西沙野生诺尼叶片内生菌的分离与初步鉴定

主要研究西沙群岛野生诺尼叶片中可培养内生菌的多样性。利用常规平板分离方法进行菌株分离。通过测定真菌核糖体基因翻译间隔序列(ITS序列)和细菌16S r DNA基因序列,结合系统发育研究对所分离菌株进行鉴定分析。共分离到32株内生菌,分为19种。其中2种霉菌,共2株,分别属于炭层菌属(Nemania sp.)和毛壳菌属(Chaetomium sp.);细菌17种,共30株,分别属于芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp.)、微球菌属(Micrococcus sp.)、土地芽孢杆菌属(Terribacillus sp.)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、黄单胞菌属(Xanthomonas sp.)、黄杆菌属(Flavobacterium sp.)等7个已知属,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)为绝对优势属,共20株,11种。     

海巴戟天(诺尼)果内生细菌的初步分离与鉴定

首次对采自我国海南三亚市诺尼植物果实内生细菌进行初步分离与鉴定研究,相关研究为诺尼果内生菌研究奠定基础。采用传统微生物学分离培养方法对28℃培养条件下分离得到的15株细菌进行16S rDNA扩增和系统发育分析。研究表明,分离得到的15株诺尼果内生细菌分属于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)3个类群,包括甲基杆菌属(Methylobacterium sp.)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、棒杆菌属(Corynebacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)和链霉菌属(Streptomyces sp.)7个属的11个已知种。研究结果表明,诺尼果中内生细菌具有较为丰富的多样性,获得了一批应用前景广泛的诺尼果内生细菌资源。     

兰陵浓香大曲理化性质和细菌群落多样性研究

该研究对山东兰陵浓香大曲的理化性质和细菌菌群多样性进行解析，并结合传统纯培养技术、形态观察及分子生物学技术对其蕴含的细菌菌株进行分离鉴定。结果表明，兰陵大曲样品的淀粉含量、蛋白质含量、糖化力、酯化力、酒化力和液化力均符合QB/T 4259—2011《浓香大曲》要求。兰陵大曲优势细菌门（平均相对含量>1.0%）为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria），优势细菌属（平均相对含量>1.0%）为芽孢杆菌属（Bacillus）(79.86%)、不动杆菌属（Acinetobacter）(9.71%)和高温放线菌属（Thermoactinomyces）(3.97%)；基于纯培养技术从中共分离鉴定出16株芽孢杆菌和3株乳酸菌，包括7株地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）、4株解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、2株澳洲芽孢杆菌（Bacillus australimaris）、2株副地衣芽孢杆菌（Bacillus paralicheniformis）、1株西姆芽孢杆菌（Bacillus siame...     

4种海南诺丽果内生细菌多样性及其关键生物活性研究

诺丽果富含生物活性成分,具有较强抑菌性和抗氧化能力。为探讨海南诺丽果中内生菌多样性的区别及其关键活性与多样性之间的联系,通过高通量测序技术(HTS),从4种诺丽果(长果标号为L、圆果标号为R、连体果标号为C、大溪地诺丽果标号为T)中发现了它们共同的优势菌属为短波单胞菌属(Brevundimonas)、泛菌属(Pantoea)和芽孢杆菌属(Bacillus),并测定内生细菌抑菌性,对具有抑菌活性的内生细菌进行总抗氧化性测定,发现具有抑菌性的诺丽果内生细菌均具有抗氧化性,抗氧化值在3.07～20.78U·mL-1,同时内生细菌的抗氧化性和抑菌活性呈正相关性。挑选4个品种诺丽果中2种关键活性较高的内生菌8株,进行16S rDNA和gyrA分子生物学鉴定,鉴定结果均为芽孢杆菌属(Bacillus),并分别属于枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、摩加夫芽孢杆菌(Bacillus mojavensis)和短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)。研究结果从微生物学角度比较了不同品种诺丽果内生细菌群落多样性差异,并探讨了内生细菌功能性之间以及与内生群落之间的关联,证实了植物-微生物相互作用学说。希望研究可为今后研究内生菌和宿主功能的协调性和统一性提供帮助,为具有特定功能的诺丽果内生菌的筛选应用提供理论基础,为内生菌在食品工业中的应用及植物与微生物互作研究提供更多思路。     

