基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

基于代谢组学及网络药理学分析天麻熟制过程中生物学活性变化

目的:通过代谢组学、网络药理学及分子对接技术阐述天麻在熟制过程中成分及其药理活性变化。方法:使用LC-QTOF-MS及R语言对天麻成分进行检测和分析;通过PubChem数据库及文献查找筛选出具有生物活性的成分;使用Swiss target prediction数据库及SEA数据库对成分靶点进行预测,GeneCards数据库和OMIM数据库获取疾病靶点;通过STRING 11.5数据库及Cytoscape3.8.2软件绘制药物-化合物-靶点网络及靶点蛋白互作网络,筛选关键成分及靶点;通过DAVID数据库和OmicShare Tools对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果:在熟制天麻和新鲜天麻中找出89种在含量方面具有差异的成分;分别筛选出11种具有治疗惊厥作用的成分以及410个潜在靶点,5种具有治疗糖尿病及其并发症作用的成分及698个潜在靶点;GO和KEGG富集分析发现天麻通过IL-17信号通路、cAMP信号通路、神经活性物质受体信号通路、阿尔茨海默病信号通路以及多巴胺能神经突触信号通路治疗惊厥,通过AGE-RAGE信号通路、HIF-1、VEGF以及TNF信号通路治疗糖尿病...     

基于网络药理学-分子对接的藤椒精油抗解淀粉芽孢杆菌生物被膜机理

为探讨藤椒精油抗解淀粉芽孢杆菌生物被膜的关键活性分子及其胞内作用机理,采用PharmMapper数据库进行靶点预测,结合基因组注释信息对筛选后的靶点进行清洗过滤,预测筛选藤椒精油关键活性组分及抗生物被膜的作用靶点,并应用Cytoscape软件构建藤椒精油活性分子-潜在靶点互作网络,通过String数据库对潜在靶点进行GO与KEGG通路富集分析。应用STITCH数据库获得潜在靶点互作关系,Cytoscape软件进行网络拓扑分析,筛选关键核心靶点。采用CB-DOCK2在线分子对接服务器进行藤椒精油活性分子与核心靶点的分子对接。最后通过离体培养结合结晶紫染色法、细菌运动能力实验验证藤椒精油关键活性分子的抗生物被膜活性。结果表明,通过网络药理学方法共筛选获得了21种藤椒精油活性组分,133个潜在作用靶点,8个核心靶点。GO富集分析共获得17个GO二级条目,包括生物学过程条目6个、分子功能条目8个和细胞组分条目3个。KEGG通路富集分析共获得8条信号通路,涉及次级代谢产物的生物合成、氨基酸的生物合成等通路。分子对接结果表明,藤椒精油关键活性组分中桉叶醇、金合欢醇乙酸酯、反式法尼醇可通过氢键和疏水相互作用等分子间作用力与核心靶点OdhA、CarB、PurF紧密结合并形成稳定构象。离体生物被膜培养验证实验结果表明,0.32~1.28μL/mL的金合欢醇乙酸酯、反式法尼醇对解淀粉芽孢杆菌均有显著的抗生物被膜活性。研究结果旨在为藤椒精油抗细菌生物被膜的胞内分子机理提供新的研究思路。     

基于网络药理学和实验验证探究金银花-黄连治疗咽炎的作用机制

目的 通过网络药理学方法对金银花-黄连治疗咽炎的作用机制进行预测,并进行初步动物实验验证。方法 通过TCMSP数据库筛选金银花与黄连的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得咽炎的靶点基因;利用R语言3.6.1截取交集网络获得候选靶点;借助Cytoscape3.7.1将“药物-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建PPI网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行GO富集分析和KEGG通路注释;使用AutoDock Vina 4.2.6,将关键靶点与关键成分进行分子对接,并使用PyMol进行可视化处理。最后通过急性咽炎大鼠实验模型验证金银花-黄连对两种靶点基质金属蛋白酶2(MMP-2)、白介素2(IL-2)的影响。结果 共获得33个有效化合物,183个不重复的靶标信息,46个疾病治疗靶点;GO与KEGG富集分析分别得到48条目和48条信号通路,主要涉及雌激素信号通路、促性腺激素释放信号通路、Ras信号通路、T细胞受体信号通路。分子对接结果显示金银花-黄连中有效成分黄柏酮、掌叶二蒽酮A与关键靶点MMP-2、表皮生长因子受体...     

