低双乙酰酿酒酵母的DNA标记研究

对15株酿酒酵母菌株的外观发酵度、双乙酰生成和还原能力进行了比较,通过随机扩增多态性DNA(RAPD)和HSP150编码基因的长度多态性对不同酿酒酵母菌株的基因组DNA分子差异进行了分析。结果显示,菌株YZU-APK和SS-05的外观发酵度分别为77.2%和76.8%,双乙酰峰值分别为0.26mg/L和0.25mg/L,并在发酵第8d均降至0.09 mg/L。在46条随机引物中筛选出的2条引物P07和P42能够扩增出具有较好多态性的RAPD指纹图谱,可以将15个酵母菌株分成9个遗传型;对细胞壁热休克蛋白HSP150编码基因的PCR扩增,并根据扩增条带长度的不同可以将15株酵母分成6个遗传型。综合2种分析结果,并对低双乙酰酿酒酵母菌株YZU-APK和SS-05进行DNA分子标记,确定了其基因型分别是(P07:1,P42:1,hsp150:1)和(P07:1,P42:5,hsp150:2)。     

不同来源酿酒酵母菌株的随机扩增多态DNA分析

研究中试用了20个随机引物对16株不同来源的酿酒酵母菌株全基因组进行了随机扩增多态DNA分析,其中OPG06,OPG11和OPG20三条适宜引物具有鉴别作用,每一引物均可扩增1～10条DNA片段,大多数片段分子量大小在100～2000bp之间,共扩增出34条RAPD谱带,多态性为85.3%,获得了稳定清晰的菌株RAPD指纹图谱。RAPD分析结果表明,不同来源的酿酒酵母菌株之间的遗传相似系数在37.5%～94.1%之间,反映出较高的遗传差异性,并可通过聚类分析将16株不同来源的酿酒酵母菌株按亲缘关系的远近分为6个类群。结果表明,利用RAPD标记技术在基因水平上对酿酒酵母菌株进行分子鉴定和分型是可行的。     

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。     

2种检测变形杆菌PCR方法的比较研究

选取atpD基因作为靶序列设计了2对引物,分别采用不同的PCR扩增条件,对3株变形杆菌属标准菌株,67株样品分离株及13株非变形杆菌属菌株进行扩增实验,结果2种PCR方法对3株标准菌株和66株样品分离株分别扩增出348 bp和596 bp的特异性片断,实验结果呈阴性的1株分离株经全自动微生物鉴定仪鉴定为阴沟肠杆菌。13株非变形杆菌属菌株均未有特异性条带产生。2种PCR方法检测变形杆菌,均具有快速、准确、灵敏、特异的优点。建立的引物2的PCR方法在检测时间、特异性、灵敏度方面比引物1的PCR方法更具优势。     

高压诱变啤酒酵母研究及其突变株RAPD 分析

用高压技术对啤酒酵母生长影响进行研究,通过高压诱变获得突变株,并对啤酒酵母出发株和突变株发酵性能进行分析比较。利用随机引物对啤酒酵母出发株和突变株基因组DNA 进行RAPD 分析,从分子水平考察出发株与MS-3 之间的差异。结果表明：300MPa 保压15min 为最佳处理参数,处理对数生长期啤酒酵母筛选获得变异菌株MS-3。用20 条随机引物对出发株和突变株进行扩增,其中7 条引物对出发株和突变株扩增得到较多条带,有4 条引物出现变异的特征带,从而为利用高压诱变筛选啤酒酵母优良菌种提供初步依据。     

木霉的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对18个木霉菌株进行基因组DNA多态性分析.扩增结果表明,18个引物均反映出18个菌株间的遗传多态性,供试18个木霉菌株的RAPD分析与其生防效果之间不存在相关性.引物OPA-04与OPA-13对木霉菌全基因组DNA具有特征性分子标记.聚类分析结果表明,种间的聚类分析结果与形态鉴定的结果趋于一致.以欧氏距离5.0～5.5为适宜的阀值范围,RAPD遗传标记木霉菌可以作为该菌分类的有效手段之一.     

大豆EST—SSR标记开发及与Genomic—SSR的比较研究

对458220条大豆EST序列进行SSR搜索,共检测出EST—SSR序列39989条,经拼接得到无冗余EST—SSR序列8190条,包括357种重复基元。其中二、三核苷酸重复基元类型居多,分别占无冗余EST总数的11．13％和16％,统计得到二核苷酸重复类型12种,三核苷酸重复类型60种。以含有简单重复序列的元冗余EST序列设计200对引物,其中148对引物有清晰且单一条带扩增产物,以30份大豆品种资源进行引物筛选,获得多态性引物31对。以21份大豆不同基因型的基因组DNA为模板选取30对显示多态性的大豆EST—SSR引物和30对大豆基因组SSR引物进行扩增,带型统计结果显示：大豆EST—SSR与基因组SSR在供试基因型间多态性指数均值分别为0．55和0．44,二者揭示的多态性水平差异不大。从而说明利用生物信息学方法基于大豆EST开发SSR标记是切实可行的,大豆EST—SSR可以用于大豆遗传多样性分析,是大豆DNA分子标记体系的一个重要补充。     

