新疆哈萨克族传统风干肉中细菌多样性分析及安全评价

为评价新疆3个哈萨克族聚居区的传统风干肉中细菌的安全性及菌群结构,对传统手工制作的风干肉样品中细菌16S rRNA V4-V5区基因序列进行IlluminaMiSeq高通量测序,共获得1 788 749对有效的基因序列条带,308个运算分类单位（OTU）数目。其中,237个OTU数目为3组所共有,仅13个OTU数目是26个样品所共有的。结果表明：在细菌属水平,嗜冷杆菌属（30.76%）、环丝菌属（7.82%）为样品中的优势菌群,肉杆菌属（2.59%）、明串珠菌属（2.20%）、肠球菌属（1.06%）等乳酸菌和微球菌（1.69%）、葡萄球菌（1.60%）也有检出。新疆哈萨克族传统风干肉中存在丰富的细菌多样性,且含有大量的条件致病菌,具有一定的食品安全隐患。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术内蒙古巴彦淖尔市酸粥真菌菌群多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术解析内蒙古巴彦淖尔地区酸粥样品中的真菌菌群多样性。结果表明,酸粥样品中的优势真菌门（平均相对丰度>1.0%）为子囊菌门（Ascomycota）(98.11%);优势真菌属为毕赤酵母属（Pichia）(37.32%)、哈萨克斯坦酵母属（Kazachstania）(20.34%)、酵母属（Saccharomyces）(11.03%)、耐碱酵母属（Galactomyces）(9.41%)、假丝酵母属（Candida）(5.88%)、曲霉属（Aspergillus）(4.44%)、伊萨酵母属（Issatchenkia）(2.69%)和德巴利酵母属（Debaryomyces）(1.51%)。8份样品共包含50个核心操作分类单元（OTU）（存在于所有样品中的OTU）,其中有15个为优势OTU,分别被注释到8个优势菌属中,累计相对含量达92.49%,具有显著相关性的核心优势OTU间均为正相关关系,该酸粥样品中的真菌类群以Pichia等酵母菌为主,且核心真菌菌群之间大多为正相关关系。     

大竹米酒真菌群落研究及酵母菌分离鉴定

以四川省达州市大竹地区的7份米酒样品为研究对象,采用MiSeq高通量测序技术对米酒样品中真菌菌群多样性进行分析,并通过传统微生物培养技术与分子生物学手段分离鉴定米酒样品中的酵母菌。米酒中真菌群落α多样性分析结果表明,该研究的测序条件可以有效反映样品中生物信息。真菌群落结构分析表明,子囊菌门（Ascomycota）(50.11%)和毛霉亚门（Mucoromycota）(49.81%)为米酒中的优势真菌门（平均相对含量≥1%）,根霉属（Rhizopus）(49.64%)、复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）(19.93%)、酿酒酵母属（Saccharomyces）(16.58%)和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）(11.53%)为米酒中的优势真菌属（平均相对含量≥1%）。操作分类单元（OTU）结果显示,米酒样品中含有13个核心OTU,占总序列数的86.35%,主要隶属于根霉属（49.48%）、复膜孢酵母属（19.61%）和酿酒酵母属（16.21%）。大竹米酒中可分离菌株以酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）为主,相对含量达87.5%。     

腐败干酪中微生物种类的分离与鉴定

本文选取腐败干酪,用传统的微生物培养法培养、分离和鉴定,同时通过18S rDNA高通量测序法,根据稀释曲线、OTU聚类以及样品的多样性分析来反映腐败干酪中的微生物菌群。通过传统的微生物培养法得到3种菌株,其中两种为青霉菌属,一种为酵母菌属。通过高通量测序得出腐败干酪中微生物菌群主要有青霉菌属、德巴利(氏)酵母属、耐碱酵母属、丝孢酵母属、木拉克酵母属、双足囊菌属以及未分类的真菌等。     

