应用PCR-DGGE研究液熏罗非鱼片贮藏过程中的菌相变化

采用基于PCR反应的变性梯度凝胶电泳技术(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE),对液熏罗非鱼片在贮藏过程中的菌相组成及变化进行分析,旨在为液熏罗非鱼的贮藏条件提供理论基础。研究结果表明:用DGGE法总共分离到13个条带,测序比对相似度在90%以上的菌种有10种,分别是:2株肠杆菌属(Enterobacter),2株梭菌(Clostridium),2株乳球菌属(Lactococcus),2株戊糖片球菌(Pediococcuspentosaceus),1株明串珠菌(Leuconostoc),以及1株假单胞菌属(Pseudomonas),乳酸菌(LAB)占所有菌株的50%。贮藏早期(2 d)和末期(7 d)的菌相较为复杂,可辨识条带10,贮藏中期(2~7 d)菌相条带表现出集中和明显的特点,可辨识条带仅在5条左右,微生物多样性减少,图谱结合测序分析表明贮藏期的优势菌种为乳酸球菌(Lactococcus)、戊糖片球菌(Pediococcuspentosaceus)和梭菌(Clostridium)。     

PCR-DGGE技术在肉品微生物生态学中的应用

人们一直通过传统的纯化、培养方法对肉和肉制品中的微生物进行研究,其操作过程复杂且无法准确描述完整的菌群结构。聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术因其具有快速、精确的特点在微生物生态学中得到了广泛应用。本文主要介绍PCR-DGGE技术的原理,从非发酵肉制品腐败和发酵肉制品成熟两个角度综述其在肉品微生物生态学研究中的应用,并对该技术今后在肉品微生物研究中的应用进行展望。     

新疆柯尔克孜族传统发酵饮料博扎中微生物群落结构的PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE 技术分析新疆柯尔克孜民族古老传统发酵饮料--博扎(Bozaa)中微生物种群结构,对博扎细菌和酵母菌DGGE 图谱上主要条带的DNA 进行测序和序列分析。结果表明,博扎中细菌组成包括植物乳杆菌(Lactobacterium plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、巴氏醋酸杆菌(Acetobacerpasteurianus)、啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),初步成功解析评估了博扎中微生物的多样性。     

基于PCR-DGGE法分析酱菜中乳酸菌群落结构

文章以不同含盐量的酱菜为对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术研究酱菜中乳酸菌的多样性。使用Quantity One软件进行DGGE凝胶图谱条带分析,得到酱菜样品中乳酸菌群落结构特征。研究结果说明,两种酱菜体系乳酸菌丰富度和多样性指数差异显著(P<0.05),均匀度无显著差异(P>0.05)。通过回收DGGE电泳带,经过克隆后测定碱基序列,与GenBank序列对比鉴定,JB样品即高盐酱菜的PCR-DGGE泳带有3条,经鉴定,与γ-变形杆菌(γ-Proteobacterium)、乳酸杆菌(Lactobacillus)、非培养乳酸杆菌(Uncultured Lactobacillus)相似度分别为95%、97%、96%。JA样品即低盐酱菜的PCR-DGGE泳带有4条,经鉴定,与乳酸杆菌(Lactobacillus)、非培养乳酸杆菌(Uncultured Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus sp.)、γ-变形杆菌(γ-Proteobacterium)相似度分别为97%、95%、97%、92%。研究结果表明食盐浓度影响微生物的...     

PCR-DGGE对浓香型白酒糟醅微生物群落结构解析

采用PCR-DGGE方法研究浓香型白酒糟醅微生物群落结构,通过对DGGE图谱中单一条带的切胶回收、测序和细菌16S rDNA克隆子的挑取、测序及Blast比对。测序结果显示:浓香型白酒糟醅中存在的细菌包括18个属,其中首次分离出Dyadobacter属、Pantoea属、Pediococcus属、Saccharomonospora属、Bavariicoccus属、Serratia属、Petrimona属、Exiguobacterium属菌株。     

PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性

以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。     

PCR-DGGE分析即食鲍鱼加工过程中菌群变化

为研究即食鲍鱼加工过程中细菌群落变化,提取不同加工处理阶段的鲍鱼细菌总DNA进行聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析,考察即食鲍鱼加工过程主要菌群变化规律,解析变质的即食鲍鱼产品中腐败菌的多样性.结果表明:从5组鲍鱼样品中提取19个DGGE优势条带中,共检出4个门,7个纲,12个菌属.5组样品中共同...     

