基于Illumina Hiseq高通量测序分析酱香型白酒大曲曲皮和曲心的细菌群落差异

为探究酱香型白酒大曲曲皮和曲心细菌群落结构的差异,采用Illumina Hiseq高通量测序技术对某酱香型白酒大曲曲皮和曲心两个部位的细菌群落多样性及菌群结构进行研究。结果表明,曲皮样品中细菌群落的多样性高于曲心样品,但其物种丰富度低于曲心样品。曲皮和曲心样品中的细菌菌群归属于7个门、13个纲、19个目、29个科和55个属,共有优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）,曲皮样品的特有优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）;共有优势细菌属为枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、芽孢链菌属（Desmospora）、乳杆菌属（Lactobacillus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）,除Desmospora外,其他优势细菌属在曲皮和曲心中的含量差异较大。曲皮样品的特有优势细菌属为链霉菌属（Streptomyces）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingo- monas）、片球菌属（Pediococcus）;曲心样品的特有优势细菌属为火山渣芽孢杆菌属（Scopulibacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）。     

烟草角斑病叶际微生物群落结构与多样性分析

为揭示烟草角斑病叶际微生物群落结构和多样性，采用高通量测序技术研究感角斑病与健康烟叶叶际细菌和真菌群落结构和多样性间的差异。结果表明，感病和健康烟叶叶际细菌主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）和变形菌门（Proteobacteria）；真菌主要分布于子囊菌门（Ascomycota）。在属水平上，感病烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、甲基杆菌属（Methylobacterium）、黄杆菌属（Xanthomonas）、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、泛菌属（Pantoea）和属水平未分类的根瘤科（unidentified＿Rhizobiaceae）；优势真菌属为小不整球壳属（Plectosphaerella）、亚格孢壳属（Didymella）、赤霉菌属（Gibberella）和链格孢属（Alternaria）。健康烟叶叶际优势细菌属为假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属、泛菌属和甲基杆菌属；优势真菌属为小不整球壳属、亚格孢壳属、枝孢霉属（Cladosporium）和B...     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序技术分析蒙古族传统奶酪微生物菌群多样性

以内蒙古牧区蒙古族传统木桶自然发酵生产奶酪为研究对象,采用Illumina Mi Seq高通量测序技术分析发酵凝乳及不同成熟阶段奶酪样品的微生物菌群多样性。结果表明,发酵凝乳中细菌菌群多样性最高,奶酪成熟10 d时细菌菌群丰富度及真菌菌群多样性最高,成熟30 d时真菌菌群丰富度最高。发酵凝乳及奶酪成熟过程中优势细菌属（平均相对丰度>1%）为乳球菌属（Lactococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、拉乌尔菌属（Raoultella）、葡萄糖杆菌属（Gluconobacter）、链球菌属（Streptococcus）;优势真菌属为地霉属（Geotrichum）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、克鲁维酵母属（Kluyveromyces）、未分类双足囊菌科（unclassified＿f＿Dipodascaceae）、毕赤酵母属（Pichia）、孢圆酵母属（Torulaspora）、德克酵母属（Dekkera）。主坐标分析（PCoA）结果表明,发酵凝乳和奶酪成熟0 d时细菌群落结构差异较大,真菌群落结构较为相似;奶酪成熟10 ...     

来凤地区泡凤头姜盐水细菌群落结构及功能解析

采用MiSeq高通量测序技术对湖北来凤地区泡凤头姜盐水样品的细菌菌群结构进行分析,并采用PICRUSt软件对其基因功能进行预测。结果表明,泡凤头姜盐水样品中的细菌菌群归属于19个门、46个纲、96个目、163个科和393个属;优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria）;优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、罗尔斯通菌属（Ralstonia）、气单胞菌属（Aeromonas）、乳球菌属（Lactococcus）、拉恩氏菌属（Rahnella）、弧菌属（Vibrio）、肠杆菌属（Enterobacter）、克吕沃氏菌属（Kluyvera）、果胶杆菌属（Pectobacterium）、黄杆菌属（Flavobacterium）和欧文氏菌属（Erwinia）,其中Lactobacillus为主要的核心细菌类群（累计相对含量16.97%）;泡凤头姜盐水样品中细菌的基因主要富集在氨基酸转运与代谢、碳水化合物运输和代谢以及能量生产和转换功能上。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

对呼吸缺陷型酵母的认识

酵母菌是一大类真菌的统称，按照Answonth(1973)年的真菌分类系统纲要，酿酒酵母归属于：真菌界——真菌门——子囊菌纲——原子囊菌亚纲——内孢霉目——酵母科——出芽酵母亚科——酵母属，酵母属下包含啤酒酵母和葡萄汁酵母。     

