我国水痘-带状疱疹病毒VZV84-7减毒株基因特征研究

目的　建立水痘 带状疱疹病毒 (VZV)毒株的特异性鉴定方法 ,研究我国分离的VZV84 7减毒株(VZV84 7株 )基因特征。方法　利用PCR分别扩增VZV84 7株和Oka株R2和R5可变区基因 ,比较两者串联重复单位拷贝数 ;用PCR结合限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)分析VZV84 7株和Oka株基因的BglI、PstI酶切位点突变 ;并对gpI编码区基因进行序列分析。结果　VZV84 7株R2、R5区PCR产物分别为 4 2 5bp和 2 5 5bp ,对应的串联重复单位拷贝数分别为 7和 1;Oka株R2、R5区PCR产物分别为 4 2 5bp和 36 7bp ,对应的串联重复单位拷贝数分别为 7和 2。VZV84 7株基因存在PstI酶切位点 ,而Oka株无PstI酶切位点 ;两者均存在BglI酶切位点。基因序列分析显示 ,VZV84 7株与Oka株在gpI区存在 4个碱基差异 ,并导致 1个编码氨基酸不同 ,氨基酸序列同源性为99 8%。结论　所建立的PCR和PCR RFLP方法简便、特异 ;VZV84 7株的基因特征与Oka株存在一定差异 ,但两株之间gpI编码区氨基酸序列具有较高的同源性     

新城疫病毒TL1株L基因的克隆及其真核表达载体的构建

目的对新城疫病毒TL1株L基因进行克隆、序列分析及真核表达载体构建。方法根据GenBank登录的新城疫病毒L基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR对内蒙古分离株TL1的L基因进行整体扩增。将扩增产物提纯后,克隆入pGEM-Teasy载体,再亚克隆至真核表达载体pCI-neo上,通过酶切、PCR鉴定及测序进行验证。结果测序拼接得出L基因的全序列长度为6704bp,该基因的ORF总长为6615bp,编码2204个氨基酸。与GenBank登陆的12株参考毒株比较L基因编码区全核苷酸序列和氨基酸序列,发现TL1株与鹅源新城疫NA-1株、ZJ1株和SF02株的同源性极高,说明四者亲缘关系较近。结论已成功构建L基因真核表达载体,为对该株病毒进行反向遗传操作以及有关功能基因组研究奠定了基础。     

菌落PCR技术检测化妆品中金黄色葡萄球菌

利用菌落PCR技术，以金黄色葡萄球菌的特有基因femA为靶基因，选择特异引物．进行扩增，鉴定化妆品中金黄色葡萄球菌。琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物结果显示，仅在含有金黄色葡萄球菌基因组的样品中得到条带。     

保健食品中3种病原菌多重PCR快速检测方法的建立及验证

目的建立快速检测保健食品中沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌的多重PCR(multiplex PCR,m PCR)方法,并进行验证及初步应用。方法以提取的各菌株基因组DNA为模板,利用Gen Bank中登录的沙门菌inv A、志贺菌ipa H、金黄色葡萄球菌nuc基因序列设计引物,采用优化后的反应体系及确定的反应条件进行PCR扩增,扩增产物经3%琼脂糖凝胶电泳鉴定,对建立的方法进行特异性、敏感性、重复性验证。将沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌等量混合后,进行10倍系列稀释,加至10批无病原菌蛋白质粉和10批无病原菌减肥茶样品匀浆中,用建立的方法进行PCR扩增,并与GB常规生化检测结果进行比较。结果确定m PCR反应体系为:10×PCR buffer 2.0μl,d NTPs 2.5μl,Taq DNA酶0.6μl,上下游引物各1.5μl,Mg2+1.0μl,补加dd H2O至25μl。10株细菌中,沙门菌、2株志贺菌、金黄色葡萄球菌扩增结果为阳性,其他菌株为阴性,inv A、ipa H、nuc基因扩增片段与Gen Bank登录的序列同源性分别为99%、99%和100%;沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌菌株均能在101~105 CFU/ml浓度时扩增出特异性目的条带;5个浓度混合菌液扩增产物均可见特异性反应条带。该方法扩增出10批人工添加细菌蛋白质粉和10批人工添加细菌减肥茶中沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌的特异性基因片段,检出限均为102 CFU/ml,与GB常规生化检测结果一致。结论建立的保健食品中沙门菌、志贺菌和金黄色葡萄球菌m PCR检测方法特异性强,灵敏度高,重复性好,可满足不同检验机构快速、准确检测保健食品中多种病原微生物样品的实际需要。     