河南传统面食发酵剂中微生物菌群结构分析

以河南省不同地区传统面食发酵剂作为研究对象,采用Illumina MiSeq 高通量测序技术分析其真菌和细菌菌群结构。测序真菌共检出7 个属,涉及234 个OTU;细菌共检出8 个属,涉及423 个OTU。结果表明：优势真菌属主要是酵母属（Saccharomyces）和威克汉姆酵母属（Wickerhamomyces）;细菌绝大部分是乳酸菌,优势细菌属主要有乳酸杆菌属（Lactobacillus）、明串球菌属（Leuconostoc）、魏斯氏菌属（Weissella）和片球菌属（Pediococcus）等。6 个样品的真菌菌群多样性分析结果表明郑州样本的Shannon 指数最大,Simpson 指数最小,证明其真菌物种多样性最高。细菌群落多样性分析结果表明商丘样本的Shannon 指数最大,Simpson 指数最小,说明其细菌物种多样性最高。在不同地区的样品中优势真菌和细菌菌属的种类和含量差异较大。     

基于高通量测序的江西特色发酵豆豉中微生物群落多样性及其特征分析

目的:采用高通量测序技术,研究江西特色发酵豆豉中细菌和真菌等微生物的群落多样性及特征,以了解和提高产品质量和食用安全性。方法:采集江西南昌稻香园调味食品有限公司豆豉样品,经gDNA提取,分别对细菌16S rDNA和真菌ITS区域进行PCR扩增及MiSeq测序,根据统计的测序数据进行物种注释、丰富度聚类及α-多样性分析。结果:高通量测序获得细菌Tag数目36633个,OTU数目114个,经物种注释,主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),以蓝细菌门未分类属(Cyanobacteria Chloroplast Unclassified)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主;真菌Tag数目47117个,OTU数目8个,经物种注释,几乎全为接合菌门横梗霉属(Lichtheimia)。结论:江西豆豉细菌具有丰富的微生物群落多样性和特色的菌群组成结构。     

孝感凤窝酒曲真菌多样性评价

采集了3个孝感凤窝米酒曲样品,使用Miseq高通量测序技术对其真菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,相对含量＞0.5%的属分别为隶属于毛霉亚门（Mucoromycotina）的淀粉霉（Amylomyces）、小克银汉霉属（Cunninghamella）和毛霉属（Mucor）及隶属于子囊菌门（Ascomycota）的复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）、曲霉属（Aspergillus）、念珠菌（Candida）、拟威尔酵母（Cyberlindnera）和接合酵母（Zygosaccharomyces）。在分类操作单元（OUT）水平上,发现26个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的94.32%。由此可见,孝感凤窝酒曲中的真菌微生物主要由隶属于毛霉亚门和子囊菌门的若干个真菌属构成,且米酒曲样品共有大量的核心真菌菌群。     

清香型白酒酿酒大曲微生物菌群多样性解析

采用高通量测序技术对清香型堡子酒酿酒大曲样品的16S rRNA V3-V4区和ITS1-ITS2区基因序列进行测序,解析大曲微生物菌群多样性。结果表明,大曲样品中的细菌、真菌操作分类单元（OTU）数分别为124、48,细菌菌群丰富度、多样性和均匀程度较真菌高。优势细菌门（相对丰度＞1%）主要有变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）等,优势细菌属（相对丰度＞1%）主要有泛菌属（Pantoea）、乳杆菌属（Lactobacillus）、雀麦属（Bromus tectorum）等。绝对优势真菌门（相对丰度＞90%）为子囊菌门（Ascomycota）,第一优势真菌属（相对丰度＞50%）为孢圆酵母属（Torulaspora）。细菌蛋白功能主要集中在氨基酸转运与代谢、转录、碳水化合物转运和代谢等;真菌共鉴定出2个营养型和2种混合营养型,以及4个单一生态功能群和9个混合生态功能群。     

基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

结合宏基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性,获得了用于分析的有效序列25 896条,OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析,年糕内生细菌种类覆盖29个属8个纲5个门,其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles,36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus,24.38%)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.36%)。     

传统发酵乳制品中微生物多样性研究

为了探究传统发酵乳制品中核心菌群,本研究采用454焦磷酸测序技术对传统发酵酸牛奶、酸马奶和酸驼奶样品中微生物的群落多样性和丰度进行了分析。研究发现,在三份传统发酵乳制品中存在一定共有微生物群。这部分共有微生物的OTU(可分类操作单元)数目较少,但拥有较大比例的序列数。在门水平上,三份样品细菌和真菌菌门分别以Firmicutes(硬壁菌门)和Ascomycota(子囊菌门)为主。在属水平上,酸牛奶样品中的细菌属以Lactococcus(乳球菌属)为主,真菌菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主;酸马奶样品中的细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,真菌属以Vanderwaltozyma(范氏酵母属)为主;酸驼奶样品的优势细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,优势真菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主。在三份样品共有菌群中Lactococcus与Galactomyces、Lactococcus与Leuconostoc(明串珠菌属)的相对含量存在显著负相关(p<0.05),Leuconostoc与Galactomyces、Gibberella(赤霉菌属)与Prevotella(普氏菌属)的相对含量存在显著正相关(p<0.05)。结果表示,在三份传统发酵乳制品中存在共有微生物群落,且该微生物群群落之间存在一定相关关系。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

