基于DNA条形码技术鉴别有毒鹅膏菌属物种

收集27 个鹅膏菌属物种共38 份样本,提取样品基因组DNA,应用通用引物扩增其内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）、核糖体大亚基（large ribosomal subunit,LSU）、RNA聚合酶的第二大亚基（the second largest subunit of RNA polymerase II,RPB2）、β-微管蛋白（β-tubulin）基因序列并进行Sanger双向测序,将得到的序列进行校对拼接后与NCBI的GenBank数据库中的参考序列进行比对鉴别物种来源;计算物种的种内、种间Kimura-2-Parameter（K2P）遗传距离并构建系统发育树。结果表明,β-tubulin、ITS基因序列鉴别能力优于RPB2、LSU基因序列,可将β-tubulin与ITS两者联合用于鹅膏菌属的物种鉴别,为有毒蘑菇诱发的食源性中毒风险进行预警。β-tubulin基因序列长度较LSU、ITS、RPB2等基因序列短,适合对深加工的蘑菇制品以及误食毒蘑菇后的呕吐物进行分析,可作为鹅膏菌属中毒事件中物种鉴定及溯源的优选条形码。     

DNA条形码序列对药食两用品花椒的品种鉴定

目的:利用DNA条形码鉴定技术,快速、准确的鉴别中药花椒,区别中药花椒及其市售香料花椒的品种来源差异。方法:采用植物DNA试剂盒提取花椒及其混伪品基因组DNA,对全部收集样品的ITS2序列进行扩增和测序,计算物种种间种内Kimura2-parameter(K2P)遗传距离。采用Blast、最近距离法及基于ITS2序列构建Neighbor-joining(NJ)系统聚类树进行鉴别分析。结果:中药花椒及香料花椒的序列长度为224~227 bp,中药花椒种间平均K2P遗传距离明显大于香料花椒种内平均K2P遗传距离;ITS2分子系统树显示,中药花椒及香料花椒均聚为一单系分枝。结论:ITS2序列作为DNA条形码能准确鉴别中药花椒及其香料花椒,为中药花椒及其香料花椒的鉴别提供了依据。     

用ITS2鉴定芥辣类调味品中山葵、辣根和芥末组分

日式饮食中的芥辣类调味品主要以同属十字花科的山葵(Eutrema wasabi)、辣根(Armoracia rusticana)、芥末(mustard)做原料加工而成。利用核糖体DNA内部转录间隔区Ⅱ(Internal transcribed spacer 2,ITS2)技术快速、准确地鉴定出山葵、芥末和辣根,为该技术应用于芥辣类产品质量检测提供参考。以3种植物材料(山葵、辣根、白芥末)为实验材料,提取基因组DNA,通过引物ITS2_S2进行PCR扩增得到ITS2片段,测序结果通过生物信息学分析进行物种鉴定。MEGA7.0(Molecular evolutionary genetics analysis)分析ITS2序列结果表明,山葵、白芥末和辣根K2P(Kimura 2-parameter)遗传距离在0.088～0.171,均大于0.01,种间变异位点有36个,初步推断利用ITS2序列能将山葵、白芥末和辣根3物种区分开来。另外,GenBank中获得山葵以及近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的ITS2序列,MEGA7.0进行种间序列分析,计算K2P,并用邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建进化树,山葵与近亲西北山嵛菜聚为一支,棕芥末与白芥末、黑芥末聚为一大支,而辣根单独为一支。通过分析ITS2序列,发现山葵与近亲西北山嵛菜、辣根、芥末的种间K2P遗传距离在0.030～0.105,均大于0.01。研究表明,利用ITS2技术可以鉴别山葵、辣根和芥末等近缘物种,此技术可以用于芥辣类调味品特定原料成分鉴定及定量,为食品质量控制和食品安全提供科学依据。     

基于ITS2序列及二级结构对紫苏与其变种、紫苏子与其混伪品的鉴别

采用ITS2 一级序列联合其二级结构对紫苏与其变种、紫苏子与其混伪品进行鉴定,为紫苏药材的使用提供更科学的分类方法.收集紫苏与其近缘种、紫苏子混伪品基源植物样本,提取DNA进行PCR扩增;并结合GenBank中的序列获得所有物种的ITS2序列.应用MEGA7.0软件进行序列分析、计算种内种间遗传距离、构建NJ树,利用I...     

