高通量测序研究益生菌对小鼠肠道菌群的影响

采用高通量测序技术分析复合益生菌对昆明雄性小鼠肠道菌群的影响。利用0.9 mg/(g·d)青霉素钠灌胃建立肠道菌群失调小鼠模型。将50只小鼠随机分为5组:空白对照组、自然恢复组、复合菌液高、中、低3个剂量组(复合益生菌浓度分别为10~9、10~8、10~7 CFU/m L)。0.2 m L/(d·10 g)连续灌胃14 d后,收集小鼠粪便,采用高通量测序技术对各组小鼠粪便菌群进行分析。结果表明:复合菌液高剂量组小鼠肠道菌群物种多样性最高(ACE值为22 101.63和Chao1值为13 791.40),自然恢复组最低;另外,小鼠肠道中有益菌与致病菌比例在各组之间差异显著,复合菌液各剂量组中有益菌群的比例均大于自然恢复组,而致病菌比例最高的为自然恢复组(56.36%),因此复合菌液对小鼠的肠道菌群失调具有调节作用。     

高通量测序分析益生菌对冷食小鼠肠道菌群的干预

采用高通量测序技术分析益生菌对冷食小鼠肠道菌群的影响。将实验小鼠随机分为模型组、对照组和低中高剂量组,分别灌喂等量的普通冰淇淋、107 cfu/m L益生菌液和107、108、109 cfu/m L的益生菌冰淇淋。连续灌喂15d,记录并计算小鼠的稀便率和腹泻指数,15 d后,收集各组小鼠粪便进行高通量测序分析。发现食用冷食会导致部分小鼠腹泻,在剂量范围内,益生菌可以缓解冷凉性敏感小鼠的腹泻症状,高剂量组小鼠的稀便率降低了3.11%,腹泻指数(10-1)降低了0.33,抑制效果较其它各组最为明显。服用了益生菌的小鼠粪便菌群多样性较高(高剂量组ACE值为69987.29,Chao1值为27098.77),乳酸菌属、艾克曼氏菌属、Blautia等菌属占比增大,菌群结构发生改变。因此益生菌可以提高冷凉性腹泻敏感小鼠对冷食的接受度,冷冻载体下的益生菌可以在小鼠肠道中定植并对小鼠肠道起到调节作用。     

基于高通量测序分析老面中菌群多样性及其对馒头品质的影响

以河北(HB)、山西(SX)、山东(SD)和云南(YN)的老面为研究对象,采用高通量测序技术分析4个不同地区老面的菌群组成,并探究菌群对馒头品质的影响。结果表明,4种老面样品中细菌多样性优于真菌多样性,真菌菌门中相对丰度较大的是担子菌门(Basidiomycota),细菌菌门中相对丰度较大的是厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上,HB、SX和SD样品中以片球菌属(Pediococcus)为主;而YN样品中以乳杆菌属(Lactobacillus)为主;老面中丰富的菌群可改善馒头的质构特性,使馒头内部结构更细腻柔软。     

基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。     

基于高通量测序解析不同品种蓝莓表面菌群结构的多样性

为了解蓝莓果实表面真菌菌群多样性,明确不同品种蓝莓表面的优势菌群,采用高通量测序技术分析北陆、蓝金、莱克西、奥尼尔蓝莓中ITS1区基因序列,比较不同品种蓝莓表面微生物群落结构组成及多样性差异。结果发现:蓝莓主要的优势属为枝孢属、链格孢属;优势种为枝孢菌、链格孢、枝孢霉。由Simpson指数可知微生物群落丰度及群落多样性由高至低为莱克西、北陆、奥尼尔、蓝金。不同品种蓝莓表面的菌群结构与品种存在一定的聚类关系:北陆和莱克西群落结构相似度较高,而其它样品间微生物群落差异较大,各品种蓝莓表面的主要菌落相对丰度差异较大,枝孢菌、链格孢、枝孢霉为主要差异菌种。研究初步明确了蓝莓表面菌群结构的多样性,为保证蓝莓贮藏期间的品质安全提供一定的理论支持。     

基于高通量测序分析果桑茶对2型糖尿病模型小鼠肠道菌群的影响

为研究果桑茶对2型糖尿病模型小鼠肠道菌群的调节作用,利用高脂饮食联合链脲佐菌素诱导构建2型糖尿病小鼠模型,收集不同组别小鼠粪便进行高通量测序,分析其菌群变化情况。结果表明,2型糖尿病的产生会导致小鼠肠道菌群失调,其中模型对照组小鼠肠道菌群多样性最低,其部分有益菌相对丰度降低,有害菌相对丰度升高。与之相比,果桑茶茶粉剂量组(GDm组)和果桑茶水提物剂量组(GDh组)显著增加了Muribaculaceae_unclassified、艾克曼菌属(Akkermansia)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)等有益菌群的丰度,丰富了菌群多样性,其中GDm组肠道菌群与正常对照组最接近,调节效果最为显著。该研究证明了果桑茶能有效调节2型糖尿病模型小鼠肠道菌群结构和丰度,促进肠道菌群良性发展,为果桑降糖保健产品的开发提供理论依据。     

