新分离5株狂犬病病毒街毒株N和G基因的序列分析

目的分析我国新分离的5株狂犬病病毒(RV)街毒株基因序列及分子流行病学状况。方法采用RT-PCR法从疑似狂犬的犬脑组织内获得N和G基因cDNA的全序列并进行测序,将所得结果与已发表的国内外代表性毒株相应基因进行核苷酸和推导氨基酸序列比较。结果5株均含有完整N基因序列,3株含有完整G基因序列。与国内外发表的部分毒株比较,5株街毒N基因的核苷酸同源性在98.1%～99.9%之间,推导氨基酸同源性在99.5%～100%之间。将5株街毒与人用疫苗株3aG、PV株的N基因进行比较,核苷酸同源性在86.2%～86.7%之间,氨基酸同源性在95.1%～95.5%之间;而与人用疫苗株CTN比较,核苷酸同源性在89.4%～89.6%之间,氨基酸同源性在98.2%～98.6%之间。3株街毒G基因的核苷酸同源性在98.5%～99.4%之间,推导氨基酸同源性在99.6%～100%之间。将3株街毒与人用疫苗株aG、PV和兽用疫苗株ERA的G基因进行比较,核苷酸同源性在82.8%～83.1%之间,氨基酸同源性在88.0%～90.1%之间;而与人用疫苗株CTN比较,核苷酸同源性在86.7%～87.1%之间,氨基酸同源性均为92.0%。结论新分离街毒株基因未发生较大变异,与CTN的同源性高于与aG株和PV株。     

2015—2018年北京市东城区甲型H1N1pdm09亚型流感病毒分子流行病学特征分析

目的 分析2015—2018年北京市东城区甲型H1N1pdm09亚型流感病毒的分子流行病学特征。方法 收集2015年1月1日—2018年12月31日期间北京市东城区流感样病例的咽拭子样本,RT-PCR法检测核酸,阳性样本接种至MDCK细胞进行病毒分离,血凝抑制试验鉴定流感亚型。选取30株甲型H1N1pdm09亚型分离株,RT-PCR法扩增血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因序列,并测序。应用DNASTAR 5.0软件将HA、NA序列进行拼接,MEGA 6.0软件建立系统进化树,并进行遗传特征分析。结果 共检测样本7 533份,甲型H1N1pdm09亚型231份,阳性率为23.24%。30株甲型H1N1pdm09亚型分离株与WHO推荐的北半球疫苗株A-Brisbane-02-2018的HA基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.42%～99.53%和97.40%～99.32%;NA基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.11%～99.74%和97.72%～99.80%。HA基因共有16个氨基酸位点发生改变,NA基因共有10个位点发...     

肾综合征出血热灭活疫苗毒株84Fli株的M和S基因核苷酸序列分析

目的对肾综合征出血热灭活疫苗毒株84Fli株的M和S基因进行核苷酸序列分析,了解该毒种的基因稳定性。方法根据汉坦病毒标准株设计特异的PCR引物,用RT-PCR技术分段扩增疫苗株84FLi株的M和S基因片段,PCR产物纯化后直接测序,并进行遗传进化分析。结果疫苗株84FLi株M基因片段的核苷酸序列与GenBank中收录的HTN型毒株的M基因核苷酸序列的同源性为83.5%～99.9%,而与SEO型毒株的同源性为70.2%～72.0%。其S基因与HTN型毒株的同源性为85.9%～99.6%,与SEO型毒株的同源性为69.4%～70.8%。疫苗株84FLi株的M和S基因的氨基酸序列与GenBank中收录的HTN型汉坦病毒84FLi株M和S基因的氨基酸序列的同源性分别为99.9%和99.5%。从遗传进化树上可以看出,疫苗株84FLi株与GenBank中收录的84FLi株位于一个独立的分支上,与其他HTN型病毒亚型分布于不同分支上,与其他HTN型病毒亚型亲缘关系较远。结论肾综合征出血热灭活疫苗毒株84FLi株M和S基因片段的核苷酸和氨基酸序列未发生较大变异,说明在传代过程中该疫苗株在基因水平上并未发生较大改变。     