DNA条形码技术在淀粉掺假鉴别中的应用

基于植物DNA条形码技术建立淀粉及其加工制品成分鉴别检测方法。通过提取淀粉5大物种苜蓿、马铃薯、木薯、番薯和玉米的基因组DNA为模板,分别以ITS2、matK、rbcL和trnH-psbA基因通用引物进行聚合酶链式反应扩增,并将测序结果提交GenBank数据库BLAST比对,评价不同植物DNA条形码序列对其鉴别能力。筛选出ITS2＋trnH-psbA为较适组合序列,并对自行采购的5 个淀粉样品和4 个粉条样品进行检测。     

基于ITS2序列鉴定荠菜及其混伪品

目的选用ITS2序列对湖南苗药荠菜及其混伪品进行分子鉴定,为其用药安全、有效提供保障。方法采用DNA条形码技术,对荠菜的ITS2核基因片段进行扩增并双向测序,经Codon Code Aligner拼接后,用MEGA软件分析相关数据,构建邻接(NJ)系统聚类树进行鉴定分析,并用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果荠菜ITS2序列长度为194 bp,其种内平均K2P遗传距离远远小于其与混淆品的种间K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其他物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2作为条形码可以方便快捷地鉴别荠菜及其混淆品,进一步验证了DNA条形码技术鉴定中药材的有效性。     

苗药一枝黄花及其混伪品的DNA条形码鉴别

目的选用DNA条形码对湖南苗药一枝黄花及其混伪品进行分子鉴定,为其药材鉴别与安全提供技术支撑。方法利用DNA条形码方法,分别对一枝黄花及其混伪品的ITS2核基因片段和psb A-trn H叶绿体基因片段进行扩增并双向测序,使用Codon Code Aligner软件对其序列进行拼接,用MEGA软件对数据比对分析,构建邻接(NJ)系统聚类树鉴定分析,并用Koetschan等分析预测ITS2二级结构。结果一枝黄花的ITS2序列长度为223 bp,其种内平均K2P遗传距离小于混淆品的种间K2P遗传距离;由所构建的系统NJ聚类树图表明,各物种呈现一定的区域性,又可与其它物种明显区分,而基于psb A-trn H序列构建的统聚类树图不能将一枝黄花区分;通过ITS2二级结构比对分析,一枝黄花和其混伪品的4个螺旋发出时的角度及螺旋区的茎环位置、大小、数目均有明显区别。结论 ITS2作为条形码可方便快捷地鉴别一枝黄花及其混淆品,进一步验证了DNA条形码技术鉴定中药材的有效性。     

石斛属植物DNA条形码鉴定及铁皮石斛产地分析

为建立石斛属植物适合的DNA条形码以及利用条形码鉴定铁皮石斛产地，对鼓槌石斛、报春石斛、金钗石斛、铁皮石斛4种石斛以及杭州、霍山、云南和温州4个产地的铁皮石斛的66份样品的ITS2和psbA-trnH序列进行扩增、测序及序列分析。比较石斛属植物种内、种间的变异，基于K2P距离分析Barcoding Gap，构建NJ系统发育树。结果表明，ITS2序列种内遗传变异(0～0.005)小于种间遗传变异(0.070～0.228)，NJ进化树也能准确区分4种石斛；而psbA-trnH序列未形成Barcoding Gap，NJ进化树未能区分报春石斛和金钗石斛，psbA-trnH序列在鉴定石斛属植物时可作为补充序列。ITS2序列和psbA-trnH序列在4种产地铁皮石斛中存在多个变异位点，可鉴别铁皮石斛产地。     

基于DNA条形码的食用菌与其易混有毒真菌的鉴定

目的 利用DNA条形码技术对常见可食用真菌与其易混的野生有毒真菌进行分子鉴定。方法 使用MEGA7.0软件对GenBank中获得菌类的ITS2、nrLSU及EF1-α基因序列进行分析和序列比对,计算各分类群种内与种间的kimura 2-parameter (K2P)遗传距离、构建相邻结合法(neighbor joining, NJ)系统聚类树,利用ITS2数据库预测各物种的ITS2二级结构。利用4Sale软件进行ITS2二级结构比对,运用ProfDistS软件构建剖面邻接(profile neighbor joining,PNJ)进化树。结果 遗传距离结果表明各分类群存在明显的条形码间隔(barcoding gap);NJ树结果显示各物种均可独立分支,具有良好的单系性;PNJ树同样可以区分食用菌与易混有毒真菌;各物种的ITS2二级结构均存在明显差异。结论 ITS2、nrLSU和EF1-α可作为DNA条形码用于可食用真菌与其易混的野生有毒真菌的鉴定,为推动真菌的分子鉴别在食品安全管理中广泛应用,保障食品安全与公众健康提供了新的技术手段。     

