大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较

为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较,以找到适合于粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果表明,改良的溶菌酶法提取的DNA质量好,纯度高,而且具有菌群多样性丰富等特点,更适合用于肠道微生物菌群后续分子生物学研究。     

大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较

为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术（PCR-DGGE技术）对提取效果进行比较,以找到适合于粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果表明,改良的溶菌酶法提取的DNA质量好,纯度高,而且具有菌群多样性丰富等特点,更适合用于肠道微生物菌群后续分子生物学研究。      

鱼肉DNA提取方法比较及物种鉴定研究

本研究采用改进煮沸法(BP法)以及传统蛋白酶K法(TP法),从16种鱼肉样品中提取DNA,分析比对两种方法提取DNA的浓度、纯度、以及普通PCR和荧光PCR的效果。同时,运用BP法从70个市售鱼肉产品中提取总DNA,并采用DNA条形码技术进行物种鉴定。结果表明,BP法提取DNA耗时较短,对于大部分鱼肉样品,BP法提取的DNA浓度低于TP法,但两种方法提取的DNAA260/A280无显著差异,均满足普通PCR和荧光PCR扩增要求。另外,BP法提取的DNA可用于市售鱼肉产品DNA条形码鉴定,通过比对发现,81.43%的鱼肉产品可匹配到相似度≥98%的物种,在种水平和属水平的鉴定成功率分别为48.57%和72.86%。BP法在提取DNA过程中可缩短时间,降低提取成本,便于大批量样品的检测。     

基于简单加权分析的花椒果皮DNA快速提取方法比较研究

目的 开发和探究适用于花椒基因组DNA的快速提取方法。方法 选取8种不同品种的花椒,分别利用3种不同的DNA提取方法,包括一管式植物DNA抽提试剂盒、基于载体的纤维素滤纸提取法和无菌拭子浸入法,进行花椒果皮基因组DNA快速提取,比较不同DNA提取方法在花椒果皮基因组提取中的效果。其中纤维素滤纸提取法和无菌拭子浸入法均通过载体转移进行DNA的快速提取,基于十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide, CTAB)和十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate, SDS)两种不同的裂解液,在3 min以内即可提取DNA并得到聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)扩增体系。通过简单加权(simple additive weighting, SAW)分析,基于PCR扩增能力、提取时间、提取成本、试剂安全性、程序简单性等方面进行综合评分。结果 所选的快速提取试剂盒不适用于花椒果皮这类含次生代谢物较多的实验材料,而无菌拭子、纤维素滤纸两种载体提取得到的花椒果皮DNA均可以进行后续的PCR操作,...     

平菇基因组DNA提取方法的研究

以实验室自行培育的平菇为实验材料,分别使用CTAB法、SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取平菇基因组DNA,并通过紫外分光光度计、限制性酶切及PCR检测来衡量基因组质量。结果表明,使用CTAB法很难得到高质量的基因组DNA,OD260/280仅为1.5左右,而且伴有较多的杂质,电泳条带拖尾严重;使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,效率较低,同时PCR检测不能得到有效扩增;而使用优化后的SDS-CTAB法及高盐酶解法提取平菇DNA,能够获得质量高、纯度好的基因组DNA,OD260/280基本保持在1.8～2.0之间,电泳条带较为清晰均一,使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,酶切效果较好,并且DNA质量能够满足PCR检测的模板要求。说明SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取的平菇DNA能够满足分子水平操作的要求,两者相比,前者成本较低,后者产率较高。     

植物油DNA的高效提取方法研究

针对植物油中DNA含量极低、DNA序列片段短、破坏严重的特点,以食用植物油为原料,旨在建立一种从植物油中稳定、高效提取DNA的方法。实验采用硅膜吸附柱法提取植物油基因组DNA,PCR扩增其相应内源基因进行质量鉴定,再针对通用的外源基因CaMV35S启动子进行PCR、LAMP和实时荧光PCR检测对该方法进行评价。结果表明:该方法提取的DNA质量可靠,采用PCR、LAMP和实时荧光PCR技术成功地检测出了植物油中的CaMV35S启动子。因此,硅膜吸附柱法提取的植物油DNA可以作为PCR、LAMP、实时荧光PCR扩增模板用于转基因成分的检测,该方法经济、稳定、安全,为植物油的基因检测奠定了基础。     

