基于信息素智能更新的蚁群双序列比对算法

序列比对算法是生物信息学中重要的研究方向之一。提出了一种基于信息素智能更新的蚁群双序列比队算法,该算法利用历史最优信息来更新信息素,避免出现早熟现象,加速算法的后期收敛。实验表明该方法是有效性和可行的。     

基于蚁群遗传算法的氨基酸序列比对方法

蚁群遗传算法是在蚁群算法的基础上用遗传算法对其参数进行优化而产生的一种改进算法。把蚁群遗传算法应用于生物信息学中的氨基酸序列比对上,从而提出了一种新颖的蚁群遗传序列比对算法,实验结果表明这种新颖的序列比对算法是非常有效的。     

基于渐进蚁群算法的DNA多序列比对

DNA多序列比对是生物信息学中的最重要的任务之一。本文针对多序列比对的特点,提出一种渐进蚁群算法,即将渐进比对算法和蚁群算法相结合。在渐进蚁群算法中,既能克服蚁群算法易于陷入局部最优解、收敛速度慢的特点,又能充分发挥渐进比对算法的优点。     

多重序列比对的蚁群算法

序列多重比对是生物信息学特别是生物序列分析中的一个重要的操作.提出了一种解决多重序列比对的蚁群算法,利用了人工蚂蚁逐个选择各个序列中的字符进行配对.在算法中,蚂蚁根据信息素、字符匹配得分以及位置偏差等信息决定选择各序列中的字符的概率,通过信息素的更新与调节相结合的策略,以及参数的动态自适应调节方法,较为有效地解决了局部收敛的问题,加强了算法寻求全局最优解的能力.实验显示,该算法可以有效解决多重序列比对问题.     

基于改进的蚁群算法的多序列比对

该文将蚁群算法进行了改进,将其应用于多序列比对,只根据信息素的强度对序列比对进行信息素强度的局部和全局动态更新,在避免了多序列比对容易陷入局部最优解的前提下,提高了收敛速度。同时,本算法应用在多序列比对中的最大优势是减少了传统算法在多序列比对问题中的生成系统树的步骤,减少了多序列比对过程的复杂度,在没有降低比对结果精确度的同时,提高了比对效率。     

基于改进蚁群算法的多序列比对

提出一种基于改进蚁群算法的多序列比对方法。该算法改变了信息素的更新方式、字符的选择方法、蚂蚁在蚁巢和食物之间往返搜索以及随机分配蚂蚁开始序列等。实验结果表明,改进后的算法不仅有效地克服了基本蚁群多序列比对算法中的停滞现象,而且即使在运行的后期,仍然能以极大的概率搜索较好解。     

一种基于蚁群算法的生物序列并行比对方法

生物序列比对是生物信息领域的重要课题,比对结果的合理性和正确性关系到基于比对结果研究的正确性。在保证正确性的前提下利用并行计算充分挖掘计算潜力对提高比对效率有重要意义。针对双序列的全局比对问题,提出了基于蚁群算法的双序列比对并行化方案。对耗时最多的搜索比对路径和信息素更新两个步骤给出了基于共享内存模型的并行化方法。"天河二号"上OpenMP实验结果表明,8线程并行情况下,加速比可达5.03,且序列越长性能越高。     

自适应蚁群算法在DNA序列比对中应用研究

研究基因DNA序列比对校准问题。由于DNA序列数据量较大,给序列比对造成了很大的复杂性,而传统的聚类算法在分析DNA序列比对数据时的低效性和分类精度低问题缺陷,提出了一种基于改进的自适应蚁群算法的DNA序列比对算法。首先给出一个计分函数和一个得分策略,再任意给出一对DNA序列,建立一个序列比对矩阵。根据蚂蚁所走过的方向和得分比例来计算序列,同时信息素的变化量采用矩阵来存储,经过有限次迭代,蚂蚁找到一条最优路径,最终一条就是与原来DNA最相似的DNA链。实验结果表明,改进的算法具有一定的时间和精度的优越性,更适于解决大规模DNA序列数据比对问题。     

