酸菜发酵期间细菌群落结构动态变化分析

以自制酸菜为研究对象,利用16S rRNA高通量测序技术检测酸菜发酵期间细菌群落的组成及演替规律。结果表明,发酵第1天的酸菜样本中微生物丰富度和多样性最高,随着发酵的不断进行,微生物丰富度和多样性呈先降后缓慢增加的趋势。细菌群落结构与发酵进程显著相关,因此不同发酵时期优势菌属不同。酸菜发酵期间的主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（0.01%～82.32%）、肠杆菌属（Enterobacter）（0～20.60%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（1.66%～9.48%）、盐单胞菌属（Halomonas）（0.03%～1.84%）和魏斯氏菌属（Weissella）（0.01%～8.26%）等,其中乳酸菌占据绝对的优势地位。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术分析巴东地区豆瓣酱中微生物多样性

为了解湖北省恩施市巴东地区豆瓣酱中微生物的多样性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析豆瓣酱中细菌16S r RNA及真菌18S rRNAV4区基因序列,进而比较豆瓣酱微生物的群落结构组成及多样性差异。结果 3个样品共获得117644条有效序列,867个OTUs数目。多样性分析表明,豆瓣酱中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,样品中子囊菌门(Ascomycota,95.84%)、变形菌门(Proteobacteria,47.13%)、厚壁菌门(Firmicutes,32.37%)、放线菌(Actinobacteria,12.87%)为优势菌门,所占比例都超过了10.0%。在豆瓣酱样品中分别鉴定出311个细菌属和16个真菌属,优势细菌和真菌属平均相对含量分别为8.09%和24.74%,细菌及真菌多样性在属的水平上差异显著(p0.05)。研究结果加深了对豆瓣酱微生物群落组成和多样性的认识,以期为巴东地区豆瓣酱中微生物菌种资源的发掘与保护提供理论依据。     

海南黎族发酵海产品中微生物多样性分析

基于传统微生物纯培养技术及16S rRNA基因序列分析,对采自海南各黎族自治县的24份发酵海产品(虾酱、蟹酱、鱼酱)进行微生物多样性分析。结果表明,共分离、鉴定出5个属,20个种,180株菌。在属水平上,乳杆菌属含量(89.4%)最高,为样品中的优势菌属,其次是片球菌属(3.9%),葡萄球菌属(3.3%),肠球菌属(1.7%),魏斯氏菌属(1.7%)。在种水平上,植物乳杆菌(44.7%)和发酵乳杆菌含量(33.5%)较高,为样品的优势菌种。以菌株分离鉴定结果为依据,通过16S rRNA V3-V4高通量测序,从宏基因组角度分析9个发酵海产样品微生物的群落结构。分析结果表明,在属水平上,乳杆菌属(18.5%)、片球菌属(9.91%)、魏斯氏菌属(9.53%)、半乳糖产己酸菌属(8.37%)、芽孢杆菌(4.17%)等丰度较高。微生物群落差异性最大的是蟹酱与鱼酱。本研究揭示了海南发酵海产品中微生物多样性和微生物群落结构的丰富度,为热带有益微生物资源的开发利用奠定了基础。     

邵武烟田土壤微生物群落结构变化与烟草青枯病发生关系初报

为了研究健康和发病烟田土壤微生物群落结构的差异,分别在烟株不同生长时期采取健康和发病烟田土壤,对土壤微生物进行16S rRNA和18S rRNA基因测序,分析其群落结构和多样性的变化。结果表明:与移栽前相比,烟株旺长期土壤微生物群落结构已发生了较大变化,旺长期土壤中酸杆菌门（Acidobacteria）相对丰度平均减少了5.4%,放线菌门（Actinobacteria）增多了8.0%,子囊菌门（Ascomycota）增多了22.8%;健康土壤中unclassifed_f__Micrococcaceae相对丰度是发病土壤的2倍,而发病土壤中假霉样真菌属（Pseudallescheria）相对丰度是健康土壤的2倍;健康土壤微生物多样性较高于发病土壤。微生物群落结构在健康和发病土壤之间存在较大差异,unclassifed_f__Micrococcaceae、假霉样真菌属（Pseudallescheria）等土壤微生物是造成差异的主要物种。      

应用Illumina MiSeq测序技术比较风干肉中细菌多样性和微生物安全性

为了解风干肉制品中细菌的多样性及其微生物的安全性,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,分析风干肉制品中细菌16S rRNA V4区基因序列,进而比较不同风干肉微生物的群落结构组成及多样性差异。结果显示,14 个样品共获得466 975 条有效序列,975 个操作分类单元。多样性分析表明,自然发酵风干肉中具有高度的微生物群落多样性。微生物群落组成分析表明,自然发酵样品中厚壁菌门（Firmicutes,39%）、变形菌门（Proteobacteria,40%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,14%）为优势菌门,所占比例都超过了10%,人工调控样品中Firmicutes（92%）为优势菌门。在自然发酵和人工调控肉制品中分别鉴定出241 个和102 个细菌属,细菌多样性在属的水平上差异显著（P＜0.05）。研究结果加深了对风干肉细菌群落组成和多样性的认识,为保证风干肉制品的质量安全、提高风干肉制品的品质、优化风干肉的生产工艺提供理论依据。     

