开源软件在化学数据库分子结构检索中的应用

分子结构检索是化学数据库必备的检索手段,利用开源化学软件是实现分子结构检索的有效途径.不同于商业软件的解决方案,开源本身就体现了经济性和可重复开发的特点.本文利用Java开源化学软件开发工具包如Chemistry Development Kit(CDK)、JOELib的基本构件,基于JSP Servlet Bean MySQL技术搭建了一个网络化学数据库结构检索平台.其中包括分子全结构和子结构检索,并实现了在线提交分子和化合物结构的三维显示等.对包含12万化合物结构信息的数据库的测试表明,该系统在经过预处理和一系列优化措施下,实现了较好的检索性能.     

基于分子指纹的化学结构相似度检索系统的研究(英文)

化学结构相似性检索在现代化学研究中具有重要作用。而化学结构的相似性度量是进行相似度检索的基础和前提。目前在化学信息学的研究中,有数量众多的化学结构距离度量和相似度表示方法。本文采用了Daylight的分子指纹方法,并采用了Tanimoto系数定义的相似度度量方法。并根据这种度量方法使用CDK来进行计算化学结构的相似度指数。在上述研究工作的基础上,开发了基于浏览器/服务器模式的化学结构相似度检索系统,通过该系统可以在中药活性成分数据库中进行化学结构相似度检索。用户在进行化学结构相似度检索时,可以选择已存在的化学结构,也可以采用JME来绘制新的化学结构。下一步将在该数据库中进行聚类分析和分子多样性的研究。     

基于VF2算法的分子二维子结构检索

为了有效地获取分子结构数据库中的分子结构信息,就必须首先解决分子二维子结构检索问题。本文采用了一种通用图同构算法—VF2算法来对2个分子二维结构图进行匹配,程序采用标准C 语言开发,在运行效率和可移植性方面都可以满足要求。同时,还使用了开源化学软件OpenBabel来解决在检索时遇到的芳香环的识别问题。经过与商业软件ISIS/Base对照实验,检索结果正确,检索时间可以满足要求。     

JSP技术在化学结构检索系统中的应用

讨论了如何使用JSP技术设计和开发基于Web的化学结构检索系统。JSP是一种与平台无关的、有效的创建动态页面的技术,本文使用JSP技术建立了分子结构检索系统,通过Oracle数据库内部的Java存储过程实现了子结构匹配的功能,最后,系统还提供了图形化的二维结构输入界面和显示界面。     

工程化学数据库中分子结构信息的处理

工程化学数据库(ECDB)中,分子结构信息的存储、子结构检索和图形显示查询结果是实现结构数据库功能的基础.本文就研究这三问题,在数据存储方面设计了按MOL文件结构的特殊存储方法,压缩大量存储;在子结构检索方面,改进VF2算法的效率;开发图形显示模块,设计子结构检索平台.     

JSP技术在化学结构检索系统中的应用

讨论了如何使用JSP技术设计和开发基于Web的化学结构检索系统。JSP是一种与平台无关的、有效的创建动态页面的技术，本文使用JSP技术建立了分子结构检索系统，通过Oracle数据库内部的Java存储过程实现了子结构匹配的功能，最后，系统还提供了图形化的二维结构输入界面和显示界面。     

浅议PHP与MySQL之间的操作

使用PHP语言进行网站开发的过程中,需要用MySQL数据库存储大量的信息,这就需要用到PHP与MySQL的连接与相应的各种操作,这样才能开发出功能完备的网站。     

计算机存储化学结构的格式及其相互转化

在计算机中存储化学结构是化学信息学首先要解决的问题,由于历史的原因,现在化学结构存储的文件格式多不胜数,给相关研究工作带来了诸多不便。本文首先综述分子结构在计算机中常见的编码方式,介绍化学结构存储的常用文件格式,讨论分子模拟工作中文件格式的选择。然后,总结常用分子模拟软件对这些分子结构文件格式的支持,介绍几种化学结构文件格式转化软件(babel,convert,consystant,vega等),并讨论不同文件类型之间的转换方法。最后,指出应从速制定化学结构文件格式的标准,因为它是化学软件标准的重要内容之一。     

一种基于三维结构的分子相似性新定义

相似性模型在化学诸多领域的广泛应用激发了许多研究者努力探讨分子相似性更中肯的计算方法。我们根据语义模型定义了一种新的分子相似性指数。这种方法首先将分子结构安某种方式拆分，得到可以表征分子结构特征的结构碎片（子结构），它们构成了描述分子结构相似性的度量空间，再根据这些碎片的语义关系定义了分子相似。通过１６个含５个碳的醇之间的分子相似性的计算举例说明这个新方法。     

子结构检索中关系数据库插件的使用和效率

采用关系数据库插件能够实现化合物描述符(FingerPrint)的生成、建立索引和化合物的子结构检索。本文以PubChem有机化合物Molfile为数据源,在Oracle关系数据库上分别安装插件OrChem(JAVA)和Bingo(C~(++))构建了化合物分子结构数据库。本文从FingerPrint的构成和索引策略两方面讨论了OrChem和Bingo的主要差异,并选取10个特征化合物进行子结构检索测试。对存储40万种化合物的分子结构数据库的测试结果显示,OrChem可满足用户检索响应,Bingo则更为快捷。对于存储2600万种化合物的分子结构数据库,针对Bingo通过优化Oracle数据库内存管理、数据表结构、子结构预筛选参数,实现了满足用户的高效检索。     

设计动态网站的最佳方案:Apache+PHP+MySQL

Apache是目前应用最广的Web服务器;PHP是一种类似ASP的服务器端脚本语言,而MySQL是一个小巧的数据库系统软件,它们特别适用于网站建设.Apache PHP MySQL不仅仅是开源项目,可免费获取,而且它支持Linux、UNIX、OS/2和Windows多个操作系统,可移植性好.因此,这种组合是设计动态网站的最佳解决方案.首先介绍Apache PHP MySQL这3个软件的安装与配置,然后给出了在Windows操作系统平台下选择Apache PHP MySQL组合的网上商店系统的开发原理,系统功能的具体设计与实现.     

