基于高通量测序的冷冻南极磷虾中细菌菌群 结构分析

目的分析冷冻南极磷虾中总细菌菌群和可培养细菌菌群的结构特征。方法提取冷冻南极磷虾中宏基因组,通过高通量测序技术进行总细菌菌群分析;提取冷冻南极磷虾中可培养细菌菌落的总DNA,通过高通量测序技术进行可培养细菌菌群分析。结果冷冻南极磷虾中总细菌菌群多样性丰富,相对丰度大于1%的包括芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、八叠球菌(Sarcina)、乳球菌属(Lactococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)、未分类菌(unclassified)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)以及苯基杆菌属(Phenylobacterium),占总量的85.04%。冷冻南极磷虾中可培养的细菌种类少,主要包括假交替单孢菌属(Pseudoalteromonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和嗜冷单胞菌属(Psychromonas),相对丰度分别为64.43%、33.47%和1.75%。可培养细菌中占优势的假交替单孢菌属、嗜冷杆菌属和嗜冷单胞菌属仅占总细菌菌群的1.10%。结论本研究初步揭示了南极磷虾细菌菌群的多样性和相对丰度,为进一步研究微生物与南极磷虾品质的相关性奠定基础。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

信阳黑猪腊肉的微生物多样性分析及优势菌分离鉴定

为全面解析信阳光山自然发酵黑猪腊肉中的微生物菌落结构组成,采用Illumina MiSeq高通量测序和传统选择性培养基分离筛选相结合的方法,分析腊肉中的细菌多样性和真菌多样性并对分离优势细菌和真菌进行16SrDNA和26S rDNA鉴定。结果显示,信阳腊肉优势细菌中厚壁菌门( Firmicutes) 和变形菌门( Proteobacteria)相对丰度占比均值之和达到99.67%,为绝对优势细菌门;优势真菌为酵母,其菌落总数为4.65 lg(cfu/g)低于细菌2个数量级。在属水平上,相对丰度占比前5的优势细菌依次为乳球菌属(Lactococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)。并从腊肉中分离鉴定得到6株优势细菌和2株优势酵母分别为格式乳球菌,清酒乳杆菌,马胃葡萄球菌,广布肉毒杆菌,溶酪巨球菌,孤独四联球菌,胶红酵母和隐球酵母各1株,从而为后续进一步研究优势菌种在发酵过程中的具体作用和演替变化提供了可能,并为发酵肉行业的标准化生产提供理论依据和技术支撑。     

基于PCR-DGGE与高通量测序技术的恩施地区腊鱼细菌多样性评价

作为我国传统的发酵食品,腊鱼因具有独特的滋味和口感而深受人们青睐。以16 s rDNA基因为标靶,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)与Mi Seq高通量测序技术相结合的方法对采集自恩施地区腊鱼样品的细菌多样性进行了研究。PCR-DGGE结果表明,腊鱼样品中的细菌以Psychrobacter和Lactobacillus为主。Mi Seq高通量测序结果表明,腊鱼中的优势细菌门主要为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria),其平均相对含量分别为61.29%、30.21%、5.34%和1.74%。腊鱼中的优势细菌主要为Psychrobacter、Brochothrix、Pseudomonas、Staphylococcus、Acinetobacter、Vibrio、Pseudoalteromonas和Chryseobacterium,其平均相对含量为35.70%、19.74%、7.13%、7.12%、4.19%、3.90%、3.09%和1.98%。在分类操作单元(Operational taxonomic units,OTU)水平上,发现了64个核心OTU,累计平均相对含量高达62.67%。由此可见,恩施地区腊鱼中的优势细菌主要由隶属于Proteobacteria的Psychrobacter及隶属于Firmicutes的Brochothrix构成,且不同样品共有大量的核心细菌菌群。     

黄酒熟麦曲中细菌多样性的评价

以黄酒熟麦曲为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chan reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其细菌多样性进行解析。DGGE结果表明:Bacillus(芽孢杆菌)、Weissella(魏斯氏菌)、Pediococcus(片球菌)、Staphylococcus(葡萄球菌)和Lactobacillus(乳酸杆菌)普遍存在于麦曲样品中。MiSeq高通量测序结果表明:熟麦曲中的细菌门主要为Firmicutes、Proteobacteria和Actinobacteria,平均相对含量分别为87.95%、9.00%和1.16%。熟麦曲中的细菌属主要为Bacillus (芽孢杆菌属)、Weissella(魏斯氏属)、Staphylococcus(葡萄球菌)、Klebsiella(克雷伯菌属)、Pantoea(泛菌属)和Lactobacillus(乳杆菌属),其平均相对含量分别为70.70%、8.55%、2.67%、2.29%、1.32%和1.07%。由此可见,Bacillus(芽孢杆菌)为熟麦曲中的优势细菌。     

镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化

基于高通量测序技术,对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析,同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中,真菌丰度大于细菌丰度,并随着发酵时间及加工工艺变化,微生物群落存在明显的演替;镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）和乳杆菌属（Latilactobacillus）;丰度最高的真菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属由镰刀菌属（Fusarium）和被孢霉属演替为镰刀菌属（Mortierella）和德巴利氏酵母属（Debaryomyces）;基于菌落演替变化及细菌表型和功能预测,发现镇巴腊肉在加工过程中有害微生物不断减少,利于发酵的微生物逐渐增加,促进镇巴腊肉风味物质形成。     

基于高通量测序技术奶豆腐核心细菌类群的研究

使用MiSeq高通量测序技术对15个奶豆腐样品中细菌多样性进行了解析。结果表明,新疆维吾尔自治区塔城地区奶豆腐中优势细菌门为Proteobacteria(变形菌门)、Frimicutes(硬壁菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)。在所有样品中均存在且相对含量大于1.0%的细菌属为Lactobacillus(乳杆菌属,19.66%)、Acetobacter(醋酸杆菌属,16.69%)、Lactococcus(乳球菌属,13.90%)、Enterobacter(肠杆菌属,11.42%)、Staphylococcus(葡萄球菌属,3.33%)、Acinetobacter(不动杆菌属,2.79%)和Streptococcus(链球菌属,1.14%)。核心分类操作单元矩阵OTU注释为乳酸杆菌属、Macrococcus(巨球菌属)、乳球菌属、肠杆菌属、不动杆菌属和醋酸杆菌属。由此可见,塔城地区奶豆腐中含有大量的细菌类群,且以乳杆菌属、醋酸杆菌属、乳球菌属和肠杆菌属细菌为主。     

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

为揭示虾夷扇贝柱的菌群结构及腐败优势菌,通过对宏基因组DNA进行高通量测序,分析虾夷扇贝柱新鲜和腐败样品的菌群结构,同时对可培养细菌菌群基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜和腐败样品可培养细菌菌群的结构特征。结果表明,对宏基因组测序后获得的新鲜虾夷扇贝柱中细菌菌群多样性丰富,其中相对丰度较高的有Candidatus kuenenia（10.73%）、弧菌属（Vibrio,8.15%）、别弧菌属（Aliivibrio,7.38%）、芽孢杆菌属（Bacillus,7.20%）和未分类菌（unclassified,16.08%）;4?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（Photobacterium,46.91%）、别弧菌属（36.82%）和假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas,11.01%）,15?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（46.97%）和别弧菌属（43.33%）,25?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（41.94%）、别弧菌属（23.10%）、梭杆菌属（Fusobacterium,18.61%）和乳酸菌属（Lactobacillus,10.60%）。对可培养细菌菌群基因组测序后发现,新鲜样品可培养细菌菌群多样性大大降低,大部分为假交替单胞菌属（89.46%）,在25?℃腐败后,可培养的腐败优势菌为弧菌属（50.98%）、希瓦氏菌属（Shewanella,17.43%）和乳酸菌属（10.68%）。本研究揭示了虾夷扇贝柱新鲜及腐败样品的菌群结构特征及腐败优势菌,为进一步研究微生物对虾夷扇贝柱品质劣化的作用机制提供一定参考。     

基于高通量测序对不同散装宜宾芽菜的细菌群落结构分析

以宜宾芽菜为研究对象,采用高通量测序技术研究不同的成品散装宜宾芽菜的细菌群落结构差异性。结果表明,在门的水平上对芽菜中的细菌菌群结构进行分析,发现厚壁菌门(Firmicutes)是3种芽菜的优势菌门;在属水平上对芽菜中细菌菌群结构进行分析,发现乳酸杆菌属(Lactobacillus spp.)是3种芽菜中的优势菌属。此外,假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus spp.)等腐败致病菌在芽菜中被检测出。结果表明,不同的成品散装芽菜之间细菌菌群结构存在差异性,并且传统工艺下生产的芽菜存在食用安全的隐患。     