23 株酿酒酵母ISSR指纹图谱分析及SCAR标记的建立

目的：构建酿酒酵母菌株的简单重复序列间多态性指纹图谱数据库并建立序列特异性扩增区（sequencecharacterized amplified region,SCAR）标记技术,为酿酒酵母菌株的分类、遗传亲缘关系鉴定及菌种专利保护提供可靠的DNA分子标记技术依据。方法：在简单重复序列间多态性（inter-simple sequence repeat,ISSR）指纹数据分析基础上进行聚类分析并对菌种进行分类鉴定,同时将酿酒酵母菌株9号和15号中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR分子标记。结果：构建23 株酿酒酵母的ISSR指纹图谱,并在相似系数为0.85水平上将23 个供试菌株分为3大类,其中,1、2、4、7、15、16、17、19、20、21、23聚为第一类;10、11、12、13、14、18号菌株聚为第二类且10号和11号菌为同一菌株;3、5、6、8、9、22号菌聚为第三类且属于同一菌株。此外,利用所获得的2 个特异性条带成功转化为序列特异性扩增区分子标记。结论：在生产上酿酒酵母菌株遗传背景差异不大,常存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR分子标记技术快速鉴定酿酒酵母菌株在工业生产上具有重要意义。     

啤酒酵母突变株发酵性能比较及随机扩增多态DNA分析

对9株啤酒酵母菌种及经过诱变获得的突变株进行了发酵试验，比较了不同菌株的发酵能力、产高级醇能力、双乙酰还原能力以及菌株稳定性。同时利用随机引物对不同啤酒酵母株的基因组DNA进行了随机扩增多态DNA（RAPD）分析，比较不同突变株之间基因组的分子差异。结果表明：不同酵母发酵14d后外观发酵度在72．3％-76．8％，其中酵母YZB具有较高的发酵能力，最终发酵产物的高级醇含量最低，双乙酰峰值最低为0．36mg／L，而酵母Y1110最终发酵产物的高级醇含量最低为67．4mg／L，但双乙酰峰值达0．41mg／L，后酵结束后这2株酵母的双乙酰均可降至0．1mg／L以下。菌株稳定性实验结果表明，在传代7次以后和第1代的主要性能没有明显变化。利用随机引物OPG-5对不同酵母的基因组进行RAPD分析，酵母Y1110、YZB和YZD可以通过特异的扩增谱带区别于其它菌株，该结果为啤酒酵母特异的分子标记奠定了基础。     

双孢蘑菇RAPD标记的遗传多样性分析

随机抽取108个随机引物对40个双孢蘑菇栽培菌株的DNA进行RAPD-PCR扩增实验,发现有71个随机引物能够扩增出清晰的、稳定的、具有多态性的RAPD条带。结果表明,71个随机引物共扩增出567条DNA带,平均每个引物扩增出7.99条DNA带,其中434条DNA带具有多态性,占总数的76.5%。基于RAPD-PCR扩增资料,采用欧氏距离平方系数和组间连接法,应用SPSS 11.0软件进行聚类分析,探讨40个品种间的亲缘关系与类群划分。当取欧氏距离平方系数阈值为20.5时,所有品种分为三大类;当取欧氏距离平方系数阈值取8.5时,40种双孢蘑菇菌株可被分为6个类群,此结果与双孢蘑菇菌株群的同工酶分类研究结果相当吻合。     

Sequence of the CDC10 region at chromosome III of Saccharomyces cerevisiae

A 4.74 kb DNA fragment from the right arm of chromosome III of Saccharomyces cerevisiae, adjacent to the centromere region was sequenced. Four open reading frames with an ATG initiation codon and larger than 200 bp were found in this fragment. The largest open reading frame of 966 bp was identified as the CDC10 gene.     

Molecular cloning and sequence analysis of the Zygosaccharomyces rouxiiLEU2 gene encoding a beta-isopropylmalate dehydrogenase.

A DNA fragment carrying the LEU2 gene of osmotolerant yeast Zygosaccharomyces rouxii was isolated. The sequenced DNA fragment (2630 bp) contained two ORFs; one of them (1086 bp long, predicting a protein of 362 amino acids) shared a high degree of similarity with LEU2 genes of other yeast species. The cloned DNA fragment fully complemented the leu2 mutations of Saccharomyces cerevisiae and Z. rouxii.     

