Fancd2os基因及其编码蛋白的生物信息学分析和表达谱鉴定

目的利用生物信息学手段对Fancd2os基因及其编码蛋白进行结构分析和功能预测,并检测该基因在小鼠组织中的表达。方法利用生物信息学分析软件和技术对该基因及其编码蛋白的同源性、结构定位、理化性质及表达谱等特征进行分析和比对;采用半定量RT-PCR、实时定量PCR及Western blot法分别检测Fancd2os m RNA及其编码蛋白在雄性小鼠不同组织以及不同发育阶段睾丸组织的表达;利用免疫组织化学染色方法检测Fancd2os蛋白在小鼠曲细精管中的细胞定位。结果生物信息学分析表明小鼠Fancd2os蛋白的氨基酸系列与人、大鼠和牛的同源性分别为92.1%、97.8%和93.3%,该蛋白主要定位在细胞浆,二级结构以无规则卷曲和α螺旋为主,无信号肽,含有多个磷酸化位点;EST电子表达谱显示该基因主要在睾丸组织中表达;GEO数据库分析提示Fancd2os基因的表达可能与线粒体Clp P蛋白酶的表达密切相关;MGI Interaction Explorer数据库检索发现Fancd2os基因与95个mi RNA具有相互作用。Fancd2os基因及其编码蛋白在小鼠睾丸组织中表达量高,且具有明显的时序性,以8周龄小鼠表达水平最高;Fancd2os蛋白主要定位于曲细精管精母细胞和圆形精子细胞的胞质中。结论 Fancd2os基因为小鼠睾丸组织高表达基因,其表达水平随着睾丸的发育过程呈上调趋势,结合生物信息学分析结果,该基因可能与睾丸的发育及生精过程相关。     

驴油提升皮肤屏障功能及潜在作用机制研究

探讨驴油提升皮肤屏障功能的作用及其可能的作用机制。将十二烷基硫酸钠作用于体外重组三维表皮模型（EpiKutis）构建皮肤屏障损伤模型,采用四唑盐比色法（MTT）检测组织活力,利用酶联免疫吸附检测方法（ELISA）检测IL-1α的水平,考察驴油对人3D皮肤屏障损伤模型的屏障指数和IL-1α水平的影响。采用转录组高通量测序（RNA-seq）技术揭示驴油对皮肤生理的机制,并揭示驴油提升皮肤屏障功能的可能机制。结果表明,驴油可显著提升人3D皮肤屏障损伤模型的屏障指数和降低IL-1α水平,效果与地塞米松类似。驴油作用于人3D皮肤模型后,筛选出1 649个差异表达基因,其中619个基因上调,1 030个基因下调。基因本体论（Gene?Ontology,GO）功能富集分析表明差异表达基因与表皮发育、表皮细胞分化及皮肤发育有关;京都基因与基因组百科全书（kyoto?encyclopedia?of?genes?and?genomes,KEGG）通路富集分析结果表明差异基因参与TGF-β信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、NF-κB信号通路等重要生物学通路,其...     

基于高通量测序的冷应激大鼠肝脏mRNA差异表达分析

目的高通量测序技术分析冷应激大鼠肝脏基因mRNA差异表达。方法将SPF级大鼠随机分为冷刺激组[(4±0. 05)℃]及常温对照组[(24±0. 05)℃],刺激24 h。采集2组大鼠肝脏组织并提取总RNA,应用Ⅲumina HiSeg平台测序,对筛选的差异表达基因进行基因功能(Gene Ontology,GO)注释及信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,采用qRT-PCR验证随机筛选的基因mRNA表达水平。结果经测序分析,冷刺激组发掘新基因293个,其中244个有功能注释,差异表达基因98个;经GO分析,差异表达基因显著富集细胞过程、生物调控、代谢过程、细胞组分、细胞器、蛋白质运输等过程;经KEGG分析,大多数差异表达基因注释在原发性免疫缺陷、癌症形成过程、用于IgA生成的肠道免疫网络、细胞因子与细胞因子受体相互作用等通路,在MAPK、PI3K-Akt信号通路和内质网蛋白加工通路中表达量极高,在乙型肝炎和病毒感染通路表达量较低。与常温对照组比较,冷刺激组大鼠肝脏的多配体聚糖4(syndecan 4,Sdc4)及白蛋白(albumin,Alb)基因表达水平上调,差异有统计学意义(P 0. 05)。结论成功筛选冷应激大鼠肝脏差异表达基因,该类基因很可能参与了机体代谢及损伤修复等过程,为深入研究大鼠冷应激机制积累了数据。     