平菇基因组DNA提取方法的研究

以实验室自行培育的平菇为实验材料,分别使用CTAB法、SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取平菇基因组DNA,并通过紫外分光光度计、限制性酶切及PCR检测来衡量基因组质量。结果表明,使用CTAB法很难得到高质量的基因组DNA,OD260/280仅为1.5左右,而且伴有较多的杂质,电泳条带拖尾严重;使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,效率较低,同时PCR检测不能得到有效扩增;而使用优化后的SDS-CTAB法及高盐酶解法提取平菇DNA,能够获得质量高、纯度好的基因组DNA,OD260/280基本保持在1.8～2.0之间,电泳条带较为清晰均一,使用EcoRI限制性酶对其进行酶切分析,酶切效果较好,并且DNA质量能够满足PCR检测的模板要求。说明SDS-CTAB法以及高盐酶解法提取的平菇DNA能够满足分子水平操作的要求,两者相比,前者成本较低,后者产率较高。      

基于磁珠法的肉制品DNA快速提取方法研究

本研究建立了一种基于磁珠法的肉类DNA快速提取技术。该技术以十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）为裂解液,70%乙醇为漂洗液,羟基磁性微球为DNA吸附介质,从裂解液浓度、裂解时间、漂洗次数3方面进行优化。研究发现裂解液为2%CTAB、裂解时间10 min,漂洗次数2次时,基因组DNA提取效果最优。本研究建立的磁珠法肉类DNA提取技术可作为基层实验室自建肉类DNA提取方案,用于肉类DNA的快速提取,为肉类食品安全检测提供技术保障。     

果蔬汁饮料DNA提取方法的比较研究

以澄清型果蔬汁为实验材料,用3种DNA提取方法(普通CTAB法、试剂盒法、改良试剂盒法)提取果蔬汁中DNA片段。以紫外分光光度计测量吸光值计算DNA的纯度和得率,以内源rbcL基因为目标基因建立了PCR扩增技术体系。实验结果表明:试剂盒法和改良试剂盒法均适用于果蔬汁饮料DNA的提取,其中改良试剂盒法提取DNA的纯度和产率要高于另外2种方法,该方法为从果蔬汁加工品提取高质量的DNA并进行分子检测提供技术参考。     

奶粉中DNA提取方法的比较

为选择适合奶粉DNA的提取方法,文章以市售奶粉为材料,采用异硫氰胍提取法、滤膜法和磁珠法3种方法提取奶粉DNA。再利用DNA浓度测试、琼脂糖凝胶电泳及PCR扩增3种手段比较DNA提取的效果。结果显示:磁珠法提取的奶粉中DNA质量较好,适合用于提取奶粉DNA,而异硫氰胍法的杂质含量高、重现度低,滤膜法的提取量少。但3种方法提取的基因组DNA均达到PCR实验的要求。     

提取鼠肠道内微生物基因组DNA的方法研究

通过改进鼠肠道微生物基因组DNA提取方法以期更全面地反映鼠肠道茵群的真实情况.采用CTAB和SDS结合的方法裂解细胞,同时改进了传统的酚/氯仿抽提方法,提取全过程控制在2 h以内.通过紫外分光光度计,细菌通用引物PCR,总菌群实时定量PCR,变性梯度凝胶电泳(DGGE)对改进方法及两种试剂盒法提取DNA的结果进行比较,评价了所建立的高效提取方法.与试剂盒相比,改进的方法DNA得率较高,简便快速,成本低廉.同时后续的PCR鉴定及DGGE菌群多样性分析显示,改进的方法可以更好地揭示鼠肠道菌群分布和特性.     

新疆柯尔克孜族传统发酵饮料博扎中微生物群落结构的PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE 技术分析新疆柯尔克孜民族古老传统发酵饮料--博扎(Bozaa)中微生物种群结构,对博扎细菌和酵母菌DGGE 图谱上主要条带的DNA 进行测序和序列分析。结果表明,博扎中细菌组成包括植物乳杆菌(Lactobacterium plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、巴氏醋酸杆菌(Acetobacerpasteurianus)、啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),初步成功解析评估了博扎中微生物的多样性。     

DGGE技术及其在食品微生物研究中应用

变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术是一种分析微生物区系分子指纹技术,具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点,已被广泛应用于微生物分子生态学领域研究。该文对DGGE技术基本原理及其在食品微生物中多样性分析、食品微生物动态监测、快速检测等应用进行综述,并对该技术局限性和应用前景进行评述。     

3 种提取河豚鱼肠道微生物总DNA 的方法比较

目的：建立一种有效、节约的河豚鱼肠道内容物总DNA提取方法,应用于聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)等分子生物学研究。方法：采取苯酚-氯仿-异戊醇抽提法,QIAamp DNA Stool Mini Kit,改良FastDNA SPIN Kit for Soil这3种DNA提取方法,并结合PCR-DGGE技术分析河豚鱼肠道微生物多样性。结果：苯酚-氯仿-异戊醇抽提法与QIAamp DNA Stool Mini Kit提取的DNA量远高于改良FastDNA SPIN Kit for Soil,并且包含的微生物多样性较高。结论：苯酚-氯仿-异戊醇抽提法作为一种有效、节约的DNA提取方法,可应用于肠道微生物多样性研究。     

