槟榔贮藏及加工过程中细菌群落结构变化

目的：确保槟榔产品细菌指标合格。方法：采用Illumina Miseq高通量测序技术对槟榔由原料到成品全过程关键工序样品进行测序分析。结果：7个样品共获得191 456条有效序列,隶属于239科790属,优势菌属包括Bacillus（芽孢杆菌属）、Pseudomonas（假单胞菌属）、Hydrogenophaga（氢噬胞菌属）、Leuconostoc（明串珠菌属）和Chryseobacterium（金黄杆菌属）。槟榔原籽贮藏前后细菌的群落结构存在显著差异,贮藏前（新籽）的物种丰富度要高于贮藏后（老籽）的,而老籽则拥有更高的物种多样性。槟榔加工过程中煮籽及切籽后的工序能有效减菌,两阶段消亡细菌属数量分别为216和227,煮籽到闷香之间的工序易受到环境中细菌污染,新增细菌属数量为126。结论：槟榔加工过程中污染细菌多样性变化的研究指示细菌污染应重点防控发制闷香中的细菌增殖及各工序中的环境污染,而用好煮籽工序及成品前工序是减菌的关键。     

发酵肉制品中细菌群落结构及其表皮葡萄球菌生物胺相关基因分析

该研究首先利用高通量测序技术对发酵肉制品中细菌群落结构进行分析;然后利用传统培养分离法及双层显色培养基对产生物胺的细菌进行分离筛选,并基于16S rRNA基因序列进行鉴定;最后利用聚合酶链式反应（PCR）对产生物胺细菌的赖氨酸脱羧酶、组氨酸脱羧酶和酪氨酸脱羧酶编码基因ldc、hdc、tdc进行扩增。结果表明,发酵肉制品中细菌主要为厚壁菌门（Firmicutes）的葡萄球菌属（Staphylococcus）。从发酵肉制品中共分离得到52株细菌,其中43株具有产生物胺能力,主要为表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）;产生物胺能力较强的7株表皮葡萄球菌中均含有ldc和hdc基因,部分菌株检测到tdc基因,为评估发酵食品生物胺的潜在危害和快速检测奠定基础。     

酸菜发酵期间细菌群落结构动态变化分析

以自制酸菜为研究对象,利用16S rRNA高通量测序技术检测酸菜发酵期间细菌群落的组成及演替规律。结果表明,发酵第1天的酸菜样本中微生物丰富度和多样性最高,随着发酵的不断进行,微生物丰富度和多样性呈先降后缓慢增加的趋势。细菌群落结构与发酵进程显著相关,因此不同发酵时期优势菌属不同。酸菜发酵期间的主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（0.01%～82.32%）、肠杆菌属（Enterobacter）（0～20.60%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（1.66%～9.48%）、盐单胞菌属（Halomonas）（0.03%～1.84%）和魏斯氏菌属（Weissella）（0.01%～8.26%）等,其中乳酸菌占据绝对的优势地位。     

生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析

分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0～6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。     

浓香型皇台大曲可培养细菌群落结构及其产淀粉酶的研究

采用稀释平板法,从浓香型皇台大曲中分离纯化出73株细菌菌株,经PCR扩增其16S rDNA并测序,比对分析发现这些纯化的细菌菌株中有23株16S rDNA序列各异的可培养细菌,这些菌株分别为Bacillus licheniformis16株、Bacillus subtilis2株、Bacillus amyloliquefaciens1株、Bacillus cereus1株、Bacillus atrophaeus1株、Bacillus sonorensis1株和Brevibacillus sp.1株;采用透明圈法和液态发酵法对大曲中可培养细菌产淀粉酶性能进行检测,结果表明Bacilluslicheniformis、Bacillus subtilis和Bacillus cereus的一些菌株产淀粉酶的活性较高,其中,Bacillus licheniformis的数量最多,是重要的白酒酿造功能菌。     

咸丰和当阳地区鲊广椒细菌群落结构差异性研究

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、盐单胞菌属（Halomonas）和明串珠菌属（Leukonostoc）。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区（P＜0.01）,同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异（P＜0.05）,乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属（Enterobacter）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和芽孢杆菌属（Bacillus）等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。     

