结果不需要预先得到任何图片信息,而通过细胞进化自动涌现出来。实验表明ACoCells在图像分割上具有很好的性能和应用潜力。  相似文献   

7.
针对EM算法中的初始类的数目很难决定,在迭代中经常产生部分最优的情况,将K-means算法与基于EM的聚类方法相结合,提出了一个新的适用于基因表达数据的模型聚类方法。新的聚类方法,首先利用K-means算法具有全局性、效率高的优点,快速得到聚类的起始类的划分,将其设置为高斯混合模型的初始参数值,进一步采用EM方法进行聚类,得到最优聚类结果。通过2次对真实数据集的实验测试,将新的算法分别与K均值算法和EM算法进行了比较。实验结果表明,新算法是一种有效的聚类方法,聚类结果的准确度得到了提高。  相似文献   

8.
为解决大规模基因调控网络构建算法精度不高、计算时间过长的问题,提出一种从基因表达数据分析出发,并行计算和阈值限定相结合的新算法来构建大规模基因调控网络。该算法中基因间交互强度值采用条件互信息值度量,并行计算采用GPU与CPU相结合的CUDA与Open MP架构。综合数据集的运行结果证明该算法较新的构建算法(如贝叶斯模型算法和微分方程模型算法)相比,在构建大规模基因调控网络时有更高的运算精度和更短的运行时间。  相似文献   

9.
基于支持向量机的微阵列基因表达数据分析方法   总被引:5,自引:0,他引:5  
DNA微阵列技术,使人们可以同时观测成千上万个基因的表达水平,对其数据的分析已成为生物信息学研究的焦点.针对微阵列基因表达数据维数高、样本小、非线性的特点,设计了一种基于支持向量机的基因表达数据分类识别方法,该方法采用信噪比进行基因特征提取,运用支持向量机的不同核函数进行性能测试,针对几个典型数据集的实验表明其识别效果良好.  相似文献   

10.
基因表达谱芯片数据挖掘系统*   总被引:1,自引:0,他引:1  
李荣 《计算机应用研究》2009,26(8):2938-2941
基因芯片是基因组研究的重要工具,其数据分析极大依赖于数据挖掘技术。结合数据挖掘技术和生物信息学研究,设计并实现了若干基因表达谱芯片数据挖掘分析模型及相应的数据挖掘系统,具有良好的收缩性和实体独立性,底层复杂的数据挖掘算法对用户透明。  相似文献   

11.
人工生命:计算机与生物学交叉的前沿学科   总被引:1,自引:0,他引:1  
人工生命是具有生命特征的人工系统,是探索生命复杂性的一门新兴交叉性前沿学科.它试图在计算机或其他人工媒介上,以综合的方法研究具有生命本质特征的复杂系统的动态发展过程.本文详细介绍了人工生命的概念、产生过程、发展历史、基本思想以及目前主要的研究方向,指出人工生命为人们揭示自然生命的最本质特征和演化的最基本规律提供了新思路和新方法.  相似文献   

12.
微阵列实验是一个复杂的多步骤的实验过程,不确定性存在于实验的每一个步骤中,导致最后得到的实验结果中包含了一些数据噪声。为了从这些含有噪声的数据中得到更多有意义的生物信息,很多算法相继被提出来计算基因表达值。目前流行的mmgMOS模型提高了芯片数据分析的准确性,但是该模型的主要缺点是其参数值φ在整个数据集上是唯一不变的,单一的值不能代表不同探针的真实信号。本文对mmgMOS模型中的参数值φ进行改进,从而进一步提高后续寻找差异基因的准确率。  相似文献   

13.
胰岛素抵抗是目前众多老年慢性疾病发病的共同途径,其发生机制的研究对于寻找与制定疾病的防治策略最有重要的意义,但传统的研究方案往往局限于某个器官、一货机种代谢产物,或某一、两种基因参与的条件,得出的结论多为局部描述性,难以进行规律上的探素.基于两种组织(肌肉和肝脏)3种不同胰岛素敏感状态下(限食、对照、肥胖)的12组4 040条基因芯片数据,从基因表达数据的统计分析开始,观察不同胰岛素敏感状态下的大鼠组织对糖刺激反应的基因表达情况,比较、阐述胰岛素抵抗发生的分子机理;并通过SOM聚类分析的方法,发现不同胰岛素敏感状态下的大鼠基因表达变化下所隐藏的表达模式,从而为进一步分析胰岛素抵抗发生的分子机理提供了可能.  相似文献   

14.
cDNA microarrays permit massively parallel gene expression analysis and have spawned a new paradigm in the study of molecular biology. One of the significant challenges in this genomic revolution is to develop sophisticated approaches to facilitate the visualization, analysis, and interpretation of the vast amounts of multi-dimensional gene expression data. We have applied self-organizing map (SOM) in order to meet these challenges. In essence, we utilize U-matrix and component planes in microarray data visualization and introduce general procedure for assessing significance for a cluster detected from U-matrix. Our case studies consist of two data sets. First, we have analyzed a data set containing 13,824 genes in 14 breast cancer cell lines. In the second case we show an example of the SOM in drug treatment of prostate cancer cells. Our results indicate that (1) SOM is capable of helping finding certain biologically meaningful clusters, (2) clustering algorithms could be used for finding a set of potential predictor genes for classification purposes, and (3) comparison and visualization of the effects of different drugs is straightforward with the SOM. In summary, the SOM provides an excellent format for visualization and analysis of gene microarray data, and is likely to facilitate extraction of biologically and medically useful information.  相似文献   

15.
唐常杰  彭京  张欢  钟义啸 《计算机应用》2005,25(9):1978-1981
介绍了在研发基于基因表达式编程(GEP)的知识发现的三项新技术,包括:(a)转基因技术,通过注入转基因,引导进化方向,控制知识发现过程;(b)重叠基因表达,借鉴生物基因片段重叠表达,引入重叠基因概念,节约了表达空间;(c)回溯进化,借鉴生物“返祖现象”,引入回溯检查点概念和可回溯GEP算法、设计了等比递增检查点序列和加速递增检查点序列,约束回溯过程。实验表明,三项技术在一定的场合下分别提高了知识发现的性能1至2个数量级。  相似文献   

16.
基于基因表达谱提出了一种依据类加权Bhattacharyya距离提取特征基因并使用人工神经网络(ANN)进行肿瘤亚型识别的方法。分析了儿童小圆蓝细胞瘤(SRBCTs)的基因表达数据后,在训练样本集上计算出各个基因的类加权Bhattacharyya距离,并据此选择特征基因构造若干ANN模型,利用独立测试集验证其分类能力,且依据分类错误率最小的原则确定了含40个基因的特征基因组合。基于该特征基因组合的ANN模型不仅正确地识别了所有的患病样本的亚型,还能鉴别非患病样本。  相似文献   

17.
    
This article describes and evaluates two different models of structured electronic consultation, using multiple evaluation methods: discussion tree analysis, quantitative evaluation, and qualitative evaluation. The results indicate that structuring the electronic consultations leads to higher-quality focused debates, however, it can create participation difficulties and barriers to less-sophisticated and educated citizens, so it might result in reduced participation and exclusion of some groups. This can increase the “quality,” but at the same time decrease the “quantity” of e-participation.  相似文献   

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