乙型肝炎病毒DNA定量检测室内质控品的制备及效果评价

目的制备乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)DNA定量检测室内质控品,并进行初步评价。方法对HBV各个基因型序列进行多序列比对分析,选择保守序列S区设计引物,PCR扩增HBV S区基因,与pEASY-T1载体连接,构建重组质粒。测序后,将重组质粒稀释成10~7 copies/ml、10~4 copies/ml两个水平,分别作为高值质控品(HBVH)和低值质控品(HBV-L),分装冷冻于-80℃,并初定靶值。评价自制质控品的精密度和稳定性,绘制室内质控图。结果构建的重组质粒测序结果与目的片段一致,自制HBV DNA 2个水平室内质控品的精密度、稳定性均达到实验要求。结论自制HBV DNA 2个水平的质控品可用于HBV DNA定量检测的室内质控。     

实时荧光定量PCR检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数

目的建立实时荧光定量PCR检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的方法。方法采用双标准曲线法,分别利用含有GAP基因和绿色荧光蛋白(GFP)基因的质粒,进行实时荧光定量PCR反应,建立标准曲线。将含有外源GFP基因的毕赤酵母基因组进行实时荧光定量PCR,通过标准曲线计算出外源GFP基因在毕赤酵母基因组中的拷贝数。结果毕赤酵母GAP基因Ct值与起始拷贝数对数的回归方程为:y=-3.612x+39.28,GFP基因Ct值与起始拷贝数对数的回归方程为:y=-3.544x+37.99,GAP基因和GFP基因的反应效率分别为0.89和0.90,两条标准曲线的相关系数均为0.999,且均有良好的重复性。检测10个转入GFP基因的毕赤酵母菌株,筛选到9个单拷贝整合GFP基因的菌株和1个多拷贝整合GFP基因的菌株。结论已建立了检测毕赤酵母基因组中外源基因拷贝数的实时荧光定量PCR法,该方法能够筛选出不同外源基因拷贝数的毕赤酵母菌株。     

猪细小病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的建立猪细小病毒(porcine parvovirus,PPV)荧光定量PCR检测方法,并进行验证及初步应用。方法根据GenBank中登录的PPV NADL-2株序列,针对VP2区设计引物,以提取的PPV核酸为模板,进行荧光定量PCR扩增;优化反应体系及反应条件,并进行专属性、重复性和敏感性验证。用建立的荧光定量PCR法检测辛酸沉淀及L、P、S公司生产的纳米膜过滤器去除制品中PPV的效果。结果优化后的荧光定量PCR反应体系:Eva Green预混液7.5μl,上下游引物各0.5μl,模板DNA 1μl,补加dH2O至15μl;反应条件:95℃3 min,95℃10 s和60℃10 s,共40个循环;模板浓度的对数值与循环数的相关性较好(R2=0.999),扩增效率为102.5%。该方法可特异性扩增PPV,而对伪狂犬病病毒(pseudorabies virus,PRV)、牛细小病毒(bovine parvovirus,BPV)、鼠细小病毒(minute virus of mice,MVM)及猪肾细胞PK-15无扩增反应;试验内CV为0.79%².81%,试验间CV为1.23%2.81%,试验间CV为1.23%².21%,均<5%,最低检测限为102copies/μl。辛酸沉淀可使样品中PPV浓度下降5 Logs;不同公司生产的20 nm膜滤器过滤量及过滤效果均有明显差异,其中S公司生产的滤器效果最好,可使样品中的PPV滴度下降4 Logs。结论已成功建立了PPV荧光定量PCR检测方法,为快速、准确的检测病毒去除工艺对PPV的去除效果奠定了基础。     

鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立鸡主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)BF1和BF2基因实时荧光定量PCR[Real-time fluorescent quantitative(FQ)-PCR]检测方法。方法从鸡外周血淋巴白细胞(Peripheral blood leuk-ocytes,PBLs)中提取细胞总RNA,以其为模板,根据BF1、BF2和GAPDH基因相对保守序列各设计一对引物,应用RT-PCR法扩增目的基因,分别克隆至pGM-T载体上,制备重组质粒标准品,经PCR、EcoRⅠ酶切及测序鉴定;优化反应体系及反应条件,绘制标准曲线,建立Real-time FQ-PCR检测方法,并验证其敏感性、特异性及重复性。结果重组质粒标准品经PCR、酶切及测序鉴定构建正确;建立的定量标准曲线临界循环数(Threshold cycle,Ct)与BF1、BF2和GAPDH起始质粒DNA拷贝数的对数之间线性关系良好,相关系数分别为1.00、0.98、0.99,扩增效率分别为0.8、1.1、1.1;该方法的敏感性可达101copies/μl;融解曲线分析表明扩增效率一致,特异性较好;质粒DNA标准品3次检测的CV值误差不超过0.5,均小于5%。结论已成功建立了鸡BF1和BF2基因实时荧光定量PCR检测方法,为下一步应用该法检测BF1和BF2基因的转录水平奠定了基础。     

细胞培养液中细菌、真菌多重荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的 建立细胞培养液中常见细菌和真菌的多重荧光定量PCR检测方法,并进行验证。方法 选取金黄色葡萄球菌NUC基因、生孢梭菌COLA基因和白色念珠菌ITS-2区段基因,分别设计1组引物及探针,并以辣椒UBI3基因作为外标基因,建立金黄色葡萄球菌、生孢梭菌和外标基因的三重反应体系及白色念珠菌和外标基因的两重反应体系。验证方法的引物特异性、线性范围、检测限、专属性、抗干扰性和精密性。采用建立的方法对100份293T细胞培养液样本进行检测,同时与普通PCR法进行比较。结果 3对引物于不同退火温度(56、57、58、59℃)下均可扩增出对应3种菌约100 bp的特异性基因条带,大小与预期相符;3种菌标准品质粒在5.80×10⁶～5.80×10²copies/μL范围内,与Ct均呈良好的线性关系,标准曲线方程分别为：Y=-3.373 X+37.48、Y=-3.557X+36.59、Y=-3.536 X+39.78,R²均> 0.99,扩增效率均在90%～110%范围内;3种菌的检测限均为10¹CFU/mL...     

实时荧光定量PCR产品质量标准要点分析

<正>自1985年问世以来,PCR技术以其灵敏性、特异性和快速性在医学和分子生物学等领域得到了广泛的应用。近年来出现的核酸定量PCR技术,尤其是实时荧光定量PCR(Real-time fluorescence quanti-     

人干扰素诱导跨膜蛋白基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立人干扰素诱导跨膜蛋白(Interferon induced transmembrane protein,IFITM)1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法。方法根据GenBank中登录的人IFITM1、2、3及β-actin基因序列,分别设计4对特异性引物,以质粒pVAX1-IFITM1、2、3和pMD18-T-β-actin为模板,分别进行PCR及实时荧光定量PCR扩增,优化实时荧光定量PCR反应体系及反应条件,绘制标准曲线及扩增曲线,建立实时荧光定量PCR检测方法,并验证该方法的重复性、灵敏度及特异性。结果各质粒的PCR及实时荧光定量PCR产物经琼脂糖凝胶电泳分析,均可见大小与理论值相符的特异性条带。IFITM1、2、3和β-actin的最佳荧光定量PCR引物浓度分别为0.2、0.5、0.4和0.5μl,最佳退火温度为55℃。各质粒标准曲线的循环数与起始模板拷贝数的相关性均较好(R2分别为0.998、0.990、0.990和0.995),扩增效率分别为106.284%、101.030%、104.929%和101.962%。IFITM1、2、3基因不同拷贝数的试验内CV为0.14%-0.72%,试验间CV为0.77%-1.58%;灵敏度分别为2.52×100、1.3×100和3.7×101copies;该方法未扩增出鸡肝脏及禽流感病毒H3N2 cDNA,可特异性扩增B型流感病毒cDNA,各标准质粒的溶解曲线约在同一温度出现1个单峰。结论已成功建立了IFITM1、2、3基因实时荧光定量PCR检测方法,该方法具有较高的重复性、灵敏度及特异性,为进一步研究IFITM1、2、3的功能及其基因表达与肿瘤发生发展的相关性奠定了基础。     