Effects of cellulase‐producing bacteria on bacterial community structure and diversity during fermentation of Chinese liquor grains

To study role of cellulase‐producing bacteria on bacterial community structure during fermentation of Chinese liquor grains, a cellulase‐producing strain called DM‐4 was added to the grains at different levels. The bacterial community structure and diversity were then studied using a high‐throughput sequencing method. Results showed that the bacterial community structure exhibited varied characteristics at different levels of grain fermentation, which amply illustrated that adding cellulase‐producing bacteria to fermenting grains had significant effect on the bacterial community structure. Diversity analysis indicated that abundance and diversity of bacterial community increased significantly by adding 10⁴–10⁶ cfu/g DM‐4 cellulase‐producing bacteria. Also when 0–10⁶ cfu/g of DM‐4 cellulase‐producing bacteria was added, there was significant correlation between the dose of cellulase‐producing bacteria added and bacterial community diversity. The study thus concluded that bacterial community diversity and uniformity increased by adding cellulase‐producing bacteria during fermentation. Copyright © 2017 The Institute of Brewing & Distilling     

茅台和尧治河高温大曲细菌群落结构差异及功能预测

通过整合贵州遵义茅台酒厂和湖北襄阳尧治河楚翁泉酒业不同颜色高温大曲测序数据,分别从菌群群落结构、功能以及细菌表型等多个维度全面比较了2个地区高温大曲间品质的共性和差异。结果发现,尧治河和茅台高温大曲细菌均主要由芽胞杆菌属、嗜热放线菌属、葡萄球菌属、Kroppenstedtia等组成,但这些菌属在2个地区高温大曲间的相对含量存在较大差异,这种差异可能与尧治河高温大曲制作时的发酵温度较茅台大曲更高有关。同一地区不同颜色高温大曲间拥有大量的共有菌群,采样地区不同对大曲菌群组成的影响大于曲块颜色的影响。茅台大曲菌群的丰度和多样性、菌群彼此间的相关关系及菌群中移动元件相对含量均显著高于尧治河大曲(P<0.05),而尧治河白曲菌群对原料中的蛋白质和脂质潜在利用率更高。在后续的制曲过程中适当降低制曲温度,同时尝试具有优良发酵特性芽胞杆菌的外源添加,对提升尧治河酱香型白酒的品质可能具有积极的意义。     

Preventing bacterial contamination and proliferation during the harvest, storage, and feeding of fresh bovine colostrum

The objectives of this study were to identify control points for bacterial contamination of bovine colostrum during the harvesting and feeding processes, and to describe the effects of refrigeration and use of potassium sorbate preservative on bacteria counts in stored fresh colostrum. For objective 1, first-milking colostrum samples were collected aseptically directly from the mammary glands of 39 cows, from the milking bucket, and from the esophageal feeder tube. For objective 2, 15-mL aliquots of colostrum were collected from the milking bucket and allocated to 1 of 4 treatment groups: 1) refrigeration, 2) ambient temperature, 3) refrigeration with potassium sorbate preservative, and 4) ambient temperature with potassium sorbate preservative. Subsamples from each treatment group were collected after 24, 48, and 96 h of storage. All samples underwent bacteriological culture for total plate count and coliform count. Bacteria counts were generally low or zero in colostrum collected directly from the gland [mean (SD) log₁₀ cfu/mL_udder = 1.44 (1.45)]. However, significant bacterial contamination occurred during the harvest process [mean (SD) log₁₀ cfu/mL_bucket = 4.99 (1.95)]. No additional bacterial contamination occurred between the bucket and the esophageal feeder tube. Storing colostrum at warm ambient temperatures resulted in the most rapid increase in bacteria counts, followed by intermediate rates of growth in nonpre-served refrigerated samples or preserved samples stored at ambient temperature. The most effective treatment studied was the use of potassium sorbate preservative in refrigerated samples, for which total plate count and total coliform counts dropped significantly and then remained constant during the 96-h storage period.     

