藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

浓香型白酒发酵过程中酒醅微生物群落结构解析及其与风味物质的相关性

以浓香型白酒连续发酵的酒醅样品为研究对象,基于高通量测序技术分析白酒发酵过程微生物群落组成及动态变化,采用气相色谱-质谱联用（gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS）法测定酒醅样品中的挥发性风味物质,并分析微生物群落与风味物质的相关性。结果表明,发酵过程中酒醅样品细菌的丰富度和多样性高于真菌,厚壁菌门（Firmicutes）和子囊菌门（Ascomycota）分别是丰度最高的优势细菌门和真菌门。平均相对丰度大于1%的优势细菌属有乳杆菌属（Lactobacillus）、蚤蝇属（Levilinea）和普雷沃菌属（Prevotella）等;优势真菌属有酵母菌目的未分类属（unclassified Saccharomycetales）、嗜热真菌属（Thermomyces）和曲霉属（Aspergillus）等。微生物与主要风味物质的相关性研究发现,在浓香型白酒发酵过程中,与主要风味物质相关的微生物包括8 个菌属,分别为Thermomyces、Naumovozyma、酵母属（Saccharomyces）、Lactobacillus、醋酸杆菌（Acetobacte）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium）、假丝酵母属（Candida）和Aspergillus。     

基于高通量测序技术分析不同地区自然陈化广陈皮表面微生物群落多样性

采用高通量测序技术对不同地区自然陈化1年广陈皮表面微生物群落多样性进行分析,比较群落结构的差异。结果表明,不同地区自然陈化1年广陈皮微生物丰富度和多样性差异不显著（P＞0.05）,群落结构相似,但相对丰度存在差异。北京地区优势细菌属为Methylocella、苔藓杆菌属（Bryobacter）等,优势真菌属为短梗霉属（Aureobasidium）、炭疽菌属（Colletotrichum）等;四川地区优势细菌属为甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）等,优势真菌属为Symmetrospora、曲霉属（Aspergillus）等;广东地区优势细菌属为Rubellimicrobium、乳杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌属为假尾孢属（Pseudocercospora）、毛壳菌属（Chaetomium）等;云南地区优势细菌属为罗尔斯顿菌属（Ralstonia）、Glutamicibacter等,优势真菌属为平脐疣孢属（Zasmidium）、拟暗球腔菌属（Phaeosphaeriopsis）等。     

西藏产区葡萄表皮及根际土壤真菌群落结构组成分析

为探究西藏地区葡萄表皮及根际土壤真菌群落结构组成,采用高通量测序技术对西藏芒康和林芝地区葡萄表皮及根际土壤样品进行真菌群落多样性分析。结果表明,芒康葡萄根际土壤（MS）真菌多样性最高,林芝葡萄（LG）真菌多样性最低。在门分类水平上,2个地区样品中的优势类群均为子囊菌门（Ascomycota）,其相对丰度为76.06%～99.60%;在属分类水平上,不同样品中的优势菌群不同,林芝葡萄（LG）和芒康葡萄（MG）表皮样品中的优势菌属分别为枝孢属（Cladosporium）和汉逊酵母属（Hanseniaspora）,其相对丰度分别为64.43%和31.59%,而林芝（LS）和芒康（MS）葡萄根际土壤样品中的优势菌属分别为镰胞菌属（Fusarium）和被孢霉属（Mortierella）,其相对丰度分别为50.02%和20.16%;主成分分析表明,不同样品中真菌群落结构组成差异较大,不同地区葡萄表皮和根际土壤真菌群落结构组成相似;冗余分析表明,土壤中总钾（TK）、pH、总氮（TN）、总磷（TP）和速效氮（AN）对真菌群结构组成影响较大,而土壤电导率（EC）和有机质（SOM）影响不明显。综上所述,葡萄表皮和根际土壤富含丰富的真菌微生物,且不同地区样品间群落结构组成相似。西藏葡萄表皮及根际土壤微生物多样性的研究为开发本地特色微生物提供了理论依据。     

再造烟叶生产过程物料微生物群落结构分析

为分析造纸法再造烟叶生产过程微生物的多样性及其分布与变化情况,以再造烟叶生产过程各物料为研究对象,采用Illumina高通量测序技术对25个物料样品的细菌16S rRNA V3-V4区和真菌ITS序列进行测序分析,获得了生产过程物料细菌和真菌丰度及群落组成情况。结果表明:①再造烟叶生产过程物料中共检测出393个细菌属和165个真菌属,其中优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假丝酵母属（Candida）和曲霉属（Aspergillus）;②生产过程不同物料微生物群落多样性和结构存在明显差异,聚类分析显示细菌属多样性和结构变化相对较小而真菌属变化相对较大;③从萃取到制涂布液过程中,细菌乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度逐渐增加,而真菌假丝酵母属（Candida）相对丰度总体逐渐降低。      