流感疫苗株H3N2(NYMCX-223A)主要抗原基因特征与传代稳定性

目的分析2013年流感疫苗生产用甲型H3N2(NYMCX-223A)毒株主要抗原血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因特征,并检测该疫苗株主种子批、工作种子批及疫苗病毒收获液的传代稳定性。方法对制备的H3N2疫苗株的主种子批、工作种子批及疫苗病毒收获液进行全面的生物学特性检测;采用RT-PCR法从主种子批、工作种子批及疫苗病毒收获液中扩增HA及NA基因片段,并进行全基因序列测定及分析;应用MEGA 5.05软件对7株不同年份的H3N2亚型疫苗株的HA氨基酸序列进行比对,绘制基因种系发生树。结果 H3N2疫苗株的主种子批、工作种子批抗原性与2013年度WHO推荐毒株相一致,其他生物学特性均符合《中国药典》三部(2010版)标准;主要抗原HA基因序列长度为1 701 bp,编码566个氨基酸;NA基因序列长度为1 410 bp,编码469个氨基酸,各代次流感病毒HA和NA基因核苷酸和氨基酸序列均一致,与GenBank公布的序列完全一致,同源性为100%。2013年与2012年H3N2疫苗株HA氨基酸序列相比,同源性为97.5%。2013年与2012年H3N2疫苗株具有较远的进化距离,与同源性结果相对应。结论 2013年甲型H3N2(NYMCX-223A)流感疫苗株主要抗原基因传代稳定,一般生物学特性符合《中国药典》三部(2010版)要求。2013年与2012年H3N2疫苗株序列差异较大。     

肠道病毒71型甘肃分离株VP1基因特征分析

目的分析肠道病毒71型(Enterovirus,EV71)甘肃分离株VP1基因的特征。方法应用RT-PCR法扩增4株EV71甘肃分离株(46F、47F、51F和55F)的VP1基因,克隆入pTA2载体,进行核苷酸序列测定,并进行序列的同源性比较及进化树分析。结果 4株病毒VP1核苷酸序列长度均为891bp,推导的氨基酸序列含297个氨基酸。51F与55F毒株核苷酸和氨基酸同源性均为100%,46F与47F的同源性分别为99.6%和99.0%,4株病毒与EV71的C4亚型毒株核苷酸同源性在96%以上,氨基酸同源性在99%以上。同源性和进化树分析显示,4株分离株分属2个群,其中51F和55F毒株同属一个群,其与昆明分离株kunming41-08亲缘关系最为相近;46F和47F同属一个群,其与内蒙分离株0723F/NM/CHN/07关系最为相近。结论 4株EV71甘肃分离株属于C4亚型,为中国EV71的基因分型、分子流行病学研究提供了参考。     

安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒的N基因序列分析

目的对安徽省2011年新分离的19株狂犬病病毒(Rabies virus,RABV)的N基因进行序列分析,并比较其与代表性RABV街毒株及疫苗株之间的差异。方法采集安徽省淮北地区狗肉市场的犬脑组织121份,伤人犬脑组织10份,采用直接免疫荧光法和双抗体夹心ELISA法检测RABV抗原,并通过颅内接种昆明乳鼠进一步鉴定毒株;RT-PCR扩增分离病毒的N基因,与pMD18-T载体连接测序后,与代表性RABV街毒株及疫苗株的N基因序列进行比对,并进行遗传学分析。结果在送检的131份犬脑组织样品中检出RABV阳性19株,其中伤人犬脑组织阳性率为90%,狗肉市场犬脑组织阳性率为8.26%。19株RABV N基因核苷酸序列同源性为97.5%～99.7%,推导的氨基酸序列同源性为98.7%～100%;与代表性人用和兽用RABV疫苗株相比,N基因核苷酸序列同源性为85.4%～89.9%,推导的氨基酸序列同源性为94.9%～99.1%,核苷酸序列的变异主要为同义突变。分离的19株RABV在系统进化树上高度聚集,与以往国内分离的代表性街毒株系统进化关系较近,在同一个分支(HN10除外)与我国疫苗株CTN-181株亲缘关系最近,处于同一个亚群。结论从安徽省伤人犬和狗肉市场的犬脑组织中成功分离并鉴定了19株RABV,这些病毒株均属于基因I型RABV,且具有地域性特征。本研究对特定区域RABV的流行及监测具有一定的意义。     

