海南黎族发酵海产品中微生物多样性分析

基于传统微生物纯培养技术及16S rRNA基因序列分析,对采自海南各黎族自治县的24份发酵海产品(虾酱、蟹酱、鱼酱)进行微生物多样性分析。结果表明,共分离、鉴定出5个属,20个种,180株菌。在属水平上,乳杆菌属含量(89.4%)最高,为样品中的优势菌属,其次是片球菌属(3.9%),葡萄球菌属(3.3%),肠球菌属(1.7%),魏斯氏菌属(1.7%)。在种水平上,植物乳杆菌(44.7%)和发酵乳杆菌含量(33.5%)较高,为样品的优势菌种。以菌株分离鉴定结果为依据,通过16S rRNA V3-V4高通量测序,从宏基因组角度分析9个发酵海产样品微生物的群落结构。分析结果表明,在属水平上,乳杆菌属(18.5%)、片球菌属(9.91%)、魏斯氏菌属(9.53%)、半乳糖产己酸菌属(8.37%)、芽孢杆菌(4.17%)等丰度较高。微生物群落差异性最大的是蟹酱与鱼酱。本研究揭示了海南发酵海产品中微生物多样性和微生物群落结构的丰富度,为热带有益微生物资源的开发利用奠定了基础。     

海棠酵素微生物菌相分析及其功能初步研究

采用传统微生物培养法和高通量测序技术对海棠酵素微生物菌相进行分析,并对海棠酵素改善小鼠肠道菌群进行初步研究。结果表明,海棠酵素主要由乳酸菌（4.4±0.1）×107 CFU/mL、醋酸菌（5.4±0.1）×108 CFU/mL和酵母菌（5.0±0.2）×105 CFU/mL组成;经分离鉴定共获得9株优势菌株,其中4株乳酸菌、2株醋酸菌和3株酵母菌。发酵0～4 d,细菌主要为乳杆菌属（Lactobacillus）、酒球菌属（Oenococcus）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）,发酵13～31 d,主要为乳杆菌属、酒球菌属;发酵0～31 d,真菌主要为酵母属（Saccharomyces）和假丝酵母属（Candida）。经α多样性分析可知,海棠酵素细菌丰富度较高,真菌多样性较高。连续灌胃小鼠0.4 mL海棠酵素28 d可增加小鼠粪便中乳杆菌属、瘤胃球菌属等有益菌属,具有调节小鼠肠道菌群的能力。     

山西地方自然发酵蔬菜发酵过程中细菌多样性分析

为探究山西地方自然发酵蔬菜发酵过程中细菌菌群结构,采用Illumina HiSeq对不同发酵时期的发酵蔬菜样品中细菌进行测序,且对地方自然发酵蔬菜制作过程中细菌总数及乳酸菌数、基本理化指标进行检测与分析。结果表明,地方自然发酵蔬菜的发酵前期细菌多样性丰富,随着发酵时间的延长细菌种群结构趋于稳定,发酵中后期样品主要菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;pH值随发酵时间延长呈下降趋势,总酸反之,成品发酵蔬菜中细菌总数和乳酸菌数分别为1.2×107 CFU/g和2.5×106 CFU/g,亚硝酸盐含量为0.15 mg/kg,pH值为3.22,总酸含量为1.98 g/kg,乳酸菌数与亚硝酸盐呈彼消此长趋势。本研究揭示了山西地方发酵蔬菜中细菌群落结构及差异,为地方自然发酵蔬菜的商业化生产提供理论依据。     

基于宏基因组分析四川泡菜母水作引子的泡菜发酵过程中细菌多样性变化

本文旨在研究以泡菜母水作引子的蔬菜发酵过程中细菌多样性变化,并对泡菜质量控制和泡菜中功能性细菌资源开发提供理论支持。采集发酵过程中不同发酵时间的样品,提取基因组,PCR扩增16S r RNA的V3+V4区并进行Illumina高通量测序,通过生物信息学分析比较发酵不同时间细菌多样性。结果表明:以老坛水作引子的发酵过程中发酵启动时魏斯氏菌属可达到74.5%,而之后则在10%左右,取而代之成为优势菌的是乳杆菌属,含量达到80%⁸5%。说明泡菜发酵中启动菌为魏斯氏菌属,发酵的关键菌为乳杆菌属,同时表明四川泡菜是优良的微生物资源,可用于魏斯氏菌属,乳杆菌属,乳球菌属,片球菌属和明串珠菌属等益生菌的分离和筛选。      