牛乳中蜡样芽孢杆菌荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立一种快速检测牛乳中蜡样芽孢杆菌的荧光定量PCR方法,并进行验证。方法根据GenBank中登录的蜡样芽孢杆菌gyrB基因序列及荧光定量PCR要求,设计合适的特异性引物,提取菌体DNA,对目的基因进行扩增及克隆;以重组质粒为模板进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线;以蜡样芽孢杆菌DNA为模板进行荧光定量PCR扩增,确定其扩增条件。对建立的方法进行特异性及灵敏性验证。结果建立的方法检测其他3种牛乳中常见致病菌(大肠埃希菌、志贺菌、沙门菌)未见特异性扩增,即无交叉反应;最低检出限为1×10~(-7) ng/μL。以掺入蜡样芽孢杆菌的牛乳为样品,可检测到牛乳中10. 4 CFU/mL的蜡样芽孢杆菌,优于国标方法(GB 4789. 14-2014)检测含有相同菌落数的蜡样芽孢杆菌(仅能检测到1. 04×10~2 CFU/mL)。结论建立的方法特异性强,灵敏性高,适用于快速、准确检测牛乳中的蜡样芽孢杆菌,为实验室快速检测致病菌提供了参考。     

长效重组人生长激素纯化液中CHO-K1细胞残留DNA实时荧光定量PCR检测方法的建立及验证

目的建立检测CHO-K1细胞表达长效重组人生长激素(Fc-recombinant human growth hormone,Fc-rhGH)纯化液中残留DNA的实时荧光定量PCR方法,并进行验证。方法提取CHO-K1细胞基因组DNA,特异性PCR扩增后,克隆至pMD18-T载体,构建重组质粒,以其为标准品,建立实时荧光定量PCR检测方法;并对方法进行灵敏度、线性、准确度、精密度、特异性及耐用性验证。结果建立的方法灵敏度可达2. 6×10~1 copies/μL。标准曲线的回归方程为y=-3. 487 x+30. 201,R~2=0. 999;检测样品中DNA回收率在73. 56%～101. 87%范围内,RSD均小于10%;该方法可特异性扩增CHO-K1细胞的基因组DNA,而Vero细胞、MDCK细胞、Wish细胞及大肠埃希菌等基因组DNA均未见明显的扩增;样品精密度测定Ct的RSD在0. 4%～2. 95%之间;于两种不同PCR仪器上检测标准品,扩增效率分别为98%、99%,相关系数R~2均为0. 999。结论成功建立了一种检测CHO-K1细胞表达Fc-rhGH纯化液的残留DNA的实时荧光定量PCR方法,该方法具有较好的灵敏度、线性、准确度、精密度、特异性和耐用性。     

应用实时荧光定量PCR方法检测水库水体中微囊藻毒素

水库微囊藻毒素对供水水质安全有着重要影响。以微囊藻毒素合成酶基因mcyA、mcyB、mcyC、mcyD、mcyE、mcyF、mcyG、mcyH、mcyI和mcyJ为靶基因,应用实时荧光定量PCR方法,检测水库进水口、库内和输水口3个监测点,6月-9月水体中微囊藻毒素丰度。结果表明,水库输水口微囊藻毒素合成基因拷贝数低于进水口,特别是7月和8月温度较高时,这种趋势比较明显。微囊藻特异性16S r DNA基因拷贝数比MC合成基因拷贝数高3个数量级,这说明水库水体中除了产毒微囊藻外,还存在着不产生毒素的微囊藻。相关性分析表明,mcyA、mcyB、mcyD、mcyE、mcyF、mcyH、mcyI和mcyJ具有一定的相关性。综上所述,该实时荧光定量PCR方法可用于水库水体中微囊藻毒素检测,为蓝藻水华监测、预警提供技术支撑。     

