基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性

为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d (每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。     

基于高通量测序的浙江玫瑰醋发酵过程中细菌菌群结构及其动态演替撤回

基于Illumina MiSeq高通量测序对浙江玫瑰醋"冲缸放水"后醋样中的细菌DNA序列的V4区进行测序。在门水平对细菌群落进行分析,表明浙江玫瑰醋在"冲缸放水"后的发酵过程中主要菌群为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两者相对丰度一直处于98%以上,并且变形菌门相对丰度持续升高,厚壁菌门持续降低。在属水平对细菌进行分析表明,浙江玫瑰醋发酵过程中主要为醋酸杆菌属(Acetobacter)和乳杆菌属(Lactobacillus),并且醋酸杆菌属随着发酵的进行相对丰度呈现持续上升趋势,乳杆菌属呈现下降趋势。肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度较低,但存在于整个发酵过程。开始"冲缸放水"时的细菌组成与后期发酵有明显差异。对浙江玫瑰醋发酵过程中乳酸菌进行了分离、鉴定,得到了4株副干酪乳杆菌(L. paracasei),1株清酒乳杆菌(L. sakei),1株鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus),1株干酪乳杆菌(L. casei)。将浙江玫瑰醋发酵过程中细菌组成与其他醋发酵...     

保温发酵鱼露中细菌群落的16S rDNA分子生态分析

本文通过对细菌16S rDNA V₄区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR 法(FQ-PCR)研究35 ℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性。研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定。鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTUs中共注释出37个门、238个属,但有50%左右的OTUs未能注释到属。发酵8个月后,继续增加发酵时间,鱼露中的细菌组成变化不明显。在门的水平上,在鱼露发酵的各个阶段中细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);在属分类的水平上,优势菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、不动菌属(Acinetobacter)等。发酵前2个月,优势菌是嗜冷杆菌属(Psychrobacter,23.39%)、链球菌属(Streptococcus,5.34%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.05%),发酵12个月时,主要优势菌中变形菌门中以链球菌属(Streptococcus,3.62%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.23%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1.20%)为主,而厚壁菌门以不动菌属(Acinetobacter,9.14%)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter,8.77%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.78%)为主,其中耐盐和嗜盐的乳酸菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)等。     

基于高通量测序的浙江玫瑰醋发酵过程中细菌菌群结构及其动态演替

基于Illumina MiSeq高通量测序对浙江玫瑰醋"冲缸放水"后醋样中的细菌DNA序列的V4区进行测序。在门水平对细菌群落进行分析,表明浙江玫瑰醋在"冲缸放水"后的发酵过程中主要菌群为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两者相对丰度一直处于98%以上,并且变形菌门相对丰度持续升高,厚壁菌门持续降低。在属水平对细菌进行分析表明,浙江玫瑰醋发酵过程中主要为醋酸杆菌属(Acetobacter)和乳杆菌属(Lactobacillus),并且醋酸杆菌属随着发酵的进行相对丰度呈现持续上升趋势,乳杆菌属呈现下降趋势。肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)相对丰度较低,但存在于整个发酵过程。开始"冲缸放水"时的细菌组成与后期发酵有明显差异。对浙江玫瑰醋发酵过程中乳酸菌进行了分离、鉴定,得到了4株副干酪乳杆菌(L. paracasei),1株清酒乳杆菌(L. sakei),1株鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus),1株干酪乳杆菌(L. casei)。将浙江玫瑰醋发酵过程中细菌组成与其他醋发酵过程细菌组成进行比较,发现所有醋发酵过程高丰度细菌相同,都为醋酸杆菌属和乳杆菌属,但低丰度细菌差异明显。     

应用Illumina Miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性

为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina Miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。     

