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1.
目的探讨Ⅲ型登革病毒(dengue virus,DENV)在C6/36和Vero细胞中复制对其毒力的影响。方法将DV3-1及DV3-2两株Ⅲ型DENV在C6/36细胞上接种传代培养,待其毒力稳定再接种至Vero细胞连续传代培养。用Ⅲ型DENV标准质粒检测不同代次病毒拷贝数,PCR扩增获得传代毒种全长基因序列,并与原代病毒基因序列进行比对。结果 DV3-1在C6/36细胞上传代至第17代次(P17-C6/36)时毒力保持稳定,DV3-2在盲传过程中均未见明显的细胞病变;将DV3-1和DV3-2第17代次病毒在Vero细胞上继续传代,DV3-1传至第10代次(P10-Vero)CPE为40%,DV3-2传至第4代次CPE达30%。DV3-1在P17-C6/36时具有较高的病毒拷贝数,在P0(原代病毒)及P10-Vero时病毒拷贝数偏低。与P0比较,P17-C6/36及P10-Vero全长碱基共16处发生突变,导致12个氨基酸的非同义突变,其中P0和P10-Vero在第5 826、6 251、7 907位点碱基相同,P17-C6/36相应的氨基酸位点(第1 942、2 084、2 636位点)均发生非同义突变。结论传代细胞更换可对Ⅲ型DENV的毒力造成影响,多次传代及更换细胞传代后仍可能发生回复突变。本研究为后续DENV减毒策略的研究提供了实验依据。  相似文献   

2.
目的对2013年武汉市新发生的一例疑似狂犬病死亡病例的脑组织进行病毒分离及鉴定。方法采用直接荧光抗体法(DFA)和ELISA法检测狂犬病病毒(rabies virus,RABV)抗原;提取病毒RNA,设计12对引物,分段扩增全基因组,克隆后测序,应用DNAStar软件包中的MegAlign模块对基因所编码的氨基酸进行对位分析;Clustal X 1.83软件和GENEDOC软件用于序列比对;MEGA 4.1软件以Kimura two-parameter模型邻位相连法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统进化树(Bootstrap-l000),并与国内外疫苗株及近期湖北省及周边地区分离的代表性街毒株进行同源性分析。结果分离的街毒株13WH10的RABV抗原呈阳性;13WH10街毒株基因组全长11 924 bp,属基因Ⅰ型狂犬病病毒;13WH10与湖北省及周边街毒株处于同一亚群,与CTN-1疫苗株及东南亚地区的街毒株同源性较高,高于欧美国家疫苗株。结论成功对武汉市2013年新发生的一例疑似狂犬病死亡病例的脑组织进行了病毒分离及鉴定;CTN-1与RABV国内分离株同源性较高,系统进化关系较近,提示采用CTN-1疫苗株生产的狂犬病疫苗可有效预防中国狂犬病的流行。  相似文献   

3.
目的 对2019年云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者粪便中分离获得的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)毒株的全VP1基因遗传特征进行分析。方法 使用人胚肺二倍体KMB-17细胞和非洲绿猴肾Vero细胞分离病毒,设计针对CVA16全VP1基因序列引物,采用RT-PCR扩增目的基因片段并测序;利用MEGA 7.0和Geneious 9.0.2等软件对全VP1序列进行分析。结果 共分离获得26株CVA16毒株,其中有8株KMB-17分离株和18株Vero分离株。随机选取20株CVA16分离株进行分析,发现3株B1a和17株B1b基因亚型;其中17株CVA16 B1b分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.8%~100%和98.3%~100%,与国内其他分离株的核苷酸和氨基酸同源性为91.1%~99.2%和97.3%~99.0%;3株B1a分离株的核苷酸和氨基酸同源性为98.0%~98.1%和99.3%,与国内其他B1a分离株的核苷酸和氨基酸同源性为88.7%~98.7%和98.3%~99.7%;17株B...  相似文献   