酱香型白酒大曲细菌菌群结构及功能研究进展

酱香型白酒酿造工艺独特,其风味、口感都广受消费者喜爱。细菌在酱香型白酒酿造过程中是主要的生香来源,因此,研究酱香型白酒大曲细菌菌群结构对于解析其与产酱香风味化合物之间的关系具有重要意义,同时也能提升其酒体风味。该文阐述了酱香型白酒大曲细菌菌群结构多样性及功能性,对其研究方法进行了阐述,并对其在酱香型白酒中的作用与应用现状进行了综述。以期对酱香型白酒大曲中细菌的研究提供参考。     

牛栏山二锅头大茬酒醅发酵过程中细菌群落结构分析

为解析牛栏山二锅头大茬酒醅发酵过程中细菌群落结构及多样性,确定发酵过程中细菌种属变化及优势菌群。 该研究采用 传统可培养分离方法和高通量测序技术对牛栏山二锅头大茬酒醅发酵过程中的细菌群落进行多样性分析。 研究结果表明,入池阶段, 大茬酒醅内含有大量乳酸菌、芽孢杆菌和其余细菌,随着发酵的进行,乳酸菌数量快速增长,成为发酵过程中的主体细菌,仅在出池 阶段数量出现降低。而芽孢杆菌和其余细菌数量基本稳定,放线菌数量较少且无规律性变化;高通量测序共获得559种细菌类操作分 类单元（OUT）,分别为乳杆菌科、高温放线菌科、明串珠菌科和醋杆菌科。发酵温度表现出前缓、中挺、后缓落3个阶段,不同种乳酸菌 分别成为大茬酒醅中的优势菌群,同时在牛栏山二锅头发酵过程中首次发现了高温放线菌（Thermoactinomyces）。     

高通量测序分析冷鲜滩羊肉储藏过程中的细菌群落多样性

通过Illuminu测序技术对滩羊肉贮藏过程中菌群的16S rRNA基因V3区进行测序,探讨冷鲜滩羊肉在贮藏过程中细菌的菌群组成,以及随着储藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明:滩羊肉在贮藏过程中其微生物菌群变化具有多样性;三个不同贮藏时期滩羊肉的微生物都是由11个细菌门、23个纲、35个属组成,但是不同时期的细菌的丰富度不同,随着储存时间延长,到第8 d时,冷鲜滩羊肉表面的主要类群为变形菌门(Proteobacteria)占71.59%,厚壁菌门(Firmicutes)占23.15%。其中Proteobacteria类群随着储藏时间的增加呈现减少的趋势,而Firmicutes菌群变化趋势与之相反。随着储藏时间变化,滩羊肉贮藏中主要腐败菌为假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、不动杆菌属(Acinetobacter spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、肠杆菌属(Enterobacteriaceae spp.)、热死环丝菌(Brochothrix spp.)、乳酸菌属(Lactobacillus spp.)。其中假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是造成冷鲜滩羊肉腐败变质的主要优势菌。      

浙江地区中温大曲贮存过程细菌群落多样性及功能预测分析

利用16S rRNA高通量测序和理化分析技术分别解析浙江地区中温大曲贮存过程中细菌群落多样性和理化特征演替,并结合生物信息学方法预测菌群功能。结果表明,大曲贮存90 d后,pH和含水量显著降低（P<0.05）,酸度显著升高（P<0.05）,且贮存前后细菌群落多样性和结构组成差异显著（P<0.05）。乳酸杆菌属（Lactobacillus）和魏斯式菌属（Weissella）是大曲贮存期间的绝对优势属,其相对丰度范围分别为47.56%～63.44%和25.16%～42.77%。魏斯式菌属相对丰度与含水量和pH呈正相关,而酸度与乳酸杆菌属、醋酸杆菌属（Acetobacter）和克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）相对丰度呈正相关。此外,功能预测结果表明中温大曲贮存期间的基因功能主要与代谢、遗传信息处理和环境信息处理等功能相关。     

高通量测序解析白酒中高温大曲细菌和真菌群落结构

采用高通量测序技术,定期采集河南贾湖酒业中高温大曲制备过程中的样品,研究大曲中真菌和细菌群落在整个发酵过程中的动态变化。结果表明,各发酵阶段的细菌和真菌组成均发生动态变化。大曲样品从入房到出房,细菌和真菌数量表现出先升高后降低的趋势,并且都在曲温达到顶温时（大曲JH3）达到最高值。发酵前期主要有假丝酵母属（Candida）、根霉属（Rhizopus）和曲霉属（Aspergillus）,当曲温达到顶温时,横梗霉属（Lichtheimiaceae）成为优势菌群,发酵后期以毛霉属（Mucor）和曲霉属为主。入房和出房大曲中细菌组成变化不大,乳杆菌属（Lactobacillus）是整个过程中的优势菌属。当曲温达到顶温时,高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）成为明显优势菌群,相对丰度达到60.67%。     

