应用PCR-DGGE技术研究贮藏期内冷鲜羊肉表面的优势菌

为研究冷鲜羊肉表面存在的主要菌群,应用传统微生物培养方法和变性梯度凝胶电泳方法,探讨冷鲜羊肉在4 ℃条件下的贮藏期以及这期间其表面的主要优势菌。结果表明,随着4 ℃贮藏时间的延长,羊肉表面细菌总数增加,当贮藏第7天时,菌落总数达到1.4×106 CFU/g,肉已腐败变质;对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳图谱进行切胶回收测序后表明,冷鲜羊肉中检测到的细菌为假单胞菌（Pseudomonas）、热死环丝菌（Brochothrixsp.）、乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）、嗜冷杆菌（Psychrobacter）以及芽孢杆菌（Bacillus）,其中,假单胞菌和热死环丝菌是导致冷鲜羊肉腐败变质的主要优势菌。     

传统分离培养结合PCR-DGGE技术分析广式腊肠中优势菌

采用传统培养方法结合聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)指纹技术对广式腊肠中微生物种群结构进行研究,分析广式腊肠发酵过程的优势微生物群落。结果表明:在传统分离培养中共得到葡萄球菌19株,乳酸菌12株,通过生理生化鉴定得到4株葡萄球菌(P1～P4)和2株乳酸菌(L1、L2)。DGGE指纹图谱显示广式腊肠混合菌群中有3条条带无对应的纯菌株而纯菌株中有1株在混合菌群的图谱上没有相应的条带。进一步的序列分析和相似性比较得出,P1、P4为木糖葡萄球菌,P2、P3、L1、L2分别为孔氏葡萄球菌、阿尔莱特葡萄球菌、格氏乳球菌、乳杆菌属。确定广式腊肠细菌菌群方面的主要优势菌为腐生葡萄球菌、乳杆菌属、木糖葡萄球菌。传统分离法与PCR-DGGE技术结合能够更有效、更全面地分析广式腊肠中微生物群落结构及优势菌。     

PCR-DGGE分析即食鲍鱼加工过程中菌群变化

为研究即食鲍鱼加工过程中细菌群落变化,提取不同加工处理阶段的鲍鱼细菌总DNA进行聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析,考察即食鲍鱼加工过程主要菌群变化规律,解析变质的即食鲍鱼产品中腐败菌的多样性。结果表明:从5组鲍鱼样品中提取19个DGGE优势条带中,共检出4个门,7个纲,12个菌属。5组样品中共同的优势菌有:埃希氏菌、稳杆菌和沙雷氏菌。腐败的即食鲍鱼中发现的主要优势菌——蜡样芽孢杆菌,由于具有较高的耐受性,在熟制鲍鱼加工后期仍有残留。建议鲍鱼加工过程中应严格控制加工后期冷却及包装环境卫生,降低芽孢杆菌、短稳杆菌、埃希氏菌和沙雷氏菌等腐败菌对即食鲍鱼的贮藏造成的食品安全危害。     

PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性

以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。     

反复冻融对速冻水饺菌相变化的影响

本文同时采用PCR-DGGE(聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳)方法和传统平板培养法两种方法研究了反复冻融条件下造成的温度波动对速冻水饺中微生物数量及其种类多样性的影响。并向水饺中人为添加金黄色葡萄球菌,分析反复冻融条件下金黄色葡萄球菌数量的动态变化及其对水饺中菌相的影响。研究结果表明随着反复冻融次数的增加,水饺中的微生物数量均呈显著增加趋势(P0.05),人工接种金黄色葡萄球菌处理组水饺中金黄色葡萄球菌数量从速冻后的3.49 lg CFU/g增加至5.07 lg CFU/g,已经达到了可导致葡萄球菌属中毒的水平(105CFU/g)。PCR-DGGE结果表明,乳酸菌、假单胞菌和热杀索丝菌为反复冻融过程水饺中的优势菌株,葡萄球菌属在后期数量较多成为反复冻融后期的优势菌株,与传统平凡培养方法结果基本一致。     

PCR-DGGE分析西藏雪莲菌细菌多样性

细菌是雪莲菌中的重要功能菌群,对于雪莲菌的形成及其功能作用的发挥有着重要作用,因而探明其细菌的种群特征具有重大意义。本文采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和16S r DNA测序技术对3个西藏雪莲菌颗粒(A、B和C)中细菌多样性进行了研究。DGGE电泳结果显示,样品的丰度值介于12~16之间,细菌多样性指数在1.79~2.11之间,相似性指数在0.62~0.77之间。通过对DGGE指纹图谱优势条带切胶测序结果显示:它们分别属于马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir)、气单胞菌属(Aeromonas)和醋酸菌属(Acetobacter)。旨在为雪莲菌微生物资源开发以及加快雪莲菌工业化生产奠定基础。     

PCR-DGGE技术及其在食品菌相分析中的应用

传统培养、鉴定的方法研究微生物菌相变化的缺点突出,不易对微生物的变化情况进行实时的分析.近年来,使用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析食品中菌群变化情况的优点逐渐突显.本文介绍了PCR-DGGE技术的原理、优点和缺点,以及在食品菌相研究中的应用,并对该技术在食品微生物研究中的前景进行了展望.     