基于高通量测序的冷冻南极磷虾中细菌菌群 结构分析

目的分析冷冻南极磷虾中总细菌菌群和可培养细菌菌群的结构特征。方法提取冷冻南极磷虾中宏基因组,通过高通量测序技术进行总细菌菌群分析;提取冷冻南极磷虾中可培养细菌菌落的总DNA,通过高通量测序技术进行可培养细菌菌群分析。结果冷冻南极磷虾中总细菌菌群多样性丰富,相对丰度大于1%的包括芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、八叠球菌(Sarcina)、乳球菌属(Lactococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)、未分类菌(unclassified)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)以及苯基杆菌属(Phenylobacterium),占总量的85.04%。冷冻南极磷虾中可培养的细菌种类少,主要包括假交替单孢菌属(Pseudoalteromonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和嗜冷单胞菌属(Psychromonas),相对丰度分别为64.43%、33.47%和1.75%。可培养细菌中占优势的假交替单孢菌属、嗜冷杆菌属和嗜冷单胞菌属仅占总细菌菌群的1.10%。结论本研究初步揭示了南极磷虾细菌菌群的多样性和相对丰度,为进一步研究微生物与南极磷虾品质的相关性奠定基础。     

基于高通量测序技术分析凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)冷藏过程菌群结构变化

目的揭示凡纳滨对虾(4±1)℃条件下贮藏过程中菌群结构的变化规律,为其贮运保鲜提供参考。方法采用高通量测序技术对不同冷藏期凡纳滨对虾中的细菌种类及其丰度迚行分析。结果凡纳滨对虾初始菌群以鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)为主;冷藏过程中,Sphingobacterium、Chryseobacterium、Stenotrophomonas比例迅速减少,系统迚化关系上比较接近的交替假单胞菌属(Pseudoalteromonas)、希瓦氏菌属(Shewanella)和别弧菌属(Aliivibrio)成为优势菌,其中Aliivibrio的比例相对稳定,Shewanella比例呈先增加后减少的趋势,Pseudoalteromonas比例不断增加,可能在凡纳滨对虾腐败过程中起重要作用。结论高通量测序可以更加全面反映凡纳滨对虾中菌群的组成及其丰度信息,Pseudoalteromonas是凡纳滨对虾冷藏过程的优势腐败菌。     

第二代高通量测序技术分析倒笃菜菌群

目的检测収酵食品倒笃菜中细菌和真菌菌群结构。方法利用第二代高通量测序对倒笃菜中的真菌和细菌菌群结构迚行测定分析。结果检测出倒笃菜产品中,细菌群落中占主要地位为假单胞菌属(Pseudomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)和Faecalibacterium属,分别占比例为11.4%、9.3%和8.9%,而对収酵起至兲重要的芽孢乳杆菌属(Lactobacillus)仅占比例为1.1%。倒笃菜中真菌群落中占主要地位的真菌菌属为曲霉属(Aspergillus),占比为88.8%,而其余真菌占比仅为11.2%。其中,曲霉真菌属中存在可以产生真菌毒素的黄曲霉菌(A.flavus)、寄生曲霉菌(A.parasiticus)等。结论结果表明传统腌制倒笃菜产品中可能会存在一定的致病细菌与可产真菌毒素的真菌,从而有引起食品安全问题的风险,因此,应迚一步对倒笃菜微生物的安全性迚行深入检测分析。     

基于高通量测序技术分析肠道菌群及其影响因素的研究进展

目前大量研究结果表明肠道菌群组成和功能与宿主健康状态密切相关。应用高通量技术能够更详细、更深层地解析肠道菌群的组成与功能。本文概述了基于高通量测序技术对宿主肠道菌群研究的结果,总结出影响肠道菌群多样性的主要因素,为宿主肠道菌群的研究提供参考。     

高通量测序技术初步解析浓香型白酒窖泥细菌群落结构

通过高通量测序技术初步解析了不同窖池窖泥的细菌群落结构。结果表明,窖泥细菌分为9个门类,其中厚壁菌门（Firmicutes）占据主导地位;放线菌门（Actinobacteria）在不同窖泥中的占比差异比较大。而拟杆菌门（Bacteroidetes）、绿弯菌门（Chlorflexi）、互养菌门（Synergistetes）、变形菌门（Proteobacteria）、无壁菌门（Tenericutes）、螺旋体门（Spirochaetes）、球孢菌门（Lebtisphaeria）在不同窖池窖泥中所占比例也有所差别。对窖泥细菌属分类发现,9个窖泥样品中一共分成39个属。通过主成分分析发现其中13个细菌属对窖泥来源划分的贡献度较高。相同车间窖泥中八叠球菌属（Sporobacter）、红蝽杆菌属（Coriobacterium）、梭菌属（Clostridium）、纤维素单胞菌属（Cellulomonas）、Sediminibacter、氨基杆菌属（Aminobacter）、棒杆菌属（Corynebacterium）、Sporosarcina所占比例基本相同。而脱卤素杆菌属（Dehalobacter）、醋杆菌属（Acetobacter）、互营菌属（Syntrophus）、冷单胞菌属（Psychromonas）只在7、8、9号窖泥中发现有一定比例的分布,而在其他窖泥中均未检测出。     

