花生SSR分子标记的开发与利用

主要介绍了基因组SSR、EST—SSR分子标记的开发及其在花生遗传图谱的构建、花生性状及相关基因的定位、遗传多样性研究及种质资源的鉴定等方面的应用,同时对SSR标记在花生中的应用前景进行了展望,以期为花生分子育种提供参考。     

SSR标记在甘蔗遗传育种中的应用

SSR(Simple sequence repeat)标记是建立在PCR基础上的一种新型DNA分子标记.SSR数量丰富,信息含量高,呈共显性遗传,易于分析,所以它是进行甘蔗遗传研究的理想工具.本文就SSR标记在甘蔗遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、鉴定品种和分子标记辅助育种等方面的应用进行了综述.     

芸薹种UGMS标记及抗根肿病基因连锁标记的定位

为定位芸薹种抗根肿病基因的连锁标记,利用芸薹种单一基因微卫星（UGMS）标记及基因组SSR和抗根肿病（clubroot resistance,CR）基因的紧密连锁分子标记,构建了结球白菜59-1×芜菁（CR）WJ04遗传连锁图谱,对芜菁WJ04和结球白菜59-1进行根肿病抗性鉴定和连锁位点分析。结果表明：抗根肿病芜菁自交系WJ04对来自我国根肿病主要疫区的4个根肿菌生理小种2、4、7和10均具有显性抗性,而59-1则均表现为感病。UGMS标记在大白菜和芜菁亚种间的多态性比率为30.1%,低于基因组SSR的50.8%;图谱覆盖长度为1 116.2cM,包含分布在10条连锁群的59个UGMS、72个基因组SSR和4个分别与CR基因Crr1、Crr2、Crr3和CRb连锁的标记。     

SSR和ISSR标记技术应用进展

介绍了SSR和ISSR标记的原理和特点,综述了这两种技术在种质遗传多样性、基因定位及分子标记辅助育种、遗传图构建及种子纯度和真伪鉴定等研究中的应用进展,并提出了在烟草遗传育种中应用的建议。     

国外主要葡萄种质资源数据库简介

本文对国际葡萄品种名录、欧洲葡萄数据库、意大利葡萄数据库、法国农业科学研究院附属网、德国Reben基因库、美国植物遗传资源网、美国戴维斯国家无性种质资源库、瑞士葡萄SSR分子标记数据库、意大利葡萄SSR分子标记数据库、德国葡萄栽培与酿酒文摘数据库等的构建背景、主要功能及特点进行了介绍,以供葡萄种质资源工作者、育种工作者和生产者参考.     

谷子SSR分子标记的研究进展

谷子作为一种在中国杂粮作物中占据重要地位的粮食作物,其全基因组测序的完成极大地促进了谷子分子标记技术的发展。SSR作为第二代分子标记,具有操作简单、重复性好、结果可靠等优势,现已被广泛应用于作物遗传多样性、遗传连锁图谱构建、数量性状分析、品种鉴定等研究。文章对SSR标记技术在谷子遗传多样性、遗传连锁图谱等方面的研究进行综述,以期为中国谷子SSR标记技术发展提供参考与借鉴。     

黑龙江省种植大豆品种遗传多样性分析及与性状关联SSR标记筛选

为从分子水平鉴定黑龙江省种植大豆品种的遗传多样性,并筛选与蛋白质、脂肪、百粒重和水分等大豆主要性状显著关联的SSR分子标记,利用18对SSR引物,采用荧光毛细管电泳法分析黑龙江省75个种植大豆品种遗传多样性,并与性状进行关联分析.结果 表明:18个SSR标记中的10个标记可以实现单对引物准确鉴别42个大豆品种,18个S...     

麦芽品种DNA指纹图谱构建的研究

麦芽作为啤酒的主要原料,麦芽品种折鉴定对啤酒酿造至关重要。微卫星DNA(SSR)作为第二代分子标记技术,在植物物种多样性和品种鉴定上应用广泛,因此本研究利用SSR分子标记进行麦芽品种DNA指纹图谱构建。结果表明,从105对SSR引物中筛选到6对多态性丰富的SSR引物,每对引物的等位基因3~10个不等,平均每个引物产生5.83个等位基因。对实验样品的等位基因进一步分析发现,仅需4对核心引物就可以实现21个麦芽品种的区分。利用该技术,我们建立了相应麦芽品种DNA指纹图谱,为啤酒企业的麦芽采购提供技术支持。     

青海大黄油菜粒色性状AFLP标记的筛选和SCAR标记转化

大黄油菜是青藏高原特有的一个白菜型油菜地方品种,种皮颜色鲜黄.已知大黄油菜的黄籽性状受到1对隐性基因（Brsc1）控制,且该基因被定位于白菜型油菜的第9连锁群上.为获得更多与种皮色泽紧密连锁的分子标记以及共显性标记,本研究利用大黄油菜和褐籽白菜型油菜09A-126为亲本构建BC1分离群体和F2群体,利用AFLP与BSA相结合的方法,通过筛选256对引物结合,共获得5个与种皮色泽连锁的AFLP标记.5个特异AFLP片段分别被回收、克隆、测序,并与白菜型油菜基因组序列进行同源比对,均与A09染色体表现同源.将5个AFLP标记成功转化成5个SCAR标记,用F2群体对SCAR标记进行检测,筛选到1个共显性标记.     

