基于高通量测序分析四川辣椒酱自然发酵过程中细菌群落结构演替规律

以自然发酵的四川辣椒酱为研究对象,通过高通量测序技术,探究其在发酵过程中细菌群落的多样性和演替规律。结果表明,辣椒酱自然发酵过程中在门的水平上主要有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等菌门,其中厚壁菌门的数量随着发酵时间增加逐渐增多,在发酵第15 d时相对丰度达到28.56%,成为丰度最高的菌门。在属的水平上主要有乳杆菌属(Lactobacillus spp.)、片球菌属(Pediococcus spp.)、魏斯氏菌属(Weissella spp.)、葡萄球菌属(Staphyloccoccus spp.)等,其中优势菌属乳杆菌属在0~25 d含量较低,在发酵第30 d时,相对丰度达到68.24%。此外,在辣椒酱自然发酵过程中,检测到肠杆菌属(Enterobacter spp.)等致病菌属,表明自然发酵辣椒酱存在微生物卫生食用安全问题。     

基于高通量测序技术分析不同地区自然陈化广陈皮表面微生物群落多样性

采用高通量测序技术对不同地区自然陈化1年广陈皮表面微生物群落多样性进行分析,比较群落结构的差异。结果表明,不同地区自然陈化1年广陈皮微生物丰富度和多样性差异不显著（P＞0.05）,群落结构相似,但相对丰度存在差异。北京地区优势细菌属为Methylocella、苔藓杆菌属（Bryobacter）等,优势真菌属为短梗霉属（Aureobasidium）、炭疽菌属（Colletotrichum）等;四川地区优势细菌属为甲基杆菌属（Methylobacterium）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳球菌属（Lactococcus）等,优势真菌属为Symmetrospora、曲霉属（Aspergillus）等;广东地区优势细菌属为Rubellimicrobium、乳杆菌属（Lactobacillus）等,优势真菌属为假尾孢属（Pseudocercospora）、毛壳菌属（Chaetomium）等;云南地区优势细菌属为罗尔斯顿菌属（Ralstonia）、Glutamicibacter等,优势真菌属为平脐疣孢属（Zasmidium）、拟暗球腔菌属（Phaeosphaeriopsis）等。     

基于Illumina MiSeq测序技术不同地区辣椒酱细菌多样性分析

在采用MiSeq高通量测序技术对咸丰地区10个辣椒酱细菌群落多样性进行系统分析的基础上,进一步从MG-RAST数据中下载当阳地区辣椒酱测序数据,进而对不同地区辣椒酱核心细菌类群进行比较分析。结果表明,咸丰地区辣椒酱中核心细菌类群主要由Lactobacillus,Bacillus,Leuconostoc,Pediococcus,Weissella,Pseudomonas,Halomonas和Corynebacterium构成。基于UniFrac距离的主坐标分析和聚类分析均表明,咸丰和当阳地区辣椒酱细菌群落结构存在较大差异,咸丰地区辣椒酱细菌群落结构种类多样性及丰度要显著偏高(p<0.05)。该研究对揭示辣椒酱细菌多样性和不同地区间差异的关联性可能具有一定积极意义。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析.结果表明,样品中共检测出35个门、378个属的细菌和4个门、38个属的真菌.优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、子囊菌门(Ascomycota)和毛霉...     

高通量测序技术分析刺梨自然发酵过程中细菌多样性

分析刺梨自然发酵过程中细菌菌群特征,为筛选刺梨酿造优良菌种提供参考。基于Illumina MiSeq高通量测序技术,分析刺梨果实自然发酵1 d、3 d、5 d和15 d 4个阶段样本中细菌种群组成和多样性。结果表明,高通量测序分析结果共获得150 385条有效序列,118个操作分类单元（OTUs）,分属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、蓝细菌门（Cyanobacteria）等8个门类;物种多样性分析结果表明,刺梨果实发酵过程中,葡糖杆菌属（Gluconobacter）细菌表现出先增加后降低的趋势;弗拉托氏菌属（Frateuria）、肠杆菌属（Enterobacter）、塔特姆菌属（Tatumella）细菌在刺梨发酵过程中含量逐渐降低;而醋酸杆菌属（Acetobacter）和葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter）、酒酒球菌属（Oenococcus）细菌含量在发酵过程中含量不断增加。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

基于高通量测序的雪茄烟微生物群落结构和多样性分析

为探究雪茄烟产品细菌和真菌群落的结构和多样性,采用高通量测序技术对10个雪茄烟样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因进行测序检测,根据测序数据进行微生物物种丰度分析、α多样性分析、菌群结构分析和聚类分析.结果表明:①所分析的雪茄烟样品中细菌和真菌的多样性丰富,共检出360个细菌属和49个真菌属,其中细菌和真菌群...     