气调包装酱卤鸭翅贮藏过程中菌群结构分析

运用传统细菌平板培养和聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电脉方法研究气调包装酱卤鸭翅15 ℃贮藏过程中微生物菌群结构变化。细菌总数计数结果表明,产品生产的卫生条件较好,细菌初始污染菌数较低（小于2（lg（CFU/g）））,至贮藏第9天左右产品细菌总数超过4（lg（CFU/g））。变性梯度凝胶电脉指纹图谱结果表明,贮藏初期产品的初始污染菌主要为不动杆菌属,至贮藏末期,产品中的主要菌群有嗜冷杆菌、莫拉氏菌、链球菌等,其中嗜冷杆菌属成为产品贮藏末期的优势菌。     

基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性

以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。     

PCR-DGGE技术检测羊羔美酒大曲中细菌多样性

目的：使用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denatured gradientgelelectrophoresis,PCR-DGGE）技术检测羊羔美酒大曲中的细菌,探寻酒曲中细菌菌群的多样性组成,研究羊羔美酒的风味特征。方法：对羊羔美酒大曲进行样品处理、提取总DNA、PCR扩增、DGGE条带的切胶与测序分析。结果：利用PCR-DGGE技术检测到羊羔美酒大曲中包含魏斯氏菌属（Weissella）、乳杆菌属（Lactobacillus）、片球菌（Pediococcus）、芽孢乳杆菌（Sporolactobacillus）、葡萄球菌（Staphylococcus）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）和4 个不可培养的细菌种类。结论：羊羔美酒大曲中细菌菌群多样性丰富,其中乳酸菌菌群是最大的细菌群系。     

冷却牦牛肉贮藏过程中优势菌的 PCR-变性梯度凝胶电泳分析

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化.直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指纹图谱,并对主要条带进行测序分析.结果表明:检测到的优势腐败菌为Pseudomonas sp.(假单胞菌)、Lactococcus sp.(乳球菌)、Acinetobacter sp.(不动杆菌)、Brochothrix thermosphacta(热死环丝菌)、Enterobacteriaceae bacterium(肠杆菌科细菌),此外还检测到Uncultured Citrobacter sp.(非培养的柠檬酸杆菌)和Staphylococcus sp.(葡萄球菌)     

鲫鱼贮藏过程中微生物菌相PCR-DGGE分析及其防腐保鲜

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-amplification and denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术,分析4℃冷藏条件下鲫鱼肌肉和鱼鳃的菌相组成及变化,并利用不同浓度(效价分别为67 608、32 359、2 239、1 820、1 157 IU/m L)抗菌脂肽溶液对鲫鱼进行浸泡处理,以未处理作为对照,分别测定其菌落总数、挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)、p H值和硫代巴比妥酸(thiobarbituric acid,TBA)等指标,评价抗菌脂肽对鲫鱼冷藏保鲜效果。结果表明:鲫鱼贮藏过程中的微生物具有多样性,PCRDGGE技术确定气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和热杀索丝菌属(Brochothrix thermosphacta)为鲫鱼鱼肉的主要腐败菌群,荧光假单胞菌是鲫鱼贮藏过程中的优势腐败菌。而棉子糖乳球菌属(Lactococcus raffinolactis)、从毛单胞菌属(Comamonas sp.)和气单胞菌属(Aeromonas sp.)为鲫鱼鱼鳃的主要腐败菌群,表明鱼肉和鱼鳃在贮藏过程中,导致腐败的主要腐败菌群有一定差异性。同时,不同浓度的抗菌脂肽对鲫鱼均有明显的防腐保鲜作用,有效抑制了鲫鱼菌落总数、TVB-N值和TBA值的增加以及p H值的升高。其中,高浓度抗菌脂肽(效价为67 608 IU/m L)在4℃贮藏条件下使鲫鱼的货架期延长了6 d,说明抗菌脂肽对鲫鱼具有良好的保鲜作用,能明显延缓鲫鱼的腐败变质。     

液熏罗非鱼片加工过程中微生物群落的PCR-DGGE 分析

为弄清液熏罗非鱼片加工过程中微生物污染的源头,以进一步防控产品的微生物污染提供依据。应用基于细菌16S rDNA 的PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR- 变性梯度凝胶电泳)技术分析液熏罗非鱼片主要加工关键环节的微生物群落结构,提取样品中的细菌总DNA,对细菌的16S rDNA 的V6～V8 区段进行PCR 扩增后,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),对DGGE 图谱进行微生物多样性分析,对主要条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明：10 个条带所代表的优势种很可能来源于以下几个属：巨型球菌属(Macrococus)、微球菌属(Micrococus)、肠道细菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、突柄杆菌属(Prosthecobacter)、布特菌属(Buttiauxella),其中肠道细菌属、微球菌属、假单胞菌属和弧菌属细菌都具有使产品腐败的潜能。本研究表明：液熏罗非鱼片中呈现微生物多样性,PCR-DGGE 技术可用于研究液熏罗非鱼片加工过程中的微生物群落结构及变化,且具有一定的优越性。     