基于网络药理学与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用的分子机制

目的:本文基于网络药理学技术与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用机制。方法:利用TCMSP、HERB等数据库,以口服生物利用度≥30%为筛选条件,得到费菜药效成分及其潜在靶点。利用GeneCards、OMIM等数据库查找炎症相关靶点,通过STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件绘制PPI蛋白互作图,分析费菜中抗炎的关键药效成分和潜在作用靶点。利用David数据库对潜在作用靶点进行GO富集和KEGG信号通路富集,并进行可视化分析。应用AutoDock软件将药效成分与核心靶点进行分子对接,并进行可视化分析。利用高效液相色谱法分析药效成分。采用LPS诱导的RAW264.7细胞炎症模型,验证药效成分的抗炎作用。结果:筛选得到5个药效成分及相关靶点130个,抗炎靶点421个,两者取交集后获得费菜潜在抗炎靶点22个,其中关键靶点有PPARG、EGFR、TP53等,发挥关键作用的主要成分为β-谷甾醇和没食子酸。GO及KEGG富集分析结果表明,β-谷甾醇和没食子酸主要通过调控聚合酶II启动子的转录正调控、神经元凋亡过程的正调控和脂多糖反应等生物过程,通过癌症通路、乙型肝炎、TNF信号通路、MAPK信号通路等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示抗炎药效成分均与靶点蛋白分子对接结果良好。高效液相色谱法证明费菜中含有药效成分β-谷甾醇和没食子酸。实验验证结果表明,β-谷甾醇和没食子酸可显著降低促炎因子NO含量,提高抗炎因子IL-10含量（P<0.05）,发挥抗炎作用。结论:本研究揭示了费菜通过调控多靶点、多途径发挥抗炎作用,为费菜的研究和应用奠定了基础。     

核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

网络药理学结合分子对接技术揭示芹菜籽抑制痛风的潜在分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接研究芹菜籽抑制或治疗痛风的分子机制。方法:利用TCMSP数据库等在线靶点筛选平台收集芹菜籽主要成分潜在靶点,并利用Cytoscape3.9.0软件构建芹菜籽化合物—靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集痛风相关靶点,与芹菜籽主要成分靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质—蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,得到核心作用靶点,将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后,应用AutoDock软件对芹菜籽关键成分与痛风靶点蛋白进行分子对接验证。结果:通过数据库收集到芹菜籽主要成分16个,对应202个活性成分靶点,经过韦恩图取与痛风交集靶点69个,经过拓扑分析表明,芹菜籽通过槲皮素、芹菜素、木犀草素、柯伊利素、芹菜甲素5种核心成分与10个痛风关键靶点TNF、MAPK14、IL4、CXCL8、LYN、PDGFRβ、HCK、VEGFA、ITGA、IL2密切关联发挥抑制或治疗痛风的作用。GO及KEGG分析结果显示,芹菜籽核心成分通过调控细胞凋亡过程、增殖、迁移等生物过...     

基于LC-MS及网络药理学探讨茗酿养生酒功能成分影响高脂血症的作用机制

基于液相色谱-质谱(LC-MS)法和网络药理学方法选取茗酿养生酒的功能活性成分及其作用靶点，获取其和高脂血症疾病的交集靶点，构建“活性成分-交集靶点-疾病”网络图，使用STRING数据库进行蛋白互作(PPI)网络分析，并使用Metascape数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析，研究茗酿养生酒中功能活性成分影响高脂血症的作用机制。结果表明，从茗酿养生酒中筛选得到21种活性成分，其与高脂血症有92个交集靶点，关键靶点包括肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)和血管内皮生长因子(VEGFA)等，其涉及对细菌的响应过程等1 100个GO条目和糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物-糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路等120条KEGG信号通路，说明茗酿养生酒中的功能成分影响高脂血症具有多成分-多靶点-多途径的作用特点。     