十二烷基硫酸钠对角质细胞基因表达的影响及作用通路研究

利用人全基因表达谱芯片对十二烷基硫酸钠(SDS)刺激后的角质细胞总RNA进行检测,研究SDS刺激对角质细胞基因表达的影响及作用通路,并对可能引发的疾病进行预测。SDS刺激引起角质细胞中605个基因表达显著上调,368个基因显著下调。主要通过TNF信号通路进行信号传导,经分析筛选出10个关键差异表达基因,包括IL-6,TNF,CCL5,CCL20,CXCL8,CXCL3,CSF2,CSF1,TNFAIP3和NLRC4,以上基因表达异常会促进炎症的发展并激活免疫系统。SDS刺激可能引发特应性皮炎并对过敏与自身免疫疾病有促进作用。     

基于生物信息学预测儿童轻重症疟疾的潜在生物靶标

目的：基于生物信息学方法对儿童轻重症疟疾的基因表达谱（GSE33811）进行潜在生物学靶标的预测。方法：利用R语言和在线分析等生物信息学方法进行差异表达、功能富集及网络互作的分析。结果：获得243个差异的基因,差异基因主要参与NOD样受体信号通路、对生物刺激反应的调节、参与免疫应答的中性粒细胞激活等。通过Cytoscape筛选出10个核心基因（IL1B、STAT1、OAS1、OAS2、IRF1、DDX58、CD4、GBP1、IFIT3和IFIH1）。结论：该分析将为儿童轻重症疟疾的治疗与预防提供新的靶点及研究思路。     

激活素受体相互作用蛋白在海马神经细胞中的表达及其作用

目的　在发现和克隆新的激活素受体相互作用蛋白 3(ActRIP3)基因的基础上 ,探讨ActRIP3在海马神经细胞介导激活素信号传导的作用。方法　利用GST- ActRIP3融合蛋白免疫家兔制备抗ActRIP3抗体 ,采用RT -PCR及免疫组化染色分析ActRIP3在脑组织中的表达与分布 ,采用pcDNA-ActRIP3与CAGA -lux质粒共转染海马神经细胞 ,分析信号传导作用。结果RT- PCR及免疫组化染色显示ActRIP3在海马神经细胞中高表达 ,构建的pcDNA- ActRIP3表达载体在体外培养海马神经细胞中可有效表达ActRIP3蛋白 ,过表达ActRIP3可促进激活素诱导的海马神经细胞特异信号传导。结论　ActRIP3具有促进激活素信号传导作用 ,是介导激活素作用于海马神经细胞的关键性信号传导蛋白。     

汉麻叶中大麻二酚的分离纯化及抗抑郁功能研究

目的：采用柱层析技术对汉麻叶中大麻二酚（Cannabidiol，CBD）进行分离纯化，并对其在抑郁症状方面进行应用探究。方法：汉麻叶经预处理后，通过超临界CO2萃取获得汉麻浸膏，树脂进行两步纯化获得CBD纯品。建立慢性不可预测的轻度应激模型小鼠，通过灌胃CBD来探究其抑郁行为及炎症因子的影响。结果：通过此方法进行分离纯化提取CBD纯度高达99.18%；通过动物实验得出，CBD剂量组均显著改善模型小鼠的抑郁行为（P<0.05）；模型组小鼠的皮层和海马组织中TNF-α、IL-1β和iNos mRNA表达量显著升高（P<0.05）；CBD剂量组的皮层和海马TNF-α、IL-1β和iNos mRNA表达量均显著降低（P<0.05；P<0.01）。结论：采用此方法制备获得CBD具有较高纯度，CBD能够有效改善小鼠的抑郁行为和抑制脑组织皮层和海马的炎症反应。     

