汾酒大曲细菌群落结构的PCR-DGGE分析

建立了一种利用PCR-DGGE技术快速有效地评价汾酒大曲细菌群落结构多样性的方法,研究结果发现,品温最低的清茬曲含有的条带最多(10条),后火曲次之,品温最高的红心曲舍有的条带最少.清茬曲和红心曲间迁移位置不一致的条带达8条.在培养工艺中,品温控制的高低对3种汾酒大曲中细菌的种类多少和数量大小的影响较大.通过优势条带切胶鉴定,得知汾酒大曲中的细菌组成包括Enterococcus、Bacillus、Lactobacillus、Acinetobacter、Agrococcus,其中Enterococcus和Bacillus为优势类群.同时,还发现了5个不可培养微生物(Uncultured bacterium),丰富了酿酒微生物资源.     

基于PCR-DGGE技术对冷藏过程中草鱼肌肉的细菌群落结构分析

应用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对冷藏过程中草鱼肌肉细菌群落组成进行研究。研究对象为冷藏0~12 d的草鱼鱼块,每隔2 d取样,提取样本DNA。同时进行16s rDNA的V3可变区PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:除冷藏8 d的样品细菌种类和数量有所下降,冷藏过程其他阶段细菌种类和数量均随冷藏时间的延长呈上升趋势;不同冷藏时期样品的细菌群落表现出了一定的相似性;新鲜及冷藏初期(0~4 d)草鱼肉样品的优势菌主要是Schistostemon retusum和鲁氏不动杆菌(Acinetobacter lwoffii),随着冷藏时间的延长,假单胞菌(Pseudomonas sp.)及热杀索丝菌(Brochothrix thermosphacta)逐渐变成优势菌,尤其是假单胞菌成为冷藏过程中最主要的腐败菌。     

青菜腌制过程中腐败表层细菌的多样性分析与群落演替

通过构建16S rRNA基因文库揭示青菜腌制过程中腐败表层细菌群落构成,利用Shannon-Weaver（H）、Chao、ACE、Simpson、覆盖度和相关性指数分析群落的多样性及演替关系。系统发育分析显示,从样品中获得的16S rRNA基因序列分别被归为Vibrio、Halomonas、Pseudoalteromonas、Shewanella、Marinomonas、Geobacillus、Pseudomonas、Psychrobacter、Cobetia、Oceanobacillus、Pantoea和Lactobacillus属。其中能够产生亚硝酸盐的致病性Vibrio属细菌为腐败表层卤水中的优势菌,分别占腌制7、22、60 d细菌总数的45.8%、74.2%、44.9%,Pseudoalteromonas、Shewanella、Pseudomonas等属腐败性细菌主要分布在第7天的样品中,受高盐环境的影响,Cobetia、Halomonas等嗜盐菌和Lactobacillus属细菌的数量随时间的延长逐渐增多。7、22、60 d样品菌群相关性系数由0.5131降至0.4064,随之又升高至0.8168。结果表明：腐败表层卤水中细菌在青菜腌制过程中介导腐败并产生有害成分,其群落结构随腌制过程演替。     

基于PCR-DGGE技术对冷藏过程中草鱼肌肉的细菌群落结构分析

应用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对冷藏过程中草鱼肌肉细菌群落组成进行研究。研究对象为冷藏0~12 d的草鱼鱼块,每隔2 d取样,提取样本DNA。同时进行16s r DNA的V3可变区PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:除冷藏8 d的样品细菌种类和数量有所下降,冷藏过程其它阶段细菌种类和数量均随冷藏时间的延长呈上升趋势;不同冷藏时期样品的细菌群落表现出了一定的相似性;新鲜及冷藏初期(0~4 d)草鱼肉样品的优势菌主要是Schistostemon retusum和鲁氏不动杆菌,随着冷藏时间的延长,假单胞菌及热杀索丝菌逐渐变成优势菌,尤其是假单胞菌成为冷藏过程中最主要的腐败菌。     