基于网络药理学研究核桃改善记忆的功能（网络首发、推荐阅读）

基于网络药理学研究核桃改善记忆的作用机制,采用TCMSP数据库对核桃活性成分和相应的靶点进行筛选,并利用Geencard和OMIM数据库查找记忆相关靶点,通过Cytoscape3.7.1软件构建“活性成分-靶点”关联网络, 并对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析。将网络药理学分析的核桃活性成分和作用靶点通过分子对接验证,核桃主要通过鞣花酸、没食子酰葡萄糖、胡桃醌等8个活性成分改善记忆,通过调控PTGS2、PRKCA、PRKCB等靶点,调节血管内皮生长因子信号通路、NF-κB信号通路、MAPK信号通路来改善记忆功能。分子对接表明核桃的活性成分鞣花酸、没食子酰葡萄糖与PRKCA、PRKCB等靶点有较强的结合。本实验为核桃改善记忆的功能产品开发提供了理论基础。     

基于网络药理学探讨桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接技术探究桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制研究。方法:通过文献大数据挖掘获取桦褐孔菌主要成分，利用OMIM、DisGeNET和GAD数据库收集降血糖相关基因，Cytoscpe软件构建桦褐孔菌成分-靶点相互关系网络。主要靶点通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集，并对KEGG信号通路进行可视化。最后，采用PyRx软件对成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到25, 26-二羟维生素D、桦褐孔菌酸，栓菌酸和桦褐孔菌醇烷D等19种成分为桦褐孔菌降血糖的功效成分，作用于AKT1、AGTR1、ADRA2B和HSP90AA1等21个关键靶点，参与调控89条信号通路。分子对接结果发现疏水作用和氢键连接是其主要的作用形式。结论:本研究通过桦褐孔菌主要成分降血糖的功效研究筛选出19个核心活性成分，为桦褐孔菌相关产品开发及其质量控制提供科学的依据。     

基于网络药理学探讨预知子抗抑郁的作用机制

目的:运用网络药理学的方法揭示预知子抗抑郁的作用机制。方法:采用TCMSP、PharmMapper、Swiss TargetPrediction和GeneCards数据库挖掘预知子的活性成分及其抗抑郁的作用靶点,采用String数据库获取蛋白-蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件构建预知子的成分-作用靶点和PPI网络,利用DAVID数据库对关键靶点的GO和KEGG信号通路进行富集分析。最后,采用AutoDockTools-1.5.6 软件进行分子对接验证。结果:筛选得到预知子的木通苯乙醇B、豆甾醇葡萄糖苷、齐墩果酸等6个核心活性成分,EGFR、MAPK1/8、SRC、HSP90AA1、AR等8个重要抗抑郁靶点。参与调控的16条抑郁相关的信号通路包括催乳素信号通路（Prolactin signaling pathway）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、GnRH信号通路（GnRH signaling pathway）、黏着斑（Focal adhesion）等。分子对接结果显示预知子核心活性成分与靶点具有较好的结合活性。结论:预知子抗抑郁的作用机制可通过多成分-多靶点-多通路的综合作用而实现。     

基于网络药理学和分子对接技术预测山楂治疗冠心病潜在分子机制

通过网络药理学和分子对接技术探究山楂治疗冠心病的活性成分及作用机制,借助TCMSP、Gene Cards、OMIM等数据库搜集靶点信息,通过STRING数据库构建PPI网络图,对共同靶点进行GO、KEGG通路富集分析,最后将活性成分与核心靶点进行分子对接,初步验证网络药理学结果。共筛选出6个山楂活性成分（谷甾醇、山萘酚、豆甾醇、槲皮素、表儿茶素、异鼠李素）,10个山楂治疗冠心病核心靶点（JUN、AKT1、TNF、MAPK1、TP53、RELA、IL6、MAPK8、MAPK14、EGFR）。KEGG通路富集结果显示,山楂防治冠心病通路涉及癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙肝、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、异鼠李素和山萘酚均与核心靶点的结合性较好,推测这些成分可能为治疗冠心病的主要活性成分。山楂可能通过多成分（异鼠李素、山萘酚、槲皮素）作用于MAPK8、MAPK1、RELA等关键靶点,调节MAPK等多条信号通路来治疗冠心病,初步揭示山楂治疗冠心病的潜在作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉治疗帕金森病的作用机制

基于网络药理学及分子对接对肉苁蓉治疗帕金森疾病的作用机制进行研究.利用TCMSP筛选肉苁蓉中的活性成分作为候选化合物,再利用PubChem和sea数据库获取肉苁蓉的靶点信息.在GeneCard数据库中获取帕金森病靶点信息,通过比对中药和疾病靶点,得到共有靶点基因信息.运用STRING进行靶点蛋白互作(protein-p...     