基于16S/18S rRNA基因文库技术研究酿醋大曲固态发酵过程中微生物群落结构演变

针对酿醋大曲发酵过程中不同阶段样品,以16S/18S rRNA基因为目的片段,采用16S/18S rRNA克隆文库法分析大曲中细菌、真菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析剖析发酵过程中微生物群落的演变。整个固态发酵过程中,细菌类共检测到4个目14个属,真菌类共检测到3个目11个属。大曲固态发酵过程中微生物群落结构呈现明显动态变化。其中,片球菌(Pediococcus),乳杆菌(Lactobacillus),明串珠菌(Leuconostoc)以及毕赤酵母(Pichia)为固态发酵前期优势菌;泛菌属(Pantoea),肠杆菌属(Enterobacter),阪崎肠杆菌(Cronobacter)以及淀粉霉(Amylomyces),根霉(Rhizopus)为固态发酵中后期优势菌;而芽孢杆菌(Bacillus)以及Rasamsonia,曲霉菌(Eurotium)为固态发酵后期优势菌。PCA分析表明,酿醋大曲固态发酵过程中不同阶段的微生物种群多样性不一,发酵1 d、3 d,发酵7 d、13 d,发酵19 d、25 d、30 d各分为一类。研究大曲制作过程中菌群结构演变,对提高食醋品质具有重大意义。     

基于高通量测序的雪茄烟微生物群落结构和多样性分析

为探究雪茄烟产品细菌和真菌群落的结构和多样性,采用高通量测序技术对10个雪茄烟样品中细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因进行测序检测,根据测序数据进行微生物物种丰度分析、α多样性分析、菌群结构分析和聚类分析。结果表明:(1)所分析的雪茄烟样品中细菌和真菌的多样性丰富,共检出360个细菌属和49个真菌属,其中细菌和真菌群落多样性最高的样品分别是HNL9和WG。(2)所分析的雪茄烟样品的优势菌门为厚壁菌门和子囊菌门,优势菌属为葡萄球菌属、不动杆菌属、假单胞菌属和曲霉属。(3)不同样品中细菌和真菌群落多样性和结构存在显著差异,聚类分析显示来自同一产地国的GXB和MT样品菌群分布比较相似。     

酸菜发酵过程中细菌群落结构变化及驱动机制

酸菜质量的标准化依赖于其发酵过程中的微生物群落结构的动态演替。本研究利用高通量测序技术研究酸菜发酵过程细菌群落结构组成的动态变化,以及理化因子的动态变化规律,揭示发酵环境与微生物群落结构之间的相关性,并进行功能预测和代谢通路分析。结果表明:酸菜发酵初期、中期和末期三阶段中初期S1阶段的Simpson指数显著高于S2、S3阶段(P<0.05),Shannon指数显著低于S2、S3阶段(P<0.05),表明发酵初期细菌群落的多样性较低。从9个酸菜样品中检测到的细菌种类隶属于6门、9纲、29目、47科、59属、83种。酸菜发酵中主要的优势菌门是厚壁菌门和变形菌门,假单胞菌、乳杆菌、肠杆菌、乳球菌为优势属。细菌群落结构在不同阶段具有明显差异,在发酵初期、中期和末期,厚壁菌门的相对丰度分别是10.61%,64.83%,77.51%,而变形菌门由84.18%降至33.19%,最终降到17.91%。假单胞菌属相对丰度由发酵初期65.36%,发酵中期21.21%降到发酵后期的7.10%,乳杆菌属由相对丰度小于1%,到发酵中期迅速增至58.06%,再到发酵后期增至67.65%。曲度乳杆菌是发...     

永春老醋不同生产阶段细菌和真菌多样性动态变化特征分析

以16S rRNA和18S rRNA基因为分子标记,应用高通量测序技术分析了福建永春老醋发酵中(Y1)、1个月成品(Y2)、1年陈酿(Y3)和10年陈酿(Y4)共4个不同生产阶段中的细菌与真菌群落多样性。结果表明,对于细菌组成,Y1、Y2和Y3三个阶段优势菌纲皆为α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)和芽孢杆菌纲(Bacilli),属水平以醋酸杆菌属(Acetobacter>60%)和乳杆菌属(Lactobacillus>20%)为优势菌,而在Y4中未检测到16S rRNA基因;对于真菌组成,4个阶段均有真菌类群存在,皆以酵母纲(Saccharomycetes)和散囊菌纲(Eurotiomycetes)为优势真菌纲,属水平以酵母目未分类属(unclassified_o_Saccharomycetale>95%)为Y1、Y2和Y3中的优势菌,而Y4中,发菌科未分类属(unclassified_f_Trichocomaceae,50.36%)、酵母目分类不明属(norank_o_Saccharomyces,28.07%)和毕赤酵母属(Pichia,17.68%)为优势菌;Y2和Y3的细菌群落组成相近,而与Y1的差异较大,相反,前3个阶段的真菌群落组成相近但明显不同于10年陈酿老醋Y4。研究结果可为揭示永春老醋不同生产和贮存阶段起主要作用的微生物群落组成提供科学依据。     

基于16S rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析

为探究徽派腊肉加工过程中的微生物群落演替规律,采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序,比较不同加工阶段(鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束)腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异.结果表明:5个加工阶段分别获得80155、80116、80174、80114、8017...