DNA条形码基因ITS和LSU在红曲菌分类鉴定中的比较分析

为评估DNA条形码基因核糖体内转录间隔区（ITS）和核糖体大亚基（LSU）在红曲菌分类鉴定中的有效性,从NCBI的GenBank数据库中下载现阶段红曲菌属所有物种的ITS和LSU基因序列,采用系统发育和遗传距离的方法对其进行分析,并用该研究所保存的部分红曲菌株的DNA序列进行验证。结果表明,同种红曲菌的不同菌株在基于ITS序列的邻接树中分别聚为单系;紫色红曲菌（Monascus purpureus）、佛罗里达红曲菌（Monascus floridanus）和蜂蜜红曲菌（Monascus mellicola）的同种不同菌株在基于LSU序列的邻接树中分别聚为单系。新月红曲菌（Monascus lunisporas）的ITS和LSU序列以及红色红曲菌（Monascus ruber）和累西腓红曲菌（Monascus recifensis）的LSU序列的条形码间隙不明显,其他红曲菌的ITS和LSU序列条形码间隙明显。同种红曲菌ITS序列的最小及最大种间遗传距离均高于LSU序列。研究表明ITS基因在红曲菌的分类鉴定中具有高效性,LSU基因在红曲菌分类鉴定中的分辨力有限。     

黑龙江、吉林地区松茸ITS序列遗传多样性分析

提取黑龙江省5个不同产地和吉林省汪清地区不同产地松茸子实体的基因组DNA,利用ITS序列分析技术研究其遗传多样性。测序后通过和GenBank中序列比对,采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最小进化法(Minimum Evolution,ML)和邻位相接法(Neighbor Joining,NJ)构建系统发育树。结果表明,6个样品的ITS序列被分成了两大组,鸡东,汪清,东京城,东宁由于序列比较相似被分为一组,穆棱和海林被分为另一组。每组的ITS序列变化较小,相似度较高。同时,多个位点存在着差异,有转换、颠换和缺失。     

Ascorbic Acid and Dehydroascorbic Acid Content of Tropical Root Crops from the South Pacific

The total vitamin C content (ascorbic acid (AA) plus dehydroascorbic acid (DAA) was estimated by HPLC for sweet potato (Ipomoea batatas), taro (Colocasia esculenta), giant taro (Alocasia macrorrhiza), giant swamp taro (Cyrtosperma chamissonis), taro (Xanthosoma spp.), yam (Dioscorea alata), yam (D. esculenta), cassava (Manihot esculenta) and mean values were 23.6, 15.1, 16.9, 15.7, 13.6, 27.5, 20.3, and 14.9 mg/100g fresh weight, respectively. Standard titrimetric and colorimetric methods gave results only for AA which were generally comparable with HPLC. Drying at 40°C caused loss of AA which was not quantitatively converted into DAA. Storage of sweet potato at 25°C and 15°C for 28 days reduced the total vitamin C content by 17% and 15%, respectively; there was no significant decrease at 0°C. Cooking reduced the levels of AA and DAA by up to 70%.     

基于线粒体COI和COII基因的米象与玉米象的分子鉴定

为建立基于线粒体COI和COII基因序列的米象和玉米象的分子鉴定方法。采自全国6个地理种群的米象和2个地理种群的玉米象,PCR扩增试虫线粒体COI和COII基因,将获得的基因序列在GenBank中进行BLAST比对,分析基因序列相似性,分别计算基于COI和COII基因序列的遗传距离,并构建系统发育树。结果表明在本研究所分析的2种象虫样本中,米象COI基因的种内相似度在98.17% 以上,米象和玉米象COI基因的种间相似度为85.84%~86.92%;米象COII基因的种内相似度在98.37% 以上,玉米象COII基因的种内相似度在97.77% 以上,2种象虫COII基因的种间相似度为86.27%~88.31%。米象的种内遗传距离为0.002~0.020(COI)和0.011~0.015(COII),玉米象的种内遗传距离为0.001~0.023(COII)。两种象虫的种间遗传距离为0.145~0.185(COI)和0.128~0.154(COII),基于COI和COII基因的种间遗传距离显著高于种内遗传距离。系统发育树结果显示,在2个基因的系统发育树上,米象、玉米象的基因序列分别位于不同的进化支,同种象虫的基因序列位于相同的进化枝。根据本研究所用的线粒体COI和COII基因序列的差异性可以进行米象和玉米象的分子鉴定。     

Food group meat panel symposium annual discussion meeting—new developments in meat

An HPLC method was developed for the analysis of α-carotene, β-carotene, retinol and vitamin D2. Sweet potato Ipomoea batatas, taro Colocasia esculenta, taro Xanthosoma sagittifolium, giant taro Alocasia macrorrhiza, giant swamp taro Cyrtosperma chamissonis, yam Dioscorea alata and yam D esculenta contained no appreciable amounts of α-carotene, retinol or vitamin D2 and the amounts of β-carotene were equivalent to 0-300 μg kg-1 retinol in the fresh samples. This small amount, compared with the WHO/FAO adult RDA of 750 μg day-1, and the virtual absence of vitamin A related eye diseases in the South Pacific region, demonstrates the adequacy of greens and fiuits, and fish coastal areas, in meeting the vitamin A requirement.     