评估CHROMagar~金黄色葡萄球菌显色培养基在化妆品检验中的应用效果

目的评估CHRO Magar Staph.aureus(CSA)金葡菌显色平板和血琼脂平板(BA)用于化妆品金黄色葡萄球菌的检测效果。方法使用47株球菌菌株在CSA和BA上作典型菌落生长测试和比较CSA和血浆凝固酶反应在鉴定金黄色葡萄球菌中的敏感性和特异性;应用CSA和BA分别检测58件不同类型的化妆品样品。结果CSA和BA对所有金黄色葡萄球菌的菌株均为单一的特征性菌落生长,也有少数凝固酶阴性葡萄球菌表现有假阳性菌落特征;CSA和血浆凝固酶鉴定金黄色葡萄球菌的敏感性和特异性均为100%;CSA和BA在样品中分别检测出7株和1株金黄色葡萄球菌(X2=4.83,P<0.025),总阳性率为12.07%。结论CSA在分离实际样品过程中的筛选效率和敏感性均高于BA,且节省了鉴定菌株所用的时间和费用,建议将CSA作为检测、鉴定化妆品中金黄色葡萄球菌的常规培养基应用。     

水痘-带状疱疹病毒84-7株基因特征分析

目的 分析水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus,VZV)84-7株的基因特征。方法 利用PCR法分别扩增VZV84-7株ORF38(PstⅠ)、ORF54(BglⅠ)、ORF62(SmaⅠ、Bss HⅡ、NaeⅠ)共5个酶切位点片段,运用生物信息学软件对5个酶切位点进行分析;PCR扩增病毒复制起点,分析VZV84-7株复制起点特征;PCR扩增VZV84-7株g E基因,对该基因进行序列分析。结果 VZV84-7株的酶切位点特征为:PstⅠ~+BglⅠ~+SmaⅠ~-Bss HⅡ~-NaeⅠ~-;复制起点区域包含1个13TA+19GA结构;g E基因序列与Oka株相比,在第1 170位存在1个碱基差异,为C→A,属于无义突变,但编码区氨基酸序列同源性为100%。结论 VZV84-7株的酶切位点和复制起点均有特异性,同时VZV84-7株与Oka株的g E基因仅有1个碱基突变,氨基酸序列同源性为100%。     

狂犬病病毒PV-2061株基因序列测定及其抗原性和免疫原性分析

目的测定狂犬病病毒(rabies virus,RV)PV-2061株全基因组序列,并分析其抗原性及免疫原性。方法 RTPCR法对RV PV-2061株基因组进行分段扩增,分别克隆至p MD18-T Simple Vector,转化感受态E.coli TOP10,挑取阳性克隆,进行测序。应用DNAstar Meg Align软件对测序结果进行拼接和分析;ELISA法检测PV-2061株的抗原性;用主种子批毒种制备的原疫苗免疫小属,检测PV-2061株的免疫原性。结果 RV PV-2061株的基因组全长11 932 bp,由3′端至5′端依次排列着N、P、M、G、L 5个结构基因,每个基因由3′端到5′端的非编码区及中间的编码区构成。与Gen Bank中已知全基因组序列的毒株比较,基因组前端3′先导序列和N基因的非编码区均无长度变化,从P基因开始,基因非编码区的长度开始出现差异,导致各毒株基因组长度不同。RV PV-2061株的抗原值为7.46 IU/ml;主种子批毒种制备原疫苗保护指数为1 585。结论确定RV PV-2061株全基因组序列为基因1型,且具有RV特有的抗原性和良好的免疫原性,为狂犬病疫苗的设计和毒株的筛选提供了实验依据。     

