16S rRNA基因序列、生化鉴定、质谱3类方法鉴定常见微生物的结果分析

目的比较16SrRNA基因序列、生化鉴定、质谱鉴定3类实验方法分析沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌的鉴定结果的异同。方法挑选沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌各50株,分别进行16S rRNA基因序列测定、VITEK COMPACT 2生化鉴定、质谱鉴定3类实验,并比较3类实验的鉴定结果。结果 3类实验方法对大部分沙门氏菌鉴定在属水平,生化鉴定方法对少数血清型鉴定到种水平;对金黄色葡萄球菌均鉴定到种水平; 16SrRNA基因序列、生化方法对蜡样芽孢杆菌鉴定到属水平,质谱鉴定到种水平。结论 3类实验方法对大部分沙门氏菌、所有金黄色葡萄球菌鉴定水平相同,质谱鉴定蜡样芽孢杆菌的结果更准确,且质谱鉴定时效性更高。     

唐菖蒲伯克霍尔德氏菌三种鉴定方法的比较

以食品及环境样品中初步分离的13株疑似唐菖蒲伯克霍尔德氏菌（Burkholderia gladioli）为研究对象,通过比较生理生化检 测法、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）法和recA序列分析法,得到快速准确鉴定唐菖蒲伯克霍尔德氏菌的方 法。 结果表明,13株疑似菌株经MALDI-TOF-MS法和recA序列分析法鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德氏菌,而VITEK 2 COMPACT生理生 化法鉴定8株（62%）为唐菖蒲伯克霍尔德氏菌,其他5株为栖稻假单胞菌（Pseudomonas oryzihabitans）。 在唐菖蒲伯克霍尔德氏菌的鉴 定方法中,MALDI-TOF-MS法和recA序列分析法鉴定结果一致且准确,而VITEK 2 COMPACT生化检测法存在缺陷。 相比传统生理 生化鉴定方法,MALDI-TOF-MS法和recA序列分析法在唐菖蒲伯克霍尔德氏菌鉴定中更为快速、准确。     

基于16S rDNA序列、MALDI-TOF-MS和VITEK的沙门氏菌和金黄色葡萄球菌的鉴定

沙门氏菌和金黄色葡萄球菌广泛存在于食品及环境中,对食品安全造成一定的威胁。在食源性致病菌检测过程中,选择合适的方法不仅可以缩短时间,节省人力物力,还能更好地溯源。选取210株沙门氏菌和18株金黄色葡萄球菌,使用16S rDNA序列测定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和VITEK全自动细菌鉴定系统对其鉴定,使用R软件包(v3.6.1)对鉴定结果进行统计和相关性分析,比较3种方法的鉴定水平和效率。结果表明:3种方法均可将210株沙门氏菌(100.0%)鉴定到属水平;16S rDNA序列测定方法可将18株(100.0%)金黄色葡萄球菌鉴定到属水平,可将其中15株(83.3%)菌鉴定到种水平;MALDI-TOF-MS和VITEK可将18株金黄色葡萄球菌(100.0%)鉴定到种水平。除16S rDNA序列测定方法外,其余2种方法对金黄色葡萄球菌和沙门氏菌的鉴定水平相同,而MALDI-TOF-MS鉴定所需时间最短、效率最高。     

聚合酶链式反应和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法鉴定克罗诺杆菌

目的 采用聚合酶链式反应(PCR)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术快速鉴定克罗诺杆菌的方法,实现对该菌显色培养基上生长的可疑菌落高通量、低成本初筛。方法 通过内转录间隔区(its)基因设计针对克罗诺杆菌的属特异性引物,以7株参考菌株为对照,对2013年国家食品安全污染物监测网上报、初步鉴定为克罗诺杆菌的214株菌株进行复核鉴定。同时随机挑选其中84株菌,采用MALDI-TOF-MS技术和VITEK革兰阴性细菌鉴定卡鉴定。结果 7株参考菌株的PCR结果与对应大小一致,214株待测菌株PCR结果均为阳性。84株菌MALDI-TOF-MS和VITEK鉴定的结果均为克罗诺杆菌,符合率为100%。结论 PCR和MALDI-TOF-MS技术具有高通量、低成本、耗时短等优势,可以实现大量可疑菌落的初筛,为我国克罗诺杆菌的监测和防控提供技术支持。     