PCR-DGGE技术分析传统臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对黄山臭鳜鱼发酵过程中的细菌群落结构组成进行研究。以发酵0~8 d的臭鳜鱼为研究对象,每2 d取样,提取样品的总DNA,同时进行16S r DNA V6~V8区的PCR扩增,产物纯化后进行DGGE分析。结果表明:肠球菌(Enterococcus sp.,D带)、腐败西瓦氏菌(Shewanella putrefaciens,C带)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus,A带)和乙酰微小杆菌(Exiguobacterium acetylicum,F带)在整个发酵过程,特别是发酵后期占较大比例,是黄山臭鳜鱼发酵过程中的优势菌。臭鳜鱼样品的PCR-DGGE图谱相似度分析显示,臭鳜鱼发酵后期菌群结构比较相似,微生物菌落结构趋于稳定。本研究结果为筛选适合工业化生产的发酵菌株,有效控制臭鳜鱼生产中存在的腐败菌、致病菌,对提高臭鳜鱼安全性和产品品质具有一定应用价值。     

白腐乳发酵过程中细菌群落演替规律研究

为解析白腐乳发酵过程中细菌的多样性,应用高通量测序和培养组学相结合的方法分析了前酵和后熟过程中细菌的变化规律,通过高通量测序分析白腐乳发酵过程中细菌16S rDNA V3-V4区基因序列。结果表明,白腐乳从前酵到后熟过程中细菌群落有较大变化,豆腐坯中的优势菌为乳杆菌（Lactobacillus）,毛坯中的优势菌为不动杆菌（Acinetobacter）,后熟45 d腐乳中的优势菌为明串珠菌（Leuconostoc）,后熟180 d腐乳中的优势菌为四联球菌（Tetragenococcus）;利用培养分离方法从腐乳发酵过程中部分样品分离鉴定出75株可培养细菌,包括融合魏斯氏菌（Weissella confuse）、蜡样芽孢杆菌（Bacillus cereus）、肉葡萄球菌（Staphylococcus carnosus）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）、嗜盐四联球菌（Tetragenococcus halophilus）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）和耐久肠球菌（Enterococcus durans）等。     

液熏罗非鱼片加工过程中微生物群落的PCR-DGGE 分析

为弄清液熏罗非鱼片加工过程中微生物污染的源头,以进一步防控产品的微生物污染提供依据。应用基于细菌16S rDNA 的PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR- 变性梯度凝胶电泳)技术分析液熏罗非鱼片主要加工关键环节的微生物群落结构,提取样品中的细菌总DNA,对细菌的16S rDNA 的V6～V8 区段进行PCR 扩增后,进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),对DGGE 图谱进行微生物多样性分析,对主要条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明：10 个条带所代表的优势种很可能来源于以下几个属：巨型球菌属(Macrococus)、微球菌属(Micrococus)、肠道细菌属(Enterobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、弧菌属(Vibrio)、突柄杆菌属(Prosthecobacter)、布特菌属(Buttiauxella),其中肠道细菌属、微球菌属、假单胞菌属和弧菌属细菌都具有使产品腐败的潜能。本研究表明：液熏罗非鱼片中呈现微生物多样性,PCR-DGGE 技术可用于研究液熏罗非鱼片加工过程中的微生物群落结构及变化,且具有一定的优越性。     

普洱茶发酵过程中不同层间细菌群落结构研究

目的揭示普洱茶发酵过程中不同层间细菌群落结构及优势细菌。方法实验样品为大理南涧无量山系晒青毛茶原料及发酵阶段茶样与出堆茶样。通过运用16Sr DNA技术对普洱茶发酵过程中不同层间的细菌群落结构及优势细菌进行研究。结果普洱茶发酵过程中细菌多样性丰富,茶堆的上、中、下3层主要细菌群落结构组成相似,包含欧文氏菌属、无色杆菌属、芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、鞘氨醇杆菌属、短杆菌属、葡萄球菌属等7个菌属。其中欧文氏菌属、鞘氨醇杆菌属在整个发酵过程中不同层间所占比例都相对较高。检测的7个主要菌属在发酵14、28、42 d不同时期各层间所占比例变化较大。结论普洱茶发酵过程中不同层间细菌群落结构及优势菌存在明显差异。     