基于高通量测序技术的浓香型和芝麻香型白酒酒曲细菌群落结构分析

基于Illumina Miseq测序方法研究了浓香型白酒中高温酒曲和芝麻香型白酒高温酒曲的微生物菌群结构,并对酒曲中的细菌种类和丰度进行分析。结果表明,浓香型白酒中高温酒曲的优势类群主要有9个属,包括乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）和片球菌属（Pediococcus）等。芝麻香型白酒高温酒曲的优势类群主要有芽孢杆菌属（Bacillus）和别样芽胞杆菌属（Allobacillus）,其中别样芽胞杆菌属（Allobacillus）是首次在酒曲中发现且丰度较高的属,其特性和功能尚不清晰,有待更加深入地研究。     

基于高通量测序技术的食源性病原体检测应用进展

高通量测序是DNA测序技术发展中里程碑式的突破。面对突然爆发的食源性病原体疫情, 食源性病原体检测正从传统的物理化学方法以及核酸扩增杂交技术向无需富集分离的高通量测序技术发展。高通量测序技术把食源性病原体看成一个整体, 直接对食品样本中的所有病原体进行全基因组测序, 得到病原体基因组数据, 并进一步通过生物信息学分析, 得到病原体的基因型、毒力和耐药性报告。高通量测序技术广泛应用于食源性病原体检测的难点在于对测序数据的准确分析, 但其在食源性病原体的快速检测、预防食源疫情传播和日常的食源疫情监测, 尤其是发现未知食源性病原体方面拥有巨大的潜力。本文主要对基于高通量测序技术的食源性病原体检测技术的原理、应用进行综述, 并介绍了现阶段面临的挑战和机遇。     

基于MiSeq高通量测序技术渣豆酱微生物类群研究

该研究采用MiSeq高通量测序技术对鹤峰地区渣豆酱中细菌和真菌多样性进行了解析。结果发现,硬壁菌门（Firmicutes）为优势细菌门,芽孢杆菌属（Bacillus）和葡萄球菌属（Staphylococcus）为优势细菌属,平均相对含量分别为92.0%、56.87%和24.28%;子囊菌门（Ascomycota）为优势真菌门,青霉属（Penicillium）、耐碱酵母属（Galactomyces）和接合酵母属（Zygosaccharomyces）为优势真菌属,平均相对含量分别为82.57%、19.42%、17.09%和16.12%;经Mood-median检验发现,细菌的丰度显著低于真菌（P＜0.05）,而多样性差异不显著（P＞0.05）;经相关性分析发现,芽孢杆菌属与德巴利酵母属呈显著负相关（R=-0.997,P＜0.05）,乳酸杆菌属与念珠菌等真菌属均呈显著正相关（P＜0.05）,且相关系数均大于0.999。由此可见,鹤峰地区渣豆酱中细菌主要为芽孢杆菌属和葡萄球菌属,真菌主要为青霉属、耐碱酵母属和接合酵母属。     

高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究

传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）、实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-FQPCR）、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。     

高通量测序分析新疆不同产区葡萄酒对大鼠肠道菌群多样性的影响

将雄性SD大鼠随机分为5组（A1～A5）,分别灌胃新疆焉耆盆地、伊犁河谷、天山北麓、吐哈盆地葡萄酒、蒸馏水8周后,收集粪便,采用高通量测序技术分析大鼠肠道菌群变化,探讨不同产区葡萄酒对大鼠肠道菌群的影响。结果表明,各组大鼠肠道菌群具有一定的差异,主要共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）,A1～A4组中主要优势菌门和菌属的相对丰度之和均比A5组显著升高（P<0.05）,其中A2组升高幅度最大,其有害菌门变形菌门（Proteobacteria）、脱硫菌门（Desulfobacterota）相对丰度显著降低（P<0.05）;有益菌属罗姆布茨菌属（Romboutsia）、艾克蔓菌属（Akkermansia）及乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度显著增加（P<0.05）。结合多级物种差异判别分析,A2组肠乳杆菌（Lactobacillus intestinalis）的富集最具差异性（P<0.05）。说明适量摄入伊犁河谷干红葡萄酒一定程度上能改善肠道菌群。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析5种不同臭豆腐生坯细菌多样性

该实验研究了长沙臭豆腐生坯中微生物结构,以期为臭豆腐低温保存储运过程品质保障提供依据。以5种不同厂家低温保存臭豆腐生坯（编号为YYD1、HSJD2、CGL3、PJX4、JXF5）为研究对象,利用Illumina MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行分析。结果表明,5种臭豆腐生坯样品中共得到342 560个有效的序列数（Tags）,共注释到30个门和31个属。在门分类水平上,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）在5种不同样品中占绝对优势;在属分类水平上,普雷沃氏菌属（Prevotellaceae）在所有样品中占绝对优势。根据主成分分析（PCA）可知,样品HSJD2、PJX4和YYD1的菌群结构相似,而样品JXF5和CGL3的菌群结构具有较大的差异。