广西流行的猪瘟病毒株E2基因序列测定及分析

目的对广西流行的猪瘟病毒E2基因进行序列测定及分析。方法应用PCR对15株猪瘟病毒E2基因进行扩增、克隆及测序,利用DNAstar分析软件对所测定的15株毒株与兔化弱毒(HCLV)、石门(Shimen)毒株的相应基因片段进行同源性分析。结果得到长度为1092nt猪瘟病毒E2基因,编码364个氨基酸残基的目的基因片段。广西株与HCLV、Shimen株的核苷酸同源性分别为81.5%～82.8%和82.8%～84.3%,推导的氨基酸同源性分别为87.1%～88.8%和88.5%～89.9%,广西毒株之间核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为92.3%～99.9%和94.8%～100%。广西15株猪瘟病毒E2蛋白上的全部半胱氨酸(Cys)位点均未改变,推测其E2蛋白的抗原结构保持很高的稳定性。但广西毒株中与特定单克隆抗体结合的724、725、729、734和738位的氨基酸发生了变异,这些变异可能导致不完全免疫保护。把所测定的广西15株与国内外已发表的19株病毒相应序列进行比较,建立系统发育树,所比较的34株猪瘟病毒被分为两个群,广西毒株皆属于基因群Ⅱ。结论成功进行了广西流行猪瘟病毒E2基因序列分析,为进一步探讨猪瘟病毒E2蛋白的抗原结构提供了依据。     

水泡性口炎病毒核蛋白基因的克隆和序列分析

目的　对水泡性口炎病毒编码群特异性抗原的N基因进行PCR扩增、克隆和序列分析。方法　将水泡性口炎病毒编码群特异性抗原的N基因片段克隆至pMD18 T载体中 ,构建N基因重组质粒载体。进行PCR及限制性内切酶分析 ,筛选获得N基因插入的阳性克隆。经核苷酸序列分析 ,并与Genbank中的VSV编码核衣壳蛋白N基因序列进行比较。结果　该序列与VSVNewJersey型的 0 9/ 82 HD B株同源性最高 ,核苷酸和推测氨基酸的同源性分别为 98.9%和 98.8% ,有 13个核苷酸差异 ,伴有 5个氨基酸改变 ,第 72位的酪氨酸变为组氨酸 ,第 89位的缬氨酸变为异亮氨酸 ,第 183位的天冬氨酸变为天冬酰胺 ,第 2 0 5位的苯丙氨酸变为亮氨酸 ,第 4 18位的丙氨酸变为缬氨酸 ;与In diana型各株的同源性较低 ,与Glasgow株相比 ,核苷酸和氨基酸的同源性分别为 6 7.9%和 71.6 %。结论　已成功地克隆了水泡性口炎病毒N基因 ,为水泡性口炎免疫血清学诊断试剂的制备和分子生物学研究打下了坚实基础     

口蹄疫病毒衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因的克隆及序列分析

目的 对口蹄疫病毒（FMDV）衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因进行PCR扩增、克隆和序列分析，了解FMDV基因型与血清型的相关性及分子免疫机理，便于疫苗株的选择。方法 应用RT-PCR方法扩增了CC-1毒株的衣壳蛋白前体P1基因和蛋白酶3C基因，并将其克隆到pGEM-T easy载体上，分别构建含有P1基因和3C基因的两个重组质粒pGEMP1和pGEM3C，并进行核苷酸序列分析。结果 CC-1株与相同血清型毒株P1基因核苷酸序列和氨基酸序列存在较高的同源性，与不同血清型毒株P1基因氨基酸序列的同源性差异显著，而不同血清型毒株的蛋白酶3C基因氨基酸序列的同源性均在90%以上。结论 成功地克隆了FMDV P1区基因和蛋白酶3C基因，为选择口蹄疫病毒疫苗株提供了背景材料。     