毕赤酵母组成型表达载体的构建及报告蛋白表达评价

目的构建毕赤酵母(Pichia pastoris)组成型分泌表达载体,并表达报告蛋白葡萄球菌核酸酶(staphylococcus nuclease,SNase,NucA),以评价其表达外源蛋白的能力。方法从巴斯德毕赤酵母GS115基因组中PCR扩增毕赤酵母甘油醛-3-磷酸脱氢酶启动子(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase promoter,pGAP)片段,克隆至载体pPIC9K中,构建组成型分泌表达载体pGHKα;从金黄色葡萄球菌基因组中PCR扩增编码报告蛋白金黄色葡萄球菌NucA成熟肽的序列nucA,克隆至载体pGHKα中,构建重组表达质粒pGHKα-nucA,经SacⅠ和BglⅡ依次酶切线性化后,电转化至毕赤酵母GS115中;PCR及TB-D平板法筛选阳性重组酵母菌;Tricine-SDS-PAGE检测表达产物;琼脂扩散法检测重组酵母菌表达上清液的核酸酶活性。结果组成型分泌表达载体pGHKα经PCR鉴定,证明构建正确;重组表达质粒pGHKα-nucA经PCR及测序鉴定,证明nucA基因片段正确插入载体pGHKα中;重组酵母菌GS115/pGHKα-nucA经PCR及TB-D平板法检测证明构建成功;表达的目的蛋白相对分子质量约为17 000,表达量约占上清总蛋白的42%,且具有显著的核酸酶活性。结论成功构建了毕赤酵母组成型分泌表达载体pGHKα,其能正确表达报告蛋白NucA,且表达的蛋白能分泌到细胞外,表达效率高,为异源蛋白在毕赤酵母中的安全高效表达奠定了基础。     

实时荧光PCR法快速检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株

目的建立一种敏感、特异、快速的实时荧光PCR定量检测乙型肝炎病毒基因YMDD突变株的方法,为临床治疗提供指导。方法设计引物和TaqMan-MGB探针,利用TaqMan-MGB探针技术,建立实时荧光定量PCR法。检测临床HBV-YMDD变异标本36份和野生型HBV标本20份,并将其YMDD变异结果与DNA测序结果进行比较。结果该方法检测灵敏度为101拷贝/μl;特异性为100%;最低检测限度为101DNA拷贝/30μl反应体系;实时荧光PCR方法测得YMDD野生株20份,变异株36份,与DNA测序结果完全一致,符合率为100%。结论应用TaqMan-MGB探针的实时荧光定量PCR方法检测YMDD变异株基因,具有灵敏、特异和精确等优点,对临床监测拉米夫定耐药具有重要意义。     

评估CHROMagar金黄色葡萄球菌显色培养基在化妆品检验中的应用效果

目的评估CHROMagar Staph.aureus（CSA）金葡菌显色平板和血琼脂平板（BA）用于化妆品金黄色葡萄球菌的检测效果。方法使用47株珠菌菌株在CSA和BA上作典型菌落生长测试和比较CSA和血浆凝固酶反应在鉴定金黄色葡萄球菌中的敏感性和特异性。应用CSA和BA分别检测58件不同类型的化妆品样品。结果CSA和BA对所有金黄色葡萄球菌的菌株均为单一的特征性菌落生长，也有少数凝固酶阴性葡萄球菌表现有假阳性菌落特征；CSA和血浆凝固酶鉴定金黄色葡萄球菌的敏感性和特异性均为100%；CSA和BA在样品中分别检测出7株和1株金黄色葡萄球菌（x^2=4.83,P〈0.05），总阳性率为12.07%。结论CSA在分离实际样品过程中的筛选效率和敏感性均高于BA，且节省了鉴定菌株所用的时间和费用，建议将CSA作为检测、鉴定化妆品中金黄色葡萄球菌的常规培养基应用。     

Staphylococcus aureus enterotoxin A detection using the polymerase chain reaction (PCR) and its correlation with coagulase and thermonuclease tests

Staphylococcus aureus is a pathogenic bacterium, widely distributed on nature and associated to general infection and food borne outbreaks. The relationship between this bacterium and food borne outbreaks has been done, historically, using several tests, including coagulase, thermonuclease and actually, PCR for the genes codifying for the enterotoxin responsible of clinical symptoms. The objective of this work is to detect enterotoxin A codifying gene through PCR in a group of S. aureus strains isolated from food samples, and also to correlate the presence of this gene with the production of coagulase and thermonuclease enzymes. A total of 69 staphylococcal strains were analyzed, 58 obtained from non pasteurized milk samples from the Estación Experimental Alfredo Volio Mata and 11 from the Food and Water Microbiology Laboratory collection, Universidad de Costa Rica. Coagulase, thermonuclease and enterotoxin A were analyzed in all the strains, and a statistical correlation was performed in order to verify possible associations. Results show that there is no correlation between the three variables, nevertheless, all coagulase positive strains were thermonuclease positive, and all enterotoxin positive strains were coagulase and thermonuclease positive, but not inversely. These results show that the use of presumptive or indirect tests for establishing entorotoxigenity of S. aureus strains is not truthful, more sensible and specific analysis, as PCR, shall be performed.     

