新鲜曲拉与干燥曲拉细菌群落结构的比较分析

比较研究西藏新鲜曲拉和干燥曲拉细菌多样性差异。通过Illumina MiSeq测序技术,分析西藏林芝产新鲜牦牛曲拉和干燥牦牛曲拉细菌16SrDNA V1-V3区基因序列,对不同状态牦牛曲拉细菌群落结构进行系统分析和比较。结果表明新鲜曲拉(XZL)获得(29 566.67±1 703.40)条高质量序列,聚成(594.33±36.26)个可操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),干燥曲拉(GLZ)获得(33 604.67±2 042.39)条高质量序列,聚成(690.67±56.82)个OTUs。新鲜曲拉和干燥曲拉在门水平上主要细菌群落隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),在属水平上中新鲜曲拉检测出72个属,干燥曲拉检测出96个属,二者主要优势乳球菌属(Lactococcus)、沙雷氏菌属(Serratia)、不动杆菌属(Acinetobacter)。干燥曲拉的Alpha多样性指数相关指标辛普森指数(Simpson)指数的平均值为0.90±0.01、Chao1指数平均值为760.21±133.80、ACE指数平均值为775.91±116.98、香浓指数(Shannon)指数平均值为5.46±0.05,而新鲜曲拉的Simpson指数平均值为0.90±0.01、Chao1指数平均值为595.31±45.23、ACE指数平均值为602.15±49.33、Shannon指数平均值为5.39±0.17,由此可知与新鲜曲拉相比干燥曲拉细菌多样性更为丰富。     

甘南牦牛曲拉中真菌群落结构

提取曲拉样品的DNA,选择合适的通用引物扩增ITS特定区域,采用Illumina高通量测序技术检测目标区域的序列变异和丰度,通过分析曲拉样品中真菌的Alpha多样性、物种分类组成及Beta多样性,以揭示甘南牦牛曲拉中真菌菌群的群落结构。结果表明,曲拉中具有高度的真菌多样性,并且不同来源样品的Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数和ACE指数存在差异;在曲拉样品中共检测出6个门和123个属的真菌,所有样品中的共有优势门为子囊菌门(Ascomycota),共有优势属为毕赤酵母属(Pichia)和双足囊菌属(Dipodascus);采用非度量多维尺度分析和非加权组平均法聚类分析可以将曲拉样品分为3类,结果与样品来源一致;置换多元方差分析表明,不同来源的样品间真菌组成差异显著(P=0. 001); Spearman关联网络图表明,样品中真菌群落之间正相关占主导地位;研究结果可为牦牛曲拉的品质控制奠定基础。     

西藏不同产区曲拉细菌群落结构的比较分析

为探究西藏不同产区传统发酵乳制品曲拉中细菌多样性及其微生物安全性,该研究通过Illumina MiSeq测序平台,对西藏拉萨(LS)、日喀则(RKZ)、山南(SN)、昌都(CD)、林芝(LZ)、那曲(NQ)和阿里(AL)共7个地区的曲拉样品细菌多样性及群落结构进行了系统分析。结果表明,曲拉具有高度的细菌多样性,并且不同地区的样品存在一定的共性和差异。在门的水平上,7个地区的优势菌均集中在厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其相对丰度分别在(12.82±5.63)%^96.54±1.39%和(3.46±1.39)%^75.09±9.37%。相比门的种类,拉萨(LS)最多,为24个门,阿里(AL)最少,为2个门。在属的水平上,拉萨地区(LS)曲拉样品中的优势菌属为雷尔氏菌属(Ralstonia)、假单胞菌属(Pseudomonas)和苍白杆菌属(Ochrobactrum),其相对丰度分别为(17.25±7.05)%、(16.05±3.22)%和(9.52±3.19)%;其他6个产地的曲拉样品中优势菌属主要为乳球菌属(Lactococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus),其相对丰度分别为(85.13±2.99)%^25.82±1.42%和(4.15±1.38)%^57.21±3.11%;而在属的种类上,LS最多,为409个属,AL最少,为15个属。聚类分析显示,不同曲拉样本的菌群与地理位置存在一定关系,同一个采样区的样本具有一定的聚类趋势,同时发现LZ、RKZ和CD可聚为一类,而其他4个地区的样品较为离散,且各自独立。     

