烟草优质品种叶片全长cDNA文库的构建和质量分析

为研究优质烟叶的分子基础,以翠碧一号不同生长时期的叶片为材料,CTAB法提取总RNA,利用SMART技术合成全长cDNA,之后按经修改的Clontech技术成功构建了烟草叶片全长cDNA文库.经鉴定,初级文库库容为3.85×106个克隆,重组率为100％,重组子插入片段集中在750-2000 bp之间.随机挑取25个克隆测序后,经生物信息学分析表明,烟草上已经报道的基因占10条,11条为全长基因序列;20条序列有功能注释.综合分析表明,所构建的文库质量较高,达到了基因的分离、筛选和克隆的建库目的.     

花生根全长cDNA文库的构建及分析

以闽花6号为材料,利用SMART技术成功构建了花生根全长cDNA文库.原始文库滴度为1.3×10^6cfu/mL,重组率达95.8%,插入片段大小为750～2000bp,符合全长cDNA文库的质量标准.随机挑选35个单克隆进行双向测序,共获得30条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因15个,未知功能基因7个,新基因13个,其中34个（97.1%）基因为花生未报道的基因.因此,该文库的构建为克隆和研究花生根部重要表达基因、从分子水平上揭示花生根的生长发育规律提供了基础.     

蓖麻成熟期胚抑制消减cDNA文库构建及其差异表达基因分析

利用抑制性消减杂交（suppression subtractive hybridization,SSH）技术,以高含油量蓖麻品种油蓖5号开花后第15d胚和36d胚为实验材料构建36d成熟期胚消减cDNA文库。文库的插入片段平均长度约400bp,随机挑取700个克隆进行PCR筛选,获得596个阳性克隆,经过点杂交筛选后选择了521个阳性克隆进行测序。经过同源性比对归并后得到96个差异表达基因,其中包括31个未知基因。已知基因涉及油脂合成、糖的分解、蛋白质贮藏与降解等多个方面。本研究还通过RT—PCR检测了部分可能与蓖麻油脂合成相关基因的差异表达水平,对其可能的功能进行了简要的分析。     

绒毛状烟草BAC文库的构建

绒毛状烟草是重要的野生种烟草之一。本研究以CopyControl^TM pCC1BAC^TM(Hind Ⅲ Cloning-Ready)Vector为载体,构建了绒毛状烟草的BAC文库。分析结果表明,BAC文库DNA插入片段为50~200 kb,平均110 kb,空载率<2%。随机挑选15个克隆进行稳定性继代试验,100代后插入片段仍然稳定存在。该绒毛状烟草BAC文库的建成,为进一步克隆重要功能基因提供了必备的物质平台。     

咖啡鲆1-6体节cDNA文库的建立及EST分析

本研究采用SMARTTM cDNA文库构建试剂盒构建了咖啡鲆胚胎发育期1-6体节cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.4×106pfu/mL,阳性克隆率大于80%。对112个随机挑选的克隆进行两端测序,结果显示有98个测序成功。经在GenBank上BLAST比对,98个克隆属于83个基因,其中73个为已知功能基因,另外10个没有明显的同源序列。在已知功能的73个基因中,包括2个与骨骼和运动有关的基因、6个与信号传导有关的基因、5个与能量转换有关的基因、8个与蛋白合成相关的基因、3个与生长发育相关的基因、2个与免疫蛋白相关的基因以及27个假想蛋白和20个其他的基因。咖啡鲆1-6体节cDNA文库的建立旨在为咖啡鲆研究奠定基础。