RT-PCR法检测贝类中的甲肝病毒的研究

在世界范围内,甲肝病毒是与食用贝类有关的主要传染性疾病之一。由于贝类中含有PCR抑制剂以及病毒富集过程中病毒的回收率低,阻碍了天然污染的贝类中HAV的PCR检测。研究中建立了一种经苷氨酸缓冲液洗涤,2次PEG沉降富集病毒,然后进行RNA提取和RT-PCR对贝类中的甲肝病毒进行检测的方法。经比较,采用小体系肠道样品检测比采用全贝检测的富集效果更佳,并比较了PEG8000和PEG6000对病毒富集的效果,回收率分别为13.5%和7.6%,此方法可有效地降低PCR抑制剂的影响,最低检测限可达10个TCID50/1.5 g。     

反转录PCR技术检测贝类中诺瓦克样病毒的研究

目的:从病毒富集和核酸提取两方面进行探索,旨在建立一个反转录(RT)PCR技术检测贝类中诺瓦克样病毒(NLVs)的方法.方法:利用脊髓灰质炎病毒作为参照毒株,优化甘氨酸缓冲液一聚乙二醇(PEG)病毒浓缩方法;同时比较异硫氰酸胍法、SDS一蛋白酶K法、Trizol-异丙醇法、试剂盒法4种RNA提取方法:对市售贝类样品进行了检测,并利用基因测序对阳性样品进行验证.结果:采用pH 9.5甘氨酸缓冲液-16%聚乙二醇病毒浓缩法,病毒的回收率为16.8%;利用Trizol-异丙醇法提取RNA,检出限为8.1×102 RT-PCR50/5gg贝肉;实际检测贝类样品25件,其中3件样品为阳性,基因测序结果亦证实为阳性.结论:建立了一个灵敏度较高的RT-PCR检测贝类中诺瓦克样病毒的方法.     

检测鲜草莓中GⅡ型诺如病毒的两种富集方法比较

目的建立鲜草莓中GⅡ型诺如病毒(No V GⅡ)的实时荧光RT-PCR检测方法,评价磁珠富集法和PEG(聚乙二醇)沉淀法对检测草莓中No V GⅡ的适用性,对北京地区采集的18份草莓样品进行检测。方法参照ISO/TS 15216-1《实时荧光RT-PCR方法测定食品中甲型肝炎病毒和诺如病毒水平方法》合成检测No V GⅡ的特异性引物和探针,分别采用磁珠富集法和PEG沉淀法富集病毒,然后提取RNA,建立实时荧光RT-PCR检测方法,并对提取条件进行优化。结果磁珠富集法的最高回收率为1.730%(PBS缓冲液),PEG沉淀法的最高回收率为1.682%(TGBE缓冲液),18份草莓样品均未检出No V GⅡ。结论通过磁珠富集法和PEG沉淀法建立的病毒检测的富集方法均适用于鲜草莓中No V GⅡ的检测。     

RT-PCR方法检测贝类中诺沃克样病毒的研究

目的:本研究从病毒富集和核酸提取两方面进行探索,旨在建立一个反转录(RT)PCR技术检测贝类中诺沃克样病毒(NLVs)的方法.方法:利用脊髓灰质炎病毒作为参照毒株,优化了甘氨酸缓冲液-聚乙二醇(PEG)病毒浓缩方法;同时比较了异硫氰酸胍法、SDS-蛋白酶K法、Trizol-异丙醇法、试剂盒法四种RNA提取方法;对市售贝类样品进行了检测,并利用基因测序对阳性样品进行验证.结果:本研究采用的pH9.5甘氨酸缓冲液 -16%聚乙二醇病毒浓缩法,病毒的回收率为16.8%,利用Trizol-异丙醇法提取RNA,检出限为8.1×10 2 RT-PCR50/5g贝肉,实际检测贝类样品25件,其中3件样品为阳性,基因测序结果亦证实为阳性.结论:本研究建立了一个灵敏度较高、较为有效的RT-PCR技术检测贝类中诺沃克样病毒的方法.     

免疫磁珠亲和纯化-超高效液相色谱串联质谱法 快速检测小麦中多种真菌毒素

目的建立免疫磁珠亲和纯化-超高效液相色谱串联质谱法用于小麦中真菌毒素多组分检测。方法用NaIO_4将抗体Fc段的糖残基氧化生成醛基,与磁珠上的氨基共价偶联,实现抗体在磁珠上的定向固定化。以该方法同时偶联多种抗体,获得定向固定多种真菌毒素抗体的免疫磁珠。进而对其亲和性能及使用条件进行详细表征和优化,建立免疫磁珠亲和纯化—超高效液相色谱串联质谱检测方法,用于小麦中真菌毒素多组分同时检测。结果本研究制备的免疫磁珠对8种真菌毒素有较好的保留效果,建立的免疫磁珠亲和纯化-超高效液相色谱串联质谱方法能够同时测定小麦中8种真菌毒素,对于各毒素的检出限在0.1~2μg/kg之间,方法回收率为78%~113%。结论该方法灵敏度高、特异性强、操作简单、有机试剂使用较少,适用于小麦样品的检测。     

