基于支持向量机的蛋白质相互作用位点预测

蛋白质的功能常体现在生物大分子的相互作用中,识别蛋白质相互作用位点对于研究蛋白质功能发挥着重要作用。蛋白质间主要通过表面残基发生相互作用,蛋白质相互作用形成复合体时,只有部分表面残基参与了该过程。基于序列谱信息,提取序列上相邻残基的序列谱作为输入特征向量,对大小为3和7的残基信息窗（win3,win7）,分别采用支持向量机（SVM）分类器对蛋白质相互作用位点进行预测、比较和分析。最终实验结果为：win3的平均正确率为69．31％,win7的平均正确率为69．68％。     

多特征融合的蛋白质相互作用位点预测

蛋白质相互作用位点预测为蛋白质功能和药物设计的理解提供重要线索。而蛋白质的各种特征为蛋白质相互作用位点预测提供了大量有用信息,特别是进化信息、残基序列邻近和空间邻近性。不同的蛋白质特征对蛋白质间的相互作用的贡献也不一样。通过提取蛋白质序列谱、保守性和残基熵,提出了特征融合技术对蛋白质相互作用位点进行研究,采用SVM构建三种预测器,分别对各种不同的特征加以验证,实验结果表明了基于特征融合方法的有效性和正确性。     

基于自相关函数的蛋白质-蛋白质作用位点预测研究

蛋白质-蛋白质相互在细胞生命过程扮演重要角色,广泛参与免疫反应,信号传导,基因表达,蛋白质合成等,研究蛋白质-蛋白质作用位点,将有助于揭示生命过程的许多本质,对预防、诊断疾病,以及突变设计、蛋白质相互作用网络构建等方面均具有重要的参考价值.根据蛋白质.蛋白质作用位点残摹倾向性及作用位点与其周围临近残基密切相关的特性,本文提出基于序列谱(或空间谱)构建自相关函数,度量邻近残基之间的相关程度,采用AdaB00st分类器预测蛋白质-蛋白质相互作用位点,精度达到67.6%,表明本文的方法预测蛋白质-蛋白质相互作用位点是有效的,为研究蛋白质-蛋白质相互作用位点研究提供了一种新方法.     

基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测

为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。     

基于贝叶斯方法的蛋白质界面残基预测

蛋白质界面残基预测是蛋白质相互作用研究中的一项基本工作,在生物制药及蛋白质功能研究方面有着重要的应用.以蛋白质中的氨基酸残基为研究对象,使用残基的溶剂可及表面积及残基的序列谱为特征集,构建了基于贝叶斯方法的蛋白质界面残基预测器.方法有效地结合了蛋白质残基特征集的条件独立性假设及贝叶斯方法在处理不确定性数据方面的优点,通过对含77个蛋白质的数据集进行实验,结果比其它方法获得了6%的准确率的提高,三维可视化的结果也表明分类器预测的有效性.     

基于最大熵模型的蛋白质作用位点识别方法

蛋白质相互作用位点的预测是当前生物信息学的一个研究热点。针对蛋白质序列中对界面残基有影响的各种因素,提出将蛋白质的进化信息和保守性作为特征函数,此类信息体现了蛋白质序列中氨基酸之间短程和长程相互作用的影响。采用最大熵模型作为蛋白质作用位点识别的分类器,将多源信息融合成一个概率模型。实验结果表明该方法与其他传统机器学习方法相比,在特异度和精度上分别提高了2%~8%、3%~11%,且获得了较高的相关系数。     

基于残基序列信息的蛋白质相互作用位点预测

蛋白质相瓦作用位点在细胞进程中有着非常重要的作用.尽管利用高通量方法发现蛋白质相瓦作用位点取得很大的成功,仍需要计算方法辅助预测实验中的相互作用位点.本文提出了基于残基序列谱、进化率和疏水性的预测异源蛋白质复合物作用位点的两种向量表示方法并以支持向量机实现预测.其中,提出新的向量表示法取得更好的预测性能.文中的数据集由66个异源复合物蛋白质链组成.     

基于贝叶斯网的蛋白质相互作用位点预测

蛋白质相互作用位点研究在蛋白质功能分析及药物设计等方面有着重要的应用。文章以蛋白质中的氨基酸残基为研究对象,使用残基的溶剂可及表面积、进化保守性打分及残基的序列信息熵三个特征为特征集,构建了基于贝叶斯方法的蛋白质相互作用位点预测的贝叶斯分类预测器。方法有效的结合了蛋白质残基特征数据集经常性数据缺失的特点及贝叶斯网在处理不确定性数据方面的优点,通过对基准的71个蛋白质数据集进行实验,结果表明我们的分类器预测的有效性。     

基于蛋白质相互作用界面的比对算法研究

蛋白质相互作用界面是蛋白质相互作用产生的物理载体。考虑蛋白质相互作用界面间的结构相似性对于研究蛋白质功能,信号传导网络和药物设计具有非常重要的意义,而现有的蛋白质结构比对算法仅适用于蛋白质单体的全局空间结构。我们给出了基于整数二次规划模型的方法来考虑蛋白质相互作用界面的比对问题,该方法整合了蛋白质序列的进化信息、结构信息,并用进化谱的相似性来对比对上的残基打分以衡量其进化保守性。通过计算实验,发现进化上和结构上保守的残基有可能就是对于蛋白质结合起重要作用的残基,即热点。     

利用序列和组合图卷积网络预测蛋白质功能

蛋白质功能的准确预测有利于推进生物医学发展,高通量测序技术的快速发展加快了蛋白质序列的提取速度,从而产生了大量未注释的蛋白质,并且新测序序列缺乏结构等生物信息,针对该问题提出了基于序列和组合图卷积网络的蛋白质功能预测模型(Protein Function Prediction using Sequences and Combined Graph Convolutional Networks, PFP-SCGCN).首先通过深度学习方法捕获蛋白质序列的多维特征信息,再通过多序列比对从蛋白质序列中提取进化耦合信息和氨基酸残基群落,然后利用进化耦合信息和氨基酸残基群落生成序列氨基酸之间两种不同连接程度的邻接矩阵,将这两种邻接矩阵与序列特征信息一起输入给组合图卷积网络进行信息融合,最后通过多个全连接层获得蛋白质功能类别信息.本文还通过分析PFP-SCGCN的特定网络层识别蛋白质功能位点,可帮助人们推测出新序列中的重要氨基酸.模型结果表明,PFP-SCGCN模型的功能预测准确率远高于对比方法,具有较好的鲁棒性,并且可以较准确的识别功能位点.