臭豆腐乳酸菌多样性及耐酸乳酸菌的筛选分离

对采集的8个不同地区的臭豆腐样品中的乳酸菌多样性分析表明,臭豆腐中乳酸菌数量在6.8×104cfu/g～2.9×106cfu/g,优势乳酸菌包括乳杆菌、乳球菌和肠球菌.通过乳酸菌耐酸特性比较,表明不同来源样品中乳酸菌耐酸差异性不明显,而不同种类乳酸菌的耐酸差异性较明显,肠球菌耐酸性比例高,乳杆菌其次,乳球菌最低.经筛选获得pH 3.0、37℃培养6 h后存活率超过30%的菌株6株,对其中2株耐酸最强的杆菌和球菌进行鉴定,分别为植物乳杆菌和屎肠球菌.     

基于纯培养方法和PacBio三代测序技术研究蒙古国传统酸马奶中乳酸菌多样性

通过纯培养方法结合PacBio三代测序技术对采自蒙古国的12份传统酸马奶中的乳酸菌多样性进行研究。应用传统的纯培养技术从12份传统酸马奶样品中分离出62株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系研究,62株乳酸菌被鉴定为5个属,6个种,分别是:25株瑞士乳杆菌、20株植物乳杆菌、7株产马乳酒乳杆菌、5株屎肠球菌、3株嗜热链球菌和2株粪肠球菌。采用PacBio SMRT测序技术研究其中8份样品中乳酸菌的多样性,宏基因组测序得到的优势菌为乳酸菌,同时也检测到一些痕量的其它种属细菌。共检测到5个乳酸菌的属,分别是:乳杆菌属、乳球菌属、链球菌属、明串珠菌属和肠球菌属,20个乳酸菌的种,即:瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、副乳链球菌、棉子糖乳球菌、肠膜阴串珠球菌和产马乳酒乳杆菌。宏基因组测序相对含量表明:蒙古国酸马奶样品中乳酸菌优势属为乳杆菌属(95.56%),优势种为瑞士乳杆菌(94.64%),纯培养方法和宏基因组三代测序方法都表明瑞士乳杆菌为蒙古国传统酸马奶中的优势菌种。宏基因组测序技术除检测到纯培养获得的菌株外,还获得14个低丰度乳酸菌,如棉籽糖乳球菌、肠膜明串珠球菌和开菲尔乳杆菌等,这些菌在酸马奶中含量较少。通过PacBio SMRT测序技术可以全面了解酸马奶中乳酸菌的多样性,为通过纯培养方法获得低丰度乳酸菌提供指导。     

怀集黄菜发酵微生物群落与理化品质相关性分析

怀集黄菜是肇庆怀集的一种特色发酵萝卜叶菜,仍采用步骤繁琐、耗时长的传统发酵工艺。为改进怀集黄菜传统工艺和提高产品质量,揭示自然发酵黄菜的微生物群落结构以挖掘其菌种资源,论文选取了当地四种具有代表性的自然发酵黄菜,采用扩增子测序分析其微生物多样性,并通过冗余分析、Spearman相关性分析确定影响黄菜品质的关键微生物,为黄菜的产业化提供理论指导。结果表明,自然发酵黄菜具有丰富的微生物多样性,主要细菌属包括乳杆菌属、魏斯氏菌属、片球菌属、甲基杆菌属、假单胞菌属、鞘氨醇单胞菌属和Allorthizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobiu,丰度最高的主要菌种为植物乳杆菌植物亚种（Lactobacillus plantarum subsp. plantarum）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）、食窦魏斯氏菌（Weissellacibaria）、乳酸片球菌（Pediococcusacidilactic）、莫氏土壤杆菌（Agrobacterium larrymoorei）、人参皂苷乳杆菌（Lactobacillus ginsenosidimutans）和偶氮假单胞菌（Pseudomonas azotoformans）。盐度、pH值、水分活度、总酸是影响黄菜细菌群落组成的主要因素,乳杆菌属、片球菌属、魏斯氏菌属为促进黄菜品质的关键菌属,种水平则体现在植物乳杆菌植物亚种、乳酸片球菌、食窦魏斯氏菌对促进黄菜酸味、色泽和质构的保持作用。研究结果表征了自然发酵黄菜的微生物群落结构和主导菌属与品质之间的关系,有助于实现黄菜发酵过程的品质控制。     