传统咸干鲅鱼自然风干过程细菌菌群变化

目的 揭示咸干鲅鱼自然风干过程中细菌群落结构的变化规律。方法 采用高通量测序技术对新鲜鲅鱼以及风干2、4、6、8、12 d的鲅鱼样品中的细菌种类及其丰度进行分析。结果 新鲜鲅鱼中发光杆菌属（Photobacterium）、嗜冷单胞菌属（Psychrobacter）、交替假单胞菌属（Pseudoalteromonas）和黄杆菌属（Flavobacterium）所占比例较高,是新鲜鲅鱼的优势菌;风干过程中,Psychrobacter、Flavobacterium比例迅速减少;Pseudoalteromonas在风干前期比例增加,4 d后比例逐渐减少;Photobacterium在风干前2 d比例降低,之后比例迅速增加,12 d时比例高达80%,是传统咸干鲅鱼的优势菌属。鲅鱼风干过程微生物种类趋向简单化,菌群功能主要聚焦在化能异养、有氧异养和发酵,其中化能异养、有氧异养对应的丰度相对稳定,而发酵对应的丰度在风干后期呈增加趋势。胁迫耐受、兼性厌氧、运动性等表型丰度增加,好氧对应的丰度降低,这与风干后期发酵功能对应的丰度增加的现象一致。结论 高通量测序的结果可以更加全面的反映咸干鲅鱼风干过程中细菌种类及其丰度变化,这为进一步了解传统水产制品中的未可培养微生物、优化加工工艺提供了参考。     

雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化

为揭示雪茄烟叶工业发酵过程中细菌群落多样性和结构变化的规律，采集雪茄茄芯烟叶混配堆积发酵过程中的样品，采用Illumina MiSeq高通量测序技术分析细菌群落多样性和结构。结果表明：(1)在雪茄烟叶发酵过程中，与混配发酵前相比，混配发酵完成后样品细菌群落的OTU数量和物种丰富度降低，物种多样性提高；(2)优势菌门由厚壁菌门（Firmicutes）转变为变形菌门（Proteobacteria）；优势菌属由海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）转变为丛毛单胞菌属（Comamonas）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）；(3)10个菌属的平均相对丰度显著增加，分别为鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium）、Georgenia、类芽胞杆菌属（Paenibacillus）、细粒类极小单胞菌属（Parapusillimonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、DSSF69、溶杆菌属（Lysobacter）、假黄色单胞菌属（Ps...     

不同时期及不同区域汾酒大曲微生物群落结构分析研究

利用高通量测序分析了汾酒伏曲、冬曲等不同时期及不同区域生产用曲中细菌和真菌的组成结构及其差异。结果表明，共获得850个细菌操作分类单元(OTU)和223个真菌OTU，其中，包含54个细菌核心OTU和15个真菌核心OTU。不同大曲中的优势微生物组成相似，优势细菌属为泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、魏斯氏菌属(Weisella)等，优势真菌属为毕赤酵母属(Pichia)和覆膜孢酵母属(Saccharomycopsis)。但这些优势微生物在不同大曲中的丰度差异较大，尤其是伏曲，特点明显，拥有最高丰度的乳杆菌属及毕赤酵母属，为汾酒的优质稳定高产奠定了生物基础。     

基于高通量测序和可培养方法的勐海发酵普洱茶细菌多样性分析

以勐海地区百中堂茶厂发酵普洱茶为研究对象,采用高通量测序技术,并结合传统可培养方法,对普洱茶从晒青毛茶原料到发酵完成过程中9个时间节点的细菌多样性进行了研究。结果表明,普洱茶发酵过程中细菌多样性丰富。高通量测序数据分析到61个属,212个OTU,发酵前期以欧文氏菌属(Erwinia sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)和假单胞菌属(Pseudomonas sp.)为主,而发酵中、后期芽胞杆菌属(Bacillus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、短杆菌属(Brevibacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)及小短杆菌属(Brachybacterium sp.)为优势菌群稳定存在。通过可培养方法,从发酵过程中分离到细菌18个属,30个种,优势菌属包括微杆菌属(Microbacterium sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、小短杆菌属(Brachybacterium sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)、泛菌属(Pantoea sp.)和芽胞杆菌属(Bacillus sp.)等。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析玉米内生细菌多样性

为了调查玉米内生细菌种类多样性。应用高通量测序技术测定玉米内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为96334/156;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。玉米(样品名YM)的Chao1指数为156.0,Shanno多样性指数为1.211。玉米内生细菌分布于以下6个属:鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78%)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33%)、假单胞菌属(Pseudomonas,13.33%)、希瓦氏菌属(Shewanella,6.67%)、甲基杆菌属(Methylobacterium,4.44%)、土地杆菌属(Pedobacter,4.44%);玉米内生细菌优势菌属为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,37.78%)、盐单胞菌属(Halomonas,33.33%)。Illumina Mi Seq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。     