利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱快速鉴定产气荚膜梭菌

分别采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱方法(matrix-assisted laser desorption/ionization time-offlight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)、16S rRNA基因测序、VITEK 2 COMPACT和传统生化方法(牛乳汹涌发酵实验)鉴定实验室保存的51株产气荚膜梭菌,以评估MALDI-TOF MS方法是否适用于产气荚膜梭菌的快速鉴定。MALDI-TOF MS方法将51株菌均鉴定为产气荚膜梭菌且鉴定分值在2. 300以上,达到鉴定到种的要求。16S rRNA基因序列比对结果与MALDI-TOF MS方法结果一致。VITEK 2 COMPACT将49株菌鉴定为产气荚膜梭菌,2株菌未能成功鉴定。47株菌的牛乳汹涌发酵实验呈阳性,4株菌为牛乳汹涌发酵实验阴性,且这4株菌经其他3种方法均鉴定为产气荚膜梭菌。结果表明,无论是牛乳汹涌发酵实验还是VITEK 2 COMPACT,在检测产气荚膜梭菌时都有可能发生漏检。相比牛乳汹涌发酵实验、VITEK 2 COMPACT和16S rRNA测序方法,MALDI-TOF MS方法更加快速、准确和低成本,适用于产气荚膜梭菌的快速鉴定。     

适于制备参考菌株用沙门氏菌的鉴定和特性研究

目的:对分离自陕西、广东、福建、上海、北京、河南和四川等7省(市)的118株沙门氏菌进行染色镜检、生化和16S rDNA鉴定,β-内酰胺酶编码基因遗传稳定性和药敏性测定,为制备适于携带β-内酰胺酶类编码基因食源性致病菌检测用参考菌株奠定材料基础。方法:采用革兰氏染色、VITEK生化鉴定、MALDI-TOF-MS鉴定、16S rDNA基因扩增和序列测定分析鉴定菌株;采用临床和实验室标准协会推荐的琼脂稀释法测定沙门氏菌的药敏性;采用传代培养、PCR扩增、基因序列测定和基因库在线比对方法,确定沙门氏菌携带的与β-内酰胺类抗生素耐药相关编码基因的遗传稳定性。结果:118株沙门氏菌的生化特性、16S rDNA、MALDI-TOF-MS鉴定结果均符合沙门氏菌属的典型特征。菌株对氨苄西林、磺胺异噁唑和头孢噻呋(100.00%)耐药最为普遍,对四环素和萘啶酮酸等7种抗生素的耐药率菌均在50%以上。76株(64.41%)菌株携带bla_(TEM-1),其次分别为bla_(CTX-M-55)(60,50.85%)、bla_(OXA-1)(19,16.10%)、bla_(CTX-M-3)(18,15.25%)、bla_(CTX-M-15)(2,1.69%)、bla_(TEM-116)(2,1.69%)、bla_(CTX-M-123)(1,0.85%)和bla_(CTX-M-64)(1,0.85%)。筛选出的12株沙门氏菌,其携带的相关编码基因在传代过程均未丢失或发生突变。结论:4种方法对118株沙门氏菌的鉴定结果均与沙门氏菌属的特性吻合,12株代表性沙门氏菌携带的bla_(TEM-1)、bla_(CTX-M)和bla_(OXA-1)基因可在15代传代过程稳定遗传,具有制备β-内酰胺类抗生素耐药性编码基因检测用参考菌株的潜能。     

4种检测方法对巧克力中亚利桑那沙门氏菌的检测结果比较

比较4种不同检验方法对亚利桑那沙门氏菌检测的优缺点,采用实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)、VITEK 2全自动微生物鉴定系统、API 20E肠杆菌和其它革兰氏阴性杆菌鉴定系统和国标方法对巧克力中亚利桑那沙门氏菌进行检验。结果表明,在检验结果准确性上VITEK 2全自动微生物鉴定系统对双相亚利桑那亚种沙门氏菌鉴定准确率高达98%,而其他3种方法都不能直接鉴定出准确的菌种类型;在操作步骤和时耗上PCR最佳,其次是VITEK 2全自动微生物鉴定系统。VITEK 2全自动微生物鉴定系统操作简便,检验周期短,且更精准,因此更适合对巧克力中亚利桑那沙门氏菌的检测。     