枸杞多糖对亚健康小鼠免疫功能及抗疲劳作用的影响

目的探讨枸杞多糖对亚健康小鼠机体免疫功能及抗疲劳作用的影响及其作用机制。方法采用复合因素建立亚健康小鼠模型,随机分为模型组、枸杞多糖高剂量组(400 mg/kg体重)和低剂量组(200 mg/kg体重),另设对照组(未建模),经小鼠灌胃给药,每天1次,灌胃21 d,对照组和模型组给予等量蒸馏水。对建模小鼠进行行为学评价;检测各组小鼠的免疫功能(脾脏和胸腺指数、T和B淋巴细胞增殖能力及CD4+/CD8+值)和抗疲劳能力(游泳力竭时间、下丘脑5-羟色胺(5-hydroxytryptamine,5-HT)和多巴胺(Dopamine,DA)含量及海马区谷氨酸受体NR2A m RNA表达水平)。结果模型小鼠体重、自主活动次数、挣扎时间及游泳力竭时间明显低于对照组(P0.05),避暗穿梭次数明显高于对照组(P0.05)。模型组小鼠的胸腺、脾脏指数、B淋巴细胞增殖能力、CD4+/CD8+值、游泳力竭时间、下丘脑DA含量及海马区NR2Am RNA的表达均显著低于对照组(P0.05),5-HT含量明显高于对照组(P0.05);枸杞多糖高剂量组小鼠胸腺指数、脾脏指数、B淋巴细胞增殖能力、CD4+/CD8+值、游泳力竭时间、下丘脑DA含量及小鼠海马NR2A m RNA的表达均显著高于模型组(P0.05),且5-HT含量明显低于模型组(P0.05);各组间T细胞增殖能力无明显变化。结论成功建立亚健康小鼠模型,枸杞多糖可提高亚健康模型小鼠的免疫功能及抗疲劳作用,为枸杞多糖的临床应用提供了实验依据。     

3个生长温度的家蝇幼虫转录组和表达谱分析

目的:通过3个不同生长温度的家蝇幼虫表达谱差异分析,为进一步探究温度引起的家蝇幼虫转录组变化提供实验数据。方法:提取3个生长温度(18℃、28℃、38℃)4龄期家蝇幼虫总RNA,反转录成cDNA,进行Illumina测序、de novo组装及生物信息学分析。结果:对3个不同生长温度的家蝇幼虫转录组测序组装共得到43,570个Unigene,分别将18℃和38℃培养的家蝇幼虫转录组与28℃培养的家蝇幼虫转录组进行比较,筛选到10,863个和11,606个差异表达基因,其中共同上调的差异表达基因有1,994个,共同下调的差异表达基因有3,640个。对差异基因进一步GO功能显著性富集分析和KEGG通路分析显示,这些差异表达基因主要细胞、细胞组分、代谢过程有关。     

植物病毒RNA在片检测方法的建立研究

报道了一种检测植物病毒核糖核酸（RNA）的新方法——RNA玻片杂交法。这种方法把互补脱氧核糖核酸（cDNA）芯片技术与RNA斑点杂交技术相结合,将植物样品的总RNA直接固定在玻片上,用荧光标记的病毒特异探针与芯片杂交后分析杂交信号以确定相应的样品有无该病毒侵染。参照膜杂交的方法,我们设计了一系列实验,对芯片的制备和检测条件进行了摸索,基本建立了在玻片上杂交检测RNA病毒和类病毒的方法。     

人肝RNA对X射线诱发小鼠初级精母细胞染色体损伤的防护作用

为观察人肝RNA对X射线诱发小白鼠初级精母细胞染色体畸变的影响,以昆明种雄性小鼠为模型,皮下注射不同剂量的人肝RNA,24h后进行1．5GyX射线全身照射,照后地和24h检测小鼠初级精母细胞染色体畸变,结果发现：1.接种不同剂量（625mp／kg、25．0、100．0mp／kg）人肝RNA后,小鼠的初级精母细胞染色体畸变率和畸变细胞率与未接种的对照小鼠相比,差异天显著意义（t—0．42～1．49,Pwto．05）,而经1．sqX射线所诱发的畸变率和畸变细胞率均明显高于未接种的对照小鼠（t—4．26～32．08,P＜0．01）。2．在X射线照射前24h,接种不同剂…     