应用MiSeq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性

为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。     

传统发酵乳制品中微生物多样性研究

为了探究传统发酵乳制品中核心菌群,本研究采用454焦磷酸测序技术对传统发酵酸牛奶、酸马奶和酸驼奶样品中微生物的群落多样性和丰度进行了分析。研究发现,在三份传统发酵乳制品中存在一定共有微生物群。这部分共有微生物的OTU(可分类操作单元)数目较少,但拥有较大比例的序列数。在门水平上,三份样品细菌和真菌菌门分别以Firmicutes(硬壁菌门)和Ascomycota(子囊菌门)为主。在属水平上,酸牛奶样品中的细菌属以Lactococcus(乳球菌属)为主,真菌菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主;酸马奶样品中的细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,真菌属以Vanderwaltozyma(范氏酵母属)为主;酸驼奶样品的优势细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,优势真菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主。在三份样品共有菌群中Lactococcus与Galactomyces、Lactococcus与Leuconostoc(明串珠菌属)的相对含量存在显著负相关(p<0.05),Leuconostoc与Galactomyces、Gibberella(赤霉菌属)与Prevotella(普氏菌属)的相对含量存在显著正相关(p<0.05)。结果表示,在三份传统发酵乳制品中存在共有微生物群落,且该微生物群群落之间存在一定相关关系。     

青菜泡菜工业发酵过程中微生物群落结构变化分析

采用PCR-DGGE和qPCR技术检测四川工业青菜泡菜发酵过程中微生物群落组成。细菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜中含有2个门,分别是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);共有12个细菌属,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和假单胞菌属(Pseudomonas)等,其中乳杆菌属的相对丰度最高,qPCR检测其含量为10~7～10~(11) copies/mL。真菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜的真菌属有5个,分别是德巴利氏酵母属(Debaryomyces)、假丝酵母属(Candida)、酵母属(Saccharomyces)、柯达酵母属(Kodamaea)、Cystofilobasidium,其中德巴利氏酵母属的相对丰度最高。     

萝卜丝入坛发酵对安岳坛子肉发酵过程中微生物演替变化的影响

目的:了解萝卜丝入坛发酵对坛子肉发酵过程中细菌群落多样性及其动态演替变化的影响。方法:利用Illumina MiSeq测序平台,采集4个不同发酵时间阶段的坛子肉、萝卜丝作为样品,对样品中细菌16S rDNA V3-V4区进行测序和系统发育分析。结果:8组样品获得序列数平均为27563条,发酵20 d坛子肉平均OTU数量687、40 d坛子肉654、60 d坛子肉814、75 d 坛子肉507,发酵20 d萝卜丝平均OTU数量380、40 d萝卜丝431、60 d萝卜丝872、75 d萝卜丝452。样品中总体细菌组成较为复杂,含有8个门、39个属。门水平上,各样品中厚壁菌门(Firmicutes)占绝对优势,相对丰度高达88%以上。属水平上,各样品中乳酸杆菌属(Lactobacillus)占绝对优势,相对丰度高达87%以上。不同发酵时间节点的坛子肉及萝卜丝中的优势菌群种类差异较大,60 d坛子肉中色彩值大于1的主要优势菌属有乳酸杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、螺杆菌属(Helicobacter)。60 d萝卜丝中色彩值大于1的优势菌属有乳酸杆菌属、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、链球菌属(Streptococcus)。结论:发酵坛子肉菌群组成与萝卜丝菌群组成密切相关,本研究结果可为发酵坛子肉的工业化生产提供数据参考。     

高通量测序分析冷鲜滩羊肉储藏过程中的细菌群落多样性

通过Illuminu测序技术对滩羊肉贮藏过程中菌群的16S rRNA基因V3区进行测序,探讨冷鲜滩羊肉在贮藏过程中细菌的菌群组成,以及随着储藏时间延长其优势菌群的变化。结果表明:滩羊肉在贮藏过程中其微生物菌群变化具有多样性;三个不同贮藏时期滩羊肉的微生物都是由11个细菌门、23个纲、35个属组成,但是不同时期的细菌的丰富度不同,随着储存时间延长,到第8 d时,冷鲜滩羊肉表面的主要类群为变形菌门(Proteobacteria)占71.59%,厚壁菌门(Firmicutes)占23.15%。其中Proteobacteria类群随着储藏时间的增加呈现减少的趋势,而Firmicutes菌群变化趋势与之相反。随着储藏时间变化,滩羊肉贮藏中主要腐败菌为假单胞菌属(Pseudomonas spp.)、不动杆菌属(Acinetobacter spp.)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter spp.)、肠杆菌属(Enterobacteriaceae spp.)、热死环丝菌(Brochothrix spp.)、乳酸菌属(Lactobacillus spp.)。其中假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是造成冷鲜滩羊肉腐败变质的主要优势菌。      