比较分析痰涂片及荧光定量PCR在诊断肺结核中的作用

目的探讨建立更快速、准确的痰结核分枝杆菌检测方法。方法采用痰涂片抗酸染色法和荧光定量PCR技术对痰结核分枝杆菌进行检。结果荧光定量PCR技术的阳性检出率是63.7%(571/897),明显高于抗酸染色法的43.4%(389/897)。2种方法检测对照组的结果均为阴性,特异度为100%(103/103)。结论荧光定量PCR是一种快速、敏感性高、特异性强的结核分枝杆菌辅助诊断方法,具有重要的应用价值。     

常规PCR法快速鉴别不同种属来源的粗品肝素钠

目的采用常规PCR法快速鉴别不同种属来源的粗品肝素钠。方法通过柱回收和胶回收两步回收法,从粗品肝素钠中提取动物残留核酸,以其为模板,通过常规PCR法进行种属来源的鉴定。分别以猪、羊来源的核酸为模板,用3种种属特异性引物(猪、羊1、羊2)进行PCR扩增,验证引物的特异性;对柱回收、胶回收和两步回收法提取的核酸样品及含不同比例(1%、5%、10%、15%)羊来源肝素钠的混合样品进行PCR检测;并检测3批次肝素钠样品的种属来源。结果猪的引物能特异性扩增猪来源的核酸,羊的引物能特异性扩增羊来源的核酸;采用单一胶回收和柱回收法提取的残留核酸,不能有效地利用常规PCR鉴定种属来源,而两步回收法提取的残留核酸,能有效地利用常规PCR鉴定种属来源;采用两步回收法提取核酸,可检测到含1%羊来源肝素钠的混合样品;3批次的肝素钠样品中均混有羊肝素钠。结论常规PCR法操作简便迅速,成本较低,可用于不同种属来源的粗品肝素钠的定性检测。     

荧光定量PCR方法在脊髓灰质炎病毒突变分析中的应用

目的建立检测脊髓灰质炎病毒突变比例的荧光定量PCR方法,并进行验证及初步应用。方法分别建立检测Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊髓灰质炎病毒突变株和非突变株的荧光定量PCR方法,并进行特异性、重复性和灵敏度验证。通过Ct值计算样品的突变比例(revertant proportion,RP),并进行准确性和重复性验证。采用建立的荧光定量PCR方法检测脊髓灰质炎病毒减毒株的突变比例。结果建立的检测Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊髓灰质炎病毒突变株和非突变株的荧光定量PCR方法能够特异性扩增相应基因片段;重复性试验Ct值的变异系数(CV)为0.085%~5.564%;灵敏度为1×10-7~1×10-6ng,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型非突变荧光定量PCR可分别检测到含量约0.084 3、0.029 2和0.266 7 CCID50的病毒。荧光定量PCR测定RP的方法经验证发现,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型混合质粒对照的RP检测值与理论值的差异较小,分别为0.040 9±0.037 4、0.008 8±0.034 3和-0.029 6±0.026 8。Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型脊髓灰质炎减毒株的RP分别为0.001 0、0.002 0和0.001 7。结论荧光定量PCR分析脊髓灰质炎病毒突变比例的方法,特异性、重复性及准确性均较好,并具有较高的灵敏度,可用于实验室内部对脊髓灰质炎病毒的突变比例测定,并可能成为脊髓灰质炎病毒体内或体外神经毒力评价的替代方法。     

牛副流感病毒3型TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立检测牛副流感病毒3型(bovine parainfluenza virus type 3,BPIV3)的Taq Man荧光定量PCR方法。方法根据GenBank中公布的BPIV3序列,选取P基因上保守区域设计特异性引物及TaqMan-MGB探针。优化反应体系,建立实时荧光定量PCR方法,并对方法的特异性、重复性和敏感性进行验证。结果标准曲线在104~108copies/μl范围内具有良好的线性关系,R~2达到0.999,斜率为-3.203,扩增效率为105.2%。利用该方法对BPIV3a及BPIV3c进行检测,结果为阳性,对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)、牛传染性鼻气管炎病毒(infectioils bovine rhinotraeheitis virus,IBRV)进行检测,结果呈阴性。3个浓度质粒标准品,重复3次检测,CV均小于1.5%。建立的方法对质粒的最小检出量为1.0×10~2 copies/μl。结论建立了能够检测BPIV3a及BPIV3c的TaqMan-MGB探针实时定量PCR方法,该方法特异性较强,重复性及敏感性良好,为早期诊断及定量分析提供了更快速、稳定、可靠的方法。     

