HLA-A*0201限制性CTL表位肽分子力场分析

运用比较相似性指数分析(CoMISA)方法研究了203个HLA-A*0201限制性CTL表位九肽结构与亲和性间的关系,另外30个表位九肽作为预测集用于检验模型的预测能力.得到构效关系模型结果q2=0.548,r2=0.963,F=553.4,SD=0.154.在CoMSIA计算中,当引入疏水场时,三维构效关系模型能得到明显改善.通过该三维构效关系模型,可较精确地估算预测集中30个CTL表位肽与HLA-A*0201间的亲和力(r2pred=0.532,SD=0.454).通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到表位肽分子周围的立体及疏水特征对表位肽H与A-A*0201间结合亲和力的影响,从而为进一步对CTL表位肽进行结构改造,并基于此进行治疗性疫苗分子设计提供理论基础.     

基于经验打分函数估算CTL表位肽的亲和性

随着肿瘤免疫学的快速发展，大量研究证明，机体在抗肿瘤的过程中，毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte，CTL)发挥着重要的作用．利用CTL对肿瘤进行特异性杀伤，已经成为治疗恶性肿瘤的有力手段，其中与主要组织相容性复合物(Major Histocompatibmty complex class I，MHC—I)结合的短肽即CTL表位(epitope)，在CTL活化过程中起着十分关键的作用，     

分子模拟用于HLA—A2．1限制性CTL表位的高通量筛选

应用Silicon Graphics图像工作站及Insight Ⅱ软件，分别建立MART-1的6个CTL预测表位与HLA-A2．1结合的三维结构，并进行分子动力学模拟，通过对各结合特征性参数的计算，对各表位肽与HLA—A2．1结合稳定性进行了比较。应用Merrifield固相多肽合成技术合成上述小肽，通过HLA—A2．1与各肽亲和力分析试验，证实分子模拟结果的可取性。结果发现通过分子模拟手段计算所得6个表位与HLA—A2．1结合特性结果，基本与通过实验手段所得结果相符。故计算机分子模拟在CTL表位与MHC—I类分子的亲合力研究中，具有简单、直观、快速、准确等优点，该方法在筛选MHC—I类分子高亲合性CTL表位的研究中具有诱人的应用前景。