Integrated lysis procedures reduce extraction biases of microbial DNA from mangrove sediment

Sufficient lysis of soil or sediment microbes is a critical step for analyzing microbial community structures and for preparing metagenomic DNA libraries. The present study compared lysis methods for recovering archaeal, bacterial, actinomycete, and fungal DNAs from a mangrove sediment sample. PCR results showed that individual procedures using SDS, lysozyme, sonication, freeze-thaw, microwave, and vigorous shaking could extract archaeal or bacterial DNA but failed for actinomycetes or fungi cells. In comparison, an integrated lysis procedure using SDS, lysozyme, and vigorous shaking successfully obtained fungal DNA, and a combination of SDS, lysozyme, vigorous shaking, and microwave treatments recovered DNA from actinomycetes. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) results showed that although single lysis procedures can lyse bacterial DNA, all of them assessed the indigenous bacterial community structure with significant biases. The integrated lysis protocols described in the present study could be useful for extracting DNA from various types of sediments.     

变性梯度凝胶电泳法初步解析茯砖茶渥堆发酵过程中细菌群落结构

为解析茯砖茶渥堆发酵过程中细菌群落结构和种类,对渥堆过程中不同时间段细菌16S rDNA 的V3可变区进行扩增,对细菌变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）图谱中条带进行克隆、测序和序列比对。结果表明：黑毛茶在渥堆过程中以渥堆24 h为分界点,前后各自细菌群落结构相似,但前后的差异较大;从16S rDNA 的V3可变区比对结果证明黑毛茶渥堆过程中有诺卡氏菌属、新鞘脂菌属、短波单胞菌属、韦龙氏假单胞菌属、突那梭菌属、克雷伯氏菌属、乳杆菌属及不可培养的ε-变形菌、腐败螺旋菌属、黏球菌属、根瘤菌属和未知分类地位的不可培养细菌6 种。采用DGGE指纹图谱能更全面、更真实地反映黑毛茶渥堆发酵过程中细菌群落的结构和多样性变化。     

永川毛霉型豆豉在发酵过程中微生物总量与区系变化规律

采用巢式聚合酶链式反应配合变性梯度凝胶电泳技术对永川豆豉发酵过程中微生物区系生态演化进行解析。结果表明：永川豆豉在制曲过程中霉菌和细菌呈对数增长,进入后发酵阶段菌落总数快速下降,并保持在较低水平。永川豆豉在制曲前期有多种乳酸菌生长,后期乳酸菌受霉菌增长抑制,种类减少。在后发酵阶段奥德赛芽孢杆菌（Bacillus odysseyi）、乳酸杆菌（Lactobacillus oligofermentans）和乳酸杆菌（Lactobacillus lindneri）是优势菌群。同时在制曲初期也发现了费格森埃希菌（Escherichia fergusonii）等杂菌生长。永川豆豉制曲阶段优势霉菌是总状毛霉（Mucor racemosus）,同时伴有有性根霉（Rhizopus sexualis）、匍枝根霉（Rhizopus stolonifer）、大孢联轭霉（Syzygites megalocarpus）、米根霉（Rhizopus oryzae）的生长,后发酵阶段有接合酵母（Zygosaccharomyces sp.）的参与。     

应用DGGE技术研究玉米储藏过程中的霉菌群落时空分布特征

研究储粮过程中霉菌污染的发生规律,旨在减少霉菌及真菌毒素的污染,提高我国粮食安全。利用变性梯度凝胶电泳研究粮库中不同储藏时间和空间的玉米样品中霉菌群落的特点。结果表明,本研究中储藏玉米的霉菌污染以青霉、曲霉和毛霉为主,其霉菌群落的变化与储藏时间具有较强的相关性,而与其在粮库中的空间位置相关性较小。在储藏时间方面,储藏1a和3a的样品中霉菌群落具有较大的差异,而储藏2a样品的霉菌群落处于过渡期状态。本实验探究储藏玉米中霉菌群落的时空分布特征,可以为建立准确可靠的霉菌群落模型提供理论支持和数据支持。     

PCR-DGGE技术在应用过程中的常见问题分析

PCR-DGGE指纹分析技术近来被引入到食品微生物的研究中,作为一项分子手段在食品微生态领域的广泛应用显示了它在分析复杂微生物区系遗传多样性和监控种群动态性方面独特的优越性。文中结合近10年相关文献对PCR-DGGE技术使用中存在的问题进行了综述,包括菌种鉴定、扩增区域的选择和电泳条件的优化3个方面,另外还讨论了其在今后应用中的潜力及前景。