诺邓火腿加工过程中细菌群落的动态变化

为研究诺邓火腿内部细菌的群落组成及动态变化,本文利用高通量测序技术对诺邓火腿腌制期、风干期、发酵期和成熟期4个加工阶段的细菌16S rRNA V₃-V₄区进行扩增和测序,并对其群落结构多样性及其与火腿理化性质的关联性进行分析。结果表明,腌制期诺邓火腿细菌多样性最高;厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门等细菌为发酵过程中优势菌群;葡萄球菌属、嗜冷杆菌属及假单胞菌属等在4个加工阶段均有分布;整个加工过程中丰度占比最高的为葡萄球菌属。含水量对腌制期细菌群落影响最大,成熟期含水量下降至33.4%左右;含盐量对风干期和发酵期样本影响最明显,在这两个时期丰度占比最高的葡萄球菌属与含盐量显著正相关,成熟期含盐量增加至约6.7%;酸碱度及游离氨基酸含量与成熟期样本关联度最大,这个时期的酸碱度为6.05左右,游离氨基酸达1.86%。通过以上研究将为理解诺邓火腿特殊品质的微生物影响机制,开发能够改善肉制品品质、提高发酵效率的发酵剂提供参考。     

香辛料对传统发酵泡菜中细菌群落结构及理化特性的影响研究

该研究基于高通量测序技术研究香辛料对传统发酵泡菜细菌群落结构的影响,并监测发酵过程中pH、总酸和亚硝酸盐含量的变化。结果表明,未添加香辛料的泡菜（P组）中主要优势菌属为肠杆菌（46.34%）、明串珠菌（18.25%）、乳球菌（9.76%）、假单胞菌（4.22%）等,添加香辛料的泡菜（PS组）中明串珠菌（70.26%）成为绝对优势菌;主坐标分析（PCoA）结果表明,两组泡菜的菌群结构差异极显著（P<0.01）,PS组中各样本聚集程度高;与P组相比,PS组泡菜有更快的产酸速率,且显著降低了亚硝酸盐的含量（P<0.05）;Spearman相关性分析结果表明,P组中Lactobacillus KR107058.1.1463、Vibrio KF799889.1.1509、Pseudomonas EU539857.1.1397、Pseudomonas AF534216.1.1462和Enterobacteriaceae KC555526.1.1442均与亚硝酸盐含量呈极显著正相关（P<0.01）,PS组中来自明串珠菌属的三个特征序列与亚硝酸盐含量呈极显著负相关（P<0.01...     

天门地区鲊广椒中细菌群落结构及乳酸菌类群研究

该研究采用MiSeq高通量测序技术和PICRUSt软件分别解析了天门地区鲊广椒的细菌类群结构与功能,并结合纯培养方式分离、鉴定和保藏了其中的乳酸菌。结果显示,15份样品被分为2个聚类,聚类Ⅰ中细菌主要隶属于乳杆菌属Lactobacillus,相对含量为89.77%;聚类Ⅱ中细菌主要隶属于克雷伯氏菌属Klebsiella、小坂菌属Kosakonia和四联球菌属Tetragenococcus,相对含量分别为19.81%、12.24%和10.89%,经Mann-Whitnay检验发现2个聚类在Lactobacillus、Klebsiella和Kosakonia等菌属上存在极显著差异(P<0.001);同时,Lactobacillus与Kosakonia和Pseudomonas等菌属之间还呈现出显著负相关关系(P<0.05)。2个聚类在15个功能上存在显著性差异,但两者均在氨基酸和碳水化合物的转运与代谢功能上具有高表达。乳酸菌分离鉴定结果显示,鲊广椒中蕴含了L.plantarum、L.brevis、L.curvatus和L.sakei等乳杆菌类群,其中L.plantarum为天门地...     