4.
目的分析中蜂囊状幼虫病病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)重庆株(CSBV-CQ)编码序列的分子特性。方法采用RT-PCR法从重庆地区中蜂囊状幼虫病病死幼虫体内扩增CSBV编码序列片段,并进行序列测定,使用ClustalW2软件进行多序列比对分析,利用推导的氨基酸序列进行保守结构域BLAST和同源建模,采用MEGA 4软件的邻接法(neighbor-joining)中的最大可能性算法(maximum likelihood method)构建系统进化树。结果扩增的片段拼接出8 358 nt的片段,约占SBV基因组长度的95%;CSBV-CQ与CSBV-GZ的核苷酸和氨基酸序列同源性均最高,在CSBV-GZ的2 2702 320位碱基缺失51 nt核苷酸;多聚蛋白N-末端包含2个小RNA病毒衣壳蛋白药物结合口袋(drug-binding pocket)结构域(domain),C-末端包含RNA解旋酶(RNA helicase)和RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase)2个结构域;基于基因组水平的系统进化分析显示,所有东方蜜蜂分离株、西方蜜蜂分离株AmSBV-Kor19构成1个基因型,但基于基因组片段的分子系统进化分析显示,部分毒株包含2个基因型片段。结论 SBV基因型间存在基因重组现象。  相似文献   

5.
中国狂犬病病毒遗传多样性分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的分析中国狂犬病病毒(RV)的遗传多样性,为我国狂犬病的预防提供理论依据。方法采用RT-PCR技术扩增26株RVN基因,并进行测序,与GenBank登录的序列进行比对,构建进化树,分析RV的基因分型和分组情况以及时间和空间的动态进化。结果中国RV分为2个大的进化分支(8组),分支Ⅰ包括1~4组,分支Ⅱ包括5~8组,组内核苷酸同源性≥93.2%,氨基酸同源性≥94.3%;组间核苷酸差异性≥8.0%,氨基酸差异性≥1.7%;运用贝叶斯中的马尔科夫链的蒙特卡洛方法,估计中国RVN基因核苷酸的平均碱基替代率为1.4089×10-4取代/位点·年,共同祖先出现在公元968年。结论中国狂犬病病毒株均属于基因1型狂犬病病毒,存在跨地域、跨宿主传播;我国分支Ⅰ狂犬病病毒株与泰国、越南、菲律宾、印度尼西亚、马来西亚等东南亚国家分离的狂犬病病毒株起源相同;分支Ⅱ的毒株在全球分布。  相似文献   

6.
目的探讨Ⅱ型登革病毒(dengue virusⅡ,DENVⅡ)前膜(presynaptic membrane,prM)抗体对DENVⅡ在THP-1细胞中复制能力的影响。方法采用不同稀释度(1/4~1/16 384)的DENVⅡanti-pr M单克隆抗体分别与不同MOI的DENVⅡ(MOI分别为3、0.75及0.19)复合感染THP-1细胞。建立DENVⅡ荧光定量PCR检测标准曲线,检测THP-1细胞培养上清液的病毒拷贝数。结果 DENVⅡ按MOI=3感染THP-1细胞,当prM稀释度为1/16和1/16 384时诱发THP-1细胞产生病毒的载量较高,prM稀释度为1/64和1/256时抑制病毒生长;DENVⅡ按MOI=0.75感染THP-1细胞,当prM稀释度1/16时可诱发更高浓度病毒载量;DENVⅡ按MOI=0.19感染THP-1细胞时,不会诱导产生高浓度的病毒载量。结论中浓度pr M抗体可抑制DENVⅡ在THP-1细胞中的复制能力,而高及低浓度prM抗体可促进DENVⅡ在THP-1细胞中的复制能力。  相似文献   

