基于16S rDNA高通量测序技术分析北京豆汁儿微生物多样性和功能预测的研究

以北京不同城区具代表性的6家豆汁儿店的豆汁儿为研究对象,采用16S rDNA测序分析对豆汁儿中所含优势菌进行研究。结果表明:乳杆菌属(Lactobacillus)是豆汁儿中的优势菌属,乳杆菌目(Lactobacillales)占比达到95.8%以上。优势菌种为食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、沙克乳酸杆菌(Lactobacillus sakei)。对豆汁儿中乳杆菌目(Lactobacillales)进行功能预测分析,推测豆汁儿中的风味物质来源于氨基酸代谢,发酵过程中产生β-低聚半乳糖及GOS,益于肠道菌群健康。     

基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性.方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对.结果:初乳组样本共得到19个门...     

基于16S rDNA高通量测序方法比较新疆西北部地区乳品中微生物的多样性

为更加全面地了解新疆特色乳品中微生物多样性,比较不同动物来源的原奶和酸奶的细菌群落结构,运用高通量测序技术,对乳品中细菌16S r DNA V4-V5区测序,进而对新疆克州和塔城地区牛奶、驼奶、马奶、羊奶、酸牛奶、酸驼奶和酸马奶7种乳品中细菌群落组成和多样性进行分析。研究共获得539 557条有效序列,379个OTU。多样性分析表明,原奶样品中细菌Shannon-Wiener指数明显高于酸奶样品。微生物群落组成分析发现,不同乳品之间菌群组成差异较大。7种乳品中的菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但原奶样品主要以变形菌门为主,而酸奶样品主要以厚壁菌门为主。在属水平上,牛奶主要以假单胞菌属(Pseudomonas)为主,驼奶主要以埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella),马奶主要以明串珠菌属(Leuconostoc)为主,羊奶中的优势菌属为乳球菌属(Lactococcus),而酸牛奶、酸驼奶和酸马奶都是以乳杆菌属(Lactobacillus)为优势菌属。不同动物来源的原奶和酸奶样品中的微生物多样性存在显著差异,并且原奶中检测到的环境污染菌和致病菌(或条件致病菌)的丰度也相对较高。本研究结果将为准确评估乳品中的微生物群落对新疆地区少数民族健康的影响提供一定的数据基础。     

盘县火腿微生物多样性及主体挥发性风味解析

为了解不同地区盘县火腿微生物多样性及挥发性风味成分的差异,并挖掘盘县火腿潜在功能微生物。采用Illumina高通量测序方法和固相微萃取-气相色谱-质谱联用(solid phase microextraction-gas chromatography-mass spectrometry,SPME-GC-MS)技术对盘县火腿样品进行分析。结果表明:盘县火腿的细菌多样性和丰富度高于真菌,红果(HG)和普古(PG)的细菌群落结构相似,最优势菌都是Staphylococcus (葡萄球菌属),而乌蒙(WM)的最优势菌为Nocardiopsis (拟诺卡氏菌属);HG和WM的真菌群落相似,Aspergillus (曲霉菌属)和Penicillium (青霉菌属)在HG和WM中是优势菌,但在PG中青霉菌属不是优势菌。SPEM-GC-MS共检出51种挥发性风味化合物,根据气味活度值(odor activity value,OAV)分析得到10种关键挥发性风味物质,分别为2-甲基丁醛、3-甲基丁醛、己醛、辛醛、壬醛、1-辛烯-3-醇、2-庚酮、2-壬酮、己酸乙酯和辛酸乙酯。基于皮尔逊相关系数的关联分析发现,葡萄球菌属、曲霉菌属、Halomonas (盐单胞菌属)、Nesterenkonia (涅斯捷连科氏菌属)和Brevibacterium (短杆菌属)可能是盘县火腿的潜在功能微生物。     

撒坝火腿成熟过程中游离氨基酸的变化研究

以云南撒坝火腿为原料,利用氨基酸自动分析仪检测腌制4月到9月股骨与髋骨之间偏腿背侧肌肉游离氨基酸的变化。结果表明肌肉中的游离氨基酸在成熟期间呈现出先增后降的趋势。腌制到7月时各种游离氨基酸含量最大,占同时期产品质量的5.39%,此阶段含量较高的游离氨基酸分别为Glu、Lys、Ala和Ieu,较低的分别为Met、Tyr、His、Asp。整个成熟期间,含量较高的的氨基酸Glu、Lys、Ala、Lys,含量较低的氨基酸是Cys、Pro、Tyr、Arg。不同的游离氨基酸含量可能使干腌火腿产生不同的风味。     