中国猴头菇栽培菌株的系统进化研究

利用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记对7 个猴头菇之间的亲缘关系进行研究,获得了猴头菇不同菌株的DNA 指纹图谱。结果显示：14 个随机引物中有3 个随机引物的扩增产物的DNA 条带表现出明显的多态性。这3个引物共扩增出44 条带,其中36 条为多态性条带,多态性位点比率为81.81%。同时利用NTSYSpc 2.1 生物软件分析7 个供试菌株之间的遗传相似性,并绘制系统进化树。     

Functional cloning of the adenylate cyclase gene of Candida albicans in Saccharomyces cerevisiae within a genomic fragment containing five other genes, including homologues of CHS6 and SAP185

We have cloned a genomic fragment of Candida albicans by complementation of a Saccharomyces cerevisiae cyr1 mutant. This fragment contains the two-thirds C-terminal part of the adenylate cyclase CaCYR1. The complete gene has been sequenced from PCR fragments amplified from genomic DNA, and contains an ORF of 1690 amino acids closely related to other fungal adenylate cyclases. Adjacent to the adenylate cyclase gene, we have sequenced six other putative genes. CaCHS6, CaYNL191 and CaYJL098 are named on the basis of their close similarity with S. cerevisiae genes. ORFs CaYJL097a and CaYJL097b represent two repeated homologues of the S. cerevisiae YJL097w, which probably arose from an ancient duplication. The last one is a hypothetical ORF, CaYKR049, which presents only a very weak similarity with YKR049. The S. cerevisiae homologues of three of these genes are co-localized on chromosome X but with a different order and orientation.     

青海大黄油菜粒色性状AFLP标记的筛选和SCAR标记转化

大黄油菜是青藏高原特有的一个白菜型油菜地方品种,种皮颜色鲜黄.已知大黄油菜的黄籽性状受到1对隐性基因（Brsc1）控制,且该基因被定位于白菜型油菜的第9连锁群上.为获得更多与种皮色泽紧密连锁的分子标记以及共显性标记,本研究利用大黄油菜和褐籽白菜型油菜09A-126为亲本构建BC1分离群体和F2群体,利用AFLP与BSA相结合的方法,通过筛选256对引物结合,共获得5个与种皮色泽连锁的AFLP标记.5个特异AFLP片段分别被回收、克隆、测序,并与白菜型油菜基因组序列进行同源比对,均与A09染色体表现同源.将5个AFLP标记成功转化成5个SCAR标记,用F2群体对SCAR标记进行检测,筛选到1个共显性标记.     

Sequence of the sup61-RAD18 region on chromosome III of Saccharomyces cerevisiae.

A 7965 bp DNA segment from the right arm of chromosome III of Saccharomyces cerevisiae, encompassing the sup61 and RAD18 genes, was sequenced. Four new open reading frames were found in this DNA fragment. One of them, YCR103, is 51% homologous with the G10 gene product of Xenopus laevis.     

A PCR assay based on a sequence-characterized amplified region marker for detection of emetic Bacillus cereus

A PCR assay for the detection of Bacillus cereus strains able to produce an emetic toxin (cereulide) was developed in this study based on a sequence-characterized amplified region (SCAR) derived from a random amplified polymorphic DNA (RAPD) fragment. One of the RAPD fragments generated was selected, cloned, and sequenced. A set of PCR primers was newly designed from the SCAR obtained (the sequence of the cloned RAPD fragment) and used in this assay. To determine the specificity of the assay, 30 different B. cereus strains, 8 other Bacillus strains (of six species), and 16 other non-Bacillus strains (from 16 genera) were tested. Results were positive for every emetic B. cereus strain and for only one nonemetic B. cereus strain. For all other bacterial strains, results were negative. Bacterial DNA for PCR was prepared by a simple procedure using Chelex 100 resin from the bacterial colony on the agar plate or from culture after growth in brain heart infusion medium. This PCR assay enabled us to detect the bacteria of emetic B. cereus grown on agar plates but not the bacteria of nonemetic B. cereus. To test this PCR assay for the monitoring of the emetic bacteria, 10 to 70 CFU of B. cereus DSM 4312 (emetic) per g of food was inoculated into several foods as an indicator, followed by a 7-h enrichment culture step. Because this PCR assay based on the SCAR derived from the RAPD fragment was able to detect bacterial cells, this assay should be useful for rapid and specific detection of emetic B. cereus.     

十个白灵菇栽培菌株的遗传多样性分析

本研究采用RAPD 技术对10 个不同的白灵菇株系进行遗传多样性分析。经过筛选得到的4 种随机引物共扩增出52 条DNA 片段,其中多态性条带44 条,多态性位点频率为84.6%,说明通过RAPD 扩增获得的白灵菇10个株系的遗传指纹图谱多样性丰富。利用Popgen32 生物学软件计算各株系间遗传距离并构建系统进化树,在分子水平上确定了10 个白灵菇株系间的亲缘关系,可为进行更科学、准确分类提供参考依据。