天门地区鲊广椒中细菌群落结构及乳酸菌类群研究

该研究采用MiSeq高通量测序技术和PICRUSt软件分别解析了天门地区鲊广椒的细菌类群结构与功能,并结合纯培养方式分离、鉴定和保藏了其中的乳酸菌。结果显示,15份样品被分为2个聚类,聚类Ⅰ中细菌主要隶属于乳杆菌属Lactobacillus,相对含量为89.77%;聚类Ⅱ中细菌主要隶属于克雷伯氏菌属Klebsiella、小坂菌属Kosakonia和四联球菌属Tetragenococcus,相对含量分别为19.81%、12.24%和10.89%,经Mann-Whitnay检验发现2个聚类在Lactobacillus、Klebsiella和Kosakonia等菌属上存在极显著差异(P<0.001);同时,Lactobacillus与Kosakonia和Pseudomonas等菌属之间还呈现出显著负相关关系(P<0.05)。2个聚类在15个功能上存在显著性差异,但两者均在氨基酸和碳水化合物的转运与代谢功能上具有高表达。乳酸菌分离鉴定结果显示,鲊广椒中蕴含了L.plantarum、L.brevis、L.curvatus和L.sakei等乳杆菌类群,其中L.plantarum为天门地...     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上,进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明,从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus）,鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium）,占所有分离株的86.05%,其中L. plantarum占所有分离株的60.74%,为优势菌种。测序结果显示,鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas）,其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%,其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见,秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源,但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1～V2区、V3～V4区和V4～V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4～V5区的非特异性序列所占比例显著偏低（P＜0.05）,而扩增V1～V2区样品细菌的Chao1指数显著偏高（P＜0.05）。虽然扩增16S rRNA基因的V3～V4区会导致Cyanobacteria（蓝细菌门）和Pediococcus（小球菌）相对含量显著偏高（P＜0.05）,但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异（P＞0.05）。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4～V5区。     

鲊广椒细菌多样性评价及其对风味的影响

本研究使用Illumina MiSeq测序技术解析兴山和保靖鲊广椒细菌群落结构。α多样性分析表明,兴山鲊广椒群落多样性及丰度均低于保靖鲊广椒（P<0.05）。两地鲊广椒中细菌主要是隶属于厚壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus（乳酸杆菌属）,其在兴山鲊广椒中含量为50.24%,在保靖鲊广椒中为88.26%。β多样性分析发现,兴山和保靖鲊广椒细菌群落结构整体上具有显著差异（P<0.01）,同时发现11个差异显著的细菌类群,其中得分较高的为Lactobacillus和Chishuiella（赤水河菌属）。表型预测发现,兴山鲊广椒细菌类群在可移动原件、生物膜形成、革兰氏阴性、致病潜力和氧化胁迫耐受等表型上表达显著,而保靖鲊广椒细菌类群则在革兰氏阳性表型上表达显著。     

当阳地区鲊广椒中乳酸菌的分离鉴定及其应用

采用传统培养分离方法和分子生物学技术对湖北省当阳地区鲊广椒中的乳酸菌进行分离鉴定,通过电子舌和电子鼻技术评价植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）强化发酵对鲊广椒品质的影响,并通过主成分分析（PCA）获得具有优良鲊广椒发酵特性的菌株。结果表明,从5份鲊广椒样品中分离获得18株产生溶钙圈的菌株,经16S rDNA序列分析鉴定发现,其中11株为L. plantarum。通过电子鼻分析发现,L. plantarum强化发酵时,多数鲊广椒样品挥发性风味物质中的芳香类物质含量明显提升;通过电子舌分析发现,L. plantarum强化发酵时,多数鲊广椒样品酸味明显提升,而鲜味和丰度（鲜味的回味）明显下降;PCA结果表明,L. plantarum HBUAS52019和L. plantarum HBUAS52006可作为鲊广椒发酵优良的菌株。     