基于高通量测序对宜宾芽菜中细菌群落结构分析

目的:研究宜宾芽菜发酵过程中细菌微生物多样性。方法:采用Illumina高通量测序技术对芽菜样本中所有细菌的16S V1-V3区进行测序,应用QIIME软件和Mothur软件分析和统计样品序列数目、OUT数量,并进行聚类分析。结果:宜宾芽菜发酵过程中6个阶段的样本共获得204997条有效序列,优化后有效序列数为41703条,共9202个OTU分类;主要细菌类群为Firmicutes（厚壁菌门）下的Bacillus（芽孢杆菌属）,Bacteroidetes（拟杆菌门）下的Flavobacteriaceae（黄杆菌属）和Sphingobacterium（鞘脂杆菌属）,Proteobacteria（变形菌门）下的Sphingomonas（鞘脂单孢菌属）、Acidovorax（嗜酸菌属）、Chromohalobacter（色盐杆菌属）和Pseudomonas（假单胞菌属）以及Actinobacteria（放线菌门）下的Arthrobacter（节杆菌属）。结论:宜宾芽菜发酵过程中细菌菌群处于动态变化中,随着发酵的进行,部分细菌逐渐减少或消失,优势细菌趋于稳定。      

Ruminal bacterial community shifts in grain-, sugar-, and histidine-challenged dairy heifers

Ruminal bacterial community composition (BCC) and its associations with ruminal fermentation measures were studied in dairy heifers challenged with combinations of grain, fructose, and histidine in a partial factorial study. Holstein-Friesian heifers (n = 30) were randomly allocated to 5 triticale grain-based treatment groups: (1) control (no grain), (2) grain [fed at a dry matter intake (DMI) of 1.2% of body weight (BW)], (3) grain (0.8% of BW DMI) + fructose (0.4% of BW DMI), (4) grain (1.2% of BW DMI) + histidine (6 g/head), and (5) grain (0.8% of BW DMI) + fructose (0.4% of BW DMI) + histidine (6 g/head). Ruminal fluid was collected using a stomach tube 5, 115, and 215 min after consumption of the rations and bacterial 16S ribosomal DNA sequence data was analyzed to characterize bacteria. Large variation among heifers and distinct BCC were evident in a between-group constrained principal components analysis. Bacterial composition in the fructose-fed heifers was positively related to total lactate and butyrate concentrations. Bacterial composition was positively associated with ruminal ammonia, valerate, and histamine concentrations in the grain-fed heifers. The predominant phyla were the Firmicutes (57.6% of total recovered sequences), Bacteroidetes (32.0%), and candidate phylum TM7 (4.0%). Prevotella was the dominant genus. In general, grain or histidine or their interactions with time had minimal effects on the relative abundance of bacterial phyla and families. Fructose increased and decreased the relative abundance of the Firmicutes and Proteobacteria phyla over time, respectively, and decreased the abundance of the Prevotellaceae family over time. The relative abundance of the Streptococcaceae and Veillonellaceae families was increased in the fructose-fed heifers and these heifers over time. A total of 31 operational taxonomic units differed among treatment groups in the 3.6 h sampling period, Streptococcus bovis was observed in fructose fed animals. The TM7 candidate phylum had an increased abundance of sequence reads by over 2.5 fold due to the introduction of histidine into the diet. Rapid changes in BCC can occur in a short period after a single substrate challenge and the nature of these changes may influence ruminal acidosis risk and differ from those in cattle exposed to substrate challenges over a longer time period.     