7.
目的 分析水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)84-7株的基因特征。方法 利用PCR法分别扩增VZV84-7株ORF38(PstⅠ)、ORF54(BglⅠ)、ORF62(SmaⅠ、Bss HⅡ、NaeⅠ)共5个酶切位点片段,运用生物信息学软件对5个酶切位点进行分析;PCR扩增病毒复制起点,分析VZV84-7株复制起点特征;PCR扩增VZV84-7株g E基因,对该基因进行序列分析。结果 VZV84-7株的酶切位点特征为:PstⅠ~+BglⅠ~+SmaⅠ~-Bss HⅡ~-NaeⅠ~-;复制起点区域包含1个13TA+19GA结构;g E基因序列与Oka株相比,在第1 170位存在1个碱基差异,为C→A,属于无义突变,但编码区氨基酸序列同源性为100%。结论 VZV84-7株的酶切位点和复制起点均有特异性,同时VZV84-7株与Oka株的g E基因仅有1个碱基突变,氨基酸序列同源性为100%。  相似文献   

8.
目的 建立水痘 带状疱疹病毒 (VZV)毒株的特异性鉴定方法 ,研究我国分离的VZV84 7减毒株(VZV84 7株 )基因特征。方法 利用PCR分别扩增VZV84 7株和Oka株R2和R5可变区基因 ,比较两者串联重复单位拷贝数 ;用PCR结合限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)分析VZV84 7株和Oka株基因的BglI、PstI酶切位点突变 ;并对gpI编码区基因进行序列分析。结果 VZV84 7株R2、R5区PCR产物分别为 4 2 5bp和 2 5 5bp ,对应的串联重复单位拷贝数分别为 7和 1;Oka株R2、R5区PCR产物分别为 4 2 5bp和 36 7bp ,对应的串联重复单位拷贝数分别为 7和 2。VZV84 7株基因存在PstI酶切位点 ,而Oka株无PstI酶切位点 ;两者均存在BglI酶切位点。基因序列分析显示 ,VZV84 7株与Oka株在gpI区存在 4个碱基差异 ,并导致 1个编码氨基酸不同 ,氨基酸序列同源性为99 8%。结论 所建立的PCR和PCR RFLP方法简便、特异 ;VZV84 7株的基因特征与Oka株存在一定差异 ,但两株之间gpI编码区氨基酸序列具有较高的同源性  相似文献   

9.
目的分析寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)在东南亚地区的感染传播情况,探讨其分子水平上的进化特征。方法用关键词和主题词检索ZIKV在东南亚地区暴发感染流行情况。在GenBank中获取ZIKV东南亚病毒株全基因序列,采用BIOEDIT软件进行比对;利用MEGA 7. 0软件绘制系统进化树;将结构蛋白核苷酸翻译获得其相应的氨基酸序列,分析突变情况;统计不同株型间结构蛋白核苷酸突变和氨基酸替代位点;预测包膜蛋白第三结构域(envelop domainⅢ,ED-Ⅲ)的二级结构。结果 ZIKV在东南亚国家均有血清学感染或回顾性检测阳性报道,其中越南、泰国和新加坡ZIKV感染病例较多,疾病负担较为严重。系统进化树表明,东南亚ZIKV株均属于亚洲型,2016年新加坡株(序列号:KY241788)与2015年巴西株亲缘关系最近,1966年分离的马来西亚株与其他东南亚株亲缘关系较远。东南亚ZIKV各株型间衣壳蛋白(capsid protein,C)的碱基突变点为22处,突变率为6. 36%,造成非同义氨基酸突变点为19处,突变率为16. 52%。前膜蛋白(pre-membrane protein,prM)的碱基突变点为51处,突变率为10. 12%,造成非同义氨基酸突变点为37处,突变率为22. 02%。包膜蛋白(envelope protein,E)的碱基突变点为141处,突变率为9. 33%,造成非同义氨基酸突变点为101处,突变率为20. 04%。ED-Ⅲ二级结构预测结果显示,在该区域2株代表株有相同数量的蛋白结合位点,代表株2(1966 Malaysia KX377336)存在1个蛋白结合位点富集区(ED-Ⅲ:55-63),而代表株1(2014 Thailand KU681081)蛋白结合位点分布较均匀,代表株2的ED-Ⅲ存在1个二硫键,而代表株1不存在,代表株1(ED-Ⅲ:79-80)存在1个解螺旋,而代表株2不存在。结论通过病例统计分析、系统发育分析、蛋白质核苷酸及氨基酸序列比较分析、ED-Ⅲ二级结构预测,为研究东南亚地区ZIKV不同株型间的生物学和流行致病性差异提供参考。  相似文献   