基于高通量测序的陶融型大曲微生物群落结构分析

利用高通量测序技术研究成品陶融型大曲的微生物群落结构，并与大曲的理化性质进行相关性分析。结果表明：大曲中共检测到83?个细菌可操作分类单元（operational taxonomic units，OTU），主要细菌类群为厚壁菌门（Firmicutes）占79.15%、变形菌门（Proteobacteria）占15.30%、放线菌门（Actinobacteria）占4.05%、蓝藻门（Cyanobacteria）占1.42%，其他占0.08%，优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、泛菌属（Pantoea）、明串珠菌属（Leuconostoc）、Kroppenstedtia、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、片球菌属（Pediococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、Enterobacteriaceae_unclassified、Mitochondria_norank、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、Cyanobacteria_norank；检测到34 个真菌OTU，其中子囊菌门（Ascomycota）为绝对优势菌群，占99.19%，优势菌属为unidentified、嗜热真菌属（Thermomyces）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、曲霉属（Aspergillus）、根毛霉属（Rhizomucor）、威克汉姆酵母（Wickerhamomyces）、哈萨克斯坦酵母（Kazachstania）；陶融型大曲中细菌的多样性远高于真菌，大曲主体微生物明显，不同种属的微生物与大曲相关理化指标呈显著相关性。该研究对于指导陶融型大曲制作工艺的优化及陶融型白酒的生产具有重要意义。     

不同原料对酱香大曲微生物群落结构及多样性的影响

分别以青稞、紫小麦和纯小麦为原料,相同条件下加工而成的酱香大曲为样品,采用Illumina平台对微生物群落结构和多样性进行分析,并基于多元统计分析揭示了组间分离情况及标记微生物。结果表明：在门水平上,3 种大曲样品中均以子囊菌门、厚壁菌门和放线菌门为绝对优势门。在细菌属中,小麦曲（XMQ）以克罗彭斯特菌属、枝芽孢菌属、乳杆菌属和魏斯氏菌属为主;紫麦曲（ZMQ）以克罗彭斯特菌属、枝芽孢菌属、uncultured_bacterium_f_Bacillaceae、芽孢杆菌属和火山渣芽孢杆菌属为主;青稞曲（QKQ）以乳杆菌属、魏斯氏菌属和高温放线菌属为主。在真菌属中,样品均以热子囊菌属和德巴利氏酵母属为优势属;同时,XMQ以丝衣霉属、红曲霉属、哈萨克斯坦酵母属和孢圆酵母属为主;ZMQ以红曲霉属、曲霉属和Rasamsonia为主;QKQ以哈萨克斯坦酵母属、孢圆酵母属和嗜热真菌属为主。此外,主成分分析、聚类分析和正交偏最小二乘判别分析等多元分析表明组间分离明显,线性判别分析在优势属中共获得了10 种差异显著细菌属和9 种差异显著真菌属,从而得到了不同原料条件下在微生物属水平上的菌群关键生物标记物。本研究为酱香大曲品质提升奠定了理论基础。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

基于高通量测序技术分析恩施州淡豆豉的细菌多样性

以恩施州不同产地5 种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5 种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明：5 种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17 门、24 纲、43 目、78 科、152 属以及93 种。其中核心优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,其次为变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）的嗜热淀粉芽孢杆菌（Bacillus thermoamylovorans）和史密斯芽孢杆菌（Bacillus smithii）。各样品间,优势菌属相同,但相对丰度差异较大,其余次要菌属的种类和相对丰度均存在较大差异,显示出恩施淡豆豉菌群结构的多样性。     

不同储藏期浓香型白酒大曲的微生物多样性分析

该研究利用Illumina Miseq高通量测序技术分析不同储藏期赊店老酒浓香型白酒大曲的微生物多样性。结果表明,从3个储存期的大曲样品中共检测到26个细菌属和13个真菌属,其中共有优势细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、肠杆菌属（Enterobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）;共有优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、毕赤酵母属（Pichia）、曲霉菌属（Aspergillus）、耐碱酵母属（Galactomyces）。不同储存期大曲样品群落组成相似,但其优势菌群的相对丰度差异明显。从微生物的菌属特性、平衡角度分析,储存期为6月的大曲更适合投入白酒生产。此外,首次从浓香型白酒大曲中发现耐碱酵母属（Galactomyces）、Arachniotus、norank_c_Cyanobacteria、Escherichia-Shigella、土孢杆菌属（Terrisporobacter）、norank_f_Bacteroi- dales_S24-7_group、Ruminococcaceae_UCG-005和Rikenellaceae_RC9_gut_group。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

基于高通量测序技术分析不同地区自然陈化广陈皮表面微生物群落多样性

采用高通量测序技术对不同地区自然陈化1年广陈皮表面微生物群落多样性进行分析,比较群落结构的差异。结果表明,不同地区自然陈化1年广陈皮微生物丰富度和多样性差异不显著（P＞0.05）,群落结构相似,但相对丰度存在差异。北京地区优势细菌属为Methylocella、苔藓杆菌属（Bryobacter）等,优势真菌属为短梗霉属（Aureobasidium）、炭疽菌属（Colletotrichum）等;四川地区优势细菌属为甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）等,优势真菌属为Symmetrospora、曲霉属（Aspergillus）等;广东地区优势细菌属为Rubellimicrobium、乳杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌属为假尾孢属（Pseudocercospora）、毛壳菌属（Chaetomium）等;云南地区优势细菌属为罗尔斯顿菌属（Ralstonia）、Glutamicibacter等,优势真菌属为平脐疣孢属（Zasmidium）、拟暗球腔菌属（Phaeosphaeriopsis）等。     