基于16S rRNA高通量测序的西藏农、牧区牦牛酸奶菌群多样性分析

运用高通量测序技术,对西藏农、牧区牦牛酸奶中细菌多样性及其差异进行分析,并探究环境因素对其差异形成的影响。样本层级聚类及主坐标分析结果显示农、牧区的样本菌群结构具有明显差异;多级物种差异判别分析及组间差异分析表明,农、牧区牦牛酸奶菌群的优势属均为厚壁菌门(Firmicutes)下的乳杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)及链球菌属(Streptococcus),上述3个属及其余7个丰度相对较低的属在不同区域牦牛酸奶中具有显著差异(P<0.05);对环境因子的回归分析和基于距离的冗余分析显示海拔高度对样本间差异的解释度大于年平均气温。本研究为进一步揭示自然环境与青藏高原发酵食品中微生物多样性之间的关系、筛选优良菌种提供参考。     

基于16S rRNA高通量测序方法比较新疆冷水鱼肠道中微生物多样性

为了解新疆阿勒泰地区额尔齐斯河流域野生冷水鱼肠道微生物多样性及其群落结构组成。采用NGS高通量测序技术,分析3?种冷水鱼肠道内容物和黏膜中细菌16S?rRNA?V4区基因序列,进而比较不同种类冷水鱼肠道内容物和黏膜中微生物的群落结构组成及多样性差异。结果共获得58?328?条有效序列,242?个OTU。多样性分析表明,哲罗鱼样品中的Shannon指数明显低于细鳞鱼和黑斑狗鱼,细鳞鱼和黑斑狗鱼在群落结构上更为接近。在门水平6?个样品中的菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）、丙型变形菌门（Gammaproteobacteria）为主;哲罗鱼中Firmicutes是最占优势的菌群门,而细鳞鱼和黑斑狗鱼中Gammaproteobacteria显著增加,Firmicutes显著减少。属水平上哲罗鱼中主要以肉杆菌属（Carnobacterium）为主,细鳞鱼和黑斑狗鱼中嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、不动杆菌属（Acinetobacter）、梭菌属（Clostridium sensu stricto）等比例较高。不同种鱼肠道微生物的组成及多样性在门和属水平上有明显差异,而同种冷水鱼的肠道内容物和黏膜间微生物群落组成较为相似,无显著差异。     

基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异.结果 表明:14个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99.分析...     

16S rDNA克隆文库法分析生鲜牛乳中 细菌种群的多样性

目的 利用16S rDNA基因文库分析法, 对生鲜牛乳中微生物的种群多样性进行研究。方法 提取生鲜牛乳中总微生物基因组DNA为模板, 将扩增到的生鲜牛乳样品的16S rDNA的PCR产物与pMD~18T载体连接, 构建其菌群的16S rDNA文库。对随机选取的56个阳性克隆子进行序列测定和BLAST比对。结果 文库序列分析表明, 有53个克隆子分属3个不同的类群, 即厚壁菌类群、变形菌类群和异常球菌-栖热菌类群, 其余3个克隆子属于未知类群。其中, 优势细菌类群为厚壁菌类群(86%), 在该类群中, 尤以无乳链球菌为主要代表, 约占所有克隆子的82%; 其他类群为γ~变形菌类群(7.1%)和异常球菌-栖热菌门类群(1.8%)。系统发育分析表明, 未知类群在分类地位上更接近与厚壁菌类群。结论 生鲜牛乳中微生物具有多样性, 无乳链球菌为其中的优势种群, 同时生鲜牛乳中还存在葡萄球菌等致病菌, 或不动杆菌和肠道菌等条件致病菌。     

KCl部分替代NaCl对宣威火腿细菌多样性的影响

为探究KCl部分替代NaCl腌制的宣威火腿中细菌多样性和群落结构,以100% NaCl腌制的宣威火腿为对照组,分别以KCl替代30%、40%、50%和60% NaCl进行腌制作为实验组,基于Illumina MiSeq高通量测序技术对火腿表面和内部细菌16S rRNA的V3～V4区进行扩增和测序,进而比较不同KCl替代比例宣威火腿微生物的群落结构组成及多样性差异。结果表明：不同KCl替代组火腿表面共得到257 777 条序列和6 153 个操作分类单元,在火腿内部共得到248 102 条序列和5 704 个操作分类单元;尽管不同KCl替代组的火腿在微生物丰度上存在一定差异,但各KCl替代组火腿表面和内部样本在门水平上的优势菌群均为变形菌门和厚壁菌门,KCl部分替代NaCl使火腿表面和内部变形菌门的相对丰度增加,均在40% KCl替代组中最高,且显著高于对照组（P＜0.05）;不同KCl替代比例腌制的宣威火腿细菌群落结构存在较大相似性,但在一定程度上降低了火腿表面菌群丰度和群落多样性,内部菌群丰度和群落多样性则无显著差异。     