吉林省2001～2014年麻疹病毒血凝素蛋白基因亲缘关系分析

目的分析吉林省2001~2014年间麻疹病毒血凝素(hemagglutinin,H)蛋白基因的亲缘关系。方法选取35株吉林省麻疹病毒株作为代表株,采用RT-PCR法获得麻疹病毒H蛋白核酸分段扩增产物,将测得的序列用DNASTAR软件进行拼接,并用Mega 4.0和Bioedit软件对序列进行亲缘关系和同源性分析。结果 35株麻疹病毒代表株均属于H1基因型H1a基因亚型,且明显处于两个小分支上。35株麻疹病毒株H蛋白基因同源性变化为:株间核苷酸同源性为98.2%~99.8%,株间氨基酸同源性为95.2%~99.8%;与H1a中国代表株(China93-4/H1a)相比,核苷酸同源性为98.8%~99.6%,氨基酸同源性为96.7%~98.8%;与中国疫苗株(Shanghai-191)相比,核苷酸同源性为94.5%~95.2%,氨基酸同源性为84.7%~86.7%。结论吉林省2001~2014年间,麻疹病毒H蛋白与中国代表株(China93-4/H1a)的亲缘关系呈逐年渐远的态势发展,与中国H1a代表株和中国疫苗株相比,核苷酸和氨基酸同源性均呈逐年下降的趋势,提示应对吉林省麻疹病毒H蛋白进行持续监测和分析。     

检测禽流感病毒RT-PCR一步法的建立及H5、H9亚型的鉴定

目的建立禽流感病毒(AIV)通用型RT-PCR一步法,并鉴定AIV H5和H9亚型。方法根据流感病毒高度保守的M1基因序列,设计一套通用型引物,建立AIVRT-PCR一步法。根据H5、H9亚型HA基因序列,分别设计一套特异性引物,其上、下游引物分别位于裂解位点两侧,应用RT-PCR一步法检测AIV H5和H9亚型,并验证所建立方法的敏感性;通过检测NDV、IBV和IBDV等RNA病毒及计算机软件模拟检测,验证其特异性。结果所建立AIV系列RT-PCR检测方法具有特异、敏感、简便和快速的特点。结论该方法可用于AIV的检测,H5、H9亚型的鉴定及致病性分析。     

影响禽流感病毒(H3N2/H4N6)感染机制的生物信息学分析

目的通过生物信息学分析禽流感病毒WDK/ST/27/03(H3N2)和Dk/ST/472/03(H4N6)HA、NA氨基酸序列,进一步探讨影响禽流感病毒感染血液肿瘤细胞株K-562和HL-60的机制。方法 RT-PCR扩增WDK/ST/27/03(H3N2)和Dk/ST/472/03(H4N6)HA、NA基因,经1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,对纯化的PCR产物进行测序。在GenBank中选取登录的H3N2和H4N6序列,利用在线生物信息工具ClustalW2(http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/)对这些序列和WDK/ST/27/03(H3N2)和Dk/ST/472/03(H4N6)HA、NA氨基酸序列进行比对分析。结果 RT-PCR扩增产物的大小与预期相符。生物信息学分析显示,WDK/ST/27/03(H3N2)HA的裂解位点是QNR*GLFG,Dk/ST/472/03(H4N6)HA的裂解位点是KAAR*GLFG,此位置的氨基酸无变化。HA的226位氨基酸为Gln(Q),228位氨基酸为Gly(G),具有禽流感病毒HA受体结合位点的特征,影响受体结合的位点98Y、136S、152W、183H、190E、194L、222W、225G、227S未见变异。NA活性位点及影响酶活的位点均无变异,但WDK/ST/27/03(H3N2)NA在接近N-末端的茎部61⁷9位缺失19个氨基酸,致使NA茎部变短,且丢失2个潜在的糖基化位点。结论 WDK/ST/27/03(H3N2)的NA茎部缺失突变可能是造成其吸附、繁殖和复制能力低于Dk/ST/472/03(H4N6)的一个因素。     