实时荧光定量PCR方法检测人癌组织中RFP蛋白的表达

目的检测RFP(Ret finger protein)蛋白在人正常组织及人癌组织中的分布。方法采用实时荧光定量PCR方法,以18 S rRNA为内对照,检测RFP在人正常组织及人癌组织中的表达水平。结果RFP表达水平子宫颈鳞状细胞癌组织高于正常子宫颈组织,子宫内膜腺癌组织高于正常子宫内膜组织,胃腺癌组织高于正常胃组织,食管鳞状细胞癌组织高于正常食管组织,而子宫内膜腺癌组织高于子宫颈鳞状细胞癌组织,胃腺癌组织高于食管鳞状细胞癌组织,脑癌组织高于正常脑组织。结论RFP可能成为治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。     

一种基于VP6基因的A组轮状病毒拷贝数实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种基于VP6基因的A组轮状病毒(rotavirus,RV)拷贝数的实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测方法。方法提取病毒液中RV基因组RNA,经RT-PCR扩增VP6基因片段,回收PCR产物克隆至pMD-19T载体,将鉴定正确的阳性菌株常规培养制备标准品质粒,建立RT-qPCR病毒拷贝数检测方法,以标准品质粒Ct值为横坐标,拷贝数的对数为纵坐标绘制标准曲线,依据标准曲线方程检测样品中RV拷贝数。结果标准品质粒经酶切及测序鉴定证明构建正确;获得RV标准品质粒的标准曲线方程为y=-0. 246 3 x+10. 957,R~2=0. 995 5;原倍及稀释度为1×10~(-3)的样品溶液的RV病毒拷贝数分别为265 319. 903 5、1 682. 228 735 copies/μL。结论建立的RT-qPCR拷贝数检测方法,能在早期快速准确的检测RV,该方法稳定性较好,可据此标准曲线方程对样品中的RV进行绝对定量,为RV研究及临床检查提供了检测工具。     

双内参实时荧光定量PCR法检测肝癌中易洛魁族同源盒2基因信使RNA的水平

目的采用双内参实时荧光定量PCR法检测肝癌中易洛魁族同源盒2(Iroquois homebox 2,IRX2)基因信使RNA(mRNA)的水平,探讨其对肝癌诊断及治疗的潜在意义。方法采用荧光定量PCR法检测21份肝癌组织和21份癌旁组织中IRX2基因的表达水平,并以双内参β-actin和GAPDH为标准对照,计算每个样本IRX2基因的相对表达量,经Pfaffl法进行相对定量,分析基因表达差异。结果 42份肝组织中均存在IRX2基因的表达,85.71%(18/21)的肝癌组织中IRX2基因表达水平较癌旁组织明显降低(P<0.01)。结论肝癌组织中IRX2基因表达水平较低,表明IRX2基因在肝癌中出现异常表达,为从基因水平诊断及治疗肝癌提供了一个潜在靶点。     

实时荧光定量PCR方法检测人、鼠正常组织及脑癌组织中CD109蛋白的表达

目的分析CD109基因在正常组织及脑癌组织中的分布。方法采用实时荧光定量PCR方法,分析CD109在人、鼠正常组织及脑癌中的表达,以18SrRNA作为内标。结果CD109蛋白的mRNA丰度在睾丸组织中最高,在其它组织中较低,在12份脑癌标本中,检测到9份CD109表达上调。结论CD109基因在多数正常组织中表达很少,有可能是治疗恶性肿瘤的一个潜在的分子靶点。