基于图聚类的蛋白质相互作用网络功能模块探测

作者采用了基于模块性的图聚类算法来探测蛋白质相互作用网络中的集团,在具有2 617个节点11855个相互作用的酵母蛋白质相互作用网络中探测出177个集团,同时采用慕尼黑信息中心(Munich Information Center,MIPS)的层次功能注释对其进行了注释,并且验证得到的集团的确是内部连接紧密的子图。     

序列相似性网络聚类与蛋白质家族划分

图聚类法是利用蛋白质序列信息推断其家族分类的有力手段。对于蛋白质数据集中家族内外存在着如同许多超家族一样的复杂关系,图聚类法达到较好表现必须两因素,1)输入的相似性图需要包含有足够的用于分类的信息;2)需要稳健的算法以识别被隐藏在相似性图中的模糊集团。作者测试模块度最优算法Contraction-Dilation(CD)算法,采用来自于Pfam中的具有高度序列差异的烯醇酶宗族作为测试数据集。结果表明使用CD算法在相关参数与相似性图比较恰当的情况下,得到聚类结果与Pfam中高度一致。该算法能在一般情况下,使用最佳参数附近较宽范围仍能表现出较好性能。     

序列相似性网络聚类与蛋白质家族划分

图聚类法是利用蛋白质序列信息推断其家族分类的有力手段。对于蛋白质数据集中家族内外存在着如同许多超家族一样的复杂关系,图聚类法达到较好表现必须两因素,1)输入的相似性图需要包含有足够的用于分类的信息;2)需要稳健的算法以识别被隐藏在相似性图中的模糊集团。作者测试模块度最优算法Contraction-Dilation(CD)算法,采用来自于Pfam中的具有高度序列差异的烯醇酶宗族作为测试数据集。结果表明使用CD算法在相关参数与相似性图比较恰当的情况下,得到聚类结果与Pfam中高度一致。该算法能在一般情况下,使用最佳参数附近较宽范围仍能表现出较好性能。     

基于网络模块性的蛋白质序列聚类

蛋白质的远同源性探测是结构基因组学和功能基因组学的主要研究任务之一。一些具有一定相似结构和功能、但序列相似性却较低的蛋白质组成蛋白质超家族,则远同源性探测问题等价于对蛋白质超家族的识别问题。作者提出了一种基于模块性的聚类算法ModuleFind,该方法通过最大化蛋白质网络的模块性来寻找具有较强集团结构的划分。在蛋白质结构分类数据库(SCOP)超家族层次上进行的实验表明,该方法得到的聚类结果更接近分类基准,且具有较高的F-测度值。     

把十亿人民的吃肉问题解决好!(代创刊词)

<正>没有蛋白质就没有生命.蛋白质是生命和机体的重要物质基础,一个体重50公斤的成年人约有8.15公斤的蛋白质.人体从膳食中摄取的蛋白质有植物性蛋白质和动物性蛋白质两类.动物性蛋白质的必需氨基酸含量、消化率和生物学价值等方面因均优于植物性蛋白质,而尤见重要.肉类食品是动物性蛋白质的主要源泉.     

基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究

水在蛋白质折叠、相互作用、分子识别、动力学及耐热性方面发挥着重要作用。利用Voronoi算法识别出与耐热和常温木聚糖酶存在相互作用的水。以氨基酸残基和水为节点,残基-残基及残基-水相互作用为边,构建残基-水相互作用网络。计算网络中节点的度、聚类系数、接近中心性和节点中心性,发现水的这些参数均与木聚糖酶耐热性成正相关关系。耐热木聚糖酶中度为2的hub水数量要比常温酶多,可见水在耐热木聚糖酶中参与了更多的相互作用。以度为2的水为聚类中心,以氨基酸残基节点的度18为阈值进行聚类。子网表明hub水多与hub残基聚为一类,即网络存在"富人俱乐部"现象。这表明,水不仅参与了耐热木聚糖酶的残基-水相互作用,还加强了残基-残基相互作用,更有利于酶形成稳定的结构来抵御高温。     