生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析

分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0～6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。     

利川腌菜细菌菌群多样性及其与风味相关性研究

以利川腌菜为研究对象,使用Illumina MiSeq高通量测序技术对样品中的细菌菌群结构进行解析,并采用电子鼻技术对腌菜中的风味品质进行研究。结果表明。利川腌菜优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）和嗜冷杆菌属（Psychrobacter）,相对含量分别为17.1%、10.5%、9.5%、7.6%和6.4%。电子鼻测定结果表明,腌菜中W5S（氮氧化合物）、W1S（甲烷）、W1W（萜类化合物）和W2S（乙醇）的响应值较高,分别为44.83、79.90、52.04和43.25。通过Spearman相关性分析显示变形杆菌属（Proteus）与多种芳香成分呈显著负相关（P＜0.05）,嗜冷杆菌（Psychrobacter）与甲烷和氢气呈正相关,肠球菌属（Enterococcus）与乙醇等呈正相关,表明利川腌菜中风味物质的形成可能由多种微生物共同作用,而非单一微生物发酵产生。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

基于高通量测序分析蟹糊微生物菌群多样性

为探索不同贮藏温度下蟹糊微生物菌群结构,应用Illumina MiSeq高通量测序技术研究蟹糊在-20℃和4℃贮藏3 d后的微生物菌群多样性。结果表明:-20℃贮藏3 d的蟹糊样品V1-V3和V3-V4区域扩增所得微生物菌属分别为18属和26属,4℃贮藏3 d的蟹糊样品V1-V3和V3-V4区域扩增所得微生物菌属分别为16属和19属。相对丰度大于1%的菌属为肉食杆菌属(Carnobacterium)、Jeotgalibaca、环丝菌属(Brochothrix)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、弧菌属(Vibrio)。-20℃贮藏3 d的蟹糊样品优势菌属为肉食杆菌属(V1-V3,68.81%;V3-V4,69.29%)和弧菌属(V1-V3,16.75%;V3-V4,14.39%)。4℃贮藏3 d的蟹糊样品优势菌属为肉食杆菌属(V1-V3,73.37%;V3-V4,70.35%)、Jeotgalibaca(V1-V3,11.82%;V3-V4,12.35%)和葡萄球菌属(V1-V3,5.45%;V3-V4,5.01%),同时Jeotgalibaca和葡萄球菌属相对丰度显著高于-20℃贮藏的蟹糊样品。以上结果表明,蟹糊在不同贮藏温度下菌群多样性、优势菌属及其相对丰度均存在显著差异(P0.05)。本研究为有效预防腌制生食蟹糊食源性疾病的发生及控制技术的开发提供理论依据。     

基于高通量测序技术分析凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)冷藏过程菌群结构变化

目的揭示凡纳滨对虾(4±1)℃条件下贮藏过程中菌群结构的变化规律,为其贮运保鲜提供参考。方法采用高通量测序技术对不同冷藏期凡纳滨对虾中的细菌种类及其丰度迚行分析。结果凡纳滨对虾初始菌群以鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)为主;冷藏过程中,Sphingobacterium、Chryseobacterium、Stenotrophomonas比例迅速减少,系统迚化关系上比较接近的交替假单胞菌属(Pseudoalteromonas)、希瓦氏菌属(Shewanella)和别弧菌属(Aliivibrio)成为优势菌,其中Aliivibrio的比例相对稳定,Shewanella比例呈先增加后减少的趋势,Pseudoalteromonas比例不断增加,可能在凡纳滨对虾腐败过程中起重要作用。结论高通量测序可以更加全面反映凡纳滨对虾中菌群的组成及其丰度信息,Pseudoalteromonas是凡纳滨对虾冷藏过程的优势腐败菌。     

高通量测序分析食用玫瑰花瓣内生细菌多样性

目的:比较食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌群落结构差异。方法:应用高通量测序技术测定食用玫瑰(SM)和观赏玫瑰(GM)花瓣内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。结果:本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为17 401/27(SM)、11 143/24(GM);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。SM和GM样品的Chao1指数分别为34.0和25.667,Shannon多样性指数分别为1.269和0.649。观赏玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为埃希氏菌属(34.48%)、无色杆菌属(13.79%)、寡养单胞菌属(13.79%);食用玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为Faecalibacterium属(25.53%)、无色杆菌属(17.02%)、瘤胃球菌属(14.89%)。地发菌属、冷杆菌属、瘤胃球菌属为食用玫瑰特有,在观赏玫瑰中未检测到。结论:食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌菌群存在差异,高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供准确、科学的数据资源。