冷藏带鱼贮藏期间主要微生物动态变化的PCR-DGGE分析

本文研究了冷藏带鱼贮藏期间的主要微生物种群演替规律,为延长水产品货架期提供参考。采用SDS化学裂解法,从冷藏带鱼中提取总细菌基因组DNA,并进行16SrRNA的V3可变区PCR扩增,再通过DGGE得到动态指纹图谱。结果表明,贮藏初期冷藏带鱼样品中的微生物群落丰富,嗜冷杆菌(Psychrobacter sp.)为前期的主要优势菌。随着贮藏时间的延长,仅有少数种类细菌存活并最终成为主导菌群。荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)在贮藏过程中比例逐渐增大,希瓦氏菌(Shewanella sp.)与弧菌(Vibrio sp.)比例也有明显增加,在贮藏后期发展成为优势腐败菌。      

生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析

分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0～6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。     

基于PCR-DGGE分析云南牛干巴的细菌群落结构

以黄牛后腿肉为原料,采用传统工艺加工云南牛干巴,分别在腌制前、腌制中期、腌制后期、成熟1个月、成熟2个月与成熟3个月6个加工阶段取样,应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术分析不同加工阶段牛干巴的细菌群落结构及多样性差异。结果表明:牛干巴具有较为丰富的细菌多样性,同时存在明显的优势种群结构变化。腌制阶段的细菌种类最为丰富;腌制前与腌制后的样品中细菌群落结构差异明显,同一阶段细菌群落结构组成类似;存在于牛干巴加工过程中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌(Psychrobacter)及明串珠菌属(Leuconostoc)等,其中肠膜明串珠菌葡聚糖亚种(L.mesenteroides subsp.dextranicum)是优势菌种;此外,牛干巴加工过程中还存在着不可培养(unculturable bacterium)的菌群。     

基于PCR-DGGE方法分析榨菜中乳酸菌群落结构

为了深入了解榨菜中的乳酸菌多样性以及影响因素,以市场销售含有辣椒和不含辣椒两种袋装榨菜为研究对象,测定榨菜中的食盐浓度以及亚硝酸盐含量;通过变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）法分离榨菜总微生物混合16S rDNA基因V7～V8片段,采用Quantity One软件分析乳酸菌物种丰富度、均匀度及物种多样性指数。结果表明：含辣椒的榨菜食盐浓度和亚硝酸盐含量均略低于不含有辣椒的榨菜;含有辣椒和不含辣椒的榨菜两者间物种多样性指数、丰富度和均匀度无显著差异（P＞0.05）。通过回收DGGE电泳带,经克隆后测定碱基序列、与GenBank库序列对比鉴定,不含有辣椒的榨菜5 条回收聚合酶链式反应（polymerase chainreaction,PCR）-DGGE泳带a、b、c、d、e经鉴定分别与Pediococcus argentinicus CRL 776、Uncultured Lactobacillus sp. isolateDGGE gel band lx12、Uncultured bacterium clone 11.02-12、Uncultured bacterium clone 11.02-9、Uncultured Lactobacillus sp.clone PxSC03相似度为98%、96%、97%、97%、97%。含有辣椒的榨菜4 条回收PCR-DGGE泳带1、2、3、4经鉴定分别与Uncultured Lactobacillus sp.、 Lactobacillus sakei A156、Lactobacillus sakei YY1、Lactobacillus sakei WJ1相似度为96%、97%、98%、97%。研究结果表明辣椒对榨菜中微生物群落结构无显著影响。     