脂多糖对奶牛乳腺成纤维细胞增殖速率、胞内Toll样受体及其信号通路相关基因mRNA表达水平的影响

目的探讨脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)对奶牛乳腺成纤维细胞(bovine mammary fibroblast,BMFB)增殖速率、胞内Toll样受体(Toll-like receptor,TLR)及其信号通路相关基因m RNA表达水平的影响。方法原代培养BMFB,用LPS(终浓度10μg/mL)刺激BMFB不同时间后,经CCK-8法检测BMFB的增殖速率,实时荧光定量PCR法检测BMFB胞内TLR及其信号通路相关分子m RNA的表达水平。结果 LPS刺激BMFB 0、1、3 h后,BMFB增殖速率差异无统计学意义(P0.05),LPS刺激BMFB 6 h开始,试验组BMFB的增殖速率明显快于对照组(P0.05)。与对照组比较,LPS刺激BMFB 12 h后,TLR2、TLR4、信号转导通路激活核转录因子κB(nuclear factor of kappa B,NF-κB)、肿瘤坏死因子受体相关因子6(TNF receptor associated factor 6,TRAF6)、白介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、IL-6、IL-8、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor alpha-α,TNF-α)和白细胞介素-1受体相关激酶1(interleukin-1 receptor associated kinase 1,IRAK1)基因m RNA表达水平显著升高(P0.05),髓样分化因子88(myeloid differentiation factor 88,My D88)基因m RNA的表达水平差异无统计学意义(P0.05)。结论 BMFB可能通过TLR2和TLR4识别LPS,并与NF-κB信号通路级联诱导炎性细胞因子和趋化因子的释放,参与奶牛乳腺先天性免疫应答。     

牛病毒性腹泻病毒感染MDBK细胞后差异表达基因分析

目的利用高通量测序技术(Illumina平台)对感染牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的MDBK细胞进行转录组学分析,并对筛选出的差异表达基因进行功能归类及相关分子机制研究。方法用BVDV感染MDBK细胞,分别在12、24、48和72 h收集细胞,提取总RNA进行转录组学分析。通过信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)及基因功能(Gene Ontology,GO)对差异基因进行功能的注释和富集分析。结果与未接毒的细胞相比,在0～12、13～24、25～48、49～72 h分别共有差异基因56、390、487、164个。感染病毒后12与24 h、24与48 h、48与72 h分别有9、55、270个相同差异基因;经KEGG和GO分析,在感染病毒24、48、72 h后,差异基因主要富集到P53、FoxO、NF-kB和PI3K-AKT信号通路等;筛选出感染后与免疫等相关的差异基因P21、FOXO1、GABARAPL1等,主要集中在细胞周期复制、凋亡和免疫等相关信号通路上。结论本研究通过对筛选出的差异表达基因初步归类分析,为后续BVDV感染MDBK细胞并在细胞内复制的相关分子机制研究奠定了基础。     

汉麻叶中大麻二酚的分离纯化及其抗抑郁功能

采用柱层析技术对汉麻叶中大麻二酚(CBD)进行分离纯化,并探究其在抑郁症状方面的应用.汉麻叶经预处理后通过超临界CO2萃取得到汉麻浸膏,然后采用树脂两步色谱方法,得到高纯度CBD,并建立慢性不可预测的轻度应激模型小鼠,采用灌胃CBD方式来探究其抑郁行为及对炎症因子的影响.结果表明,通过该法分离纯化提取CBD的纯度高达99.19％;通过动物实验得出,与模型组相比,阳性对照组及CBD高低剂量组均显著改善模型小鼠的抑郁行为(P<0.05);模型组小鼠的皮层和海马组织中肿瘤坏死因子(TNF-α)、白细胞介素-1(IL-1β)和一氧化氮合酶(iNos)mRNA表达量显著升高(P<0.05);CBD剂量组小鼠的皮层和海马组织中TNF-α、IL-1β和iNos mRNA表达量均显著降低(P<0.05),说明CBD能够有效改善小鼠的抑郁行为和抑制脑组织皮层和海马组织的炎症反应.     