基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性

为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d (每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。     

基于高通量测序对中国不同区域传统发酵香肠细菌多样性的研究

为了提高发酵香肠微生物资源利用率和对发酵香肠的安全性进行评估。应用高通量测序技术,对收集自四川成都(SC)、广东深圳(GD)、湖南长沙(HN)、黑龙江哈尔滨(HB)地区的传统发酵香肠进行测序,采用生物信息学方法进行细菌多样性分析。四川和哈尔滨地区的细菌多样性>其他地区;厚壁菌门,蓝藻菌门和变形菌门是4个地区的优势菌门;乳杆菌属和葡萄球菌属是四川地区的优势菌属;乳球菌属,不动杆菌属和巨型球菌属是广东地区的优势菌属;乳球菌属,四联叠球菌属,乳杆菌属是湖南地区的优势菌属;未成功测定的细菌菌属是哈尔滨地区的优势菌属。巨型球菌属是广泛存在于除哈尔滨地区之外的特殊菌属,该菌对脂肪和蛋白质分解有促进作用。乳酸菌是除哈尔滨地区之外的优势菌群,Macrococcus caseolyticus可以作为香肠发酵剂的候选优良菌株,但其安全性还需进一步研究。     

高通量测序分析新疆不同产区葡萄酒对大鼠肠道菌群多样性的影响

将雄性SD大鼠随机分为5组（A1～A5）,分别灌胃新疆焉耆盆地、伊犁河谷、天山北麓、吐哈盆地葡萄酒、蒸馏水8周后,收集粪便,采用高通量测序技术分析大鼠肠道菌群变化,探讨不同产区葡萄酒对大鼠肠道菌群的影响。结果表明,各组大鼠肠道菌群具有一定的差异,主要共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）,A1～A4组中主要优势菌门和菌属的相对丰度之和均比A5组显著升高（P<0.05）,其中A2组升高幅度最大,其有害菌门变形菌门（Proteobacteria）、脱硫菌门（Desulfobacterota）相对丰度显著降低（P<0.05）;有益菌属罗姆布茨菌属（Romboutsia）、艾克蔓菌属（Akkermansia）及乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度显著增加（P<0.05）。结合多级物种差异判别分析,A2组肠乳杆菌（Lactobacillus intestinalis）的富集最具差异性（P<0.05）。说明适量摄入伊犁河谷干红葡萄酒一定程度上能改善肠道菌群。     

基于高通量测序分析不同浏阳豆豉中真菌的多样性

建立测定酱油中铅的氢化物原子荧光光谱法,同时以酱油为样本进行精密度和准确度测定,以及对酱油能力验证盲样考核样进行不确定度分析。结果表明,铅含量在0～100.00 ng/mL呈线性关系,相关系数（R）为0.999 8,该方法的检出限为0.74 μg/L,定量限为2.22 μg/L,精密度试验结果相对标准偏差（RSD）为1.16%～4.48%,回收率为93.3%～106.6%。2个盲样考核样不确定度结果分别为（0.940±0.092） mg/L和（0.460±0.035） mg/L,能力验证考核结果为满意。研究结果表明,采用水质分析质量控制工作程序对氢化物原子荧光光谱法测定酱油中铅进行分析质量控制,保证实验结果误差在可控制的范围内,获得高度可信的分析结果。     

高通量测序技术对西藏林芝传统发酵酸奶及酪乳细菌多样性研究

随着我国各方面重大活动的日益增多,重大活动中餐饮安全日益得到重视,食品相关产品是食品安全非常重要的一环。其中密胺类食品相关产品风险、肉制品及加工设备风险、餐具洗消风险和油烟风险等四方面应该着重注意。重大活动中,监管部门应加大对密胺餐具的管控,加强密胺类餐饮厨具管理。重大活动中肉制品生产加工过程中应关注加工设备清洁,避免食源性食品中毒事件发生。重大活动餐饮具洗消过程中,除常规消毒外,还应注意水资源检测与洗涤剂残留。重大活动的厨房油烟机应规范清洗标准、使用寿命标准,规范操作人员着装,油烟无法有效吸收时应立即更换或停止使用。     