黄酒熟麦曲中细菌多样性的评价

以黄酒熟麦曲为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chan reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其细菌多样性进行解析。DGGE结果表明:Bacillus(芽孢杆菌)、Weissella(魏斯氏菌)、Pediococcus(片球菌)、Staphylococcus(葡萄球菌)和Lactobacillus(乳酸杆菌)普遍存在于麦曲样品中。MiSeq高通量测序结果表明:熟麦曲中的细菌门主要为Firmicutes、Proteobacteria和Actinobacteria,平均相对含量分别为87.95%、9.00%和1.16%。熟麦曲中的细菌属主要为Bacillus (芽孢杆菌属)、Weissella(魏斯氏属)、Staphylococcus(葡萄球菌)、Klebsiella(克雷伯菌属)、Pantoea(泛菌属)和Lactobacillus(乳杆菌属),其平均相对含量分别为70.70%、8.55%、2.67%、2.29%、1.32%和1.07%。由此可见,Bacillus(芽孢杆菌)为熟麦曲中的优势细菌。     

广西烟草内生细菌的动态分布及其对烟草疫霉的拮抗作用

从广西百色市的9个烟草品种中分离出470株内生细菌菌株,经常规细菌鉴定方法和16S rDNA序列分析,获得的菌株分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)、芽孢杆菌属(Bacillus)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、寡养单胞菌属(Stenotro-phomnas)和假单胞菌属(Pseudomonas),其中土壤杆菌属和肠杆菌属为烟草内生细菌中的优势种群。烟草内生细菌的类群和数量随烟草种植地点、品种、器官和生育期的不同而不同。烟草内生细菌在根部数量最多,其次是茎和叶。内生细菌的总量从缓苗期到旺长期增加,之后显著下降。从470株烟草内生细菌菌株中筛选出对烟草疫霉有拮抗作用的菌株56株,其中芽孢杆菌菌株Y10的抑制效果最好,抑制率达91.48%,室内盆栽防治效果为68.72%。     

基于Biolog ECO技术分离窖泥细菌的研究

根据窖泥微生物的特性和生长特点,模拟窖泥的微生态环境以不同的培养基和培养条件对微生物进行分离、纯化,用Biolog微生物鉴定系统鉴定,确定窖泥微生物各种菌株.结果显示,细菌含有几大类群,表现出高度的细菌多样性.主要为芽孢杆菌属（Bacillus）、芽孢乳杆菌属（Sporolactobacillus）类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、诺卡氏菌属（Nocardia）、梭菌属（Clostridium）、棒状杆菌属（Corynebacterium）.     

基于高通量测序方法的白菜内生细菌多样性分析

本实验基于高通量测序与生物信息学相关技术手段对大白菜内生菌及可于LB培养基上分离培养的内生菌的多样性展开研究。研究结果显示,白菜内生菌共299个菌属,其中乳杆菌属(Lactobacillus)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、发光杆菌属(Photobacterium)等为优势菌属。于LB培养基上可分离培养大白菜内生菌共55个菌属,占整个白菜内生菌的16.7%,其中赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、肉食杆菌属(Carnobacterium)等为优势菌种。KEGG功能预测结果显示,内生菌处于内生状态时氨基酸、核酸与脂质代谢会受到一定程度上的抑制,而能量代谢与糖代谢等有利于共生系统的代谢途径会一定程度增强。     