禽流感病毒抗原-抗体复合物的制备及其免疫原性

目的制备禽流感病毒抗原-抗体复合物,并检测其免疫原性。方法以H5亚型禽流感病毒的HA蛋白为抗原,其病毒的高免卵黄为抗体,将抗原与抗体按不同比例混合,制备禽流感病毒抗原抗体复合物。免疫1日龄SPF仔鸡,进行保护力试验;于免疫后不同时间检测血清HI抗体水平,并与H5亚型油乳剂灭活疫苗进行比较。结果抗原与抗体比例为1∶0.6的抗原-抗体复合物在免疫仔鸡15d后,其诱导的平均抗体水平达6.5log2,与H5亚型禽流感油乳剂灭活疫苗(6.2log2)相比,差异无统计学意义;在等量病毒攻击后,二者对仔鸡的保护率相同(93.3%)。结论制备的禽流感病毒抗原-抗体复合物具有良好的免疫原性,为研制禽流感新型复合物疫苗提供了依据。     

Molecular Characteristics,Receptor Specificity,and Pathogenicity of Avian Influenza Viruses Isolated from Wild Ducks in Russia

Avian influenza viruses (AIV) of wild ducks are known to be able to sporadically infect domestic birds and spread along poultry. Regular surveillance of AIV in the wild is needed to prepare for potential outbreaks. During long-year monitoring, 46 strains of AIV were isolated from gulls and mallards in Moscow ponds and completely sequenced. Amino acid positions that affect the pathogenicity of influenza viruses in different hosts were tested. The binding affinity of the virus for receptors analogs typical for different hosts and the pathogenicity of viruses for mice and chickens were investigated. Moscow isolates did not contain well-known markers of pathogenicity and/or adaptation to mammals, so as a polybasic cleavage site in HA, substitutions of 226Q and 228G amino acids in the receptor-binding region of HA, and substitutions of 627E and 701D amino acids in the PB2. The PDZ-domain ligand in the NS protein of all studied viruses contains the ESEV or ESEI sequence. Although several viruses had the N66S substitution in the PB1-F2 protein, all Moscow isolates were apathogenic for both mice and chickens. This demonstrates that the phenotypic manifestation of pathogenicity factors is not absolute but depends on the genome context.     

H5N1高致病性人禽流感DNA疫苗表达质粒的构建及其免疫原性

目的构建H5N1高致病性人禽流感DNA疫苗表达质粒,并观察其免疫原性。方法分析H5N1人禽流感病毒HA基因的进化关系,人工合成人禽流感病毒HA基因(包含多数H5N1人禽流感病毒共有序列),构建含细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA4)和HA融合基因的真核表达质粒pVAX-CLHA及HA基因的真核表达质粒pVAX-HA,经酶切及测序鉴定正确后,转染293-T细胞,经RT-PCR法检测转染细胞中HA基因mRNA的转录水平,间接免疫荧光法(IFA)检测其表达;分别以质粒pVAX-CLHA及pVAX-HA免疫BALB/c小鼠,测定血清HI抗体效价。结果重组DNA疫苗表达质粒pVAX-CLHA和pVAX-HA经酶切及测序证明构建正确,转染的293-T细胞可检测到目的基因的转录及蛋白的表达;3次免疫后均能诱导BALB/c小鼠产生HI抗体,pVAX-CLHA诱导的HI抗体高于pVAX-HA。结论已成功构建了含H5N1HA及CTLA4融合基因的DNA疫苗表达质粒,其对小鼠具有良好的免疫效果,为H5N1高致病性人禽流感DNA疫苗的开发奠定了基础。     