美国科学家已经绘制出三维蛋白质组形状图

美国加州伯克利大学的科研小组宣布，已绘制出三维蛋白质组形状图，有关研究成果已发表在美国国家科学院院刊上。生物学界认为，这是在蛋白质组图绘制工作中迈出的重要一步。伯克利科研小组绘制的三维蛋白质组形状图，可显示构成生命的成千上万个蛋白质形状的相同与不同之处。它让科学家对蛋白质的形状与构成结构有了直观地了解，其中包括蛋白质各种不同形式的卷曲、转向以及它们的演变等情况。     

用非线性预测方法研究蛋白质序列的特性(Ⅰ)

通过详细HP模型将一条蛋白质序列构造为3个特征序列.其中蛋白质序列取自蛋白质分类数据库CATH,该库将蛋白质序列根据不同结构域分为4类(α主类,β主类,αβ类,低二级结构类).然后采用非线性预测方法,研究每类蛋白质序列的特征序列,得到特征序列的误差比值(E-D)图.从图形上发现,每类蛋白质序列的每条特征序列的曲线起伏波动不断,具有特异性,且4类蛋白质序列对应特征序列的E-D图之间也有很大不同.     

不同喷雾干燥入口温度下鸡蛋清差异蛋白质组学分析

采用iTRAQ技术对蛋清蛋白进行鉴定和生物信息学分析,探讨蛋清蛋白在不同干燥入口温度(140,160,180℃)下差异蛋白质的分布、功能及作用机制。结果表明:与140℃对照组相比,在蛋清喷雾干燥过程中的两个温度点160,180℃分别鉴定出差异蛋白质41,46种(差异倍数>1.2,P<0.05)。GO功能注释分析了不同干燥入口温度的差异蛋白主要参与的生物过程为细胞过程、生物调节和结合作用。KEGG富集分析得出6个显著变化的蛋白被归类为代谢途径,显著变化的差异蛋白则在溶酶体途径中富集。此外,在差异蛋白中筛选出4种蛋白质在喷雾干燥过程中丰度变化显著,分别是卵白蛋白相关蛋白Y、卵白蛋白前体、卵类黏蛋白亚型X2及卵类黏蛋白亚型1前体。     

生命的物质基础——蛋白质

近代关于生命现象的物质基础的研究成果指出:蛋白质是重要的生命物质基础,从简单的生物病毒到复杂的人类机体,都有蛋白质的存在,蛋白质在生命活动过程中起着重要的作用。 生物体所表现的一切生命现象,都离不开蛋白质。例如生长、繁殖、遗传、变异、记忆都是以蛋白质作为物质基础的。细胞的通透性、肌肉的收缩、腺体的分泌,某些营养物质在血液中的运输和免疫作用等都是通过蛋白质来实现的。催化     

曲虫治理效果分析

通过对曲虫治理应用研究效果的分析 ,结果表明 :质量效果提高 7% ,糖化力效果提高 80 % ,综合效果提高 92 7%。     

分离高温盐的工艺条件研究

文章利用不同温度下Na ,K ∥Cl-,SO2 -4 —H2 O四元体系相图 ,对通过物理方法分离高温盐中一水硫酸镁和氯化钠的工艺条件进行了分析。得出当循环母液和高温盐配成的浆料温度超过 5 5℃ ,浆料液体中氯化镁达到一定浓度时 ,才能分离出纯净的一水硫酸镁和氯化钠。     