烟草种质的SSR标记遗传多样性及青枯病抗性的关联分析

烟草青枯病是影响烟草产质量的主要病害之一,开发出与烟草青枯病抗病性密切相关的优异等位基因,可加速抗病品种的选育进程。据此,本研究选用94份烟草种质材料作为研究对象,运用236个SSR标记对这些材料进行基因分型和群体结构分析,开展基于连锁不平衡的关联分析探测与青枯病抗性相关的分子标记。结果表明,236个SSR标记在94份烟草种质中检测到904个等位变异位点,平均每个SSR标记为3.83个位点;这些SSR标记的多态性信息量（PIC）值在0.1361~0.8760之间,平均为0.5136。基于SSR基因分型数据,构建了126个标记单倍型;在此基础上进行群体结构分析,将94份种质划分为2个类群,表明本研究烟草种质的群体结构简单,有利于减少伪关联。二年田间抗病性数据与单倍型的关联分析发现7个单倍型与青枯病抗病性密切相关,其中有3个单倍型在二年的田间试验中均表现出与青枯病抗性密切相关,平均解释率超过10%。研究结果可为烟草青枯病抗病材料的分子标记辅助筛选提供参考。      

烟草糖酯SSR分子标记筛选及辅助育种应用

为明确与糖酯紧密连锁的SSR分子标记在烟草实际育种工作中的可用性,加快烤烟糖酯遗传改良进程,本研究利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和GC-MS检测技术,以不同遗传背景的5个烟草种质以及192份重组自交系遗传群体为试验材料,对5个SSR分子标记开展了筛选和验证研究。结果表明,5个分子标记中,PT20315、PT30354两个分子标记在不同遗传背景中多态性稳定,并且其多态性条带与糖酯表型差异的对应性较好;在重组自交系群体中,两个分子标记鉴定的基因型与糖酯表型的一致率分别为93.75%和90.58%,可用于高糖酯烟草分子辅助育种中。目前,利用两个分子标记辅助选择,已经定向改良获得高糖酯K326等新品系材料。     

一个与烟草TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记

烟草普通花叶病（Tobacco Mosaic Virus,TMV）是烟叶生产的主要病害,为建立烟草抗TMV分子标记辅助选择体系,本研究以高抗TMV烤烟品种Coker176和易感TMV烤烟品种Y3以及它们的BC1F1群体为试材,采用分离集团分组分析法（Bulked Segregation Analysis,BSA）和简单序列重复（Simple Sequence Repeat,SSR）标记技术,筛选与TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记。通过对18764对SSR引物的分析表明,有396对SSR引物在两亲本间有多态,选出1对SSR引物TM508-007扩增出的标记与TMV抗性的N基因紧密连锁,遗传连锁距离为0.41 cM,证实获得的与TMV抗性基因N紧密连锁的共显性SSR标记稳定可靠,可用于烟草抗TMV分子标记辅助选择。      

肉产品分子溯源标记的研究进展

食品溯源管理对食品生产、加工和消费过程起到重要的监管作用。肉产品作为饮食中主要的蛋白质来源,其安全问题受到高度重视。在众多的溯源技术方法中,本文介绍了DNA 溯源技术使用的分子标记的研究进展,对AFLP 标记、SSR 标记、SNP 标记3 类标记进行分析比较,并指出SNP 标记必将成为动物身份识别首选的分子标记。     

部分普通烟草种质资源的SSR标记与指纹图谱分析

利用SSR标记构建了烟草核心种质中80份普通烟草种质的指纹图谱.从286对SSR引物中筛选出8对多态性较好的引物,对这些烟草种质进行分析,共检测到85个多态性位点.研究表明,这8对多态性SSR引物可以将80份烟草种质完全区分开,每份种质都有各自独特的指纹图谱,表明SSR标记完全适用于普通烟草种质鉴定和指纹图谱构建工作.     