酱块发酵过程中真菌和细菌群落的演替

豆酱是中国传统的发酵豆制品。酱块制作是豆酱发酵的前期阶段,为后期发酵提供丰富的微生物和酶制剂,对豆酱的品质至关重要。为了探究自然发酵豆酱酱块发酵过程中微生物多样性,采用第二代测序Illumina MiSeq方法对采集自开原的4个不同发酵阶段的酱块样品进行微生物多样性分析。结果表明:在属级水平上,共鉴定出21个真菌分类群,其中毛霉菌(Mucor)、青霉菌(Penicillium)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)和根霉菌(Rhizopus)为优势类群;细菌共鉴定出40个细菌分类群,其中乳杆菌(Lactobacillus)、魏斯氏菌(Weissella)和肠球菌(Enterococcus)为优势类群。豆酱酱块中多样性的真菌和丰富的细菌在发酵过程中可能共同发挥特定的作用。本研究阐明了传统发酵豆酱酱块的微生物群落特征,揭示了传统酱块发酵过程中真菌和细菌的群落演替,为豆酱发酵过程控制奠定了理论基础。     

Saccharomyces cerevisiae对浓香型白酒发酵的影响

为了探究酿酒酵母对浓香型白酒发酵的影响,在混菌固态发酵糟醅中强化接种酿酒酵母,发酵50 d后分析糟醅主要理化指标、风味物质含量及酿造微生物区系构成,发现糟醅中浓香型白酒主要风味物质含量均有所下降,特别是酯类物质生成量减少,乙酸乙酯显著下降,下降幅度达71.0%;同时,糟醅中细菌和真菌多样性降低,优势细菌仍为Lactobacillus和Pseudomonas,而真菌区系中,曲霉属的丰度从1.8%上升到60.4%,取代接合酵母成为新的优势真菌。结果表明,本实验条件下酿酒酵母对浓香型白酒发酵有一定不利影响。      

高通量测序解析白酒中高温大曲细菌和真菌群落结构

采用高通量测序技术,定期采集河南贾湖酒业中高温大曲制备过程中的样品,研究大曲中真菌和细菌群落在整个发酵过程中的动态变化。结果表明,各发酵阶段的细菌和真菌组成均发生动态变化。大曲样品从入房到出房,细菌和真菌数量表现出先升高后降低的趋势,并且都在曲温达到顶温时（大曲JH3）达到最高值。发酵前期主要有假丝酵母属（Candida）、根霉属（Rhizopus）和曲霉属（Aspergillus）,当曲温达到顶温时,横梗霉属（Lichtheimiaceae）成为优势菌群,发酵后期以毛霉属（Mucor）和曲霉属为主。入房和出房大曲中细菌组成变化不大,乳杆菌属（Lactobacillus）是整个过程中的优势菌属。当曲温达到顶温时,高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）成为明显优势菌群,相对丰度达到60.67%。     

八宝豆豉制曲过程中微生物多样性与蛋白酶活性的动态变化及其潜在相关性

该研究采用高通量测序技术研究八宝豆豉制曲过程中微生物的演替规律,并对3种蛋白酶活性进行动态监测,进而利用皮尔森相关性分析建立优势菌属与蛋白酶活性的潜在关系。高通量测序结果表明,八宝豆豉制曲过程中,细菌菌群多样性高于真菌菌群多样性,且发酵使得微生物群落结构产生了较大的差异,从中共确定出9种优势微生物属（相对丰度＞1%）,包括6种优势细菌属和3种优势真菌属,且以芽孢杆菌属（Bacillus）和曲霉属（Aspergillus）为主。蛋白酶活性分析结果表明,碱性和中性蛋白酶为制曲阶段的主要蛋白酶。皮尔森相关性分析结果表明,Bacillus、Aspergillus、葡萄球菌属（Staphylococcus）以及假单胞菌属（Pseudomonas）这4种优势菌属与蛋白酶活性表现出正相关关系,而其他优势微生物属均与蛋白酶活性呈负相关关系。     