槟榔贮藏及加工过程中细菌群落结构变化

目的：确保槟榔产品细菌指标合格。方法：采用Illumina Miseq高通量测序技术对槟榔由原料到成品全过程关键工序样品进行测序分析。结果：7个样品共获得191 456条有效序列,隶属于239科790属,优势菌属包括Bacillus（芽孢杆菌属）、Pseudomonas（假单胞菌属）、Hydrogenophaga（氢噬胞菌属）、Leuconostoc（明串珠菌属）和Chryseobacterium（金黄杆菌属）。槟榔原籽贮藏前后细菌的群落结构存在显著差异,贮藏前（新籽）的物种丰富度要高于贮藏后（老籽）的,而老籽则拥有更高的物种多样性。槟榔加工过程中煮籽及切籽后的工序能有效减菌,两阶段消亡细菌属数量分别为216和227,煮籽到闷香之间的工序易受到环境中细菌污染,新增细菌属数量为126。结论：槟榔加工过程中污染细菌多样性变化的研究指示细菌污染应重点防控发制闷香中的细菌增殖及各工序中的环境污染,而用好煮籽工序及成品前工序是减菌的关键。     

云南泡藠头和泡辣椒中细菌与真菌群落结构和多样性分析

采用高通量测序技术对云南省昆明市、红河州和文山州地区泡藠头和泡椒的细菌真菌多样性进行解析。基于Shannon指数的α-多样性分析结果表明,3个地区泡菜的微生物多样性、优势度和均匀度存在差异,文山地区泡藠头中细菌群落的多样性最高,且均匀度较好;红河地区泡藠头和泡辣椒真菌菌群结构最丰富。其中,泡藠头和泡椒中优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria),相对丰度分别为99.21%和58.19%;优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella),相对丰度分别为98.07%、19.46%和17.70%;文山和红河泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为接合酵母菌属(Zygosaccharomyces),昆明泡藠头和泡辣椒的优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)。研究表明不同地区、不同种类的泡藠头与泡椒中微生物多样性存在差异。该研究初步揭示了云南附近地州的泡藠头与泡椒中微生物的多样性,为提高云南特色发酵蔬菜的品质提供理论指导。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。     

西藏地区青稞酒曲微生物群落结构及多样性分析

为分析西藏地区青稞酒曲中微生物群落结构组成差异,基于高通量测序技术对西藏7个地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成及多样性进行分析。结果表明,青稞酒曲中富含丰富的微生物类群,且细菌多于真菌;那曲(NQ)样品细菌多样性最高,昌都(CD)样品真菌多样性最高;青稞酒曲中的优势细菌菌群为乳酸杆菌属、明串珠菌属和魏斯氏菌属,优势真菌菌群为根霉菌属和曲霉菌属,不同地区青稞酒曲中优势微生物类群存在一定的共性和差异性。主成分分析表明,NQ、阿里(AL)、日喀则(RKZ)和山南(SN)样品间细菌群落结构相似,CD、林芝(LZ)和拉萨(LS)样品间细菌群落结构相似;AL、NQ、LS、LZ和SN样品中的真菌群落聚为一类,而CD和RKZ各聚为一类。LEfSe差异判别分析表明,不同地区青稞酒曲中均有各自的标志性细菌类群,真菌菌群除SN样品外,其它地区均有标志性真菌类群。结论:西藏不同地区青稞酒曲中的微生物群落结构组成存在明显差异。本研究为进一步开发利用益生微生物类群和复合型酒曲的制备提供了理论依据。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

牦牛曲拉源乳酸菌的产香性能比较

以6株牦牛曲拉源乳酸菌为研究对象,采用固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术检测分析发酵乳中的挥发性风味物质,结合相对气味活度值确定发酵乳中关键性风味物质,比较菌株的产香性能差异。结果表明:共鉴定出60种挥发性风味物质,且不同乳酸菌菌株发酵产生的关键性风味物质的组成及含量存在明显差异。菌株G1产2-庚酮能力强;菌株G1和Q1产生异戊醇与己酸能力强;菌株G2产乙偶姻、糠醇和2-十三酮能力显著高于其他菌株;菌株G4产乙酸和丁酸能力较强。主成分分析结果也表明不同乳酸菌的产香性能存在差异。研究结果可为牦牛曲拉源乳酸菌的应用提供理论依据。     