鲫鱼贮藏过程中微生物菌相PCR-DGGE分析及其防腐保鲜

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-amplification and denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术,分析4℃冷藏条件下鲫鱼肌肉和鱼鳃的菌相组成及变化,并利用不同浓度(效价分别为67 608、32 359、2 239、1 820、1 157 IU/m L)抗菌脂肽溶液对鲫鱼进行浸泡处理,以未处理作为对照,分别测定其菌落总数、挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)、p H值和硫代巴比妥酸(thiobarbituric acid,TBA)等指标,评价抗菌脂肽对鲫鱼冷藏保鲜效果。结果表明:鲫鱼贮藏过程中的微生物具有多样性,PCRDGGE技术确定气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和热杀索丝菌属(Brochothrix thermosphacta)为鲫鱼鱼肉的主要腐败菌群,荧光假单胞菌是鲫鱼贮藏过程中的优势腐败菌。而棉子糖乳球菌属(Lactococcus raffinolactis)、从毛单胞菌属(Comamonas sp.)和气单胞菌属(Aeromonas sp.)为鲫鱼鱼鳃的主要腐败菌群,表明鱼肉和鱼鳃在贮藏过程中,导致腐败的主要腐败菌群有一定差异性。同时,不同浓度的抗菌脂肽对鲫鱼均有明显的防腐保鲜作用,有效抑制了鲫鱼菌落总数、TVB-N值和TBA值的增加以及p H值的升高。其中,高浓度抗菌脂肽(效价为67 608 IU/m L)在4℃贮藏条件下使鲫鱼的货架期延长了6 d,说明抗菌脂肽对鲫鱼具有良好的保鲜作用,能明显延缓鲫鱼的腐败变质。     

变性梯度凝胶电泳法初步解析茯砖茶渥堆发酵过程中细菌群落结构

为解析茯砖茶渥堆发酵过程中细菌群落结构和种类,对渥堆过程中不同时间段细菌16S rDNA 的V3可变区进行扩增,对细菌变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）图谱中条带进行克隆、测序和序列比对。结果表明：黑毛茶在渥堆过程中以渥堆24 h为分界点,前后各自细菌群落结构相似,但前后的差异较大;从16S rDNA 的V3可变区比对结果证明黑毛茶渥堆过程中有诺卡氏菌属、新鞘脂菌属、短波单胞菌属、韦龙氏假单胞菌属、突那梭菌属、克雷伯氏菌属、乳杆菌属及不可培养的ε-变形菌、腐败螺旋菌属、黏球菌属、根瘤菌属和未知分类地位的不可培养细菌6 种。采用DGGE指纹图谱能更全面、更真实地反映黑毛茶渥堆发酵过程中细菌群落的结构和多样性变化。     

PCR-DGGE技术分析不同包装条件下鱼肉表面优势菌的菌群变化

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-deformation gradient gel electrophoresis analysis,PCR-DGGE）技术研究3 种包装（空气、真空、气调）结合钴60辐照技术对鱼肉表面优势菌菌群的影响,分别选择6 种辐照剂量（0、2、4、6、8、10 kGy）照射4 ℃贮藏18 d后的鱼肉表面优势腐败菌群进行研究。方法：采集第18天不同包装不同剂量的草鱼肉样品,洗脱鱼肉表面菌;提取DNA,扩增16S rDNA的V3可变区,用PCRDGGE技术鉴定优势菌,割胶回收测序。结果表明：不同包装鱼肉表面优势菌群数量和种类不同,在样品中共同的优势腐败菌为假单胞菌,在空气包装中优势腐败菌是假单胞菌、乳酸菌和沙雷菌,沙雷菌在辐照剂量高于8 kGy时被抑制。在真空包装中优势腐败菌是假单胞菌、沙雷菌、热死环丝菌和耶尔森菌,沙雷菌辐照剂量高于6 kGy时被抑制,而耶尔森菌在2 kGy以上即被抑制,热死环丝菌在6、8 kGy辐照条件下才出现,其具有很高的辐照抗性。在气调包装中优势腐败菌是假单胞菌和乳酸菌,但乳酸菌仅在气调包装2 kGy辐照和气调包装8 kGy两种辐照包装条件下是优势腐败菌。结果表明,PCR-DGGE技术可以很好地鉴别鱼肉表面优势腐败菌。     