张家界和湘西地区鲊广椒细菌菌群多样性比较分析

该研究采用MiSeq测序技术对采集自湖南张家界地区的18个鲊广椒样品进行高通量测序,同时从MGRAST数据库中下载12个湖南湘西地区鲊广椒的高通量测序数据,在将数据合并分析的基础上,通过多种数据方法对张家界和湘西2个地区鲊广椒菌群结构进行比较分析,探究不同地区鲊广椒细菌群落结构的异同。结果表明,2个地区鲊广椒中细菌类群丰度和多样性均无显著差异（P>0.05）,但其细菌类群结构存在显著差异（P<0.05）。Mann-Whitney检验发现,张家界地区鲊广椒中乳酸杆菌（Lactobacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）相对含量分别为93.04%和1.78%,较之湘西地区显著偏高（P<0.05）,而醋酸杆菌（Acetobacter）相对含量仅为0.03%,较之湘西地区显著偏低（P<0.05）。线性判别分析（LDA）结果表明,乳酸杆菌（Lactobacillus）和假单胞菌属（Pseudomonas）可作为张家界地区鲊广椒中的生物标志物,醋酸杆菌（Acetobacter）为湘西地区鲊广椒中的生物标志物。PICRUSt分析发现,代谢途径E（氨基酸转运与代谢...     

重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析

为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性,该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象,采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定,并进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明,采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌,鉴定为同一个门5个属下的22个种,其中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）为鲊广椒中的优势细菌,分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门（Firmicute）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）为主,且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个,包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）、棒状杆菌属（...     

恩施州不同地区鲊广椒微生物多样性与功能分析

为明确恩施州鲊广椒的菌群结构特点,通过高通量测序技术对恩施州利川市和恩施市的鲊广椒进行了分析。结果表明,从恩施州利川市与恩施市的鲊广椒中检测到10个优势菌属,分别为促生乳杆菌属（Levilactobacillus）,伴生乳杆菌属（Companilactobacillus）和乳杆菌属（Lactobacillus）等。两个地区间鲊广椒中相对含量具有显著差异的优势属有6个,分别为促生乳杆菌属、乳植物杆菌属（Lactiplantibacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳杆菌属（Lactobacillus）、肇源腐败乳杆菌（Loigolactobacillus）和链霉菌属（Streptomyces）。此外,链霉菌属（Streptomyces）是恩施市鲊广椒的特有菌属。基于线性判别分析效应大小（LEfSe）结果表明,促生乳杆菌属和魏斯氏菌属相对含量差异最大,是利川市和恩施市鲊广椒的生物标志物。另外,基于菌群功能分析,在丰度最高的代谢途径中,与核苷酸合成和碳水化合物相关的代谢途径数量最多。总的来说,采集自恩施州利川市和恩施市鲊广椒的优势属组成相似,但相对含量有差异。     

鲊广椒细菌多样性评价及其对风味的影响

采用Miseq高通量测序技术对当阳地区鲊广椒细菌微生物群落结构进行解析,同时使用便携式电子鼻系统对不同样品挥发物质的差异响应进行测定,进而揭示鲊广椒细菌的多样性,并探讨其对产品风味品质的影响。结果表明:在门水平上,鲊广椒中Firmicutes、Proteobacteria和Bacteroidetes平均相对含量分别为62.36%,25.97%,4.13%;在属水平上,鲊广椒中相对含量1.0%的细菌属分别为Lactobacillus、Weissella、Pediococcus、Staphylococcus、Carnimonas、Enterobacter和Prevotella,其平均含量分别为77.33%,2.24%,2.18%,1.27%,5.66%,2.47%,1.05%;Prevotella与鲊广椒中芳香型化合物等风味物质的生成呈现正相关,Lactobacillus与有机硫化物等风味物质的生成呈现负相关。由此可见,鲊广椒中细菌微生物主要是由若干个隶属于Firmicutes和Proteobacteria已知的优势菌属组成,且Lactobacillus和Prevotella对鲊广椒风味的形成具有积极的作用。     