MALDI-TOF-MS鉴定2008年辽宁省食源性疾病监测系统检出的沙门菌的初步研究

目的应用MALDI-TOF-MS技术对2008年辽宁省食源性疾病监测检出的24株沙门菌和2株沙门菌标准菌株进行鉴定,并对其中4种血清型的16株沙门菌进行种水平的鉴定。通过MALDI-TOF-MS的相关性分析,研究MALDI-TOF-MS与血清分型结果的相关性及MALDI-TOF-MS对实验的沙门菌的分型能力。方法考察并确定既适合菌株生长又适宜MALDI-TOF-MS分析的沙门菌培养基后,应用MALDI-TOF-MS的相关软件对沙门菌进行数据采集和图谱比对,所得鉴定结果与血清分型结果进行比较。对属于4个种的4株沙门菌的蛋白峰信息进行比较分析。通过生化鉴定及MALDI-TOF-MS的聚类分析及主成分分析讨论4株肠炎沙门菌同源关系。结果 MALDI-TOF-MS技术分别在属和种的水平上准确鉴定了沙门菌株,并且在种的鉴定水平上与血清分型结果具有极大相关性。MALDI-TOF-MS区分了属于4个种的4株沙门菌的蛋白峰之间的微小差异。而且,对相同血清型的4株肠炎沙门菌的聚类分析及主成分分析显示出其同源程度的差异。结论 MALDI-TOF-MS技术在属水平上鉴定沙门菌具有很高的准确性,在种水平上的鉴定也有着很好的应用前景。...     

肠道沙门氏菌双相亚利桑那亚种检验特征分析及检验方法比较研究

目的:通过参加中国食品药品检定研究院组织的能力验证,比对不同检验方法对巧克力样品中沙门氏菌的检出及鉴定效果,找出不同检验方法对样品中不典型沙门氏菌分离及鉴定的特性,有效提升实验室对不典型沙门氏菌检验能力及质量控制水平。方法:实验中样品前处理按照考核方案作业指导书进行,沙门氏菌的分离按照《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》(GB 4789.4—2016)要求进行操作,通过BAX~? system Q7快速筛查可疑样品,MALDI-TOF-MS定位可疑菌株,VITEK 2 COMPACT全自动微生物分析系统确认阳性菌株,MLST技术对沙门氏菌阳性菌株进行分子生物学分型。结果:3个样品中两个样品检出沙门氏菌,样品CODE-0695检出鼠伤寒沙门氏菌,样品CODE-0050未检出沙门氏菌,样品CODE-0542检出肠道沙门菌双相亚利桑那亚种。结论:实验发现肠道沙门菌双相亚利桑那亚种在显色培养基上菌落形态及生化表征与常见沙门氏菌不一致,易漏检,实际工作中应加强对不典型沙门氏菌检验能力的建设。     

能力验证巧克力样品中肠道沙门氏菌双相亚利桑那亚种的分离鉴定

目的验证国标法和实时荧光定量PCR法2种方法对能力验证中的沙门氏菌双相亚利桑那亚种分离与鉴定的效果。方法按照作业指导书要求及GB 4789.4-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》中的方法分离菌株,以实时荧光定量PCR仪对分离菌株进行快速筛查,再将生化鉴定结果符合沙门氏菌特征的菌株进行血清学鉴定。结果样品CODE 0575在沙门氏菌显色平板上分离得到蓝绿色圆形菌落,在BS平板上分离得到灰绿色圆形菌落,经实时荧光定量PCR仪快速筛查,结果为阳性;再通过VITEK 2 compact鉴定为肠道沙门菌双相亚利桑那亚种;该菌不产硫化氢,ONPG为阳性,确定血清型为60:r:e,n,x,z15。结论以国标法为基准,借助实时荧光定量PCR仪和VITEK 2全自动鉴定系统进行检测,可确保沙门氏菌双相亚利桑那亚种不被漏检;应特别注意沙门氏菌双相亚利桑那亚种在显色培养基上与常见沙门菌表型不一致;建议扩大对沙门氏菌双相亚利桑那亚种的监测范围。     