10.
目的分析肠道病毒71型(Enterovirus,EV71)甘肃分离株VP1基因的特征。方法应用RT-PCR法扩增4株EV71甘肃分离株(46F、47F、51F和55F)的VP1基因,克隆入pTA2载体,进行核苷酸序列测定,并进行序列的同源性比较及进化树分析。结果 4株病毒VP1核苷酸序列长度均为891bp,推导的氨基酸序列含297个氨基酸。51F与55F毒株核苷酸和氨基酸同源性均为100%,46F与47F的同源性分别为99.6%和99.0%,4株病毒与EV71的C4亚型毒株核苷酸同源性在96%以上,氨基酸同源性在99%以上。同源性和进化树分析显示,4株分离株分属2个群,其中51F和55F毒株同属一个群,其与昆明分离株kunming41-08亲缘关系最为相近;46F和47F同属一个群,其与内蒙分离株0723F/NM/CHN/07关系最为相近。结论 4株EV71甘肃分离株属于C4亚型,为中国EV71的基因分型、分子流行病学研究提供了参考。  相似文献   

11.
目的对浙江新近分离的2株狂犬病病毒街毒株的G基因进行遗传学分析,并比较其与国内外使用的狂犬病疫苗株间的差异。方法以直接免疫荧光法和双抗体夹心ELISA法检测伤人犬脑组织,乳鼠接种分离病毒,RT-PCR扩增G基因片段,直接测序后进行遗传学分析。结果在2份伤人犬脑组织(编号LH和ZJCA1)中均检出狂犬病病毒,与其他浙江街毒株相比,G基因核苷酸和氨基酸序列同源性均为98.7%~99.2%。与当前国内外使用的多种疫苗株相比,与CTN疫苗株同源性最高,G基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为79.5%~86.1%和86.8%~94.1%。结论浙江新分离的2株狂犬病病毒街毒株属于基因1型,与当前使用的多种疫苗株相比,与CTN疫苗株属于同一分支,二者的亲缘关系最近。  相似文献   

12.
目的 在大肠埃希菌(E.coli)中表达登革病毒(dengue virus,DENV)NS2B-NS3蛋白酶,对表达条件进行优化,并测定酶活性,为抗DENV药物先导化合物的筛选与发现奠定基础。方法 将密码子优化的NS2B-NS3基因连接到pET-28a载体中,构建重组原核表达质粒pET-28a-NS2B-NS3,转化至E.coli Rosetta(DE3)感受态细胞中,IPTG诱导NS2BNS3蛋白酶表达。通过优化诱导时间、诱导温度和IPTG诱导浓度,确定NS2B-NS3蛋白酶在E.coli中的最佳表达条件。使用HisTrapTM亲和层析柱分离纯化NS2B-NS3蛋白酶,通过荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer,FRET)试验测定酶活性。结果 重组原核表达质粒pET-28a-NS2B-NS3经双酶切(NheⅠ/XhoⅠ)及测序证明构建正确。NS2B-NS3蛋白酶在E.coli中的最佳表达条件为:诱导温度20℃,诱导时间10 h,IPTG浓度0.2 mmol/L,表达量达20 mg/L。纯化的NS2B-NS3...  相似文献   