Screening of Molecular Virulence Markers in Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa Strains Isolated from Clinical Infections

Staphylococcus (S.) aureus and Pseudomonas (Ps.) aeruginosa are two of the most frequently opportunistic pathogens isolated in nosocomial infections, responsible for severe infections in immunocompromised hosts. The frequent emergence of antibiotic-resistant S. aureus and Ps. aeruginosa strains has determined the development of new strategies in order to elucidate the different mechanisms used by these bacteria at different stages of the infectious process, providing the scientists with new procedures for preventing, or at least improving, the control of S. aureus and Ps. aeruginosa infections. The purpose of this study was to characterize the molecular markers of virulence in S. aureus and Ps. aeruginosa strains isolated from different clinical specimens. We used multiplex and uniplex PCR assays to detect the genes encoding different cell-wall associated and extracellular virulence factors, in order to evaluate potential associations between the presence of putative virulence genes and the outcome of infections caused by these bacteria. Our results demonstrate that all the studied S. aureus and Ps. aeruginosa strains synthesize the majority of the investigated virulence determinants, probably responsible for different types of infections.     

奶牛乳房炎致病大肠埃希菌的分型及外膜蛋白酶OmpT的抗原性验证

目的对奶牛乳房炎致病大肠埃希菌(E.coli)进行分型及外膜蛋白酶T(outer membrane protease,OmpT)的抗原性验证。方法采用凝集试验测定黑龙江省分离的84株致病E.coli的O血清型,PCR扩增种系分类群标记基因法对84株E.coli进行分型;经BLAST比对筛选ompT基因后,PCR验证ompT基因的普遍性;克隆A、B1、D群代表株ompT基因,测序后进行同源性比对;构建B1群E.coli 2002-1株ompT基因重组表达质粒pET-32a-ompT,转化E.coliRosetta,IPTG诱导表达;表达的重组蛋白经亲和层析纯化后,Western blot法鉴定重组蛋白的抗原性。结果 84株奶牛乳房炎致病E.coli中共鉴定出血清型51株,覆盖42个O血清型,归属A种系进化群10株,占11.90%;B1种系进化群74株,占88.10%;无肠外强致病的B2和D群。各型E.coli均可扩增出ompT基因。4亚群代表株ompT基因具有高度保守性,同源性达97%以上。重组表达质粒pET-32a-ompT经PCR及双酶切鉴定,证明构建正确。表达的重组蛋白相对分子质量约55 000,诱导4 h,目的蛋白的表达量最高,约占菌体总蛋白的29.8%。纯化的重组OmpT蛋白纯度为87.6%,与4亚群E.coli免疫血清均可发生特异性反应。结论种系进化是对奶牛乳房炎致病E.coli分型的理想方法,外膜蛋白酶OmpT在E.coli各种系进化群中抗原性良好,可作为研制E.coli蛋白亚单位疫苗的候选抗原。     

水痘-带状疱疹病毒Oka株与临床分离株可变区基因的序列分析

目的对水痘-带状疱疹病毒(Varicella-zoster virus,VZV)Oka株(V-Oka株)与分离于临床水痘患者的野毒株进行可变区基因序列比对分析。方法提取V-Oka株和VZV临床分离株的基因组DNA,对其串联重复序列区(R区)进行PCR扩增和测序;将R3基因的纯化产物与pMD18-T载体连接,转化感受态大肠杆菌JM109,提取质粒,经双酶切鉴定及测序;将测序结果与GenBank中登录的V-Oka株基因序列进行比对分析。结果 R1～R5基因扩增产物及R3基因重组质粒的双酶切产物片段大小均与预期相符;V-Oka株较稳定,测序结果与GenBank中登录的V-Oka株R1～R5基因序列一致,野毒株R区序列呈现多态性,与V-Oka株有差异,R4区序列区别明显。结论水痘患者的致病毒株为野毒株;R4的重复单位拷贝数可为临床快速鉴别V-Oka株与野毒株提供科学的手段。     