酱香大曲间微生物群落结构时空特征的表征

为比较不同区域、企业、场地及陈曲时间所得酱香型大曲的微生物群落多样性特征差异,本文描述了应用Illumina MiSeq 2×300研究6种不同类型的14个酱香型大曲样品的微生物群落组成。结果表明,优势微生物属于4个不同细菌目和真菌目,其相对丰度分别超过了96.48%和79.75%。芽胞杆菌目(Bacillales)、肠杆菌目(Enterobacteriales)、乳杆菌目(Lactobacillales)和放线菌目(Actinomycetales)等为优势细菌目,优势真菌则是酵母菌目(Saccharomycetales)、肉座菌目(Hypocreales)、散子囊菌目(Eurotiales)和丝孢酵母目(Trichosporonales)。这些样品检测结果的聚类和非度量多维测度(NMDS)的分析显示,茅台镇与其它类型的样品间其曲心群落多样性差异明显,前者的葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、片球菌属(Pediococus)、假丝酵母属(Candida),曲霉属(Aspergillus)等属微生物丰度较高。在二郎镇地区生产的酱曲香大曲的群落结构组成也不同,陈曲时间也致使其群落多样性呈现差异。这些结果揭示了酱香型大曲的微生物群落具有显著的时空性特征。     

浓酱兼香型白酒发酵酒醅微生物群落及理化指标对正丙醇产出的影响

该研究从24份浓酱兼香型白酒二轮次出池酒醅筛选出正丙醇含量高、中、低酒醅样品,对其理化指标进行分析,采用高通量测序技术分析其微生物群落结构,基于冗余分析（RDA）探讨正丙醇产量与理化因子、微生物群落相关性。结果表明,3份酒醅样品水分、总酸、还原糖以及氨基酸态氮含量差异显著（P＜0.05）;共检出16个微生物属（3个细菌属,13个真菌属）,其中,共有优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（相对丰度＞1%）,共有优势真菌属为曲霉属（Aspergillus）、伊萨酵母属（Issatchenkia）（相对丰度＞1%）。RDA结果表明,酒醅的水分、氨基酸态氮、总酸、乳杆菌属、曲霉属、伊萨酵母属、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、毕赤酵母属（Pichia）与正丙醇产出呈负相关,还原糖、毛孢子菌属（Trichosporon）、枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）与正丙醇产出呈正相关。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

湖南地区酱香型白酒酒醅细菌多样性及其与基酒风味物质相关性分析

采用高通量测序技术分析湖南地区酱香型白酒酒醅细菌群落结构及变化规律,利用顶空固相微萃取-气相色谱质谱联用(HS-SPME-GC-MS)分析轮次酒的风味物质构成,并阐释酒醅细菌菌群与风味物质的相关性。结果表明,酒醅样品中共检出25个门,308个属。优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、醋杆菌属(Acetobacter)、劳尔氏菌属(Ralstonia)和芽孢杆菌属(Bacillus)等,其中乳杆菌属(Lactobacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)为各轮次共有的优势菌属。各轮次基酒中共检出83种风味物质,相关性分析结果表明,克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、小球菌属(Pediococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和醋杆菌属(Acetobacter)等与风味物质相关性较强。相较于其他产区,湖南地区酱香型白酒酒醅样品细菌群落结构、优势菌门种类数量、群属丰度及轮次基酒风味物...     

白酒生产不同酒曲微生物群落结构、理化指标及挥发性风味物质研究

基于高通量测序技术对大曲、小曲、混合曲微生物群落结构进行分析，采用常规方法测定其理化指标，通过顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用（HS-SPME-GC-MS）技术检测其挥发性风味物质，并探究微生物与理化指标、挥发性风味物质间的相关性。结果表明，3种酒曲样品中共检测到10个优势细菌属和7个优势真菌属，共同优势细菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）、不动杆菌属（Acinetobacter），共同优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、未归类毛霉菌门（norank＿p＿＿Mucoromycota）,3种酒曲中共发现11种差异细菌属和5种差异真菌属，且差异真菌属多为优势菌属。3种酒曲在理化指标上存在差异混合曲的液化力、糖化力最高。3种酒曲中共检测到22种挥发性风味物质，其中，大曲、小曲、混合曲中分别检测出14种、12种、13种。相关性分析结果表明，部分微生物与理化指标、挥发性风味物质间存在一定的相关性。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

锡林郭勒牧区酸马奶天然发酵剂中风味物质及微生物多样性

本试验以锡林郭勒牧区酸马奶天然发酵剂为研究对象,探究其风味物质及微生物多样性。采用液液萃取-气相色谱-质谱联用（LLE-GC-MS）技术测定酸马奶天然发酵剂中的风味物质,同时基于Illumina MiSeq高通量测序技术对细菌16S rRNA基因V3-V4可变区和真菌ITS区测序并分析菌群结构,并对其相关代谢通路进行分析及预测。结果表明,天然发酵剂中共检测到43种风味物质,主要风味物质为L-乳酸、棕榈酸、月桂酸、辛酸乙酯、乳酸乙酯、月桂酸乙酯、2, 3-丁二醇、十二硫醇、异戊醇等。高通量测序共获得180069条细菌和187397条真菌优化序列。细菌群落主要包括乳杆菌属、醋酸菌属、乳球菌属和链球菌属等,其中乳杆菌属为优势细菌属,相对丰度为72.26%。真菌群落主要包括德克酵母属和克鲁维酵母属,其中德克酵母为优势真菌属,相对丰度94.09%。经基因功能预测,发酵剂碳水化合物代谢及氨基酸代谢功能突出,且存在大量代谢通路中的酶基因,为酸马奶发酵过程风味物质的形成奠定了基因学基础。     