应用PCR-DGGE技术分析发酵鸭肉中细菌多样性

对不同前处理的发酵鸭肉应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术进行细菌菌群分析。以细菌通用引物扩增16S rDNA基因可变区V3区,进行DGGE上样,从而获得可以表征细菌群落结构的图谱。研究结果表明,热炒后发酵和未热炒发酵的2个样品菌群差异比较大,但它们都有乳杆菌(Lactobacillus alimentarius),在发酵过程中乳酸菌是主要优势菌,而且未热炒发酵相对于热炒后发酵的样品各菌群数量比较明显。热炒后发酵的鸭肉中存在乳酸菌属(Lactobacillus sp),赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici),葡萄球菌属(Staphylococcus stepanovicii),丛毛单胞菌属(Comamonas sp)。未热炒发酵的鸭肉中有赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus sp),普氏厌氧球菌(Anaerococcus prevotii),戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus),吲哚嗜胨菌(Peptoniphilus indolicus),乳杆菌(Lactobacillus alimentarius)。在发酵鸭肉中还检测到了3种不可培养菌Uncultured Lactobacillus sp、Uncultured bacterium、Uncultured Comamonas sp,这在鸭肉发酵过程中的作用还有待进一步研究和验证。PCR-DGGE能快速地反应发酵鸭肉中细菌群落结构。     

PCR-DGGE分析绍兴黄酒麦曲中细菌群落方法的建立

利用垂直电泳及时间间歇法初步确立了变性剂的梯度范围和电泳时间,首次建立了聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)法分析绍兴黄酒机制生麦曲和熟麦曲中细菌群落结构的电泳条件。机制生麦曲的变性剂梯度范围为50%～65%,电泳时间为5～5.5h;熟麦曲的变性剂梯度范围为40%～60%,电泳时间为4.5～5h。DGGE条带经切胶回收、重新扩增、T-A克隆及DNA测序后,鉴定结果显示绍兴黄酒麦曲中存在糖多孢菌、肠杆菌、棒形杆菌等多属种细菌,并且从熟麦曲中鉴定到的细菌种类都包含于机制生麦曲中的细菌群落,表明不同工艺的黄酒麦曲其细菌群落结构存在着一定的差异。研究结果丰富了对绍兴黄酒麦曲中细菌群落的认识,为进一步剖析细菌在黄酒发酵中的作用奠定一定的基础。     

酸菜发酵期间细菌群落结构动态变化分析

以自制酸菜为研究对象,利用16S rRNA高通量测序技术检测酸菜发酵期间细菌群落的组成及演替规律。结果表明,发酵第1天的酸菜样本中微生物丰富度和多样性最高,随着发酵的不断进行,微生物丰富度和多样性呈先降后缓慢增加的趋势。细菌群落结构与发酵进程显著相关,因此不同发酵时期优势菌属不同。酸菜发酵期间的主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（0.01%～82.32%）、肠杆菌属（Enterobacter）（0～20.60%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（1.66%～9.48%）、盐单胞菌属（Halomonas）（0.03%～1.84%）和魏斯氏菌属（Weissella）（0.01%～8.26%）等,其中乳酸菌占据绝对的优势地位。     

浓香型皇台大曲可培养细菌群落结构及其产淀粉酶的研究

采用稀释平板法,从浓香型皇台大曲中分离纯化出73株细菌菌株,经PCR扩增其16S rDNA并测序,比对分析发现这些纯化的细菌菌株中有23株16S rDNA序列各异的可培养细菌,这些菌株分别为Bacillus licheniformis16株、Bacillus subtilis2株、Bacillus amyloliquefaciens1株、Bacillus cereus1株、Bacillus atrophaeus1株、Bacillus sonorensis1株和Brevibacillus sp.1株;采用透明圈法和液态发酵法对大曲中可培养细菌产淀粉酶性能进行检测,结果表明Bacilluslicheniformis、Bacillus subtilis和Bacillus cereus的一些菌株产淀粉酶的活性较高,其中,Bacillus licheniformis的数量最多,是重要的白酒酿造功能菌。     

不同烟熏液处理对罗非鱼片冷藏品质的影响

将罗非鱼片进行浸渍(A组)和涂抹(B组)烟熏液处理,置于0℃条件下冷藏,对罗非鱼片在贮藏过程中的pH、TVB-N值、TBA值、白度值进行分析,以及进行感官评价。结果表明,经烟熏液处理的罗非鱼片具有烟熏色泽和烟熏风味,且能防止脂肪氧化,延长鱼片的保藏期。相较于B组鱼片,A组鱼片的pH、TVB-N值、TBA值、白度值变化更稳定,其中TVB-N值在第21d为19.2mg/100g,保藏期可达21d。     