Effect of Yam (Dioscorea alata Compared to Dioscorea japonica) on Gastrointestinal Function and Antioxidant Activity in Mice

ABSTRACT:  Effects of Chinese yam ( Dioscorea alata) and Japanese yam ( Dioscorea japonica ) on gastrointestinal functions including intestinal microflora and intestinal enzymes' activities, as well as antioxidant protection against lipopolysaccharide (LPS)-induced oxidative damage, in Balb/cA mice were examined. In part I, mice were fed yam-supplemented diet for 4 or 8 wk, and killed with carbon dioxide. In part II, mice were fed yam-supplemented diet for 4 wk, and followed by intraperitoneal LPS treatment (i.p. 4 mg/kg bodyweight). The intake of Chinese yam and Japanese yam significantly changed intestinal microflora, in which the colony numbers of Bifidobacterium and Lactobacillus were increased and the colony numbers of Clostridium perfringens were decreased ( P < 0.05). The intake of both Chinese and Japanese yams also significantly elevated the activity of leucine aminopeptidase and lipase ( P < 0.05), and the activities of sucrase and maltase were increased only in 20% yam-treated groups ( P < 0.05). The preintake of yam significantly alleviated subsequent LPS-induced oxidative injury by decreasing lipid oxidation level and fibronectin production and elevating superoxide dismutase activity ( P < 0.05). Both Chinese and Japanese yams contained dietary fibers, polyphenols, and flavonoids, which may contribute to the observed gastrointestinal function and antioxidant protection. These results suggest that both Chinese yam and Japanese yam were beneficial for intestinal health and oxidation prevention.     

丛毛红曲菌固态发酵山药产莫纳可林K的影响因素研究

该研究以新鲜山药为发酵基质,采用丛毛红曲菌（Monascus pilosus）MS-1固态发酵山药,探究新鲜山药、干山药、山药品种、蔗糖、山药块茎大小、乳酸等因素分别对发酵山药中莫纳可林K（MK）产量的影响。结果表明,新鲜山药更有利产生MK,当发酵基质为新鲜铁棍山药,蔗糖添加量为3%,山药块茎大小为（0.5 cm×0.5 cm×0.5 cm）,乳酸添加量为0.3%时,MK产量可达8.10 mg/g。该研究可为山药的精深加工提供新思路,对新型红曲产品的开发也具有一定的借鉴意义。     

淮山加工技术的研究进展

淮山具有很高的药用和食用价值,对淮山的加工现状和加工新技术进行了介绍,指出了淮山目前加工技术中存在的问题及对策分析,同时展望了淮山加工技术的发展前景。     

Investigations on starches from major starch crops grown in Ghana: III.—Particle size and particle size distribution

Two procedures (sedimentation and Coulter counter) were used for the particle size analysis of starches from major West African starch crops. Data obtained by both methods appears to be in good agreement for large-granule starches, e.g. large granule yam (Dioscorea) starches. The Coulter counter method, however, appears to be oversizing with starches having most of the granules smaller than 20 μm. This was also confirmed by microscopic examination accompanying the size analysis of all tested samples. Good agreement was found between the size analysis results on Dioscorea starches and some of their physical properties that were affected by granule size. To some extent, size and shape of Dioscorea starches can be used as a basis for differentiation even between cultivars; starches from different cultivars of plantain (Musa paradisiaca L.) and cassava (Manihot utilissima Pohl.) did not show any significant differences.     

基于DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶的物种鉴定

摘　要：目的　运用DNA条形码技术对常见石首鱼鱼胶进行物种鉴定。方法　通过对26份鱼胶样品基因组DNA提取，PCR扩增COI基因、测序，用BOLD物种鉴定系统，与数据库中已有鱼类序列进行比对分析，鉴定出各鱼胶的物种；根据Kimura双参数模型计算样品序列遗传距离，并将所得序列构建NJ和MP系统发育树，进行聚类分析。结果　26份鱼胶样品通过鉴定引物“Fish-F”、“Fish-R”均可实现扩增，条带清晰单一，扩增和测序成功率均为100%；BOLD鉴定结果显示，26份鱼胶样品中23份能够确定物种来源（相似性达98%以上），包括石首鱼科12属15种鱼类，且多数为外来物种，另外3份鱼胶可推测其近缘物种。此外，系统发育树聚类分析结果与物种鉴定结果一致。结论　目前石首鱼类鱼胶来源物种较多，且多为外来基原鱼种。DNA条形码技术与BOLD鉴定系统相结合，可对大部分鱼胶进行准确的物种鉴定。