基于图卷积网络的药物靶标关联预测算法

传统的基于生物学实验的药物-靶标关联预测成本高、效率低,难以满足医药研发的需求。为了解决上述问题,提出一种新的基于图卷积网络的药物靶标关联预测（GCDTI）算法。GCDTI利用半监督学习方法将图卷积和自编码技术相结合,从而分别构建用于整合节点特征的编码层和用于预测全链接交互网络的解码层;同时使用图卷积技术建立潜在因子模型,并有效利用药物和靶标的高维属性信息进行端到端的学习。所提算法不需要对输入的特征信息进行任何预处理便可以将其与已知相互作用网络相结合,证明了该模型的图卷积层能够有效地融合输入数据与节点特征。与其他先进方法相比,GCDTI的预测精度和平均受试者工作特性（ROC）曲线下的面积（AUC）（0.924 6±0.004 8）最高,且具有较强的鲁棒性。实验结果表明：当需要预测大量的药物和靶标数据的关联关系时,利用端到端学习的模型架构的GCDTI有潜力成为一种可靠的预测方法。     

异质网中基于图卷积神经网络的链路预测方法

综合考虑异质信息网络具有的复杂性和异质性的特点,提出一种异质网中基于图卷积神经网络(heterogeneous graph convolution neural network embedding,HeGCNE)的链路预测方法.针对经典图卷积神经网络逐层传递规则的不足,提出改进的逐层传递规则,对异质节点进行表征学习,融...     

基于时序模体注意力图卷积的动态网络链路预测算法

时序网络中的动态链路预测旨在基于历史连边信息预测未来会产生的连边,是网络分析的重要组成部分,具有极大的理论研究价值和广阔的应用场景.针对现有的动态链路预测算法大多基于一阶连边关系预测未来连边,忽略了对高阶的拓扑信息和时序通联信息的挖掘和利用问题,提出一种基于时序模体注意力图卷积的动态链路预测算法.首先,提出一种时序模体邻接矩阵构建算法,利用时序模体抽取节点间的高阶拓扑和时序关系信息;然后利用隐式调节过程对网络演化过程进行建模,并使用时序模体邻接矩阵作为传输矩阵的图卷积神经网络学习节点的低维向量表示并进行迭代更新;最后以节点间表示向量作为输入,通过计算连边发生的条件密度函数值作为依据完成动态链路预测.在多个真实时序网络数据集上的实验结果表明,所提算法可有效挖掘节点间的高阶拓扑和时序信息,提高动态链路预测效果.     

基于异质信息网络表示学习与注意力神经网络的推荐算法

推荐系统能够有效解决信息过载等问题,得到了国内外众多学者的广泛关注.真实世界中的应用场景往往可以建模成异质信息网络,因此基于异质信息网络表示学习的推荐算法成为了近年来的研究热点.然而,当前的研究工作仍然存在异质信息提取缺乏深度、节点的复杂关系发掘不充分等问题.为解决这些问题,文中提出了基于异质信息网络表示学习与注意力神经网络的推荐算法.首先,提出了保持语义关系与结构拓扑的异质信息网络表示方法;然后,设计了基于元路径的随机游走策略来获取异质信息网络中的节点序列,对序列过滤并生成用户和项目在不同元路径下的表示向量;最后,设计了基于注意力神经网络的推荐算法,将上述向量输入注意力神经网络,深入挖掘表示向量之间的关系以实现有效的推荐.在两个真实数据集上进行实验并与3种主流的算法进行比较,结果表明,所提算法在MAE与RMSE这2个推荐指标方面都有提升,最高提升了8.9％.     

基于图卷积神经网络的药物-靶标亲和力预测算法

近年来,由于药物开发比较耗时,且常常伴有安全性问题,使用深度学习技术预测药物-靶标亲和力（Drug -Target Affiinity,DTA）成为一个有效的替代方案。基于此,提出采用基于图卷积神经网络的算法来有效捕获药物的结构信息,学习被表示成图的药物特征,使用一维卷积神经网络学习蛋白质特征。将所提出的方法分别在两个基准药物靶标结合亲和数据集上进行了验证,并与已有的先进模型进行比较。     