不同乳酸菌强化接种发酵辣椒挥发性风味成分分析

为更好地了解强化接种发酵对辣椒的风味特征影响,采用固相微萃取-气相色谱-质谱技术检测4株乳酸菌强化接种发酵辣椒风味成分。结果共检出挥发性风味物质20类191种。不同菌种发酵样品风味物质的种类及含量有较大差异,发酵乳杆菌共检出挥发性风味物质15类76种,乳链球菌共检出8类20种,植物乳杆菌共检出13类84种,乳酸片球菌共检出11类73种。经主成分分析方法统计显示,发酵乳杆菌的风味物质综合评分为11.28分、乳酸片球菌为3.65分,植物乳杆菌为－0.08分,乳酸链球菌为－11.30分,自然发酵为－3.56分。风味物质综合排名为：发酵乳杆菌＞乳酸片球菌＞植物乳杆菌＞自然发酵＞乳链球菌,发酵乳杆菌、乳酸片球菌以及植物乳杆菌强化发酵较自然发酵辣椒风味品质突出。     

不同发酵时期酸马奶细菌群落结构

以聚合酶链式反应扩增16S rRNA基因序列采用454焦磷酸测序方法分析酸马奶传统发酵过程中细菌群落结构演替变化。结果表明：在发酵的初期细菌多样性最高,而细菌丰度在72 h时最高;硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为酸马奶中的优势细菌门;乳杆菌属（Lactobacillus）和乳球菌属（Lactococcus）为其优势细菌属;随着发酵时间的延长,各个细菌门与属都存在上升或下降的趋势变化。本研究可为其他乳制品发酵过程中细菌群落结构研究提供借鉴。     

接种乳酸菌发酵剂对风干肠成熟过程中微生物群落动态变化及感官品质的影响

为研究乳酸菌发酵剂对风干肠成熟过程中微生物数量、微生物多样性及感官品质的影响,分别将SHI-59(木糖葡萄球菌+戊糖片球菌+植物乳杆菌)、WBL-45(木糖葡萄球菌+肉葡萄球菌+清酒乳杆菌)、PRO-MIX5(木糖葡萄球菌+清酒乳杆菌+类植物乳杆菌)复合型商业发酵剂接种到肉馅中,经过12?d的成熟过程生产发酵型风干肠,...     

新疆地区自然发酵辣椒酱中耐盐乳酸菌的筛选鉴定

以新疆地区自然发酵的辣椒酱为材料,在厌氧条件下采用富集培养法、溶钙圈法对产酸乳酸菌进行初筛;通过测定菌株的产酸能力和NaCl耐受能力进行复筛;通过形态观察、生理生化试验及分子生物学技术对耐盐乳酸菌进行鉴定。结果表明,筛选得到7株产酸乳酸菌,其中,3株产酸能力强、耐盐性能好,分别为菌株B、SS、T,均可耐受7%NaCl。菌株B、SS及T均被鉴定为植物乳酸杆菌（Lactobacillus plantarum）。耐盐性乳酸菌的筛选对提高自然发酵辣椒酱的品质起着重要作用。     