渝黔地区传统酸肉发酵过程中微生物区系研究

目的:对渝黔地区传统酸肉微生物种群进行研究。方法:采用不同的选择培养基对微生物进行分离鉴定和计数。结果:从中分离出乳酸菌、酵母菌、葡萄球菌和微球菌,未发现霉菌。乳酸菌优势菌群主要是片球菌属和乳杆菌属,鉴定12株乳酸菌分别为乳酸链球菌、肠膜明串珠菌、类肠膜明串珠菌、植物乳杆菌、米酒乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、约氏乳杆菌、嗜盐片球菌和啤酒片球菌;优势菌株戊糖片球菌、植物乳杆菌贯穿整个发酵过程。葡萄球菌主要是表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌、木糖葡萄球菌和肉葡萄球菌,其中木糖葡萄球菌为主要发酵菌株。酵母菌主要为汉逊酵母属、接合酵母属、毕赤氏酵母和德巴利酵母属等,鲁氏接合酵母为优势发酵菌株。结论:优势微生物是酸肉风味品质形成的基础,本研究可为高效天然肉制品发酵剂的研究提供生物资源。     

开菲尔中菌种分离与鉴定方法初探

开菲尔乳是由数种乳酸菌及酵母菌共同发酵而得.本实验对开菲尔发酵液（即开菲尔乳）中的各种微生物进行了分离培养,依据其个体特征、糖发酵实验以及生理生化实验结果,筛选出3支菌株,对照乳酸菌、酵母菌、细菌分类鉴定表,确定此3支菌分别为：肠球菌属坚强肠球菌种;肠球菌属假鸟肠球菌种;乳杆菌属干酪乳杆菌。     

基于454方法分析曲霉型豆豉发酵中细菌群落多样性

采用454高通量焦磷酸测序技术测定了曲霉型豆豉发酵周期8个不同阶段样品细菌多样性变化,研究不同阶段细菌群落变化及多样性。结果表明:细菌在门、纲两个水平各个不同样品主要微生物类别相似度很高,总共厚壁薄门、变形菌门、放线菌门三者占90%以上,但目、科、属水平差别较大,样品均一性最好的样品为HY04,有31个主要属,魏斯氏菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、乳球菌属、肠球菌属、假单胞菌在发酵不同阶段出现,丰度差异较大。证明曲霉型豆豉发酵过程中微生物群落结构复杂,主要菌群相对稳定。     

海南黎族鱼茶中微生物多样性分析

以采集自海南保亭与白沙两地区的黎族家庭的28份样本为研究对象,采用传统分离培养方法,16S r RNA基因序列分析和实时定量聚合酶链式反应分析对样品中的微生物进行分离鉴定和多样性研究。结果表明,共鉴定出6个属,22个种,其中Lactobacillus属占总数的68.56%,Bacillus属和Enterococcus属则分别占18.04%和10.82%,又测得Lactobacillus属基因拷贝数为2.24×10~7,Bacillus属为1.72×10~5以及Enterococcus属为1.07×10~6。可知,Lactobacillus属是鱼茶中的主要优势菌属,Lactobacillus plantarum和Lactobacillus pentosus是鱼茶中的优势菌种。而不同地区鱼茶中微生物多样性也存在差异,以Lactobacillus属为例,保亭地区独有Lactobacillus rossiae,而白沙地区独有Lactobacillus coryniformis、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus namurensis、Lactobacillus senioris。研究结果揭示了海南黎族鱼茶中微生物的丰富多样性,反映了微生物群落结构特点,为有益微生物资源的开发利用提供参考依据。     