土壤中降解烟碱细菌多样性研究

为了解烟草根围土壤中可降解烟碱细菌的多样性,采用0.1％的烟碱为唯一碳源和氮源的无机盐培养基,从云南省普洱、玉溪、曲靖、楚雄、大理五个地区59个土样中分离得到302株降解烟碱细菌;16S rDNA序列分析结果表明,302株菌分属厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌 门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)四大类群,分别与数据库中已知的节杆菌属(Arthrobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、微球菌属(Micrococcus)、纤维单胞菌属(Cellulomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短状杆菌属(Brachybacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、土壤杆菌属(Agrobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、剑菌属(Ensifer)、两面神菌属(Janibacter)、鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)、Balneimonas具有较高的相似性.其中节杆菌属、芽孢杆菌属和类芽孢杆菌属为土壤中降解烟碱细菌的优势菌属.     

宁波地区传统梅干菜中优势发酵菌株分离鉴定及酶活分析

以宁波地区梅干菜半成品和成品为试验材料,采用十倍稀释法分离其中优势发酵菌株,从半成品中得到7株细菌,分别命名为MGCB1～MGCB7,从成品中得到3株细菌,分别命名为MGC1～MGC3。通过形态学观察、生理生化试验及16S rRNA序列分析对菌种进行鉴定,结果表明,MGCB1～MGCB7分别为枯草芽孢杆菌属(Bacillus subtilis)、空气芽孢杆菌属(Bacillus aerius)、高山芽孢杆菌属(Bacillus altitudinis)、短小芽孢杆菌属(Bacillus pumilus)、琥珀葡萄球菌属(Staphylococcus succinus)、琥珀葡萄球菌属(Staphylococcus succinus)和解淀粉芽孢杆菌属(Bacillus amyloliquefaciens),MGC1～MGC3分别为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus halodenitrificans)、哥特氏芽孢杆菌属(Cytobacillus gottheilii)。MGCB1和MGCB7产酶能力相对较高,在37℃培养96 h后,蛋白酶活...     

浓香型白酒窖泥细菌的分离鉴定

从浓香型白酒窖泥中分离纯化得到5株细菌,对其进行菌落观察、镜检和生理生化检测,参照《伯杰细菌鉴定手册》进行初步鉴定并确定其属名,利用Biolog微生物鉴定系统对其中1株进行鉴定。结果表明,5株细菌分别为Mierococcus(微球菌属)、Staphylococeus(葡萄球菌属)、Pseudomonas(假单胞菌属)、Bacillus(芽孢杆菌属)、Burkholderia glumae(水稻细菌性谷枯病菌)。     

基于高通量测序技术的广西咸梅细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq 高通量测序技术对广西地区9 份咸梅样品的细菌多样性和群落结构进行解析。结果表明：咸梅样品中特有细菌种类较多但含量少,不同样品中细菌丰富度和多样性存在差异。优势细菌门分别为变形菌门（Proteobacteria）、硬壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,平均相对含量分别为66.97%、21.50%、5.30%和4.20%,优势细菌属及其相对含量分别是雷尔氏菌属（Ralstonia）53.28%、乳杆菌属（Lactobacillus）10.36%、伯克氏菌属（Burkholderia）6.16%、诺卡氏菌属（Nocardia）2.74%、芽孢杆菌属（Bacillus）1.75%、假单胞菌属（Pelomonas）1.35%和另枝菌属（Alistipes）1.00%。在对优势细菌属进行相关性分析后发现,雷尔氏菌属（Ralstonia）与伯克氏菌属（Burkholderia）和假单胞菌属（Pelomonas）均呈显著正相关（P<0.05）,芽孢杆菌属（Bacillus）与另枝菌属（Alistipes）之间存在显著正相关（P<0.05）,还有部分优势菌属间存在拮抗或竞争关系,乳杆菌属（Lactobacillus）与雷尔氏菌属（Ralstonia）和伯克氏菌属（Burkholderia）均呈显著负相关（P<0.05）。     