十二个油茶良种的SSR特征指纹鉴别

为了对普通油茶(Camellia oleifera)优良品种的准确鉴别开发一种新的分子识别方法,为油茶优良品种资源的保护提供技术支持,本研究拟利用SSR荧光标记构建12个长林系列油茶良种的SSR特征指纹。14对多态性SSR引物从12个油茶良种的14个SSR位点共扩增出62个多态性条带、检测出77种基因型,平均每个SSR引物扩增出4.4个多态性条带、检测出5.5种基因型。12个油茶良种14个SSR位点的多态性信息量的变化范围和Dice遗传相似系数变异范围分别为0.08～0.84和0.39～0.90。基于12个油茶良种在14个SSR位点的基因型差异,共选出45种SSR特征引物与其对应的基因型组合,即SSR特征引物-基因型,可作为11个油茶品种的SSR特征指纹,为品种鉴别提供分子依据。本研究也为在更大层面上建立油茶品种的DNA指纹数据库、为油茶良种的辅助选育、以及应用于DUS测试提供了技术思路。     

单核苷酸多态性在茶树中应用的研究进展

茶树原产于中国西南地区,是一种重要的经济作物。茶叶作为中国的传统饮品,是世界上三大无酒精饮料之一。长期的自然演化及自交不亲和使得茶树的种质资源极其丰富。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是基因组水平上单核苷酸突变引起的基因序列多样性,是继限制性酶切片段多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)和简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)的第3代分子标记,广泛存在于生物基因组中。SNP分子标记作为最重要的分子标记技术对遗传学研究有极其重要的作用。本文介绍了SNP分子标记的特征,综述了SNP在茶树中的开发检测方法,研究应用于分子标记、基因定位、关联分析等,旨在为理解和研究SNP分子标记在茶树中的研究应用提供参考。     

普通烟草种质资源的SSR标记与指纹图谱分析

利用SSR标记构建了烟草核心种质中80份普通烟草种质的指纹图谱。从286对SSR引物中筛选出8对多态性较好的引物,对这些烟草种质进行分析,共检测到85个多态性位点。研究表明,这8对多态性SSR引物可以将80份烟草种质完全区分开,每份种质都有各自独特的指纹图谱,表明SSR标记完全适用于普通烟草种质鉴定和指纹图谱构建工作。     

12个油茶品种的SSR特征指纹鉴别

为了对普通油茶(Camellia oleifera)优良品种的准确鉴别开发一种新的分子识别方法,为油茶优良品种资源的保护提供技术支持,本研究拟利用SSR荧光标记构建12个长林系列油茶品种的SSR特征指纹。14对多态性SSR引物从12个油茶品种的14个SSR位点共扩增出62个多态性条带、检测出77种基因型,平均每个SSR引物扩增出4.4个多态性条带、检测出5.5种基因型。12个油茶品种14个SSR位点的多态信息含量变化范围和Dice遗传相似系数变异范围分别为0.08~0.84和0.39~0.90。基于12个油茶品种在14个SSR位点的基因型差异,共选出45种SSR特征引物与其对应的基因型组合,即SSR特征引物-基因型,可作为11个油茶品种的SSR特征指纹,为品种鉴别提供分子依据。本研究也为在更大层面上建立油茶品种的DNA指纹数据库、为油茶品种的辅助选育、以及应用于DUS测试提供了技术思路。     

基于高通量测序技术分析3种羊肉混合基因组序列的短片段重复序列

为研究易混淆绵羊品种的种内多态性与遗传多样性,甄别滩羊、小尾寒羊和滩寒杂交羊,采用宏基因组学的方法,以混合羊肉样品(滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊)为试验对象,通过高通量测序技术对混合样本全基因组进行测序。利用MISA查找拼接序列SSR位点,分析SSR序列特征并使用PRIMER3 Input(version 2.3.7)设计荧光标记引物,以多态性SSR分子标记分析滩羊、小尾寒羊、滩寒杂交羊群体遗传多样性。结果显示,SSR位点分布结果广泛,多态率为46%,平均PIC值为0.358,表明多态性水平处于中等水平。绵羊属3种羊肉以及混合羊肉样本分别聚为一类,呈单系性,STR峰图分型清晰,表明可实现3种绵羊的区分。成功建立了3种绵羊的SSR分子身份证。通过SSR序列多态性可对3种绵羊及其混合样本进行鉴定,为混合绵羊肉的基源鉴定提供新思路和技术指导,对绵羊全基因组工程研究,绵羊种属间的分子标记开发和种质资源鉴定保护具有一定参考价值。     

SSR与SRAP分子标记在烤后烟叶中的应用及烤烟遗传多样性分析

为筛选出适合烤后烟叶的分子标记并用于烤烟遗传多样性分析,以烤后烟叶为材料,利用毛细管电泳技术检测SRAP与SSR标记在烤后烟叶中的多态性和稳定性,并基于稳定性较好的SSR分子标记分析了云烟87、云烟97、云烟116、翠碧1号、红花大金元、中烟100、K326、KRK26、NC297等9个烤烟品种的遗传多样性。结果表明:与新鲜烟叶相比,烤后烟叶DNA降解较为严重,其降解主要发生在烘烤过程中干筋期的中后期。与SRAP相比,SSR标记在烤后烟叶中扩增稳定性更好,但多态性略差。此外,NTGS66290、NTGS66292、NTGS66295、PT30008、PT30169、PT30361、PT30403和PT30424等8对SSR引物能将9个烤烟品种进行有效区分,其遗传相似系数为0.250～0.900,平均值为0.622。