促红细胞生成素对心肺复苏后大鼠脑保护的研究与PI3K/AKT信号通路的相关性

目的:是探讨促红细胞生成素(EPO)对心肺复苏后大鼠脑保护的作用疗效和促红细胞生成素是否可以通过磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路对大鼠心肺复苏后具有脑保护作用。方法:将60只健康雄性大鼠随机分为实验组和对照组,全部氯化钾致颤(10%kcl 0.3m L/kg脉冲式静脉注射诱发心搏骤停),立即行心肺复苏及气管插管等治疗,实验组给予促红细胞生成素,对照组给与同等量的生理盐水。观察不同时间点神经功能缺损评分;免疫组织化学染色观察半胱氨酸水解酶-3(caspase-3)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)的表达;用HE染色方法观察脑组织受损情况。结果:实验组与对照组比较,caspase-3阳性细胞表达数量相对减少(P0.05),p-AKT阳性细胞表达数量相对增加(P0.05);实验组与对照组比较,神经细胞排列较整齐,细胞变形数量减少,细胞受损相对减轻。结论:促红细胞生成素对心肺复苏后大鼠具有脑保护作用,其机制可能与PI3K/AKT信号通路激活,抑制细胞凋亡有关,降低神经功能缺损评分,减轻神经元病理形态的损伤。     

激活素A及激活素结合蛋白在急性酒精性肝损伤小鼠肝组织中的表达

目的探讨激活素A(Activin A)及激活素结合蛋白(Follistatin,FS)在急性酒精性肝损伤小鼠肝组织中的表达。方法通过1次/12 h给予小鼠5 g/Kg酒精连续灌胃3次,复制急性酒精性肝损伤小鼠模型,采用实时定量RT-PCR检测小鼠肝组织Activin A及FS mRNA表达水平,免疫组织化学染色观察小鼠肝组织Activin A及FS蛋白的表达水平。结果急性酒精性肝损伤小鼠肝组织Activin A mRNA和蛋白表达水平均显著高于对照组(P<0.01);FS mRNA和蛋白表达水平与对照组比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论急性酒精性肝损伤小鼠肝组织Activin A-FS表达失衡,以Activin A升高为主,提示Activin A-FS系统失衡可能与酒精性肝损伤有关。     

早期非小细胞肺癌高复发风险相关基因的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法筛选早期非小细胞肺癌(non-smallcelllungcancer,NSCLC)高复发风险的潜在标志基因。方法在Gene Expression Omnibus数据库(GEO)选定NSCLC患者基因表达芯片GSE19804,利用在线GEO2R软件确定早期NSCLC中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)及在早期和晚期中的DEGs;另选定基因表达芯片GSE30219分析NSCLC复发高风险的DEGs;利用DAVID在线数据库对上述确定的与早期NSCLC复发相关的DEGs进行Gene Ontology(GO)和信号通路富集分析;使用STRING在线数据库进行蛋白相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络构建,再利用SYTOSCAPE软件分析获得高得分的枢纽基因,并进行PPI网络的模块分析;采用Kaplan-Meier plotter在线数据库进行生存分析,验证上述枢纽基因可靠性。结果获得早期NSCLC差异基因441个,在NSCLC早期与晚期表达差异的基因26个,与复发相关差异基因126个,最终获得了早期NSCLC高复发风险相关DEGs 10个;富集分析显示,DEGs富集在细胞分裂、细胞周期、细胞增殖和p53信号途径;构建差异基因PPI网络后得到6个枢纽基因:TOP2A、RRM2、CCNB1、DLGAP5、ANLN和CDCA7;生存分析显示,枢纽基因的高表达与患者较差的总生存率显著相关。结论 TOP2A、RRM2、CCNB1、DLGAP5、ANLN和CDCA7可能作为潜在的早期NSCLC高复发风险生物标记物。     