西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成分析

基于高通量测序技术对西藏林芝地区不同品种葡萄果实表皮细菌和真菌菌群的多样性及群落组成进行分析。结果表明,不同品种葡萄果实表皮微生物群落多样性差异明显,‘夏黑’葡萄果实表皮微生物丰富度和多样性指数最高,‘火焰无核’葡萄果实表皮最低。优势细菌属（相对丰度>1%）主要有伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、SJA-15、劳尔氏菌属（Ralstonia）、异样根瘤菌属（Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）和阿菲波菌属（Afipia）,优势真菌属主要为球腔菌属（Mycosphaerella）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢属（Cladosporium）和枝顶孢属（Acremonium）。结果显示,不同品种葡萄果实表皮微生物群落结构组成及相对丰度差异明显,说明葡萄品种影响葡萄果实表皮微生物群落结构组成。     

高通量测序分析不同采集保存温度下甘南牧区牦牛酸奶真菌多样性

采用Illumina NovaSeq 高通量测序技术,对4种不同采集保存温度条件下采集自甘南牧区牦牛酸奶扩增真菌ITS2区序列进行测序,进行OTU聚类、Alpha多样性和Beta多样性等分析,比较不同采集保存温度下样品的真菌群落结构和多样性。结果表明,甘肃甘南牧区牦牛酸奶真菌主要为子囊菌门（Ascomycota）,其丰度占总数的82.09%～99.25%;真菌菌属中酵母菌属（Saccharomyces）丰度占总数23.98%～63.49%,克鲁维酵母菌属（Kluyveromyces）丰度占总数16.08%～31.89%,毕赤酵母属（Pichia）丰度占总数3.39%～35.21%,为样品中的优势菌属。4种不同采集保存温度条件下采集甘南牧区牦牛酸奶样品真菌多样性分析比较后无显著差异,各分类水平下,不同组别菌群组成基本相同,各菌群在不同组别中只是占比不同。各分类水平真菌群落组成基本相同,仅组成比例不同。     

咸丰和当阳地区鲊广椒细菌群落结构差异性研究

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、盐单胞菌属（Halomonas）和明串珠菌属（Leukonostoc）。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区（P＜0.01）,同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异（P＜0.05）,乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属（Enterobacter）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和芽孢杆菌属（Bacillus）等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。     

西藏牦牛奶酪的微生物群落结构与风味物质分析

为找出对西藏牦牛奶酪风味物质产生重要影响的微生物，采用高通量测序技术分析样品的微生物群落多样性，采用顶空固相微萃取与气相色谱-质谱联用技术(headspace solid-phase microextraction and gas chromatography-mass spectrometry, HS-SPME-GC-MS)测定其挥发性风味物质。结果表明，西藏牦牛奶酪中的优势细菌属为乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、醋杆菌属(Acetobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)等，优势真菌属为地霉属(Geotrichum)、unclassified-f-Dipodascaceae、Tausonia、毕赤酵母属(Pichia)等，且不同地区奶酪中优势菌属有所差异。西藏牦牛奶酪中共检出43种挥发性成分，其中主要风味物质为己醛、庚醛、辛醛、壬醛、癸醛、2-壬酮、己酸乙酯、辛酸乙酯、1-庚醇、2,3-丁二醇等。乳球菌属、乳杆菌属、克鲁维酵母属、地霉属、毕赤酵母属是与风味物质间相关性较高的微生物，可能会对西藏牦牛奶酪的风味产生重要影响。该研究...     

浓香型白酒生产区土壤微生物群落结构的季节性变化

采用高通量测序技术对浓香型白酒生产车间外的土壤微生物季节性变化趋势及主要影响因子进行分析,并与酿酒相关微生物进行比对。结果表明,土壤微生物群落结构和多样性有显著的季节性变化,冬季土壤微生物总数量显著高于夏季,季节对细菌的影响大于真菌。细菌优势菌群不同季节相对丰度占比无显著性差异（P＞0.05）,真菌优势菌群子囊菌门（Ascomycota）呈极显著性差异（P＜0.01）。通过冗余分析（RDA）,pH和有机碳分别是影响细菌和真菌群落结构变化的主要环境因子,解释率分别为12.7%、7.6%。此外,土壤中发现有酿酒微生物的存在,细菌共有11个菌属,真菌共有18个菌属,瘤胃球菌属（Ruminococcus）和芽孢杆菌属（Bacillus）是优势细菌菌群,镰刀菌属（Fusarium）、曲霉属（Aspergillus）、枝孢菌属（Cladosporium）则是优势真菌菌群。     

应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性

为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。