基于主成分和聚类分析的曲拉品质的综合评价

为提高牧区牦牛曲拉品质的一致性,对我国曲拉主产区的曲拉样品进行综合评价。采集8个地区95份牦牛曲拉样品,对其营养成分、抗氧化指标、色度值及5-羟甲基糠醛(5-hydroxymethylfurfural,5-HMF)进行测定与分析,应用主成分分析筛选曲拉品质评价指标,同时通过聚类分析对曲拉样品进行分类,运用方差分析对曲拉进行综合评价。结果表明,根据相关性分析得到大多数指标间均存在极显著(P0.01)或显著(P0.05)相关性;主成分分析筛选出2个主成分因子,PC1(72.846%)为外观色泽因子,PC2(13.763%)为营养品质因子,L*值、a*值、b*值以及5-HMF含量在PC1上的载荷因子均在0.9以上,说明外观色泽是评价曲拉品质的主要指标;聚类分析可将95份曲拉样品分为4类,且此分类结果与主成分分析结果基本一致。该4类曲拉样品品质存在极显著差异(P0.01),其中总体14.74%左右的曲拉样品品质不佳,69.47%左右的曲拉样品品质良好,15.79%左右的曲拉样品品质优良。     

牦牛曲拉源乳酸菌的耐受性与抑菌性能比较

以源于牦牛曲拉的6株益生乳酸菌为研究对象,比较了耐酸能力、耐胆盐能力、耐渗透压能力和抑菌性能。结果表明:6株乳酸菌菌株的耐酸能力、耐胆盐能力、耐渗透压能力和抑菌性能各不相同。菌株G2、G4、Q1对酸性环境的耐受性最好,G2和G4的耐胆酸盐的能力最强,G2、G4、Q1对高渗透压的耐受性较强,所有菌株在模拟胃肠液环境下的存活率均在90%以上;菌株Q2对大肠杆菌的抑菌效果最强,菌株Q1次之;菌株Q1和Q2对金黄色葡萄球菌的抑制效果较好,其次是菌株G2;对沙门氏菌抑菌作用最强的为菌株Q2,抑菌能力最差为G3;对单增李斯特菌抑菌作用最强的为菌株G4。研究结果可为牦牛曲拉源益生乳酸菌的应用提供理论依据。     

西藏牦牛曲拉中高产酒精酵母菌株的分离及鉴定

从西藏不同海拔地区的曲拉样品分离得到80株酵母菌,经过TTC一级筛选、糖浓度耐性二级筛选和酒精发酵三级筛选获得1株发酵性能较好的菌株XZ3,结合生理生化特征和26S r DNAD1/D2序列分析,鉴定该菌株为Saccharomyces cerevisiae。     

西藏曲拉和发酵乳中抗氧化和益生特性乳酸菌的筛选及鉴定

以抗过氧化氢、清除自由基为抗氧化指标,耐酸、耐胆盐为益生特性指标,对采集自西藏的自然发酵曲拉和发酵乳中乳酸菌进行了分离、筛选和鉴定。结果表明:从9份样品中分得的62株菌有23株对0.3%过氧化氢具备耐受性,其中4-C、5-D、5-E、9-E对DPPH·和·OH清除率最高分别为86.97%±0.11%、27.62%±0.28%;经鉴定5-D、5-E、9-E、4-C分别为Lactobacillus delbrueckii subsp. Jakobsenii、Lactobacillus delbrueckii subsp. Jakobsenii、Lactobacillus gasseri、Pediococcus pentosaceus;此外,菌株5-D、5-E对酸碱和0.3%胆盐均有较好的耐受能力,具备抗氧化和益生特性,有较大潜力应用于天然抗氧化剂的研究与开发,同时也丰富了西藏地区传统牦牛乳制品中乳酸菌资源库的挖掘工作。     