库车小白杏内生细菌多样性及其产酶特性

分析采后库车小白杏果实内生细菌多样性,挖掘潜在的微生物资源及功能。利用高通量测序法对采后库车小白杏内生细菌结构组成进行分析,同时,采用传统分离培养法对内生细菌进行分离筛选,并对所获得的菌株进行16S rRNA基因序列分子鉴定,进而对相关菌株的产酶特性进行分析。高通量测序结果显示,采后库车小白杏内生细菌共包括406个操作分类单元,涉及9个门,94个属。其中,拟杆菌属(Bacteroidetes)、芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)和未分类菌群等物种多样性最为丰富。通过分离筛选共获得99株菌,分别归属于放线菌门(Actinobacteria)、变形杆菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)4个菌门的28个属。同时,获得7个未在高通量测序结果中检出的属类群,发现潜在新种5个。实验获得了一批蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶、纤维素酶和果胶酶产生菌。本研究的开展为深度挖掘库车小白杏果实中的潜在微生物资源及相关酶制剂的筛选和研制提供丰富的材料,同时,也为从微生物角度揭示小白杏腐败变质等研究提供新思路。     

牡蛎共附生可培养微生物多样性的研究

研究牡蛎共附生真菌和细菌的种群多样性。通过牡蛎内生菌群分离、形态学观察、生理生化鉴定及16S r DNA/18S r DNA序列分析等试验,分析牡蛎共生菌的优势种群,并对分离菌的发酵粗产物进行初步成分分析。结果分离获得32株内生细菌,全部属于γ-变形菌纲,其中微球菌和芽孢杆菌为牡蛎内生细菌的优势菌属;分离获得20株内生真菌,分别属于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和无性型真菌类(Anamorphic Fungi)中的10个属,其中青霉属和曲霉属为牡蛎内生真菌的优势菌属,占分离总数的40%。发酵液粗产物的薄层层析结果表明牡蛎内生菌的发酵产物成分丰富。研究结果表明牡蛎共附生真菌和细菌具有丰富的种群多样性。     

湖南地区酱香型白酒酒醅细菌多样性及其与基酒风味物质相关性分析

采用高通量测序技术分析湖南地区酱香型白酒酒醅细菌群落结构及变化规律,利用顶空固相微萃取-气相色谱质谱联用(HS-SPME-GC-MS)分析轮次酒的风味物质构成,并阐释酒醅细菌菌群与风味物质的相关性。结果表明,酒醅样品中共检出25个门,308个属。优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、醋杆菌属(Acetobacter)、劳尔氏菌属(Ralstonia)和芽孢杆菌属(Bacillus)等,其中乳杆菌属(Lactobacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)为各轮次共有的优势菌属。各轮次基酒中共检出83种风味物质,相关性分析结果表明,克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、小球菌属(Pediococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)等与风味物质相关性较强。相较于其他产区,湖南地区酱香型白酒酒醅样品细菌群落结构、优势菌门种类数量、群属丰度及轮次基酒风味物...     

烤烟品种K326内生细菌分离、抗黑胫病菌株筛选及种群组成分析

从烤烟品种K326的不同生长时期分离内生细菌1000株,以烟草黑胫病菌(Phytophthora parasitica var.nicotianae)为靶标,共筛选出168株拮抗菌,这些内生细菌对黑胫病菌的抑菌率在12.54％～50.14％之间.苗期和团棵期的内生菌含量较高,但在开花和成熟期时降低了一个数量级,而拮抗菌数量呈上升趋势.对168株拮抗菌的16SrRNA基因序列进行RFLP分析,共产生10种带型.根据RFLP带型选取39株进行16S rRNA基因序列测定和系统发育分析.结果表明,这168株生防内生细菌归于2大类群:Firmicutes和Actinobacteria.Firmicutes类群中的芽孢杆菌属(Bacillus)是优势属,共6种RFLP带型,150个菌株,包括Bacillus amyloliquefaciens subsp,plantarum,Bacillus tequilensis,Bacillus methylotrophicus,Bacillus cereus,Bacillus thuringiensis和Bacillus aryabhattai. Bacillus amyloliquefaciens subsp,plantarum和Bacillus methylotrophicus的出现频率最高,共126株,占该属总菌株数的78.75％.其余18个菌株分属于4个种:即Brevibacillus formosus,Brevibacillus parabrevis,Pseudomonas umsongensis和Pseudomonas aeruginosa.     