短期高脂饮食对不同性别小鼠肠道微生物的影响

目的探讨短期高脂饮食对不同性别小鼠肠道微生物的影响。方法将16只C57BL/6J小鼠(雌雄各半)按雌雄各随机分为2组,分别喂食基础饲料(对照组)和45%高脂饲料(高脂组),饮食干预2周后,收集小鼠的新鲜粪便样本,提取粪便细菌总基因组DNA,对其16S rDNA的V3+V4区域进行扩增及测序,分析菌群的组成及丰富度变化。结果高脂饮食改变了雌性和雄性小鼠肠道微生物组成及物种多样性。与相应对照组比较,雌性高脂组小鼠厚壁菌门及该菌门中Leptum菌种的相对丰富度均显著下降(P﹤0. 05),雄性高脂组差异均无统计学意义(P0. 05)。结论短期高脂饮食对雌性和雄性小鼠肠道微生物组成及结构有不同的影响,可能与不同性激素与肠道菌群的相互作用有关。     

地高辛标记Nkx2.1基因RNA探针的制备及应用

目的制备地高辛(digoxigenin,DIG)标记的Nkx2. 1基因RNA探针,用于小鼠胚胎早期神经管发育关键时期Nkx2. 1基因表达的检测。方法巢式PCR法扩增Nkx2. 1基因,将其克隆至pGEM-T载体;以其为模板,通过Nkx2. 1特异性引物,PCR扩增RNA探针转录模板;采用T7 RNA聚合酶,制备DIG标记的正义、反义Nkx2. 1 RNA原位杂交探针。经全胚胎原位杂交(whole-mount in situ hybridization,WM-ISH)技术分析胚胎8. 5、9. 5、10. 5 d小鼠体内Nkx2. 1基因的表达情况。结果制备的探针浓度为1 521. 986 ng/mL,纯度A260/280=2. 39。Nkx2. 1基因反义探针能高效检测到Nkx2. 1基因在胚胎8. 5、9. 5及10. 5 d小鼠神经系统中表达,正义探针未能检测到表达信号。结论成功制备了特异高效的DIG标记的Nkx2. 1基因RNA原位杂交探针,为进一步研究Nkx2. 1基因在小鼠胚胎组织中的表达,探索其在神经管发育中的作用机制奠定了基础。     

姜黄素对小鼠心肌缺血再灌注损伤的保护作用及其与Toll样受体4/核因子-κB信号通路的相关性

目的探讨姜黄素对小鼠心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MIRI)的保护作用及其与Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)/核因子-κB(nuclear factor kappa-light-chain-enhancer of activated B cells,NF-κB)信号通路的相关性。方法取健康C57BL/6小鼠,采用随机区组法分为假手术组(Sham组)、MIRI组及姜黄素预处理的MIRI组(Cur组):使用丝线暂时阻断小鼠冠状动脉前降支(left anterior descending,LAD)血流30 min,再灌注4 h,建立小鼠MIRI模型;假手术组接受相同的手术过程,但未阻断LAD;Cur组在缺血前30 min腹腔注射姜黄素(100 mg/kg)。采用伊文思蓝和氯化三苯基四氮唑(2,3,5-triphenyltetrazolium chloride,TTC)染色评估小鼠心肌梗死面积;电化学发光法检测小鼠血清肌钙蛋白(cardiac troponin T,cTnT)水平;RT-PCR法检测小鼠心肌组织TLR4及肿瘤坏死因子-α(tumor nectosis factor-alpha,TNF-α,)mRNA水平;Western blot法检测小鼠心肌组织NF-κB蛋白表达水平;ELISA法检测小鼠心肌组织TNF-α蛋白表达水平。结果 Cur组小鼠心肌梗死面积及血清cTnT均低于MIRI组(P均0.01);Cur组小鼠心肌组织TLR4、TNF-αm RNA水平及NF-κB、TNF-α蛋白表达水平均低于MIRI组(P均0.05)。结论姜黄素对小鼠MIRI的心肌具有保护作用,可能是通过TLR4/NF-κB信号通路实现的。