自适应蚁群算法在序列比对中的应用

序列比对是生物信息学的重要研究工具。蚁群算法是一种新型的模拟进化算法,并被成功地应用于旅行商问题(TSP)等组合优化问题中。该文将蚁群算法应用于序列比对,并提出基于自适应调整信息素的改进算法。仿真结果表明这种新的比对算法是有效的,而它的改进算法的效果更为理想。     

双序列比对的算法研究

双序列比对是生物信息学中最基本的问题之一,其研究方法是设计具有针对性的有效算法对两个DNA或蛋白质序列进行比较,找出两者之间的最大相似性匹配进而判断其是否具有同源性。详尽分析了双序列比对的实际意义,提出最佳比对不一定能反映进化的实际过程并给予分析,重点探讨了最重要的全局比对算法——Smith Waterman算法,同时提出了一种用数组记录比对过程中遍历路径的方法并对比对过程进行递归调用,使之能找出全部具有最大相似性的比对结果。     

基于混合行为蚁群算法的研究

为在加快算法收敛速度的同时又能避免停滞现象,提出一种基于混合行为的蚁群算法.首先就蚂蚁行为对算法性能的影响进行了分析,在此基础上提出了该算法的模型;然后定义了蚂蚁行为,并为该算法设计了4种具体的蚂蚁行为,根据模型实现了该算法.实验结果表明,该算法在性能上远优于蚂蚁系统.     

基于混合蚁群算法的物流配送路径优化

基本蚁群算法在优化过程中存在搜索时间长、易陷入局部最优解的缺点.研究构造了一种基于蚁群算法的混合算法,利用蚁群算法首先求出问题的基本可行解,采用遗传变异中的单亲逆转算子进行再次优化,求得问题最优解.对物流配送路径优化的仿真试验表明,相对于基本蚁群算法和遗传算法,混合算法的优化质量和效率更优.     

基于混合行为的蚁群算法

针对基本蚁群算法易出现停滞、收敛速度慢的问题,在最大最小蚁群算法的基础上提出了一种基于混合行为的蚁群(HBAC)算法,通过引入停止蚂蚁来构造局部路线方式和增加全局调优策略,提高了算法的搜索能力和收敛速度,同时将蚂蚁所寻找的各条路径的信息素限定在一个可动态调整的范围之内,避免了算法过早陷于局部最优解.通过HBAC算法同其他蚁群算法在求解旅行商问题上的实验比较,发现该算法拥有较快的收敛速度,提高了全局最优解搜索能力,在性能上有了较大的提高.     

基于二次分配问题的混合蚁群算法

二次分配问题是组合优化领域中经典的NP-hard问题之一,应用广泛。在对二次分配问题进行分析的基础上,提出了一种求解该问题的混合蚁群算法。该算法通过在蚁群算法中引入遗传算法的2-交换变异算子,增强了算法的局部搜索能力,提高了解的质量。实验结果表明,该算法在求解二次分配问题时优于蚁群算法和遗传算法。     

混合蚁群优化算法求解卫星数传调度问题

为了求解卫星数传调度问题,提出了混合蚁群优化算法。算法设计了基于任务数传操作的解构造图,提出了基于解构造图的任务调度序列和资源分配序列概率决策模型,采用基于随机加权的混合策略综合利用问题的启发式信息。算法通过基于混沌变异的列信息素向量更新策略增强解构造的多样性,通过具有补偿机制的全局信息素更新策略来保证算法的收敛性。利用STK工具设计了五个调度场景,并利用计算机生成各场景的数传任务。仿真实验结果表明,该算法是可行、有效的,收敛性和解多样性较好。     

基于异类蚁群的双种群蚁群算法

提出一种基于异类蚁群的双种群蚁群（Dual Population Ant Colony Algorithm Based on Heterogeneous Ant Colonies,DPACBH）算法,算法将两种信息素更新机制不同的蚁群分别独立进行进化求解,并定期交换优良解和信息来改善解的多样性,增强跳出局部最优的能力,使算法更容易收敛到全局最优解。以TSP（Travel Salesman Problem）问题为例所进行的计算表明,该算法比基本双种群蚁群算法具有更好的收敛速度和准确性。