浓香型白酒酒醅细菌群落结构及其变化规律

该试验利用PCR-DGGE技术研究了浓香型白酒酒醅细菌群落结构及其发酵过程中的变化规律,结果发现:所有酒醅样品均出现13~23条较清晰的条带,其中第1、2、3、5、6、12、13号条带在所有样品中均有检出,且优势度较高;所有样品生物多样性指数都在2.12~2.80之间,发酵前期,多样性指数总体呈先增加后降低的趋势,发酵第49d时到达最低值,之后多样性指数有所增加,后期保持平稳;相邻发酵时间酒醅细菌DGGE图谱相似性指数较高,为0.58~0.78。     

CO发色对罗非鱼片贮藏过程质量影响

以罗非鱼片为研究对象,通过理化、质构及微生物指标分析CO发色处理对鱼片贮藏质量的影响。结果表明,CO发色处理可将鱼片初始pH由6.75降低至6.62左右。冷藏过程中,发色处理后的样品TVB-N值5d内基本保持稳定,较未发色样品延长约2d;未发色和活体发色样品冷藏5d后硬度、粘性、咀嚼性出现明显下降,但传统发色样品在1d以后上述指标就明显下降;活体发色处理使鱼片初始细菌数量降低,并延缓冷藏过程中的变化。冻藏过程中三种处理方式对鱼片各项质量指标影响不显著。      

冷却牦牛肉贮藏过程中优势菌的 PCR-变性梯度凝胶电泳分析

应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究托盘保鲜膜包装的冷却牦牛肉在4℃贮藏过程中的微生物多样性及其动态变化.直接从样品中提取细菌总的DNA,采用降落PCR扩增16S rDNA的V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化的指纹图谱,并对主要条带进行测序分析.结果表明:检测到的优势腐败菌为Pseudomonas sp.(假单胞菌)、Lactococcus sp.(乳球菌)、Acinetobacter sp.(不动杆菌)、Brochothrix thermosphacta(热死环丝菌)、Enterobacteriaceae bacterium(肠杆菌科细菌),此外还检测到Uncultured Citrobacter sp.(非培养的柠檬酸杆菌)和Staphylococcus sp.(葡萄球菌)     

高通量测序分析冷鲜滩羊肉储藏过程中的细菌群落多样性

通过Illuminu测序技术对滩羊肉贮藏过程中菌群的16S rRNA基因V3区进行测序,探讨冷鲜滩羊肉在贮藏过程中细菌的菌群组成,以及随着储藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明:滩羊肉在贮藏过程中其微生物菌群变化具有多样性;三个不同贮藏时期滩羊肉的微生物都是由11个细菌门、23个纲、35个属组成,但是不同时期的细菌的丰富度不同,随着储存时间延长,到第8 d时,冷鲜滩羊肉表面的主要类群为变形菌门(Proteobacteria)占71.59%,厚壁菌门(Firmicutes)占23.15%。其中Proteobacteria类群随着储藏时间的增加呈现减少的趋势,而Firmicutes菌群变化趋势与之相反。随着储藏时间变化,滩羊肉贮藏中主要腐败菌为假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、不动杆菌属(Acinetobacter spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、肠杆菌属(Enterobacteriaceae spp.)、热死环丝菌(Brochothrix spp.)、乳酸菌属(Lactobacillus spp.)。其中假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是造成冷鲜滩羊肉腐败变质的主要优势菌。      

清香型大曲细菌群落结构的比较分析

通过构建细菌16SrRNA基因文库、RFLP指纹图谱分析、测序和系统发育学分析,分别对汾酒清茬曲、后火曲和红心曲的细菌群落结构进行比较。结果表明,清香型3种大曲细菌均分属于芽孢杆菌纲、放线菌纲及变形菌纲,但具体种属组成存在一定差异,其中清茬曲的优势细菌菌群为乳杆菌属和葡萄球菌属(占全部克隆子的比例分别为37.78%,22.22%);后火曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、葡萄球菌属、芽孢杆菌属、魏斯氏菌属(占全部克隆子的比例分别为35%,16.67%%,16.67%,13.33%);红心曲的优势细菌菌群为乳杆菌属、芽孢杆菌属、高温放线菌属(占全部克隆子的比例分别为26.67%,28.89%,17.78%)。