基于网络药理学和分子对接探究黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病的作用机制

本文利用网络药理学和分子对接技术探索黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病(IDD)的作用机制.综合利用TCMSP、Swiss Tagert Prediction和Genecards等在线数据库搜集黄芪-女贞子化学成分及治疗IDD靶点,构建黄芪-女贞子治疗IDD的"化合物-靶点-疾病"和蛋白互作网络;基于DAVID数据库及Clue...     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病的作用机制。方法首先利用(中药系统药理学数据库与分析平台)TCMSP数据库,对黄芪、黄连的活性成分进行挖掘。利用UniProt数据库对靶点进行校正。再以儿童肥胖病(childhood obesity)为查找条件,通过Gene Cards、OMIO数据库筛选儿童肥胖病的相关靶点,并与“黄芪-黄连”药对的作用靶点进行选取交集处理,得到该药对治疗儿童肥胖病的有效靶点。利用String数据库对上述靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,之后利用Bioconductor数据库进行GO和KEGG富集分析,最后利用AutoDock软件对度值较高的药物成分和核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出“黄芪-黄连”药对67个药物活性成分及95个治疗儿童肥胖病的靶点。通过PPI网络分析,“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病可能与MAPK8、EGFR、IL6、ESR1、VEGFA、CCND1、AR、MYC、CASP3、PPARG等蛋白靶点有关。GO功能富集分析显示“黄芪-黄连”药对的主要功能为蛋白质异源二聚化、近端启动子序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、染色质结合、泛素样蛋白连接酶结合等;KEGG通路分析涉及的主要通路为PI3K/Akt、MAPK信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒、人巨细胞病毒感染等。分子对接表明“黄芪-黄连”药对的主要活性成分与疾病的核心靶点有较稳定的结合活性。结论“黄芪-黄连”药对可直接或间接作用于PI3K/Akt通路,主要通过调节细胞分裂、抑制炎症等治疗儿童肥胖症。     

基于网络药理学和分子对接探讨常见酚酸提高机体免疫力的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究常见酚酸类化合物提高机体免疫力的分子机制。方法：利用TCMSP数据库、STITCH数据库、SwissTargetPrediction在线靶点筛选平台收集常见酚酸类化合物潜在靶点,并利用Cytoscape3.8.0软件构建酚酸类化合物-靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集免疫力相关靶点,与常见酚酸类化合物靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）分析,得到酚酸类化合物提高免疫力的核心作用靶点,将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后,应用AutoDock软件对关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果：共收集到常见酚酸类化合物36个,对应靶点496个,提高免疫力靶点16691个,二者取交集,获得酚酸类化合物增强免疫作用靶点454个,其中关键作用的靶点为SRC、MAPK1、HSP90AA1、AKT1、TP53等,发挥作用的主要成分为迷迭香酸、迷迭香酸甲酯、鞣花酸、阿魏酸乙酯、芥子酸等。GO及KEGG分析结果显示,常见酚酸类化合...     

基于网络药理学和分子对接探讨毛建茶干预高脂血症的作用机制

本研究旨在运用网络药理学方法和分子对接技术综合解释毛建茶干预高脂血症的核心成分和作用机制。利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选得到毛建茶中8 个活性成分和160 个干预高脂血症作用的靶点，构建“毛建茶-活性成分-交集靶点-高脂血症”网络。基因本体通路分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析结果显示，毛建茶干预高脂血症主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、胰岛素抵抗和过氧化物酶体增殖物激活受体等信号通路；分子对接及可视化分析结果表明，毛建茶核心成分与关键靶点间均能稳定结合。综上，毛建茶通过多成分-多靶点-多通路协同作用干预高脂血症，研究结果可为代用茶植物资源的开发与利用提供理论依据。