贵州浓香型白酒窖池可培养细菌系统发育分析

从贵州某名酒厂浓香型白酒窖泥和酒醅中分离到477 株细菌,通过形态特征和生理特性检测等传统方法鉴定,发现绝大多数为芽孢杆菌(446 株),占总细菌株数的93.50 %,将形态和生理生化特征一致的芽孢杆菌归类为XJ-1～XJ-20二十大类群.并采用16S rDNA序列分析和测序,构建系统发育树.结果表明,芽孢杆菌属菌株中,以地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)为主,占总芽孢杆菌数的32.96 %;枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus) 和栗褐芽孢杆菌(Bacillus badius)也占有相当的比例,还有一定数量的Bacillus niabensis和巴达维亚芽孢杆菌(Bacillus bataviensis)以及少量的球状芽孢杆菌(Bacillus sphaericus)和不确定种芽孢杆菌(Bacillus sp.).除芽孢杆菌属菌株之外,还分离出极少量的短短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的不确定种菌株,占已分离总芽孢杆菌数的1.57 %.表明贵州地区浓香型白酒窖池中微生物具有明显的多样性,且地衣芽孢杆菌为其明显的优势种群,这和四川境内酒厂中的微生物类群相似,但也有区别.     

桃杏果实内生细菌多样性分析及软腐病原菌的分离与验证

为了解桃和杏采后果实内生细菌群落组成,并对潜在病原细菌进行筛选与验证,为其贮藏保鲜、软腐病害防治等相关研究奠定基础,利用高通量测序技术,对新疆地产油桃和库车小白杏采后果实内生细菌群落组成进行分析;同时,利用微生物传统分离培养,采用16S rDNA序列分析对潜在病原细菌进行分子鉴定,并利用离体接种法和再分离法,对相关菌株的致病能力进行验证。研究结果表明,油桃和库车小白杏内生细菌共包括128个操作分类单元,涉及9个门117个属,其中变形杆菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,其次为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上,油桃以泛菌属(Pantoea)、芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)等菌属为优势菌群;库车小白杏以葡糖杆菌属(Gluconobacter)、泛菌属(Pantoea)、克里斯滕森菌(Christensenella)、普氏菌属(Prevotella)等菌属为优势菌群。通过分离筛选获得了1株潜在采后致腐病原细菌XAAS-P1,经分子鉴定初步确定其归属于泛菌属(Pantoea)。XAAS-P1对采后油桃和库车小白杏均具有较强的致腐能力,并呈现出与自然软腐一致的病状。接种4 d后,XAAS-P1致腐率可达100%,与阴性对照组相比,接种组样品的软腐现象提前了1 d。对接种组病灶中的微生物进行再分离、鉴定,结果显示,菌株XAAS-P1是病灶组织中的绝对优势菌群,证明了菌株XAAS-P1是导致采后油桃和库车小白杏软腐变质的主要病原细菌。研究表明,桃和杏果实中存在丰富多样的内生细菌,其内生泛菌XAAS-P1可导致采后油桃和库车小白杏的软腐变质。     

基于高通量测序技术分析恩施州淡豆豉的细菌多样性

以恩施州不同产地5 种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5 种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明：5 种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17 门、24 纲、43 目、78 科、152 属以及93 种。其中核心优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,其次为变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）的嗜热淀粉芽孢杆菌（Bacillus thermoamylovorans）和史密斯芽孢杆菌（Bacillus smithii）。各样品间,优势菌属相同,但相对丰度差异较大,其余次要菌属的种类和相对丰度均存在较大差异,显示出恩施淡豆豉菌群结构的多样性。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。