应用Illumina MiSeq测序技术比较传统发酵乳、肉食品中细菌多样性

为全面了解内蒙古特色发酵食品中细菌微生物多样性,比较不同发酵食品的细菌群落结构。运用高通量测序技术,对发酵乳制品(饼状奶酪、棒状奶酪及奶豆腐)和发酵肉制品(发酵香肠、风干羊肉和风干牛肉)中细菌群落组成和多样性进行分析。本研究中共获得194568条有效序列,237个OTU。菌群多样性分析表明:发酵肉制品中菌群Shannon指数较高于发酵乳制品,乳肉制品之间的菌群组成差异较大。发酵乳制品中主要以厚壁菌门为主,而发酵肉制品则以厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,发酵乳制品的优势菌属为乳杆菌属,而发酵肉制品中的优势菌属为假单胞菌属,次优势菌属为乳杆菌属。在种水平上,由于未检测到的菌群含量较高,所以不能确定乳、肉制品优势菌种,而在发酵乳、肉食品中可检测到的菌群中清酒乳杆菌含量较高。通过16s预测功能分析,发酵乳、肉食品中的绝大部分细菌与转运代谢有关,如脂肪代谢、氨基酸代谢等功能。     

基于高通量基因测序分析腐乳微生物多样性

研究腐乳生产过程中环境微生物对其品质及风味的影响.选择自然发酵腐乳和纯种发酵腐乳,通过高通量基因测序技术鉴定腐乳中微生物的多样性和丰度,其中细菌采用16S rDNA测序,真菌采用ITS1测序.结果 表明,在细菌门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bactero...     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

基于16S rRNA基因测序分析烟叶发酵过程中表面微生物的多样性

雪茄烟叶经过发酵处理才能制成风味独特的雪茄产品,研究烟叶发酵过程中微生物的多样性对提高国产雪茄烟叶品质有重要意义。作者采集了来自云南省8个地区初步晾晒的雪茄烟叶和7种来自多米尼加共和国各地的优质雪茄烟叶,基于16S rRNA基因测序技术鉴定各个样品表面微生物种类,通过OTU聚类分析、Alpha多样性分析、物种组成分析等方法进行微生物多样性分析,获得晾晒烟叶表面的优势菌。结果显示,云南省雪茄烟叶的优势菌属为葡萄球菌属,其他常见菌属有假单胞菌属、无色杆菌属、棒状杆菌属、泛菌属等;多米尼加共和国雪茄样品中微生物物种分布较中国雪茄样品更均匀,微生物的多样性整体高于中国雪茄样品,其优势菌属多为葡萄球菌属、棒状杆菌属、四联球菌属;云南省临沧市雪茄烟叶优势菌属与多米尼加雪茄相似,而且它的物种多样性和均匀度高于中国其他地区,具有较大的发展潜力。     

Investigation of donkey milk bacterial diversity by 16S rDNA high-throughput sequencing on a Cyprus donkey farm

The interest in milk originating from donkeys is growing worldwide due to its claimed functional and nutritional properties, especially for sensitive population groups, such as infants with cow milk protein allergy. The current study aimed to assess the microbiological quality of donkey milk produced in a donkey farm in Cyprus using culture-based and high-throughput sequencing techniques. The culture-based microbiological analysis showed very low microbial counts, whereas important food-borne pathogens were not detected in any sample. In addition, high-throughput sequencing was applied to characterize the bacterial communities of donkey milk samples. Donkey milk mostly composed of gram-negative Proteobacteria, including Sphingomonas, Pseudomonas, Mesorhizobium, and Acinetobacter; lactic acid bacteria, including Lactobacillus and Streptococcus; the endospores forming Clostridium; and the environmental genera Flavobacterium and Ralstonia, detected in lower relative abundances. The results of the study support existing findings that donkey milk contains mostly gram-negative bacteria. Moreover, it raises questions regarding the contribution of (1) antimicrobial agents (i.e., lysozyme, peptides) in shaping the microbial communities and (2) bacterial microbiota to the functional value of donkey milk.