13.
目的对安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒(Rabies virus,RABV)的N基因进行序列分析,并比较其与代表性RABV街毒株及疫苗株之间的差异。方法采集安徽省淮北地区狗肉市场的犬脑组织121份,伤人犬脑组织10份,采用直接免疫荧光法和双抗体夹心ELISA法检测RABV抗原,并通过颅内接种昆明乳鼠进一步鉴定毒株;RT-PCR扩增分离病毒的N基因,与pMD18-T载体连接测序后,与代表性RABV街毒株及疫苗株的N基因序列进行比对,并进行遗传学分析。结果在送检的131份犬脑组织样品中检出RABV阳性19株,其中伤人犬脑组织阳性率为90%,狗肉市场犬脑组织阳性率为8.26%。19株RABV N基因核苷酸序列同源性为97.5%~99.7%,推导的氨基酸序列同源性为98.7%~100%;与代表性人用和兽用RABV疫苗株相比,N基因核苷酸序列同源性为85.4%~89.9%,推导的氨基酸序列同源性为94.9%~99.1%,核苷酸序列的变异主要为同义突变。分离的19株RABV在系统进化树上高度聚集,与以往国内分离的代表性街毒株系统进化关系较近,在同一个分支(HN10除外)与我国疫苗株CTN-181株亲缘关系最近,处于同一个亚群。结论从安徽省伤人犬和狗肉市场的犬脑组织中成功分离并鉴定了19株RABV,这些病毒株均属于基因I型RABV,且具有地域性特征。本研究对特定区域RABV的流行及监测具有一定的意义。  相似文献   

14.
目的对柯萨奇病毒A组16型(Coxsackie virus groups A type 16,CoxA16)4个毒株进行免疫原性及毒株间交叉保护能力的比较分析。方法提取CoxA16 G20、KM/M08、MY08和KM208病毒RNA,PCR扩增VP1基因,并进行测序;利用MEGA4.0软件中Bootstrap Test of phylogeny→Neighbor-joining方法对13株CoxA16基于VP1基因全序列构建CoxA16种系进化树并进行基因分型,使用DNAMAN软件对4个毒株VP1核苷酸序列的同源性及其蛋白质氨基酸序列差异位点进行分析。分别用纯化灭活后的4株CoxA16免疫BALB/c小鼠,于初次免疫和二次免疫后的第14、28天采血,分离血清,Western blot法检测G20毒株免疫的小鼠血清中抗体的的特异性;微量中和试验法检测血清中和抗体效价并进行交叉中和试验。结果 G20、MY08和KM208毒株属于B2b基因型,而KM/M08毒株属于B2a基因型;4个毒株间VP1基因核苷酸序列的同源性为91.8%~99.0%;MY08与其他3个毒株相比,在VP1的第102位(N→D)、241位(E→K)和248位(T→A)上存在3个差异氨基酸位点。G20毒株的抗血清可特异识别CoxA16的VP1和VP2蛋白,具有良好的免疫原性;各实验组二次免疫后第28天中和抗体效价均高于其他检测时期,其中MY08组中和抗体效价明显低于其他3组,差异有统计学意义(P﹤0.01);G20、KM/M08、和KM208毒株间的交叉保护能力优于MY08毒株对G20、KM/M08和KM208毒株的交叉保护能力,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论 4株CoxA16灭活后均能诱导机体产生相应的中和抗体和交叉保护能力,其中G20、KM/M08和KM208毒株在灭活后,显示了更好的免疫原性和毒株间交叉保护能力。  相似文献   

15.
目的研究2015年山东省烟台地区手足口病(hand,foot,and mouth disease,HFMD)的病原谱,并分析病原谱中柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法采用实时荧光逆转录聚合酶链反应方法,对2015年烟台地区采集于HFMD患者的696份样品进行肠道病毒(enterovirus,EV)核酸检测和分子定型。根据EV的优势血清型,选取10株CV-A16扩增VP1区,并进行核苷酸序列及系统发育分析。结果从696份标本中检出EV 412株,其中101株为CV-A16,76株为EV-A71型。10株CV-A16的核苷酸序列相似性为88.4%~99.9%,氨基酸序列相似性为98.6%~100%。10株CV-A16烟台株分别属于B基因型的B1a和B1b进化分支,其中B1b进化分支为优势株。与参考株Tainan/5079/98(AF177911)相比,10株CVA16分离株氨基酸序列的第11、23、99、145、289位氨基酸出现突变,10株分离株的这些位点也有不同,表明烟台地区的CV-A16有其独特的突变位点。结论 CV-A16是引起2015年烟台地区HFMD发病的常见病原体,本次分离到的CV-A16均属于B基因型的Bla和B1b进化分支。  相似文献   