化学信息学与药物发现研究的开放性

建立在开源软件和公共数据库基础之上的生物信息学所获得的巨大成功,说明药物发现研究的开放性非常重要。然而以大量有机分子结构信息为主要研究对象的化学信息学,还没有达到所期望的开放性。通过对照这两类信息学研究在搜索引擎上查询的资源数量、在专业期刊发表论文的数量及影响因子等,发现编程语言和开发机制的开放性,是造成如此差别的重要原因。因此,化学信息学也应该走开放的道路．才能突破信息障碍,在更广阔的化学空间实现更有效的探索．找到更多、更好先导化合物,也建议在相关科研与教学中大力推广使用开源软件和动态编程语言。     

专家系统辅助合成途径分析（上）

本文扼要叙述了第二代化学合成专家系统的设计思想，其中包括：从线型到连接表表示的转换算法，对分子结构，分子结构同构判别法及相似度计算，除向前推理方法外，还增加了向后推理的方法，用模式匹配的方法将类反应变换为预测反应，环结构的识别和子结构匹配算法等。这些技术对于合成专家系统都是至关重要的。     

计算机辅助分子模型系统—MMBS

计算机辅助分子模型ＭＭＢＳ采用两种输入方法，线型编码法和二维图形法，模型生成有杉三维碎片子结构构造法，并采用快速子结构匹配实现结构感知。系统具有较强的图形显示和操作功能。     

专家系统辅助合成途径分析（下）

本文扼要叙述了第二代化学合成专家系统的设计思想。其中包括：从线型到连接表表示的转换算法，对分子结构、分子结构同构判别法及相似度计算；除向前推理方法外，还增加了向后推理的方法；用模式匹配的方法将类反应变换为预测反应；环结构的识别和子结构匹配算法等。这些技术对于合成专家系统都是至关重要的。     

基于Web的图形化点餐系统研究

介绍了一个基于Web的图形化点餐系统,网络平台采用PHP语言以及MySQL数据库技术实现.开发环境基于WAMP(Windows +Apache+MySQL+PHP)软件平台,利用Dreamweaver软件搭建了动态PHP网站,后台数据库数据的存储和调用通过MySQL实现.在线网络点餐系统能够为顾客提供全天候、无占线预订...     

基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文)

作为高通量筛选的一种有效方法,虚拟筛选得到了越来越广泛的应用。当靶分子结构未知时,往往使用基于配体的虚拟筛选方法。在基于配体的虚拟筛选方法中,相似性方法起着非常重要的作用。基于中药有效成分化合物数据库,进行了层次凝聚聚类分析。在化学信息系统中,有许多的距离/相似性度量方法和相似性系数。在化学结构的表示和特征选择方面,使用了广泛使用的Daylight分子指纹。采用CDK项目来计算基于Daylight分子指纹的Tanimoto系数作为分子相似性度量方法。对TCM数据库进行了层次凝聚聚类分析,并在聚类之前应用了化学结构领域知识来进行待聚类数据的预处理。在层次聚类时,设定了0.75作为聚类的相似度阈值。计算了层次聚类过程中Kelly方法中的惩罚值来获取最合适的簇数量,通过该方法得到的簇数量与采用0.75作为相似度阈值聚类得到的簇数量非常接近。针对每一个包含多个化合物的簇,选取了多个化合物作为该簇的代表性化合物。同时根据聚类结果分析了Tanimoto系数的缺点。在后续工作中,可对TCM数据库进行分子骨架分析和多样性分析,并基于分子骨架进行聚类。     

利用JSP留言簿系统实现电子信箱交互功能

JSP语言具有跨平台性和安全性好等特点,与MySQL数据库组合具有开源性、高性能优势,使得JSP+MySQL成为网站开发留言簿系统的首选。介绍了基于JSP和MySQL开发的留言簿系统,实现电子信箱部分实用功能,包括前台提交留言、后台审核、修改、删除等功能。     

基于JSP的在线招聘系统

在线招聘系统以MySQL为数据库开发平台,结合JSP、MVC等相关技术进行设计与实现。从结构和功能上对在线招聘系统进行了整体设计与划分,对其进行了简单的描述,建立后的网站系统是一个动态、交互式,具有求职招聘信息发布、系统管理、系统帮助等功能的在线招聘系统。     

搭建基于CentOS系统的校园网高性能网站服务器的应用实践

本文是针对校园网的Web服务器设计与配置的思考与实践。校园网Web服务器采用PHP+MySQL+Nginx的前后台结构,这是当今网站开发中一种比较流行的方案。通过PHP编程、MySQL数据库存储、Nginx发布等各种技术手段,能使网站运行具有相当好的性能和稳定性。