基于单分子实时测序技术的3个当阳广椒样品细菌多样性研究

本文采集了3个鲊广椒样品,使用单分子实时测序技术对其细菌微生物多样性进行了评价。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)的相对含量为94.25%;在种水平上,相对含量大于1.0%的种分别为隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus)的破布子乳杆菌(L.pobuzihii)、食品乳杆菌(L.alimentarius)、费斯莫尔德乳杆菌(L.versmoldensis)、类短乳杆菌(L.parabrevis)、短乳杆菌(L.brevis)、朝鲜乳杆菌(L.koreensis)和类食品乳杆菌(L.paralimentarius),其平均相对含量分别为32.31%、23.17%、22.01%、8.90%、3.31%、1.63%和1.05%,隶属于魏斯氏菌属(Weissella)的类肠膜魏斯氏菌(W.paramesenteroides)的平均相对含量为1.05%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现6个核心OTU,包含的序列数占所有质控后合格序列数的29.58%。由此可见,当阳地区鲊广椒中的细菌微生物主要隶属于乳酸杆菌属(Lactobacillus),且样品间共有大量的核心菌群。     

龙山豆豉细菌多样性分析及其与当阳豆豉差异性比较

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对湘西土家族苗族自治州龙山县传统发酵豆豉细菌多样性进行研究,并使用多元统计学手段将其与当阳豆豉进行比较。结果表明,龙山豆豉细菌多样性较高,优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,其中,Firmicutes为核心菌门,平均相对含量为77.43%;样本中优势细菌属为芽孢杆菌（Bacillus）、魏斯氏菌（Weissella）、片球菌（Pediococcus）、葡萄球菌（Staphylococcus）、棒状杆菌（Corynebacterium）、肠球菌（Enterococcus）、假单胞菌（Pseudomonas）、明串珠菌（Leuconostoc）、解硫胺素芽孢杆菌（Aneurinibacillus）和Bavariicoccus,其平均相对含量分别为21.46%、15.83%、8.69%、8.38%、7.62%、7.14%、6.69%、4.65%、1.19%和1.10%。龙山豆豉细菌多样性及组内差异性均高于当阳豆豉,且二者差异极显著（P＜0.01）,分析表明造成两个地区豆豉细菌群落结构差异的细菌主要隶属于Bacillus、Pediococcus和Bavariicoccus。     

茅台和尧治河高温大曲细菌群落结构差异及功能预测

通过整合贵州遵义茅台酒厂和湖北襄阳尧治河楚翁泉酒业不同颜色高温大曲测序数据,分别从菌群群落结构、功能以及细菌表型等多个维度全面比较了2个地区高温大曲间品质的共性和差异。结果发现,尧治河和茅台高温大曲细菌均主要由芽胞杆菌属、嗜热放线菌属、葡萄球菌属、Kroppenstedtia等组成,但这些菌属在2个地区高温大曲间的相对含量存在较大差异,这种差异可能与尧治河高温大曲制作时的发酵温度较茅台大曲更高有关。同一地区不同颜色高温大曲间拥有大量的共有菌群,采样地区不同对大曲菌群组成的影响大于曲块颜色的影响。茅台大曲菌群的丰度和多样性、菌群彼此间的相关关系及菌群中移动元件相对含量均显著高于尧治河大曲(P<0.05),而尧治河白曲菌群对原料中的蛋白质和脂质潜在利用率更高。在后续的制曲过程中适当降低制曲温度,同时尝试具有优良发酵特性芽胞杆菌的外源添加,对提升尧治河酱香型白酒的品质可能具有积极的意义。     