中国百日咳鲍特菌ptxS1和prn基因多态性分析

目的分析我国近50年来分离的百日咳鲍特菌抗原百日咳毒素(Pertussistoxin,PT)S1亚基(ptxS1)和百日咳黏附素(Pertactin,prn)基因多态性。方法收集85株百日咳杆菌,分别进行ptxS1和prn基因的PCR扩增和测序,并对序列进行比较分析。结果共发现4个ptxS1基因型和6个prn基因型的百日咳杆菌。自20世纪60年代,非疫苗型ptxS1A菌株逐渐取代疫苗型菌株;含有prn2和prn3新基因型的菌株出现在2000年以后。基因的系统进化树显示,菌株ptxS1和prn基因型的核苷酸和氨基酸序列的同源性分别在97%以上。结论我国近50年流行的百日咳临床分离菌株ptxS1和prn基因存在抗原漂移现象,本研究为加强我国百日咳的流行病学监控与新型无细胞百日咳疫苗的研发奠定了基础。     

肾综合征出血热灭活疫苗毒株84Fli株的M和S基因核苷酸序列分析

目的对肾综合征出血热灭活疫苗毒株84Fli株的M和S基因进行核苷酸序列分析,了解该毒种的基因稳定性。方法根据汉坦病毒标准株设计特异的PCR引物,用RT-PCR技术分段扩增疫苗株84FLi株的M和S基因片段,PCR产物纯化后直接测序,并进行遗传进化分析。结果疫苗株84FLi株M基因片段的核苷酸序列与GenBank中收录的HTN型毒株的M基因核苷酸序列的同源性为83.5%～99.9%,而与SEO型毒株的同源性为70.2%～72.0%。其S基因与HTN型毒株的同源性为85.9%～99.6%,与SEO型毒株的同源性为69.4%～70.8%。疫苗株84FLi株的M和S基因的氨基酸序列与GenBank中收录的HTN型汉坦病毒84FLi株M和S基因的氨基酸序列的同源性分别为99.9%和99.5%。从遗传进化树上可以看出,疫苗株84FLi株与GenBank中收录的84FLi株位于一个独立的分支上,与其他HTN型病毒亚型分布于不同分支上,与其他HTN型病毒亚型亲缘关系较远。结论肾综合征出血热灭活疫苗毒株84FLi株M和S基因片段的核苷酸和氨基酸序列未发生较大变异,说明在传代过程中该疫苗株在基因水平上并未发生较大改变。     

儿童呼吸道易感病原菌多重PCR检测方法的建立

目的建立儿童呼吸道5种易感病原菌多重PCR(Multiplex PCR,mPCR)检测方法,并应用该方法分析北京地区儿童呼吸道易感病原菌菌群分布情况。方法分别设计针对肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,SP)自溶素基因(ply)、肺炎克雷伯杆菌(Klebsiella pneumoniae,KP)16S核糖体RNA基因(16S rRNA)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)热核酸酶基因(nuc)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis,SE)特异性保守基因(SeS)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae,HI)16S rRNA基因的特异性引物,建立mPCR检测方法;验证该方法的特异性及敏感性;并采用该方法对北京地区128例呼吸道感染患儿和80名健康儿童咽拭子或痰标本进行检测,并与传统培养法检测结果进行比对。结果 mPCR法能对同一样品中5种病原菌的DNA模板同时进行PCR扩增;该方法检测5种病原菌之间及与呼吸道其他易感病原之间无交叉反应,敏感性可达5×10-10μg/μl;mPCR法检测128例呼吸道感染患儿的菌群分布情况为:HI 24.22%、SP 15.63%、KP 4.69%,SA 2.34%,未检出SE,与培养法相比,两种检测方法的总符合率为78.91%;感染患儿与健康儿童相比,HI和SP的感染率差异有统计学意义(P<0.01)。结论建立了从呼吸道标本中直接检测多病原儿童易感病原菌的mPCR检测方法,该方法特异性强、敏感性高,为临床正确诊断和治疗细菌感染性疾病提供了参考。     

国内甲型副伤寒沙门菌疫苗株的16S rRNA基因序列分析

目的对我国4株用于或拟用于疫苗生产的甲型副伤寒沙门菌的16S rRNA基因进行序列分析,考察其保守性和差异。方法提取4株菌基因组DNA,以16S rDNA通用引物进行PCR扩增,并对产物进行克隆及测序。结果4株菌均可扩增出约1500bp的目的基因片段,测序结果表明,4株菌中16S rDNA核苷酸序列一致性达99.77%。结论选择保守性高的16S rDNA区段进行序列测定,以防止种子批的变异,便于对疫苗生产用种子进行质量控制。