数字聚合酶链式反应法检测贝类和浆果中甲肝病毒

目的建立一种数字聚合酶链式反应(PCR)检测贝类和浆果中甲肝病毒的方法。方法样品经蛋白酶K消化-聚乙二醇法进行甲肝病毒富集后,使用高纯度病毒核酸试剂盒进行RNA提取,之后对甲肝病毒进行数字PCR检测。结果本方法对甲肝病毒有典型扩增,重复性和稳定性良好,对于草莓样品中甲肝病毒的检测灵敏度为25.30 CCID_(50)/20 g,树莓样品中甲肝病毒的检测灵敏度为6.32 CCID_(50)/20 g,贝类样品中甲肝病毒的检测灵敏度为12.54 CCID_(50)/2 g,表明其灵敏度高。结论该方法快速、准确、灵敏,适合测定贝类和浆果食品中甲肝病毒。     

实时荧光RT-PCR检测贝类中的札幌病毒

建立检测贝类中GⅠ、GⅡ、GⅣ和GⅤ型札幌病毒的实时荧光RT-PCR新方法。首先使用PEG 8000对贝类中的札幌病毒进行富集,然后采用Tri-reagent提取材料中的总RNA,针对札幌病毒RNA 3'端含Poly A尾的特点,使用带有Poly(dT)25的磁珠对病毒RNA进行纯化,用所获的高纯度RNA进行四种型别札幌病毒的实时荧光RT-PCR检测。该方法高效、灵敏,检测下限为101数量级拷贝,能够用于日常检验。     

2015~2016年河北省贝类水产品中诺如病毒污染状况研究

目的 对2015~2016年河北省6个设区市的市售牡蛎、海虹、血蚶样品中的诺如病毒进行连续一年的检测, 了解河北省贝类水产品中诺如病毒污染状况。方法 分离贝类水产品消化腺, 用蛋白酶K消化后进行前处理, 提取RNA, 用一步法实时荧光逆转录聚合酶链式反应法检测GⅠ型和GⅡ型诺如病毒。对河北省贝类水产品的诺如病毒污染状况进行分析。结果 共采集691份贝类样品进行检测, 其中仅检出GⅠ型阳性样品16份, 阳性率2.32%; 仅检出GⅡ型阳性样品22份, 阳性率3.18%; 同时检出GⅠ和GⅡ型的阳性样品4份, 阳性率0.58%; 总阳性率6.08%。2016年6~7月阳性率最高。沿海地区样品阳性率为内陆地区的2.35倍, 有统计学差异(χ2=8.58, P<0.01)。结论 河北省市售贝类水产品中部分存在诺如病毒污染, 需要加强对贝类水产品的诺如病毒污染检测和控制, 特别是沿海地区, 降低诺如病毒引起的食源性腹泻的疾病负担。     

免疫磁珠-PCR试纸条快速检测食品中牛源成分方法的建立

建立食品中牛成分快速检测的免疫磁珠-PCR试纸条方法。免疫磁珠提取食品中核酸,设计牛特异性引物,建立牛成分快速检测的PCR-试纸条方法。验证方法的特异性、灵敏度和稳定性。该方法检测灵敏度0.01%,能够从食品中扩增出561 bp特异性DNA片段。建立的食品中牛成分检测的免疫磁珠-PCR试纸条法特异性好,灵敏度高,简便,快速,是食品中牛成分检测的有效方法。     

以金属有机框架材料为基质免疫磁珠的制备及在玉米样品检测中应用

采用反相微乳液法,依据金属-有机框架材料一磷酸腺苷(adenosine monophosphate, AMP)氯化锌水凝胶可以固定蛋白的原理,通过在纳米四氧化三铁磁珠表面包覆AMPZnCl_2水凝胶并偶联抗体,制备了一种新型的水凝胶免疫磁珠。选取了玉米赤霉烯酮(Zearalenone, ZEA)单抗来制备水凝胶免疫磁珠-Fe_3O_4@AMPZnCl_2·ZEA单抗磁珠,对c样品玉米粉进行了ZEA添加回收率测定,添加回收率在84. 81%～90.00%之间,相对标准偏差为4.86%～9.44%;比较了Fe_3O_4@AMPZnCl_2·ZEA单抗磁珠与DZTMSPREP免疫亲和柱对6种玉米粉中ZEA的纯化效果,测定结果和使用免疫亲和柱检测结果保持一致,说明该材料可应用于实际样品的纯化。     

