利用16S-23S rDNA间隔序列对葡萄酒中的酒酒球菌的鉴定

对从宁夏银川地区自然发酵的葡萄酒中分离得到30株菌株,并对菌株进行分子鉴定、生理生化鉴定和酿酒适应性的筛选.从中优选出4株菌株,对筛选出的4株菌株分别进行了PCR扩增,得到它们的16S～23S rDNAITS片段,并测定所得到片段的DNA序列.将测定结果与GenBankDNA数据库已知的菌种对比,确定4株菌株均为酒酒球菌.     

利用16S rDNA序列及tuf-RFLP鉴定蒙古国发酵乳中的乳酸菌

运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳杆菌保加利亚亚种,2株发酵乳杆菌,1株乳明串珠菌,2株肠膜明串肠膜亚种,1株乳酸乳球乳酸亚种和12株属于干酪族的菌株。由于干酪乳杆菌族的16S rDNA序列差异很小,故采用tuf-RFLP技术对这12株进行了进一步的验证,通过分离菌株与模式菌株tuf-RFLP图谱的比较分析,结果表明这12株菌均为干酪乳杆菌。     

酸马奶中乳杆菌Lb.casei.Zhang和ZL12-1的16S rDNA基因序列及聚类分析

利用遗传学方法对分离自内蒙古锡林郭勒盟牧区采集的酸马奶样品中的乳杆菌Lb．casei．Zhang和ZL12-1的16S rDNA扩增与测序．并将结果与同属的乳杆菌作同源性分析，建立系统发育树，以求更准确地确定其归属，为益生菌的筛选奠定基础。结果表明，菌株Lb.casei.Zhang标准菌株Lb．casei ATCC334^T同源性为100％，菌株zLl2—1与标准Lb.gallinanum ATCC 33199^T的同源性为98％。结合系统发育树及16S rDNA的部分序列分析结果，将Lb.casei.Zhang判定为Lb．caseissubsp.casei.ZL12-1鉴定为Lb.gallinanum，这与传统分类方法所得鉴定结果一致。     

应用16S rDNA全序列测序技术鉴定生鲜乳中的细菌种类

采用玻璃珠法提取生鲜乳中分离的34株细菌基因组DNA,用细菌通用引物(27f/1492r)PCR扩增16S r DNA片段并测序,与Gen Bank数据库同源序列比对,系统发育树聚类分析,并结合形态学和生理学特征确定了34株菌的种属地位。结果表明,共鉴定出16个种属。3个生鲜乳样中细菌种类及其分布特点不同。其中1号样有7种细菌,以Acinetobacter sp.(不动杆菌属)为主,2号样有6种细菌,以Klebsiella sp.(克雷贝氏杆菌属)为主,3号样有6种细菌,分布较为分散。从致病性来看,分离菌株主要为条件致病菌或腐败菌,无烈性致病菌。      

16S rDNA-RFLP技术鉴定西藏地区乳制品中的乳杆菌

将16S rDNA PCR技术和RFLP技术相结合,对分离自乳制品中的乳杆菌进行分类和鉴定.从我国西藏地区传统发酵乳中分离出51株乳杆菌,采用通用引物扩增16S rDNA,利用限制性内切酶AluI,HaeIII和HinfI将16S rDNA扩增产物进行酶切后,经聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱将菌种鉴定到种的水平.根据16S rDNA-RFLP的结果从中选出8株有代表性的菌株进行生理生化实验和16S rDNA序列的测定,实验结果与RFLP鉴定结果相吻合,表明此方法是一种快速、准确的可用于大量乳杆菌分类和鉴定的方法.     

熟制鲍鱼残留细菌的分离及16S rDNA鉴定

为控制熟制鲍鱼残留的细菌污染,采用平板划线分离技术对烘制加工后鲍鱼中残留的主要菌群进行分离,并通过菌落形态观察、革兰氏染色分析和16S rDNA 序列比对等方法对其进行鉴定. 结果表明,残留在烘制加工后鲍鱼的主要菌群有希瓦氏菌属、不动杆菌属、库特氏杆菌属、海洋类香菌、蜡样芽孢杆菌、肠杆菌属、彭氏变形杆菌等.     