遂宁榨菜发酵过程中细菌群落多样性和基因功能预测分析

利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间（10个）样品测序共获得495 681条有效序列,318个可操作分类单元（OTU）。门水平上,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,其两者相对丰度之和＞93%;属水平上,乳杆菌属（Lactobacillus）成为发酵后期的绝对优势菌属,其相对丰度从0.77%增加至78.63%。PICRUSt软件预测结果显示,遂宁榨菜发酵过程中细菌群落的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢等。该研究提高了对遂宁榨菜发酵过程中微生物演替模式的了解,为筛选潜在价值的乳酸菌提供数据参考。     

Illumina MiSeq高通量测序分析红谷黄酒酒曲微生物菌群多样性

采用南阳红谷黄酒酒曲为研究对象,利用高通量测序方法对红曲、大曲、小曲的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,大曲的微生物菌群多样性最高,红曲的最低,且两者间的微生物群落结构差异最大。红曲中优势细菌属为伯克霍尔德氏菌属（Burkholderia）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌种为紫红曲霉（Monascus purpureus）、黑曲霉（Aspergillus niger）等;大曲中优势细菌属为克罗彭斯特菌属（Kroppenstedtia）、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）等,优势真菌种为嗜热子囊菌（Thermoascus aurantiacus）、黄曲霉（Aspergillus flavus）、疏绵状嗜热丝孢菌（Thermomyces lanuginosus）等;小曲中优势细菌属为魏斯氏菌属、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）等,优势真菌种为少根根霉菌（Rhizopus arhizus）、热带假丝酵母（Candida tropicalis）、异常威克汉姆酵母（Wickerhamomyces anomalus）等。     

槟榔贮藏及加工过程中细菌群落结构变化

目的：确保槟榔产品细菌指标合格。方法：采用Illumina Miseq高通量测序技术对槟榔由原料到成品全过程关键工序样品进行测序分析。结果：7个样品共获得191 456条有效序列,隶属于239科790属,优势菌属包括Bacillus（芽孢杆菌属）、Pseudomonas（假单胞菌属）、Hydrogenophaga（氢噬胞菌属）、Leuconostoc（明串珠菌属）和Chryseobacterium（金黄杆菌属）。槟榔原籽贮藏前后细菌的群落结构存在显著差异,贮藏前（新籽）的物种丰富度要高于贮藏后（老籽）的,而老籽则拥有更高的物种多样性。槟榔加工过程中煮籽及切籽后的工序能有效减菌,两阶段消亡细菌属数量分别为216和227,煮籽到闷香之间的工序易受到环境中细菌污染,新增细菌属数量为126。结论：槟榔加工过程中污染细菌多样性变化的研究指示细菌污染应重点防控发制闷香中的细菌增殖及各工序中的环境污染,而用好煮籽工序及成品前工序是减菌的关键。     

酸菜发酵期间细菌群落结构动态变化分析

以自制酸菜为研究对象,利用16S rRNA高通量测序技术检测酸菜发酵期间细菌群落的组成及演替规律。结果表明,发酵第1天的酸菜样本中微生物丰富度和多样性最高,随着发酵的不断进行,微生物丰富度和多样性呈先降后缓慢增加的趋势。细菌群落结构与发酵进程显著相关,因此不同发酵时期优势菌属不同。酸菜发酵期间的主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（0.01%～82.32%）、肠杆菌属（Enterobacter）（0～20.60%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（1.66%～9.48%）、盐单胞菌属（Halomonas）（0.03%～1.84%）和魏斯氏菌属（Weissella）（0.01%～8.26%）等,其中乳酸菌占据绝对的优势地位。     

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门（Ascomycota）（96.79%）和担子菌门（Basidiomycota）（2.63%）;核心真菌属为毕赤酵母属（Pichia）（37.46%）、曲霉属（Aspergillus）（29.48%）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）（3.92%）、假丝酵母属（Candida）（2.86%）、Starmerella（2.62%）、节担菌属（Wallemia）（2.19%）和镰刀菌属（Fusarium）（1.03%）,且核心真菌之间的相关性均不显著（P＞0.05）。