高水分烤虾贮藏过程中的品质变化和菌相分析

研究高水分烤虾(水分含量(46±1)%在25,37℃贮藏过程中的感官品质、pH、菌落总数和菌相变化。结果表明,高水分烤虾在25℃贮藏过程中,真空包装的外观变化要先于内容物的色泽和风味变化到达感官可接受终点;而在37℃贮藏过程中,真空包装的外观、内容物的色泽、风味的变化差异性不大,几乎可同时到达感官接受终点。高水分烤虾的初始pH值为6.8,在25,37℃贮藏过程中都呈上升趋势,最后稳定在pH值7.0左右,初始pH偏高,不能在制品贮藏过程中起到抑制作用。高水分烤虾贮藏初始点的菌落总数<10CFU/g;在25℃贮藏过程中,菌落总数曲线呈近似S型曲线;而在37℃贮藏过程中,菌落总数上升较快,几乎没有"延滞期"。贮藏过程中的菌相分析显示,造成高水分烤虾腐败的主要是蜡样芽孢杆菌,而在37℃贮藏过程中出现了少量的链球菌。     

基于高通量测序的宋河浓香型白酒不同窖龄窖泥细菌群落结构分析

以宋河浓香型白酒不同窖龄窖泥为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术和典范对应分析（CCA）等方法探究细菌菌群结构变化特征及其环境影响因素。结果表明,16年窖龄窖泥的细菌群落结构多样性高于6年窖龄窖泥,相同窖龄、同一窖池的窖底泥高于窖壁泥。6年窖壁泥与窖底泥的细菌群落结构相似,绝对优势细菌属均为乳酸菌属（Lactobacillus）。16年窖壁泥与窖底泥的细菌群落结构差异较大,共有绝对优势细菌属为梭菌属（Clostridium）、氨基酸杆菌（Aminobacterium）、理研菌属（Petrimonas）、互营单胞菌属（Syntrophomonas）和Sedimentibacter。特有绝对优势细菌属中Lactobacillus相对丰度的降低以及Clostridium和Aminobacterium相对丰度的迅速增长均表明16年窖池已成为趋于老熟化的优质窖池。CCA分析结果推测,pH和有机物可能是影响16年窖池细菌群落结构改变的主要环境因子。     

宜宾产区浓香型白酒酿造生境中细菌的群落结构

该文利用高通量测序技术全面解析宜宾产区浓香型白酒酿造生境中的微生物菌群结构,并对窖泥、大曲、酒醅和黄水中的细菌种类和丰度进行对比分析。结果表明,从宜宾产区白酒酿造生境的26个样品中共注释到来自于201个属的1 493个OTUs,主要分布于拟杆菌门(Bacteroidete)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),其中5个属来自于古菌域的广古菌门(Euryarchaeota)。窖泥样品中微生物菌种的多样性最高,主要以古菌、瘤胃球菌和乳酸菌为主;大曲的多样性次之,主要包括未鉴定到属水平的细菌,芽胞杆菌、乳酸菌和高温放线菌等;酒醅和黄水中的微生物多样性最低,其主要微生物类群以乳酸菌和瘤胃球菌为主。宜宾产区浓香型白酒酿造过程微生物群落结构呈现出从多种微生物共同作用到功能微生物主要发挥作用的趋势。该研究为探究浓香型白酒酿造过程中功能微生物,解析白酒酿造机理,提升白酒品质奠定了基础。     

传统鲊鱼固态发酵过程中细菌群落与挥发性风味物质的相关性

目的:了解传统鲊鱼发酵过程中微生物演替及挥发性风味物质的变化规律。方法:采用传统微生物计数、高通量测序、气相色谱—质谱联用等方法,探究传统鲊鱼固态发酵过程中(0～180 d)微生物菌消长和挥发性风味化合物的变化以及两者的相关性。结果:传统微生物计数和高通量测序两种方法得出葡萄球菌、乳酸菌类是传统发酵鲊鱼发酵过程中的主要优势细菌属。在发酵0～180 d的样品中共检出挥发性化合物69种,主要包括酸类、醇类、醛类、酮类、含N化合物、含苯化合物、芳香烷烃化合物、酯类,其种类和含量随着发酵时间变化而变化。相关性分析发现,葡萄球菌与含N化合物类呈正相关,与醇类化合物负相关;乳酸菌与壬酸、1-辛烯-3-醇、壬醛、肉豆蔻醛、2,4-二甲基苯乙烯、癸烯、己酸乙酯显著正相关(0.01相似文献