生物信息数据库服务自动生成系统

随着在分子水平上对信息生活学的深入研究,相当数量的生物信息数据已经产生并且被存储在不同的数据库中.生物信息学的研究需要多个生物信息学数据库的交叉使用.然而,由于生物信息的地域分布和结构不同,从而造成了这些数据库的共享和访问困难.在基于面向服务的体系结构和元数据管理技术,设计和实现了一个系统,该系统可以自动将生物信息学的数据库封装到网上发布的数据服务中,因此,异构数据库的生物信息资源的访问,将促进生物信息学数据库的共享和集成.     

Gene Ontology在生物数据整合中的应用

异构数据的高效整合,在生物数据呈爆炸性增长、生物数据库复杂度不断增加的今天,具有重要的理论价值和实际意义。该文基于BioDw——一个整合的生物信息学数据仓库平台,利用统一的Gellc Ontology语义模型,建立异构数据库之间的语义链接,在概念和联系层次上有效地解决了生物异构数据的整合问题,实现了对生物数据智能化的多重、复合和交叉检索,为生物信息的进一步研究奠定了坚实的基础。     

基于Bioperl的生物二次数据库建立及应用

在生物信息学中,建立生物二次数据库可以针对特定物种进行更深入的研究.本文以人类EST基因为例,探讨了利用生物信息学专业软件包Bioperl建立一个生物二次数据库,并应用以构建一个生物信息研究平台.     

一个基于软件设计模式的生物信息存储模式

为了消除各生物信息学数据库之间的模式异构问题,根据生物信息的存储现状,提出了一种存储模式。该模式从物种、类别、基本信息、功能和测序方法五个方面对数据中的信息进行抽象。运用了软件设计模式的思想,通过“派生”“组装”等面向对象的方法生成与模式对应的XML schema文件。抽象出的存储模式不但能使数据之间的关系更加紧密,而且可以形成交叉索引的完整生物信息体系。     

生物信息学中数据库技术的应用

生物信息学是以计算机为工具对生物信息进行存储、检索和分析的科学。综述分析了在生物信息学中几种重要的数据库及其应用,并对现状进行了分析与展望。     

基于B/S/S架构的主-辅存储模式异构数据库集成系统设计

异构数据库的系统集成是解决分布式异构数据库数据信息共享问题的关键.提出了异构数据库集成系统的设计要求和设计思路,并论述了基于B/S/S架构的主.辅存储模式异构数据库集成系统结构.最后对集成系统的主要特点进行了总结.     

中介器模式的生物信息库查询体系结构

Web信息抽取是当前的一个研究热点,本文分析分布在互联网上众多生物信息数据库资源现状,以分布式异构数据库Mediator/Wrapper集成方式为基础提供具体查询应用解决方案,实现用户访问的集成检索与分析功能.     

一种异构数据库同步技术的研究与实现

针对以往异构数据库之间数据同步实现困难、可扩展性差的问题,提出一个基于XML的异构数据的同步技术.利用XML来屏蔽异构数据源的格式,从而为异构数据库的同步提供统一的数据平台.使用Web Services技术为异构数据库的同步提供了统一的信息传输和互操作平台.大大降低了数据同步的复杂度,提高了整个系统的性能.     

异构数据库集成中间件的设计与实现

随着信息产业和通信技术的发展,企业在信息化建设过程中构建起多个异构的信息系统.为了解决网络环境中异构数据库的数据集成和共享问题,提出了一种基于XML和数据库连接池的异构数据库集成中间件模型.在此模型中设计了翻译器、分发器、集成器,分别用于数据的格式转换、分解和合并,并对模型实现过程中的关键技术给出了详细描述.为了进一步提高数据库访问效率,引入了数据库连接池技术,实现了分布式异构数据库的透明访问和联合查询.     

Oracle系统异构环境下的信息集成

信息化发展到现在,异构环境的信息集成已成了企业亟待解决的问题.文中分析了异构体现的不同层次,介绍了从应用程序级到数据库级异构信息集成的方法,重点讨论了Oracle数据库相应的解决方案--异构服务模块及其普通连接与透明网关技术,并以具体实验环境为例,详细介绍了Oracle透明网关的整个配置与测试过程,最后总结了Oracle异构信息集成的特点.