罗非鱼鱼糜自然发酵过程中微生物群落结构对其品质形成的影响

采用16S rRNA高通量测序技术研究罗非鱼鱼糜自然发酵过程中微生物群落演替规律,结果显示Firmicutes和Proteobacteria为整个发酵过程主要微生物菌门,特别是Firmicutes,随着发酵时间逐渐延长,发酵30 h后的相对含量接近90%。Lactococcus、Pediococcus、Enterococcus、Lactobacillus等微生物菌属均可适应罗非鱼鱼糜发酵环境,随着发酵时间延长而迅速增加。Lactococcus是罗非鱼发酵鱼糜中最主要的属,发酵18 h内的相对丰度从12.6%显著增长到64.9%,其次为Pediococcus,发酵第30小时的相对含量达到13.2%。罗非鱼发酵鱼糜品质指标分析显示,随着发酵时间的延长,凝胶强度、白度、硬度和菌落总数逐渐增加,而pH值、黏性、弹性、咀嚼性和内聚性与发酵初始相比有所下降。利用Pearson和主成分分析等统计学分析方法分析核心微生物菌属与鱼糜品质的相关性,结果显示Lactococcus、Pediococcus、Enterococcus、Enterobacter、Citrobacter等产酸菌属的增加与发酵鱼糜pH值的下降,以及凝胶强度、白度、硬度等关键鱼糜品质指标的改善呈显著正相关。结果表明,Lactococcus、Pediococcus、Enterococcus等乳酸菌属,特别是Lactococcus,在罗非鱼发酵鱼糜品质形成过程中发挥着重要作用,为定向分离筛选适用于罗非鱼发酵鱼糜的功能微生物和靶向改善罗非鱼发酵鱼糜品质提供一定理论依据。     

应用高通量测序法检测南疆传统酸奶中微生物多样性

采用高通量焦磷酸测序技术和传统培养法对3?份阿图什和1?份乌什传统发酵酸奶进行微生物群落多样性分析。结果表明：4?份样品在3?种培养基上的微生物数量和种类存在差异,即从MRS、YGC及?Lee氏培养基上得到的质量控制后细菌有效序列为20?669条,真菌质量控制后有效序列为293?677?条。在细菌水平上,厚壁菌门（Firmicutes）为各样品中占优势细菌门,丰富度最高,其次为变形菌门（Proteobacteria）;属于厚壁菌门的乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）为其中占优势细菌属。在真菌水平上,子囊菌门（Ascomycota）为占优势真菌门,其次为担子菌门（Basidiomycota）;属于子囊菌门的酵母菌属（Saccharomyces）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为占优势真菌属。本研究结果为新疆传统发酵酸奶微生物资源开发、应用提供了微生物多样性依据。     

北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵中细菌群落多样性分析

利用高通量测序方法研究了北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵过程中细菌群落结构及动态变化。实验结果表明:在门水平上,堆积发酵过程中的优势菌门包括Firmicutes、Actinobacteria和Proteobacteria;在属水平上,堆积发酵过程中优势菌属包括Lactobacillus、Lentibacillus等14个;优势菌属Lentibacillus的相对丰度先升高后降低,Lactobacillus的相对丰度逐步上升;Lentibacillus作为正相关性关键节点与7个菌属存在正相关关系,Lactobacillus作为负相关性关键节点与10个菌属存在负相关关系。相较于贵州省等其他产区,北京地区酱香型白酒堆积发酵过程中的细菌群落在种类数量、优势门类排序、群属丰度等方面存在明显差异。研究结果旨在揭示北京地区酱香型白酒第六轮次堆积发酵过程中的细菌群落结构变化,希望为研究北京地区酱香型白酒的酿造特点提供基础数据。     

萝卜泡菜细菌多样性的高通量测序分析

本文基于Illumina平台的高通量测序,解析萝卜泡菜发酵液中亚硝酸盐浓度峰值期(第3 d)和回落期(第7 d)时细菌群落结构多样性。亚硝酸盐浓度峰值期和回落期样品中分别得到373和349个可操纵分类单元(OTU),分属于135和127个细菌属,且峰值期细菌群落丰富度、多样性以及均匀度指数均高于回落期。峰值期发酵液样品中以变形菌门细菌(相对丰度72.1%)最为优势,以Erwinia(45.0%)、Aeromonas(7.4%)、Pseudomonas(6.6%)、Shigella(6.0%)和Delftia(5.1%)为主要优势菌属。厚壁菌门(18.9%)为第二优势菌门,Lactococcus(10.5%)为其中的主要优势属。回落期发酵液样品中以厚壁菌门(84.0%)最为优势,优势属包括明Leuconostoc(27.5%)、Lactococcus(19.9%)、Weissella(19.2%)和Pediococcus(16.3%)等。而变形菌门相对丰度降为10.5%。结果表明伴随着亚硝酸盐浓度变化,萝卜泡菜发酵过程中细菌群落结构多样性也发生演替,与发酵液中亚硝酸盐的形成和降解密切相关。