Evaluation of an extracting method for the detection of Hepatitis A virus in shellfish by SYBR-Green real-time RT-PCR

Consumption of virus-contaminated shellfish has caused numerous outbreaks of gastroenteritis and hepatitis worldwide. In the present study, we evaluated a rapid and simple extraction method to concentrate and purify enteric viruses from shellfish tissues for their detection by real-time RT-PCR. This procedure consists of an alkaline elution with a glycine buffer, solids removal by slow speed centrifugation, purification by chloroform extraction and virus concentration by ultracentrifugation. The efficiency of this method to recover Hepatitis A virus (HAV) from oysters seeded with this virus, was assessed by real-time RT-PCR and conventional RT-nested PCR after extracting viral RNA by a commercial isolation kit. Real-time RT-PCR yielded higher detection sensitivity than the obtained by conventional RT-nested PCR. Besides the improvements in detection sensitivity, the real-time RT-PCR, by quantifying HAV RNA, allowed to check the overall extraction procedure and the recovery efficiency after each processing step. After the last phase, i.e. virus concentration by ultracentrifugation, the RNA purity was high but the estimated HAV recovery efficiency was however low, probably due to virus losses and the presence of RT-PCR inhibitors in sample concentrates. In contrast, the HAV recovery percentage was higher after the virus elution step while the RNA purity was lower. Real-time RT-PCR detection could allow to eliminate some purification and concentration steps that are required for conventional RT-nested PCR detection. The overall procedure for detecting HAV could be then simplify avoiding virus losses during manipulation.     

RNA病毒检测质控物质-大肠杆菌噬菌体MS2标准样品的研制和应用

目的研制大肠杆菌噬菌体MS2标准样品,以其作为RNA病毒检测质控物质,建立RNA病毒检测全过程的质量控制体系。方法利用液体培养法制备大肠杆菌噬菌体MS2标准样品;采用双层琼脂法对标准样品进行稳定性、均匀性测定并定值;将标准样品添加于贝类样品中,应用于贝类诺如病毒实时荧光检测全过程质量控制。结果该标准样品稳定性与均匀性良好,定值为(1.57±0.0288)×10~(11) pfu/m L;保质期为12个月;在4种不同贝类样品中,病毒提取效率在3.70%~7.84%之间,符合国际标准ISO 15216:2-2013的病毒提取效率大于1%的要求。结论该研究制备的大肠杆菌噬菌体MS2标准样品可以对RNA病毒检测全过程进行良好的质量控制,具有良好的应用前景。     

贝类中甲肝病毒提取方法的比较

目的对贝类甲肝病毒的3种试剂盒提取方法进行比较。方法在贝类样品中添加不同滴度的甲肝减毒疫苗后,采用3种核酸提取法:Roche法、AM1836法、Qiagen74104法。按照其说明书提取模拟样品病毒核酸模板,从抽提效率、抽提核酸的稳定性、抑制剂去除效率3个方面对提取效果进行比较。结果在抽提核酸稳定性、抑制剂去除效率方面,3种方法结果相同,稳定性的Ct值为24.795～28.651,抑制剂去除效率方面提取的核酸10倍稀释核酸Ct值比未稀释核酸Ct值差值均为2.9～3.2左右(F=26.802,P0.05);在提取效率方面,Roche法高于AM1836法和Qiagen74104法,Ct值分别为28.5,28.7和29.0。结论 3种方法中,Roche法在贝类中甲肝病毒提取方面更有优势,可以提高贝类中甲肝病毒检测的灵敏度。     

Inactivation of hepatitis A virus and a calicivirus by high hydrostatic pressure

Potential application of high hydrostatic pressure processing (HPP) as a method for virus inactivation was evaluated. A 7-log10 PFU/ml hepatitis A virus (HAV) stock, in tissue culture medium, was reduced to nondetectable levels after exposure to more than 450 MPa of pressure for 5 min. Titers of HAV were reduced in a time- and pressure-dependent manner between 300 and 450 MPa. In contrast, poliovirus titer was unaffected by a 5-min treatment at 600 MPa. Dilution of HAV in seawater increased the pressure resistance of HAV, suggesting a protective effect of salts on virus inactivation. RNase protection experiments indicated that viral capsids may remain intact during pressure treatment, suggesting that inactivation was due to subtle alterations of viral capsid proteins. A 7-log10 tissue culture infectious dose for 50% of the cultures per ml of feline calicivirus, a Norwalk virus surrogate, was completely inactivated after 5-min treatments with 275 MPa or more. These data show that HAV and a Norwalk virus surrogate can be inactivated by HPP and suggest that HPP may be capable of rendering potentially contaminated raw shellfish free of infectious viruses.