利用16S rDNA序列分析鉴定一株产抗菌物质的微生物菌株

从桃子上分离纯化得到1株产抗菌物质的菌株,命名为fmb3菌,通过抑菌实验发现该菌对革兰氏阳性菌蜡样芽孢杆菌、革兰氏阴性菌大肠埃希菌和真菌扩展青霉等3种常见食品病原菌具有显著的抑菌效果。利用16SrDNA分析对该菌作了系统进化鉴定,首先提取fmb3菌基因组DNA,根据不同种属的细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物,对fmb3菌16SrDNA片断进行PCR扩增,对扩增得到的目标片段测序,并且利用NCBIBLAST对测序结果进行比对,构建系统进化树进行分析,初步确定该菌属于枯草芽孢杆菌。     

26S rDNA序列分析法鉴定开菲尔发酵液中的酵母菌

利用26S r DNA D1/D2区序列分析法鉴定了内蒙古牧区传统开菲尔发酵液中的酵母菌,为筛选可发酵特色乳酒的酵母菌奠定基础。对所分离纯化得的酵母菌进行菌落特征和细胞显微形态区分,在形态鉴定基础上,选择代表菌进行26S r DNA D1/D2区序列分子鉴定。结果表明,共分离到36株酵母菌,形态聚类为5类,经DNA提取、26S r DNA D1/D2区PCR扩增、酶切、基因序列分析和同源性比对,鉴定为5种分子类型的酵母菌,分别为胶红酵母菌(Rhodotorula mucilaginosa)、诞沫假丝酵母菌(Candida zeylanoides)、发酵毕赤酵母菌(Pichia fermentans)、酿酒酵母菌(Saccharomyces cerevisiae)、有孢圆酵母菌(Torulaspora delbrueckii)。传统开菲尔发酵液中分离到的酿酒酵母,具有可发酵特色乳酒的潜质。     

蒙古国传统发酵乳中部分乳杆菌16S rRNA-RFLP的分类

采用16S rRNA-RFLP技术对分离自蒙古国乌兰巴图周边地区酸马奶中部分乳杆菌进行分类和鉴定。结合HaeIII,AluⅠ和HinfⅠ三种限制性内切酶RFLP的分析,将26株乳杆菌鉴定为Lactobacillus helveticus(18),actobacillus plantarum(7)和Lactobacillus casei(1)。在此基础上采用了16S rRNA基因序列分析的方法对本研究的26株乳杆菌进行验证,实验结果与16S rRNA-RFLP鉴定结果相吻合,表明此方法是一种快速、准确用于大量乳杆菌分类和鉴定的方法。     

发酵乳球菌菌株的PCR鉴定

对9株发酵乳球菌标准菌株进行MRS固体平板培养基划线分离和镜检观察,采用特异性PCR对其进行鉴定,划线分离得到11株菌;依据各菌种代谢酶编码基因序列差异设计菌种特异性PCR引物,进行PCR扩增,将其在菌株水平上鉴定为9株菌(6株乳酸乳球菌、2株嗜热链球菌和1株无乳链球菌)。实验还获得了2个乳酸乳球菌的种特异性PCR引物LclamyLF-R和LclmapA2F-R、2个嗜热链球菌的种特异性PCR引物SttglgPF-R和SttamyLF-R以及可能是标准菌株AS1.1936的株特异性的PCR引物LclamyYF-R。     

16S rDNA序列关键位点的信息论分析

16S rDNA中含有较多的菌种特异性信息,但是如何使用这些信息进行菌种鉴定却因不同菌种间序列的特征变化缺少规律而变得困难。作者使用信息论方法对那些种内较保守,种间变异明显的关键位点进行研究。结果表明,16S rDNA序列中仅有少数位点对菌种的分类是重要的。基于少数关键位点的相似度比传统的全序列鉴定有着更好的统计学特性。     

16S rDNA克隆法分析小曲优势细菌

用16S rDNA克隆法对某酒厂小曲中优势细菌进行分析,以期探讨强化酵母菌制曲后酒体风味变差的问题.用SDS-酶裂解法提取小曲总DNA,采用细菌通用引物对用PCR方法扩增其16S rDNA,并对PCR产物进行克隆与测序分析.结果表明,小曲中的优势细菌种类是以植物乳杆菌为主的乳酸菌.故强化制曲后发酵生产的白酒中乳酸乙酯含量增加,乙酸乙酯含量下降,造成酒整体风味变差.     

一株新的海洋放线菌所产黄色素稳定性研究及其16S rDNA序列分析

对一株分离自威海海域的产黄色素的海洋放线菌新菌株MA01进行了色素提取方法及其稳定性的研究。测定其最大吸收波长,考察了pH、光照、温度、金属离子、氧化剂和还原剂、防腐剂等因素对黄色素稳定性的影响。此外,对菌株MA01进行分子鉴定,利用PCR技术扩增其16S rDNA序列,并构建了系统进化树。实验结果表明,该黄色素在300nm处有最大吸收峰,超声波法提取色素优于溶剂法。该黄色素为水溶性色素,易溶于甲醇和乙醇,在弱酸性、中性和碱性条件下稳定,温度小于60℃时热稳定性良好,对紫外光和可见光照射稳定性良好,基本不受金属离子K+、Na+、Mg2+、Mn2+、Ca2+影响,防腐剂食盐和蔗糖对其均无不良影响。该黄色素不耐氧化剂,还原剂也会降低其稳定性。16S rDNA序列分析和系统进化树显示菌株MA01与多株Streptomyces sp.的16S rDNA具有99%的相似性,初步鉴定菌株MA01是链霉菌属Streptomyces sp.的一种。菌株MA01具有较高的研究和开发价值。      