基于PCR-DGGE方法分析榨菜中乳酸菌群落结构

为了深入了解榨菜中的乳酸菌多样性以及影响因素,以市场销售含有辣椒和不含辣椒两种袋装榨菜为研究对象,测定榨菜中的食盐浓度以及亚硝酸盐含量;通过变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）法分离榨菜总微生物混合16S rDNA基因V7～V8片段,采用Quantity One软件分析乳酸菌物种丰富度、均匀度及物种多样性指数。结果表明：含辣椒的榨菜食盐浓度和亚硝酸盐含量均略低于不含有辣椒的榨菜;含有辣椒和不含辣椒的榨菜两者间物种多样性指数、丰富度和均匀度无显著差异（P＞0.05）。通过回收DGGE电泳带,经克隆后测定碱基序列、与GenBank库序列对比鉴定,不含有辣椒的榨菜5 条回收聚合酶链式反应（polymerase chainreaction,PCR）-DGGE泳带a、b、c、d、e经鉴定分别与Pediococcus argentinicus CRL 776、Uncultured Lactobacillus sp. isolateDGGE gel band lx12、Uncultured bacterium clone 11.02-12、Uncultured bacterium clone 11.02-9、Uncultured Lactobacillus sp.clone PxSC03相似度为98%、96%、97%、97%、97%。含有辣椒的榨菜4 条回收PCR-DGGE泳带1、2、3、4经鉴定分别与Uncultured Lactobacillus sp.、 Lactobacillus sakei A156、Lactobacillus sakei YY1、Lactobacillus sakei WJ1相似度为96%、97%、98%、97%。研究结果表明辣椒对榨菜中微生物群落结构无显著影响。     

响应曲面法优化草鱼肉冷杀菌工艺

以微生物菌落总数和减菌率为评价指标,采用单因素试验结合Box-Behnken法,研究ClO2质量浓度、H2O2质量浓度及浸泡处理时间对草鱼肉冷杀菌效果的影响。通过响应曲面分析,草鱼肉减菌预处理工艺最优条件为ClO2质量浓度157mg/L、H2O2质量浓度1.1g/L、浸泡处理时间6.4min,在此条件下草鱼肉经处理后细菌总数由1.36×105CFU/g降为1.50×104CFU/g,减菌率高达89.01%。     

PCR-DGGE分析资中冬尖发酵过程中细菌多样性

目的:采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析资中冬尖发酵过程中微生物群落结构及其动态变化。方法:从资中采集4份不同发酵年份冬尖样品,提取样品总DNA,采用巢式PCR法扩增细菌16S r DNA V3区,扩增产物采用DGGE分离,对细菌主要优势条带进行克隆、测序、构建系统发育树。结果:冬尖在发酵过程中细菌多样性较丰富,且群落结构发生了较大变化。不同发酵时间样品间,细菌群落结构相似性为9%~67%,其中第2年与第3年样品相似性最高,达67%。资中冬尖发酵过程中,所涉及的细菌主要分为3类,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)和非培养菌,其中厚壁菌门为优势菌群,占53%;变形杆菌门占37%;非培养菌仅占10%。结论:采用PCR-DGGE技术能更全面、更真实地反映资中冬尖在发酵过程中微生物群落的多样性及其动态变化,为冬尖的生产工艺和风味物质的形成提供理论支撑。     

PCR-DGGE法分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的多样性

目的：运用聚合酶链式反应和变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction- denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE）技术分析西藏传统发酵乳制品中乳酸菌的生物多样性。方法：从西藏8个牧区采集19份样品,提取样品总DNA,用巢式和降落PCR扩增16S rRNA的V3区段,对扩增产物做变性梯度凝胶电泳,用NTsys 2.10e软件分析条带的相似性,切胶回收条带并测序,鉴定菌种并构建系统进化树、分析优势菌种。结果：19份样品中的乳酸菌菌群组成包括Lactobacillus paracasei、Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus crispatus、Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus buchneri、Lactococcus raffinolactis、Leuconostocmesenteroide、Lactobacillus plantarum、Pediococcus pentosaceus、Lactococcus lactis、Streptococcus thermophilus。综合样品和牧区的乳酸菌分布情况,确定Lactobacillus delbrueckii为优势菌种。结论：PCR-DGGE技术能够有效分析西藏地区发酵乳制品中乳酸菌的多样性。     

发酵肉制品菌群的非培养鉴定技术研究进展

随着分子生物学技术的快速发展,以聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)为基础的非培养鉴定技术在发酵肉制品菌群鉴定中得到越来越广泛的应用。其方法主要有种特异性PCR、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳等。与传统的分离培养鉴定方法相比,非培养方法具有直接、快速、准确、实时等优点,但同时也存在一些缺点,如样品复杂程度、DNA(RNA)提取条件、PCR反应过程的差异等均可影响鉴定结果。非培养鉴定技术与传统微生物鉴定技术相结合,能够对发酵肉制品菌群多态性和动态变化做出准确的鉴定。