酱醅与豆酱微生物关系研究

为探究酱醅与豆酱微生物之间的关系,以两份自然发酵酱醅和一份工业发酵酱醅为对象,应用Miseq测序对酱醅及其发酵豆酱进行微生物测序分析。结果表明:在门水平上,酱醅和豆酱的优势菌门都为子囊菌门(Ascomycota)和厚壁菌门(Firmicutes);在属水平上,酱醅与豆酱中的优势真菌都为青霉菌(Penicillium)和毛霉菌(Mucor),但优势细菌的组成不同,其中两份酱醅样品(LK和SK)的优势菌属为芽孢杆菌(Bacillus)和乳杆菌(Lactobacillus),另一份酱醅样品(FK)的优势菌属为乳杆菌(Lactobacillus)、枝芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和短乳杆菌(Lactobacillus brevis);在后期发酵过程中,虽然不同样品发酵前期细菌的群落组成不同,但随着发酵的进行,优势菌都为四联球菌(Tetragenococcus)。本研究阐明了酱醅与豆酱之间的微生物关系,为豆酱发酵过程控制提供了理论基础。     

酱块发酵过程中真菌和细菌群落的演替

豆酱是中国传统的发酵豆制品。酱块制作是豆酱发酵的前期阶段,为后期发酵提供丰富的微生物和酶制剂,对豆酱的品质至关重要。为了探究自然发酵豆酱酱块发酵过程中微生物多样性,采用第二代测序Illumina MiSeq方法对采集自开原的4个不同发酵阶段的酱块样品进行微生物多样性分析。结果表明:在属级水平上,共鉴定出21个真菌分类群,其中毛霉菌(Mucor)、青霉菌(Penicillium)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)和根霉菌(Rhizopus)为优势类群;细菌共鉴定出40个细菌分类群,其中乳杆菌(Lactobacillus)、魏斯氏菌(Weissella)和肠球菌(Enterococcus)为优势类群。豆酱酱块中多样性的真菌和丰富的细菌在发酵过程中可能共同发挥特定的作用。本研究阐明了传统发酵豆酱酱块的微生物群落特征,揭示了传统酱块发酵过程中真菌和细菌的群落演替,为豆酱发酵过程控制奠定了理论基础。     

PCR-DGGE分析东北自然发酵酸菜中乳酸菌多样性

为了探明传统的自然发酵白菜中乳酸菌的多样性及其优势乳酸菌群,试验主要采用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE),对5份采自我国东北地区利用传统方法制作的自然发酵酸菜样品中的乳酸菌多样性进行分析。结果表明,5份传统发酵酸菜样品共鉴定出了9个乳酸菌种,呈现出丰富的多样性。其中,植物乳杆菌、短乳杆菌、清酒乳杆菌和弯曲乳杆菌是酸菜样品的优势菌群,此外,还发现了片球菌、乳酸乳球菌、Hammesii乳杆菌和Odoratitofui乳杆菌,而Hammesii乳杆菌和Odoratitofui乳杆菌在此前文献报道中利用传统方法没有分离到。     

罗非鱼鱼糜自然发酵过程中微生物群落结构对其品质形成的影响

采用16S rRNA高通量测序技术研究罗非鱼鱼糜自然发酵过程中微生物群落演替规律,结果显示Firmicutes和Proteobacteria为整个发酵过程主要微生物菌门,特别是Firmicutes,随着发酵时间逐渐延长,发酵30 h后的相对含量接近90%。Lactococcus、Pediococcus、Enterococcus、Lactobacillus等微生物菌属均可适应罗非鱼鱼糜发酵环境,随着发酵时间延长而迅速增加。Lactococcus是罗非鱼发酵鱼糜中最主要的属,发酵18 h内的相对丰度从12.6%显著增长到64.9%,其次为Pediococcus,发酵第30小时的相对含量达到13.2%。罗非鱼发酵鱼糜品质指标分析显示,随着发酵时间的延长,凝胶强度、白度、硬度和菌落总数逐渐增加,而pH值、黏性、弹性、咀嚼性和内聚性与发酵初始相比有所下降。利用Pearson和主成分分析等统计学分析方法分析核心微生物菌属与鱼糜品质的相关性,结果显示Lactococcus、Pediococcus、Enterococcus、Enterobacter、Citrobacter等产酸菌属的增加与发酵鱼糜pH值的下降,以及凝胶强度、白度、硬度等关键鱼糜品质指标的改善呈显著正相关。结果表明,Lactococcus、Pediococcus、Enterococcus等乳酸菌属,特别是Lactococcus,在罗非鱼发酵鱼糜品质形成过程中发挥着重要作用,为定向分离筛选适用于罗非鱼发酵鱼糜的功能微生物和靶向改善罗非鱼发酵鱼糜品质提供一定理论依据。     