硅酸盐细菌B925对烟草黑胫病菌的抑制作用及其16S rDNA序列分析

用从烟草根际土壤中分离的一株硅酸盐细菌B925及其发酵原液和发酵液的无菌滤液进行了对峙培养促进烟草种子萌发、离体叶片接种法和室内盆栽防治烟草黑胫病试验16S rDAN序列分析。结果表明:①B925发酵液处理能促进烟草种子萌发;②能减轻烟草黑胫病的扩展。对烟草黑胫病的预防作用为58.3%;③该菌为胶质芽孢杆菌。     

基于16S rDNA测序研究白酒对大鼠肠道菌群的影响

为探究浓香型白酒对SD大鼠肠道微生态的影响,通过连续8周灌胃适当剂量乙醇,建立SD大鼠慢性酒精性肝损伤模型,同时,灌胃相同剂量的白酒,考察白酒和乙醇对SD大鼠血脂、肝脏指标的影响及造成的肠道菌群变化。结果显示,连续8周灌胃乙醇造成SD大鼠一定程度的酒精性肝损伤,而白酒组的肝损伤程度显著低于乙醇组。多样性分析表明乙醇组SD大鼠肠道菌群丰富度和多样性降低,而白酒的摄入可以回调这种现象。菌群结构分析表明乙醇干预和白酒干预之间存在显著差异,其中白酒干预组物种组成与对照组更加接近。差异性分析筛选出白酒组和乙醇组的3个潜在差异微生物标志物,分别为g＿Eubacterium＿rumminantium＿group、g＿U29-B03和g＿unclassified＿f＿Oscillospiraceae。该研究结果表明白酒可能通过调节肠道微生态来减轻乙醇诱导的轻度肝损伤。     

Isolation and identification of Alicyclobacillus acidocaldarius by 16S rDNA from mango juice and concentrate

In this study we investigate the spoilage of ultra high temperature UHT mango juice as well as a carbonated fruit juice blend to identify organisms contributing to the spoilage. The mango concentrate, the final product, as well as the other ingredients used during manufacturing, were tested for the presence of Alicyclobacillus by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing analyses. Microbiological examination of the mango pureé and spoiled fruit juices, using YSG agar [yeast extract 2 g, glucose 1 g, soluble starch 2 g, pH 3.7 (adjust with 2N H₂SO₄), H₂O 1000 mL, bacto agar 15 g] incubated at 55 °C, detected sporeforming, acid dependent and thermotolerant bacteria. The hyper variable region of the 16S rDNA was amplified. The nucleotide sequence of the PCR fragments was determined using the ABI Prism 310 automated DNA sequencer and the collected sequencing data were analysed and compared with the non‐redundant database using NCBI‐BLAST. Alicyclobacillus acidocaldarius were isolated and identified by 16S rDNA gene sequences analyses. The results indicated that the mango purèe, as well as the final product of mango juice and the fruit juice blend, were positive for Alicyclobacillus. The preventative measures of low pH, pasteurization of mango juice and the subsequent use of aseptic packaging were not regarded as sufficient to prevent the outgrowth of Alicyclobacillus spoilage organisms.     

Rapid identification and classification of bacteria by 16S rDNA restriction fragment melting curve analyses (RFMCA)

The aim of this work was to evaluate restriction fragment melting curve analyses (RFMCA) as a novel approach for rapid classification of bacteria during food production. RFMCA was evaluated for bacteria isolated from sous vide food products, and raw materials used for sous vide production. We identified four major bacterial groups in the material analysed (cluster I-Streptococcus, cluster II-Carnobacterium/Bacillus, cluster III-Staphylococcus and cluster IV-Actinomycetales). The accuracy of RFMCA was evaluated by comparison with 16S rDNA sequencing. The strains satisfying the RFMCA quality filtering criteria (73%, n=57), with both 16S rDNA sequence information and RFMCA data (n=45) gave identical group assignments with the two methods. RFMCA enabled rapid and accurate classification of bacteria that is database compatible. Potential application of RFMCA in the food or pharmaceutical industry will include development of classification models for the bacteria expected in a given product, and then to build an RFMCA database as a part of the product quality control.