蝙蝠蛾被毛孢(Hirsutella sinensis)菌丝体发酵液免疫活性的研究

对蝙蝠蛾被毛孢菌丝体发酵液(HSFL)制剂进行体内和体外免疫活性研究。结果表明:该制剂在体外对Con A诱导的小鼠脾淋巴细胞的转化能力显著增加,并且在体外显著提高了小鼠脾脏中NK细胞的活性;在体内实验中,该制剂可以显著改善DNFB诱发的小鼠迟发型变态反应;显著提高小鼠腹腔巨噬细胞吞噬鸡红细胞的能力。蝙蝠蛾被毛孢菌丝体发酵液制剂具有调节免疫的生物活性。      

核苷酸磷酸基团保护的研究

将谷氨酸钠、5′－磷酸鸟苷按1：1混合后，添加柠檬酸，然后用硬脂酸包覆，能够有效地保护核苷酸5′－位上的磷酸基团。其中，（5′－磷酸鸟苷＋谷氨酸钠）：柠檬酸：硬脂酸＝30.3:9.1:60.6时，5′－磷酸鸟苷的残存率可达93％。     

制革清洁化技术的进展

就皮化材料与清洁化制革的关系、目前传统制革工艺中存在的严重污染问题及针对这些问题近年来采取的新的方法进行了探讨,指出清洁化是我国制革行业的必由之路,清洁化制革工艺与皮化材料的关系非常密切,只有研发出相应新型的、高吸收的、功能型的、易降解型的各类化工材料,才合乎清洁化生产的要求。在制革工艺中采用生物酶制剂辅助浸水脱脂、无硫脱毛与无灰浸碱工艺、无铵脱灰/碱等改造传统工艺,减少污染;采取高吸收铬鞣、无铬或少铬鞣制,提高铬的吸收率或克服铬鞣的弊端;在染整中,合成并采用助剂辅助染料、复鞣剂和加脂剂等的吸收与结合。这几方面通过集成应用,方可减轻制革的污染,实现清洁化生产。同时,就皮革固废物的利用及水的循环使用问题提出些看法。     

葵花籽油中酸价测量结果的不确定度评价

目的 分析食用油中酸价测定的不确定度来源并建立不确定度评定方法, 为检验数据的可靠性和准确性提供参考。方法 依据GB 5009.229-2016《食品安全国家标准 食品中酸价的测定》和JJF 1059.1-2012《测量不确定度评定与表示》建立数学模型, 计算各变量的不确定度, 最终计算扩展不确定度。结果 结果显示, 样品中酸价的扩展不确定度为U=1.764×10?3 mg/g, 样品中酸价含量为(0.16±0.002) mg/g(置信水平95%, 包含因子k=2)。结论 在测定过程中, 测量重复性对总的不确定度影响最大, 其次是滴定管的体积。     

有梭织机稀密路织疵成因分析

从有梭织机打纬过程中织机构件的位置和状况对纬纱之间距离的影响出发,推导出纬向密度计算公式,直观分析了影响纬向密度的各种因素,提出了为减少稀密路织疵在国产老织机上采取的几项改进措施：采用弹簧回综、机外送经、电子驱动、导布辊加压等装置。     

The basis streamlines of activities of Department of Preventive Medicine of RAMS

The article gives a brief account of the main streamlines and scope of scientific activities of Department of Preventive Medicine of RAMS for the recent 10 years.     

两种脂肪酸聚甘油酯(PGE)的性质比较

脂肪酸聚甘油酯(Polyglycerol esters of fattyacids,简写为PGE)在常温下有半固态和固态两种存在状态,本文通过对分别添加这两种PGE的软冰淇淋基料进行粘度、pH、粒径分析和垂直扫描分散稳定性分析(Turbiscan),发现半固态PGE的添加量为0.2%时,乳状液的粘度最低,粒径最小,稳定性最好;固态PGE的添加量为0.4%时,乳状液的粘度最低,粒径最小。通过比较发现,两种PGE对基料的影响有很大差别:半固态PGE能使乳状液的粒子更小,并能有效延长乳状液的稳定性;而固态PGE由于其熔点较高,可以促进脂肪结晶。