16.
目的分析吉林省2001~2016年成人麻疹病毒核蛋白(nucleoprotein,N)的基因特征。方法选取吉林省2001~2016年26株成人麻疹病毒代表株,分离病毒、提取核酸、通过RT-PCR扩增得到麻疹病毒N蛋白基因片段,测序后,运用生物信息学软件进行序列比对分析。结果吉林省2001~2016年成人麻疹发病构成比呈逐年升高趋势;26株成人麻疹病毒株均为H1基因型H1a基因亚型,与中国疫苗株S191和H1a代表株相比,其N蛋白核苷酸和氨基酸序列同源性均呈波动下降趋势;氨基酸突变位点数量显著增多,第47、77、82、117、122、136、147位点熵值较高,可变性较大。结论吉林省2001~2016年成人麻疹病毒N蛋白的核苷酸和氨基酸序列同源性逐年降低,基因突变位点数量显著增加,成人麻疹发病构成比逐年攀升,需持续监测成人麻疹N蛋白变异情况,并结合血清学和流行病学制定免疫策略,控制成人麻疹发病。  相似文献   

17.
目的:通过构建进化树对一株CVA16病毒进行基因分型.方法:将临床样本接种到Vero细胞上进行分离、扩增,提取基因组,对VP1基因进行测序及进化树分析.结果:接种CVA16的Vero细胞发生病变,成功分离该病毒株,根据VP1序列构建进化树,进化树显示该毒株为CVA16 B1b型毒株.结论:本鉴定结果为CVA16病毒的进...  相似文献   

18.
目的对中国狂犬病疫苗株CTN-1、PV-2061全基因组序列进行分析。方法通过RT-PCR法获取CTN-1和PV-2061株主种子批的全基因组序列,与国内分离的全基因组序列进行比对,并对狂犬病病毒主要抗原进行比对分析。结果 CTN-1和PV-2061株具有较高的同源性,CTN-1株与我国街毒株的亲缘关系更近,符合作为疫苗候选株的要求。PV-2061株在氨基酸序列中具有独特的突变,推测与中和抗体的产生相关。结论对中国狂犬病疫苗株CTN-1、PV-2061全基因组进行了多重比对,为研制安全高效的狂犬病疫苗奠定了理论基础。  相似文献   

19.
目的分析肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫苗用PS-6毒株的分子基础和遗传背景,从分子生物学角度确认分型。方法 PCR法扩增PS-6毒株的L、M、S片段并进行序列测定,对获得序列进行拼接及序列分析。结果 PS-6株全基因组L片段由6 533个核苷酸组成,编码2 152个氨基酸;M片段由3 617个核苷酸组成,编码1 136个氨基酸;S片段由1 702个核苷酸组成,编码430个氨基酸。PS-6毒株3个片段与Ⅰ型病毒的同源性为83%~99%,与Ⅱ型病毒的同源性为70%。结论从分子生物学角度证明疫苗用PS-6毒株为Ⅰ型出血热病毒,为进一步研究该疫苗株的基因组结构、生物学特性、免疫原性及基因工程疫苗的研制奠定了理论基础。  相似文献   

20.
目的探究低神经毒力乙脑病毒M47株的分子生物学特征,以期找出其低毒力的分子基础。方法采用RTPCR法扩增M47株病毒全长基因片段,测定其序列,并与GenBank中19株代表性乙脑病毒株全基因序列进行核苷酸和氨基酸比对分析。结果 M47株属于基因Ⅲ型,与GenBank中19株代表性乙脑病毒株核苷酸序列同源性为79.4%~99.6%,氨基酸序列同源性为91.3%~99.6%;氨基酸序列比对发现,该毒株存在一个独特的氨基酸位点改变E-29(S-R)。结论 M47株独特的氨基酸位点改变E-29(S-R)可能是导致其低神经外毒力的原因。  相似文献   

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