基于Illumina PE300高通量测序的海南糟粕醋微生物多样性分析

目的 研究海南糟粕醋中微生物的多样性,分析海南糟粕醋在自然条件下贮藏时的优势菌及风险菌。方法 采用Illumina PE300高通量测序技术对海南糟粕醋中细菌和真菌群落进行多样性分析,扩增糟粕醋中细菌的16S rDNA和真菌的ITS序列。结果 细菌多样性测序获得306,600条序列, 130,745,424碱基(base pair, bp),505操作分类单元(operational taxonomic units, OTU),可归属为23门(phylum)、51纲(class)、115目(order)、191科(family)、312属(genus)、432种(species);真菌多样性测序获得612,015条序列, 132,784,567 bp, 27 OTU,可归属为3 phylum、7 class、12 order、18 family、24 genus、25 species。糟粕醋在自然条件下贮藏时,主要细菌属为:乳酸菌属(Lactobacillus)、棒杆菌属(Corynebacteriums)、乳酪短杆菌属(Brevibacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、...     

采用高通量测序技术分析清香型白酒酿造微生物

应用高通量测序技术(high-throughput sequencing)对清香型白酒酿造用大曲和酒醅中微生物构成进行了分析,得出大曲中优势原核微生物主要包括厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、酸杆菌门,这四类原核微生物占大曲中原核微生物的30%左右;优势真核微生物主要包括曲霉菌属、热子囊菌属、根霉菌属、嗜热真菌属、假丝酵母。酒醅中优势原核微生物主要包括肠杆菌科、醋酸杆菌科、明串珠菌科、乳杆菌科、球菌科、芽胞杆菌科、假诺卡氏科,醋酸杆菌科和乳杆菌科是清香型发酵酒醅中优势原核微生物,占原核微生物70%以上;优势真核微生物主要包括双足囊菌科、假丝酵母、小囊菌科、毛霉科、赤壳科、毕赤酵母科、鬼伞科、酵母科、复膜孢酵母科、发菌科、丝孢酵母科,假丝酵母和毕赤酵母科是清香型发酵酒醅中真核微生物绝对优势菌。     

热处理辣椒酱贮藏过程中残留微生物分析

四川郫县辣椒酱多采用热处理控制微生物生长以延长货架期,但热处理后残留微生物仍会导致辣椒酱腐败。辣椒酱经80℃、30min热处理后室温贮藏120d期间检测其中菌落总数、大肠菌群、霉菌和酵母数,分别采用16S rDNA和ITS序列鉴定分离的细菌和真菌菌株,并运用PCR-DGGE法分析贮藏终点辣椒酱中细菌群落结构。结果表明：热处理后辣椒酱中微生物减少了90%以上,残留微生物主要为芽孢杆菌(Bacillus sp.),在贮藏期内微生物数量则呈先上升后下降的趋势;PCR-DGGE检测发现贮藏终点辣椒酱中主要残留细菌为乳酸菌(Pediococcus sp.和Lactobacillus sp.)和蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)。因此,热处理可使辣椒酱中部分微生物致死、亚致死或转为“存活但非可培养” (viable but non-culturable,VBNC)状态,但残留的芽孢杆菌(Bacillus sp.)和乳酸菌可能导致辣椒酱的腐败。有效控制芽孢杆菌将是延长辣椒酱货架期的关键因素。     

Microbial diversity analysis of vineyards in the Xinjiang region using high‐throughput sequencing

The microbial diversity of soil, grape leaves and grape fruits from three wine‐growing areas in Xinjiang, China were analysed using high‐throughput sequencing. Results show that five fungal phyla and 237 fungal genera, as well as eight bacterial phyla and 314 bacterial genera were detected in 27 samples. For both fungi and bacteria, the microbial diversity was most complex in the soil, followed by grape leaves and fruit. In the soil samples, Ascomycota, Sordariales, Tetracladium and Geomyces were the dominant fungal genus, while Arthrobacter, Kaistobacter and Skermanella were the dominant bacterial genus. With regard grape leaves and fruit, Aureobasidium, Cryptococcus, Aspergillus and Pleosporaceae were the dominant fungal genus, while Pseudomonas, Sphingomonas and Adhaeribacter were the dominant bacterial genus. Different geographical locations were associated with differences in microbial diversity. The complex microflora of vineyards provides a basis for further microbial screening and its potential utilization in different regions. © 2018 The Institute of Brewing & Distilling     

Characterization of microbiota of naturally fermented sauerkraut by high-throughput sequencing

Food Science and Biotechnology - Sauerkraut is a traditionally fermented cabbage, with a unique taste and beneficial properties, in northeast China. The taste and flavor of sauerkraut vary from...