禽流感病毒核蛋白基因的克隆及在大肠杆菌中的表达

目的　以 1株H5N1 亚型禽流感病毒RNA为模板扩增NP全基因cDNA ,并在大肠杆菌中进行表达。方法　提取禽流感病毒RNA ,以RT PCR法扩增编码NP基因cDNA并测序 ,将其克隆到pET 2 8a原核表达载体 ,并在大肠杆菌BL2 1(DE3)plysS中表达 ,用SDS PAGE和Westernblot检测表达产物。结果　所克隆的核苷酸片段包含了核蛋白基因完整阅读框架 ,编码 4 98个氨基酸 ,构建的重组表达载体在大肠杆菌BL2 1(DE3)plysS中表达出相对分子质量约为 5 5 0 0 0的重组蛋白 ,该重组蛋白具有良好的免疫原性。结论　已成功克隆和表达了禽流感病毒核蛋白基因 ,为禽流感新型免疫学诊断试剂的研制奠定了基础     

Recent Advances in Neuraminidase Inhibitor Development as Anti-influenza Drugs

The recent emergence of the highly pathogenic H5N1 subtype of avian influenza virus (AIV) and of the new type of human influenza A (H1N1) have emphasized the need for the development of effective anti‐influenza drugs. Presently, neuraminidase (NA) inhibitors are widely used in the treatment and prophylaxis of human influenza virus infection, and tremendous efforts have been made to develop more potent NA inhibitors to combat resistance and new influenza viruses. In this review, we discuss the structural characteristics of NA catalytic domains and the recent developments of new NA inhibitors using structure‐based drug design strategies. These drugs include analogues of zanamivir, analogues of oseltamivir, analogues of peramivir, and analogues of aromatic carboxylic acid and present promising options for therapeutics or leads for further development of NA inhibitors that may be useful in the event of a future influenza pandemic.     

双亚型(H3/H1)流感病毒血凝素基因真核表达质粒的构建及其在HeLa细胞中的表达

目的构建双亚型(H3/H1)流感病毒血凝素(HA)基因真核表达质粒,并在HeLa细胞中进行表达。方法通过PCR分别改造流感病毒H1亚型HA1和H3亚型HA基因片段,在融合片段间引入(G4S)3柔性linker和口蹄疫病毒2A蛋白linker。采用DNAstar结合生物信息学软件InsightⅡ分析后,对其空间构象进行模拟。将H1HA1-H3HA融合基因片段克隆至真核表达载体pVAX1 CMV启动子下游。通过脂质体法转染HeLa细胞,RT-PCR法检测转染细胞中目的基因mRNA的转录,间接免疫荧光检测转染细胞中目的蛋白的表达。结果表达双亚型(H3/H1)流感病毒血凝素基因的重组真核表达质粒pVAX1-H3HA-H1HA1经酶切和测序证明构建正确。转染重组质粒的HeLa细胞可检测到目的基因mRNA的转录和目的蛋白的表达。结论已成功构建了真核表达质粒pVAX1-H3HA-H1HA1,并可在HeLa细胞中正确转录与表达,为H3、H1亚型流感病毒双价核酸疫苗的研究奠定了基础。     

人甲型流感病毒H1N1亚型NS1蛋白的原核表达及纯化

目的表达并纯化人甲型流感病毒H1N1亚型NS1蛋白。方法用RT-PCR法从人甲型流感病毒株A/PR/8/34(H1N1)中扩增NS1基因,克隆入原核表达载体pTXB1,构建重组原核表达质粒pTXB1/NS1,经酶切鉴定后,转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达,SDS-PAGE分析表达形式和表达量。经几丁质柱亲和层析纯化表达蛋白,串联飞行时间质谱仪检测其相对分子质量。结果所构建的重组表达质粒pTXB1/NS1序列完整,插入的基因片段全长690bp。以1.0mmol/LIPTG37℃诱导4h,重组蛋白表达量最高,占菌体总蛋白的50%以上。破菌上清及沉淀中均有目的蛋白表达。纯化的NS1蛋白纯度达95%以上,相对分子质量约为26000。结论已成功表达并纯化了人甲型流感病毒H1N1亚型NS1蛋白,为其进一步的研究奠定了基础。