鲟鱼发酵过程中微生物的演替变化分析

为了解鲟鱼发酵中细菌群落多样性及动态演替规律,为发酵鲟鱼的品质提供理论数据,利用Illumina HiSeq测序平台,采集鲟鱼发酵过程中的7个阶段的样品,对样品中的细菌16S rDNA V4~V5区进行测序和系统发育分析。结果表明,样品获得序列数平均为46 463条,各个发酵阶段的操作分类单元数目分别为新鲜鱼样1 064,腌制鱼样952;发酵5 d 454,发酵10 d 442,发酵20 d 327,发酵25 d 372和发酵35 d 356。7组样品中总体细菌组成较为复杂,含有38个门、196个科,在新鲜鱼样中,厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)占主要优势;在腌制阶段,蓝藻门(Cyanobacteria)占主要优势;从发酵开始至结束,厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势。在科水平上,新鲜鱼样中的主要优势菌科为肠杆菌科(Enterobacteriaceae),腌制样品中的主要优势菌科为肠球菌科(Enterococcaceae);从发酵开始至结束,主要的优势菌科为明串珠菌科(Leuconostocaceae),其次是乳杆菌科(Lactobacillaceae)和链球菌科(Streptococceae)。通过HiSeq测序能够更全面解析鲟鱼发酵过程中的细菌多样性;从测序平台提供的微生物多样性信息中发现,各样品间的菌属丰度存在一定的差异性,说明菌群组成与发酵环境密切相关,这为传统腌鱼发酵提供了理论依据和数据支撑。     

发酵过程中鲊鱼的细菌群落动态和品质特征变化

为揭示传统固态发酵鲊鱼发酵过程中细菌菌群结构演变规律及自然发酵本质,采用Illmina HiSeq高通量测序技术分析发酵0～180?d共10?个时间点的细菌群落结构的变化,同时对其质构特征、氨基酸组分、脂肪酸组分的变化规律进行分析。结果表明：整个发酵阶段,包含10?个门类群、30?个纲类群、60?个目类群、90?个科类群、130?个属类群。在发酵初期（0～10?d）,细菌群落多样性丰富,相对丰度大于0.1%的科水平达40多个,其优势菌为葡葡萄球菌科（Staphylococcaceae）（48%）、肠球菌科（Enterococcaceae）（9.46%）、餐古菌科（Cenarchaeaceae）（5.57%）、红细菌科（Rhodobacteraceae）（2.12%）。随着发酵时间的延长（10～50 d）,芽孢杆菌科（Bacillaceae）相对丰度值由0.017%上升为1.35%,乳杆菌科（Lactobacillaceae）由0.018%上升为0.88%,明串珠菌科（Leuconostocaceae）由0.0%上升为0.61%,链球菌科（Streptococcaceae）由0.002%上升为0.32%,莫拉菌科（Moraxellaceae）由0.006%上升为0.31%;而黄杆菌科（Flavobacteriaceae）、海洋螺菌科（Oceanospirillaceae）、假交替单胞菌科（Pseudoalteromonadaceae）、交替单胞菌科（Alteromonadaceae）等随着发酵时间的延长快速下降,餐古菌科（Cenarchaeaceae）下降为零,其优势菌转变为葡萄球菌、肠球菌和乳酸类细菌。另外,肠杆菌科（Enterobacteriaceae）在发酵50 d后有快速生长的趋势,对发酵有不利影响。同时发现质构指标、氨基酸组分含量、饱和脂肪酸含量随着发酵时间的延长而显下降趋势,并与时间在0.01水平（双侧）上显著负相关。因此,发酵时间控制在一定范围内有利于保证产品质量安全。     

西式发酵火腿低钠加工过程中细菌群落结构分析

为探索西式发酵火腿低钠加工过程中细菌群落结构变化差异,采用Illumina MiSeq测序技术对细菌16S rRNA V3～V4高变区进行测序。分类学分析结果表明,所有样品中细菌群落可分为31?门664?属,厚壁菌门（Firmicutes）是低钠组第一优势菌门,葡萄球菌属（Staphylococcus）是低钠组第一优势菌属。结合理化性质分析结果表明,食盐含量、水分含量以及pH值均对西式发酵火腿细菌群落结构具有显著影响。根据京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）对低钠组与对照组加工290?d样品16S rRNA标记基因序列的代谢途径进行预测,低钠组与对照组主要在氨基酸代谢、脂质代谢、人类疾病代谢途径存在差异。研究结果将为开发改善低钠肉制品品质、提高发酵效率的微生物发酵剂提供参考。