基于图卷积的异质网络节点分类方法

图神经网络能够有效学习网络语义信息,在节点分类任务上取得了良好的效果.但仍面临挑战：如何充分利用异质网络丰富语义信息和全面结构信息使节点分类更精准.针对上述问题,提出了一种基于图卷积的异质网络节点分类框架(heterogeneous network node classification framework, HNNCF),包括异质网络约简和图卷积节点分类,解决异质网络节点分类问题.通过设计转换规则约简异质网络,将异质网络化简为语义化同质网络,利用节点间的关系表示保留异质网络多语义信息,降低网络结构建模复杂度;基于消息传递框架设计图卷积节点分类方法,在语义化同质网络上学习无1-sum约束的邻居权重等网络结构信息,深入挖掘关系语义特征,发现不同连接关系和邻居语义提取的差异性,生成节点的异质语义表示用于节点分类,识别节点类别标签.在3个公开的节点分类数据集上进行了实验,结果表明HNNCF能够充分利用异质网络多种语义信息,有效学习邻居节点权重等网络结构信息,提升节点分类效果.     

基于特征对比学习和图卷积的社交网络用户分类

社交网络用户分类旨在通过用户属性和社交关系确定用户的兴趣爱好,可通过图类数据的节点分类实现。多数基于图卷积神经网络(GCN)的节点分类方法仅能处理高同质率数据集,但社交网络数据集通常具有较高的异质率。针对社交网络数据集同质率较低的问题,提出一种基于特征对比学习的图卷积神经网络(CLGCN)模型。通过预训练的组合标签构造相似性矩阵,根据相似性矩阵进行图卷积。利用特征对比学习分别定义类别相同和不同的邻居节点对为正负样本对,最小化特征对比的损失函数,使同类节点对的特征表达相似性更高及异类节点对的特征表达可区分性更强。实验结果表明,CLGCN模型在3个低同质率社交网络数据集上的节点分类准确率分别达到93.5%、81.4%和67.9%,均高于对比模型。     

基于图卷积神经网络的网络节点补全算法

网状数据结构通常获取的网络数据不完整,存在缺失节点.对此,文中提出基于图卷积神经网络的网络节点补全算法.首先对可观测网络进行成对采样,构造目标节点对的封闭子图和特征矩阵.然后利用图卷积神经网络提取子图及特征矩阵的表征向量,用于推断子图中的目标节点对之间是否存在缺失节点,同时判断不同目标节点对间的缺失节点是否为同一节点.最后,在真实网络数据集及人工生成的网络数据集上的实验表明,文中算法可较好解决网络补全问题,在缺失节点比例较大时仍能有效补全网络.     

语义及句法特征多注意力交互的医疗自动问答

针对中文医疗自动问答任务,为了捕捉问答句中重要的句法信息和语义信息,提出引入图卷积神经网络捕捉句法信息,并添加多注意力池化模块实现问答句的语序特征和句法特征联合学习的方法。在BERT模型学习问答句的高阶语义特征基础上,利用双向门控循环单元描述句子的全局语义特征,以及引入图卷积神经网络编码句子的语法结构信息,以与双向门控循环单元所获取的序列特征呈现互补关系;通过多注意力池化模块对问答对的不同语义空间上的编码向量进行两两交互,并着重突出问答对的共现特征;通过衡量问答对的匹配分数,找出最佳答案。实验结果表明,在cMedQA v1.0和cMedQA v2.0数据集上,相比于主流的深度学习方法,所提方法的ACC@1有所提高。实验证明引入图卷积神经网络和多注意力池化模块的集成算法能有效提升自动问答模型的性能。     

基于非鲁棒特征的图卷积神经网络对抗训练方法

图卷积神经网络可以通过图卷积提取图数据的有效信息,但容易受到对抗攻击的影响导致模型性能下降。对抗训练能够用于提升神经网络鲁棒性,但由于图的结构及节点特征通常是离散的,无法直接基于梯度构造对抗扰动,而在模型的嵌入空间中提取图数据的特征作为对抗训练的样本,能够降低构造复杂度。借鉴集成学习思想,提出一种基于非鲁棒特征的图卷积神经网络对抗训练方法VDERG,分别针对拓扑结构和节点属性两类特征,构建两个图卷积神经网络子模型,通过嵌入空间提取非鲁棒特征,并基于非鲁棒特征完成对抗训练,最后集成两个子模型输出的嵌入向量作为模型节点表示。实验结果表明,提出的对抗训练方法在干净数据上的准确率平均提升了0.8%,在对抗攻击下最多提升了6.91%的准确率。