基于高通量测序技术解析中高温制曲真菌群落的演替规律研究

以洋河中高温大曲为研究对象，通过高通量测序技术分析不同培养阶段真菌微生物群落结构及其演替规律，并探索了大曲发酵、生香等功能与真菌种类之间的潜在关系。研究结果表明，子囊菌门和毛霉门占据绝对优势，子囊菌门包括半子囊菌纲的酵母目和散囊菌纲的散囊菌目，毛霉门即毛霉纲的毛霉目；属水平下，嗜热真菌属、根毛霉属、根霉属、曲霉属、生丝毕赤酵母属、横梗霉属、威克汉姆酵母属等真菌分别在不同培养阶段占据主导地位，前期主要是酵母属，后期主要是耐高温霉菌。其中，大曲发酵力与生丝毕赤酵母属相关性较高，酯化力与嗜热真菌属、红曲霉、威克汉姆酵母属相关性较高，水分则与孢圆酵母属的相关性较高。研究结果揭示了中高温大曲发酵过程中真菌群落的演替规律，解释了大曲发酵、生香等功能与真菌种类之间的潜在关系，有助于大曲微生物多样性形成机制的进一步解析，为优质大曲生产提供了理论依据。     

基于MiSeq测序技术石花酒大曲中微生物多样性解析

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对襄阳市石花酒大曲中微生物多样性进行分析。结果表明,4个样品中优势细菌门（＞0.1%）为变形杆菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）,且均为核心菌门;优势细菌属（＞1%）为假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、魏斯氏菌属（Weissella）、明串珠菌属（Leuconostoc）和Kroppenstedtia。优势真菌门（＞0.1%）为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和Mucoromycota,其中子囊菌门为核心菌门;优势真菌属（＞1%）为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、红曲菌属（Monascus）、热子囊菌属（Thermoascus）、青霉菌属（Penicillium）、曲霉属（Aspergillus）和Leiothecium。样品中假单胞菌属和曲霉属呈现显著正相关（P＜0.05）。综上,4个石花酒大曲样品中共有大量的核心菌群,且样品中细菌与真菌有一定的相关性。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析。结果表明，样品中共检测出35 个门、378 个属的细菌和4 个门、38 个属的真菌。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉菌门（Mucoromycota）。小曲白酒发酵过程中菌群结构不断发生变化，发酵前2 d细菌优势菌属为不明立克次体菌属（unidentified Rickettsiales），发酵3 d后的绝对优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）直至发酵结束。真菌优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）、根霉属（Rhizopus）、酵母菌属（Saccharomyces）和曲霉属（Aspergilus）。随着发酵时间延长，根霉属和曲霉属相对丰度都在降低，而酵母菌属在发酵第2天后其相对丰度在不断提高并成为优势菌。本研究揭示了复配小曲白酒酿造发酵过程中微生物群落多样性及变化规律，为复配小曲白酒的生产提供理论支持。     

基于高通量测序技术的蓝莓果实中细菌和真菌菌群多样性分析研究

目的 分析蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,探究不同蓝莓样品中微生物的暴露水平。方法 构建了蓝莓中微生物菌群的基因组文库,利用高通量测序技术分析了5种蓝莓中细菌和真菌菌群的组成及其多样性,借助微生物属水平和种水平分析比较了蓝莓中细菌和真菌菌群组成和丰度信息。结果 5种蓝莓中微生物菌群的多样性较高,但其细菌和真菌菌群组成仍存在共有特征,细菌和真菌中共有的操作分类单元数量分别为76和42。蓝莓中优势细菌主要归属于放线菌门、拟杆菌门、蓝藻菌门、厚壁菌门和变形菌门,优势真菌主要归属于子囊菌门、担子菌门和被孢霉门。结论 不同蓝莓样品中微生物菌群的组成变化较大,真菌菌群的多样性比细菌更丰富,这对蓝莓的腐烂变质、贮藏保鲜和生物防控研究具有重要意义。     

山西陈醋酿造微生物群落结构及其互作网络分析

为揭示山西陈醋酿造过程微生物群落的演替规律和相互作用,采用高通量测序技术对6个不同发酵阶段醋醅样品的微生物群落组成结构和多样性进行分析,通过斯皮尔曼相关系数（SCC）计算得到物种相关系数矩阵后,并利用互作网络数据可视化的软件Cytoscape 3.7.2研究发酵菌群的共存关系网络。结果表明,醋醅中细菌群落多样性远高于真菌群落。醋醅中优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和醋酸杆菌属（Acetobacter）,优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）。细菌互作网络分析表明,醋酸杆菌属（Acetobacter）与乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）具有显著的拮抗性;乳酸杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）存在协同作用。真菌互作网络分析表明,复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）与链格孢属（Alternaria）存在显著负相关关系。