PCR-DGGE分析资中冬尖发酵过程中细菌多样性

目的:采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析资中冬尖发酵过程中微生物群落结构及其动态变化。方法:从资中采集4份不同发酵年份冬尖样品,提取样品总DNA,采用巢式PCR法扩增细菌16S r DNA V3区,扩增产物采用DGGE分离,对细菌主要优势条带进行克隆、测序、构建系统发育树。结果:冬尖在发酵过程中细菌多样性较丰富,且群落结构发生了较大变化。不同发酵时间样品间,细菌群落结构相似性为9%~67%,其中第2年与第3年样品相似性最高,达67%。资中冬尖发酵过程中,所涉及的细菌主要分为3类,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)和非培养菌,其中厚壁菌门为优势菌群,占53%;变形杆菌门占37%;非培养菌仅占10%。结论:采用PCR-DGGE技术能更全面、更真实地反映资中冬尖在发酵过程中微生物群落的多样性及其动态变化,为冬尖的生产工艺和风味物质的形成提供理论支撑。     

PCR-DGGE技术分析传统臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对黄山臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构组成进行研究。以发酵0~8 d的臭鳜鱼为研究对象,每2 d取样,提取样品的总DNA,同时进行16S r DNA V6~V8区的PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:肠球菌(Enterococcus sp.,D带)、腐败西瓦氏菌(Shewanella putrefaciens,C带)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus,A带)和乙酰微小杆菌(Exiguobacterium acetylicum,F带)在整个发酵过程,特别是发酵后期占较大比例,是黄山臭鳜鱼发酵过程中的优势菌。臭鳜鱼样品的PCR-DGGE图谱相似度分析显示,臭鳜鱼发酵后期菌群结构比较相似,微生物菌落结构趋于稳定。本研究结果为筛选适合工业化生产的发酵菌株,有效控制臭鳜鱼生产中存在的腐败菌、致病菌,对提高臭鳜鱼安全性和产品品质具有一定应用价值。     

浓香型酒醅微生物群落与理化指标的相关性分析

本试验研究了浓香型酒醅一个发酵周期中主要的微生物群落变化规律和酒醅理化指标(淀粉、还原糖、乙醇、总酸和温度)变化规律,再分析这两者之间的相关性。结果表明:在发酵过程中,温度和还原糖呈先上升后下降最后保持平稳,乙醇和总酸呈先上升后保持平稳,淀粉含量一直下降;细菌多样性指数都在2.12~2.80之间,真菌多样性指数都在1.68~2.61之间;酒醅细菌群落的多样性与淀粉的相关系数为0.717(P0.01),与还原糖的相关系数为0.744(P0.01),与总酸的相关系数为-0.704(P0.01),与乙醇的相关系数为-0.838(P0.01),与发酵温度的相关系数为0.622(P0.05);浓香型酒醅真菌群落的多样性与淀粉的相关系数为0.561(P0.05),与其它理化指标的相关性均不显著;选择细菌5号和6号条带进行割胶测序,得到该条带的菌属为芽孢杆菌属(Bacillus subtilis sp)和假单胞杆菌属(Pseudomonas sp)。     

冷却牦牛肉贮藏过程中优势菌的 PCR-变性梯度凝胶电泳分析

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化.直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指纹图谱,并对主要条带进行测序分析.结果表明:检测到的优势腐败菌为Pseudomonas sp.(假单胞菌)、Lactococcus sp.(乳球菌)、Acinetobacter sp.(不动杆菌)、Brochothrix thermosphacta(热死环丝菌)、Enterobacteriaceae bacterium(肠杆菌科细菌),此外还检测到Uncultured Citrobacter sp.(非培养的柠檬酸杆菌)和Staphylococcus sp.(葡萄球菌)