应用MiSeq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性

为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。     

酸汤子面团对发酵面包品质的影响

以不同地区采集的酸汤子面团为研究对象，采用高通量测序技术测定其微生物多样性，并利用此酸汤子面团发酵面包制品，分析面团中主要菌属所占比例与面包品质的相关性。结果表明：在采集的11 种酸汤子面团中共鉴定出6 种乳酸菌属，分别为Lactobacillus、Leuconostoc、Lactococcus、uncultured Streptococcaceae、Pediococcus、Streptococcus，鉴于多数样品中检测出Lactobacillus，推测其为酸汤子样品细菌优势菌属；鉴定出7 种酵母菌属，分别为Candida、Pichia、Dipodasous、Zynosaccharomyces、Naumovozyma、Metschnikowia、Sugiyamaella，鉴于Candida、Pichia在多数样品中被检测出，推测其为酸汤子样品真菌优势菌属。酸汤子面团中乳酸菌和酵母菌总含量高，且酵母菌含量越高，则面包产品硬度、胶黏性、咀嚼性越低，贮藏期间硬度变化和水分变化越小，面包品质越好。     

基于高通量测序技术分析不同原料海南酸瓜细菌多样性及食品安全风险

目的 探究海南传统酸瓜的细菌群落结构,为发酵酸瓜的品质提升和食品安全防控提供理论基础。方法 收集3种海南地区常见原料(小西瓜、哈密瓜、葫芦瓜)腌制的传统酸瓜,利用Illumina Miseq高通量测序技术解析其细菌多样性,并比较其差异,并对潜在的可利用微生物资源和引发食品安全风险的条件致病菌进行分析。结果 不同原料发酵的酸瓜具有不同的细菌群落,3种海南酸瓜中优势细菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、片球菌属(Pediococcus),其中乳杆菌属相对丰度占90%以上;同时,由哈密瓜制作的酸瓜中检测到了条件致病菌大肠-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和克罗诺属(Cronobacter),存在一定的食用安全风险。结论 海南酸瓜中蕴藏着丰富的乳酸菌菌群资源,为传统发酵食品产业资源发掘利用提供一定的理论基础和科学支撑,对影响食用安全的肠杆菌科等的防控也是发酵食品加工制作、储存销售过程中需要加强监管的一个重要方面。     

几种发酵蔬菜中乳酸菌的分离与筛选

从泡白菜、泡萝卜和泡辣椒中分离出11个乳酸菌株,对各菌株进行了初步鉴定和筛选。结果表明:不同泡菜中的乳酸菌株有明显差异,分离的菌株多以杆状和球状存在,其中泡萝卜中以短乳杆菌为主,泡辣椒中以短乳杆菌和片球菌为主,泡白菜中以短乳杆菌和链球菌为主;供试样品中还含有环丝菌属,丹毒丝菌属,肠球菌属等三个菌属的乳酸菌,乳杆菌属在三种泡菜中存在最广泛。三种泡菜中均含有产亚硝酸盐菌株,其中泡辣椒中的肠球乳酸菌产较多亚硝酸盐,不能作为纯种发酵菌种:各菌种在纯种发酵时所表现出来的适应能力,产酸能力和风味也各不相同。最后采用泡萝卜发酵试验筛选出4个菌株,泡制的萝卜口感和风味好,盐度低,产酸速度快,发酵7d即可基本成熟,pH值可降到4．0以下,保质期长、抑制杂菌能力强。