计算机辅助药物设计在新农用化合物开发中的应用

农药创新关系到我国农业可持续发展和生态环境安全,计算机辅助药物设计能够有效帮助农药创新.介绍了药物靶标的选择和预测、分子对接、分子动力学模拟、从头设计、基于药效团的虚拟筛选和定量构效关系模型等计算机辅助药物设计方法在农药创制过程中的应用,探讨了这些计算机辅助药物设计方法在农药创制过程中存在的问题,展望了计算机辅助药物设...     

以RNA聚合酶为靶点的抗槟榔黄化病毒药物虚拟筛选

[目的]基于槟榔黄化病毒的RNA依赖性RNA聚合酶筛选抗槟榔黄化病毒先导化合物.[方法]使用基于片段的药物设计方法,从PADFrag农药分子片段子库中筛选出14个片段作为骨架进行生长,得到140个分子,取11个CDOCKER得分靠前的分子进行分子动力学模拟和MM/GBSA计算以评估这些分子与RNA依赖性RNA聚合酶的亲...     

生物制药应融合五大新技术

与计算机技术融合 在药物分子设计、分子结构优化等方面，应用计算机分子模拟技术和理论化学计算方法研究药物的作用机理，进而采用计算机辅助药物设计方法设计新的高效、低毒药物分子，极大地提高了科研速度与成功率．在有效化学成分的发现过程中，应用计算机辅助筛选新技术、已知结构模拟技术、立体结构对接技术、分子量能量计算、分子相互作用力预测等手段，寻找能与特定药物作用靶点有效结合的分子结构作为研究对象，使科研工作的针对性大大提高。     

分子印迹技术在农药检测领域应用初探

分子印迹技术是近20年迅速发展起来的具有特异选择性的分子识别技术,在药物分析、食品分析、环境分析、农药残留分析等领域得到了广泛应用.概述了分子印迹的基本原理,从实验室应用和农药质量监管角度分析了该技术在农药质量检测、农药产品质量控制、农药监管等领域的应用前景,探讨了该技术在农药质量检测标准化应用的可行性.     

基于AutoDock vina软件的药物设计学课程教学案例设计——以虚拟筛选细菌RNA聚合酶抑制剂为例

在药学本科生的药物设计学课程中,以细菌RNA聚合酶抑制剂的虚拟筛选为例,利用AutoDockvina软件对小分子化合物库进行分子对接虚拟筛选,用Py MOL和LigPlot软件进行结果分析。该教学案例的设计可以帮助学生理解基于分子对接的药物虚拟筛选方法,认识小分子抑制剂与靶蛋白的作用机制,帮助学生更好理解药物分子设计,有效调动学生的学习积极性,达到了提高教学质量的目的。     

药物分子设计前沿技术融入药物化学实验教学——基于分子对接技术的抑制PERK的活性化合物筛选实验

药物化学是一门实践性较强的课程,药物分子设计的快速发展,对于药物化学的实践学习具有非常重要的指导作用。因此,我们设计了一个基于分子对接技术的抑制蛋白激酶R样内质网激酶(protein kinase R-like ER kinase, PERK)活性化合物的虚拟筛选实验。该实验可以帮助学生掌握分子对接技术的基本原理,熟悉分子对接技术筛选活性化合物的基本操作方法,并学会药物分子设计相关专业软件的使用及实验数据的分析。通过具体的实践练习,使学生了解药物设计前沿技术,提升学生从事药物研发的素养。     

基于分子对接技术的农药敏感乙酰胆碱酯酶的虚拟筛选

酶抑制法是最具前景的农药残留快速检测方法,但存在灵敏度和准确性方面的缺陷。新酶源的发掘和研究是酶抑制法发展的关键。通过同源建模及分子对接技术,对不同物种的乙酰胆碱酯酶与不同农药分子的敏感性进行了虚拟筛选,并分析了可能影响农药敏感性的关键氨基酸残基,为农药残留检测用酶的选择以及采用定点突变技术对酶进行改造的可行性提供科学依据。     

烟碱类有关化合物的构效关系

20世纪,农药的开发研究出现了飞跃的发展,其方法系先从天然物和生物体内物质寻求先导化合物,再根据生物活性的强弱,着手合成化合物或进行随机筛选。目前,要获得一个有可能作为农药的化合物,需筛选2万个以上的化合物,这就需耗用大量的人力、财力及时间。为此,为了提高具有优异生理活性化合物的筛选效率,需认真考虑药物及药物受体间相互作用的关系。     

靶点结构对分子对接的影响

随着科学技术的发展,越来越多的蛋白质晶体结构得到解析。这给利用分子对接进行药物筛选提供了大量靶点。对于同一靶点,不同研究人员测出的结构不同。在分子对接中,半柔性对接在药物筛选中应用广泛。因此,利用半柔性对接研究了靶点分子结构对分子对接结果的影响。研究表明,同一配体与不同结构靶点之间的对接能是不同的。靶点与不同配体之间对接能大小顺序是相同的。这一结果表明,对于同一靶点,分子对接能够较好地筛选出有效化合物。     

组合化学及其在新农药开发中的应用

结合医药领域的成功经验概述了组合化学的基本概念、化合物库的合成技术与分析、筛选方法，综述了组合化学方法在发现与优化新农药先导化合物中的研究进展，介绍了作者利用互补分子反应活性与分子识别技术优化除草活性原卟啉原氧化酶抑制剂的研究工作，展望了组合化学在新农药创制中的应用前景。