新疆吐鲁番坎儿井饮用水中微生物多样性分析

目的：了解新疆坎儿井微生物菌群特征。方法：采集新疆吐鲁番4种不同坎儿井饮用水，利用Illlumina-Hiseq高通量测序技术对其进行测序，Majiorbio生信云平台进行微生物群落结构多样性分析。结果：质控后细菌有效序列为446 700条、真菌有效序列为407 376条，基于97%一致性共得到2 586个OTUs。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）为4个样品共同优势的细菌门；在属水平上，阿木尔坎儿井（样品A）、奥吾提坎儿井（样品T）共同优势菌属为嗜氢菌属（Hydrogenophaga），占比分别为34.31%，57.66%；沙依坎儿井（样品S）优势菌属为曲杆菌属（Curvibacter），占比36.33%；米依木阿吉坎儿井（样品M）优势菌属为不可鉴定的丝毛单胞菌属（unclassified_f_Comamonadaceae），占比34.84%。真菌的子囊菌门（Ascomycota）为4个样品中共同优势菌门；样品S、M、T优势菌属为油壶菌属（Olpidium），分别占比15.77%，31.84%，16.38%。样品A优势菌属为不可鉴定的真菌属（Unclassified_k_fungi），占比27.68%。结论：4种样品在细菌和真菌门、属、种水平上有共同点的同时也有差异；虽然真菌多样性比细菌高，但物种所占丰富度较小。     

应用16S rDNA分析撒坝火腿表面和内部微生物多样性

为分析云南撒坝火腿中微生物的菌群构成、物种丰富度和多样性差异,以1年以上的撒坝火腿为研究对象,通过提取DNA,采用Illumina高通量测序方法对火腿表面和内部细菌的16S rDNA V3～V4区和真菌ITS2区进行扩增和测序,并对其菌落构成和多样性进行分析。结果表明:撒坝火腿中微生物菌群存在差异,细菌丰富度极显著高于真菌(P<0.01),多样性高于真菌,且内部真菌和细菌微生物多样性和丰富度均高于表面;子囊菌门下曲霉菌属是表面和内部真菌中的优势菌群,其次Yamadazyma和青霉菌属也是主要菌群,这些菌属在火腿表面的分布多于内部;厚壁菌门下葡萄球菌属是火腿表面和内部细菌中的优势菌群,色盐杆菌、酸杆菌和链球菌也是表面的主要菌群;放线菌、杆菌属、酸微菌纲及球菌属则是火腿内部的主要菌群,此外火腿内部还存在大量未知微生物。综上所述,曲霉菌和葡萄球菌是撒坝火腿表面和内部的优势菌群。     

基于高通量测序技术分析青藏高原风干牦牛肉中细菌多样性

为探究青藏高原风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性,采用高通量测序技术,分析西藏不同地区风干牦牛肉中细菌菌群的组成和多样性之间的差异。本研究获得西藏那曲、昌都、日喀则、拉萨、山南的有序序列分别为:56869、110798、71633、86532、60861条,OTU数为:1887、1567、2234、6021、2190。在门分类上的优势菌那曲、日喀则、拉萨以及山南组为厚壁菌门和放线菌门,昌都组为变形菌门和厚壁菌门。在科分类上,那曲组优势菌为乳酸杆菌科,昌都组为肠杆菌科,日喀则组为间孢囊菌科,拉萨组为微球菌科,山南组为棒状杆菌科。在属分类上,那曲组为乳酸杆菌属,昌都组为假单胞菌属,日喀则和山南组均为棒状杆菌属,拉萨组为节杆菌属,表明西藏不同地区风干牦牛肉在菌落组成和丰度上有所不同。结果发现风干牦牛肉中既存在对品质与风味形成的有益菌,也存在优势腐败菌以及致病菌。这或与藏区农户对原料肉的前处理以及制作环境有一定关联。该结果可为后续改进风干牦牛肉的制作提供参考,也可为防范食品致病菌及腐败菌危害,提高藏区农户的生产加工卫生安全意识提供借鉴。