3种方法鉴定鸡肉粉中沙门氏菌的比对研究

目的采用3种方法对鸡肉粉中沙门氏菌进行检测。方法3份样品的前处理依据组织方提供的《作业指导书》进行,每瓶样品直接加入4.5 mL灭菌去离子水复溶,作为初始样本,后续实验依据GB4789.4-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》操作。鉴定分离出疑似菌后,加入了实时荧光定量PCR法、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法2种方法作为辅助检测,并用全自动微生物鉴定系统进行生化鉴定,再结合生化鉴定与血清学实验综合评判检测结果。结果使用3种鉴定方法在JS015、JS110、JS140样本中均检出沙门氏菌。结论本研究采用的实时荧光定量PCR法、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法2种方法均能快速准确鉴定出沙门菌,特别是基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法和血清学分型配合使用,对沙门菌的快速鉴定有重要意义。     

3种快速检测柳州螺蛳粉中热损伤沙门氏菌方法的比较分析

目的比较实时荧光PCR法、全自动免疫分析仪法(vitek immune diagnostic assay system, VIDAS)和环介导等温扩增法(loop-mediatedisothermalamplification, LAMP)检测柳州螺蛳粉中热损伤沙门氏菌。方法以预包装柳州螺蛳粉为样品,利用3种热损伤沙门氏菌以人工添加的方式模拟污染样品,污染水平为4CFU/25 g和12 CFU/25 g,通过一步增菌和二步增菌后分别用实时荧光PCR、VIDAS和LAMP检测,并与国家标准法比较。结果当3种快速检测方法对只经过一步增菌的3种热损伤沙门氏菌进行检测时,7组VIDAS检测结果和2组LAMP检测结果出现假阴性;对40份模拟样品检测结果显示, VIDAS无法检测柳州螺蛳粉中低污染水平的热损伤亚利桑那沙门氏菌。结论实时荧光PCR法相对VIDAS法和环介导等温扩增法更适合基质复杂且沙门氏菌污染水平低样品的快速检测。     

环介导等温扩增方法在食品中沙门菌检测的应用和评价

将环介导等温扩增检测方法应用于食品中沙门菌的检验,并在检测方法特异性、灵敏度等方面与实时荧光PCR和传统检测方法进行比较。方法 针对沙门菌属高度保守的fimY基因设计环介导等温扩增检测引物并优化反应体系,在特异性、灵敏度和实际样品检测等方面与实时荧光PCR及传统检测方法比对。结果 本研究建立的LAMP方法检测沙门菌93株和非目标菌31株,具有良好的特异性。在纯培养、无需增菌情况下,其检测灵敏度为6.4×10²cfu/ml,与实时荧光PCR方法相当。食品基质添加试验中,环介导等温扩增方法检测低限为2cfu/25g样品;对45份实际食品样品检测结果表明,该方法实际样品检出率为11.1%,与实时荧光PCR及传统方法检测结果一致。结论 本研究建立的沙门菌环介导等温扩增检测方法具有良好的特异性,检测灵敏度与实时荧光PCR相当,适用于沙门菌的快速筛选。     

原位荧光LAMP技术检测食源性沙门氏菌

以沙门氏杆菌为研究对象,探讨了将原位荧光LAMP技术应用于检测沙门氏菌所需要的具体实验方法与数据,并成功将原位荧光LAMP技术应用于检测人工污染的食品中的沙门氏菌。实验选取invA基因作为靶序列设计了2对引物。结果证明,与传统沙门氏菌检测方法和PCR方法相比,原位荧光LAMP无需破碎细胞提DNA,反应方便易行,耗时少;反应条件恒定温和,能够减少细胞损伤;单基因检测水平证明反应的高灵敏度;良好的基因定位以及清晰的背景条件使反应结果更加直观,易于观察。     

食品中沙门氏菌快速检测技术研究进展

沙门氏菌的检验在食品微生物检验中具有十分重要的意义。本文主要针对基于免疫学的快速检测方法-酶联免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)、基于分子生物学的聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)和基于蛋白质的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)在食品中沙门氏菌快速检测的应用进行了分析与比较。基于3种不同原理的检测方法各有其优缺点,ELISA方法成本低,操作简单但检出限高;PCR方法成本较高,但检测快速、灵敏度高且检出限低;MALDI-TOF MS检出限低但需要完善的细菌库进行比对。因此建议将含内控的荧光定量PCR与LAMP法作为食品中检测沙门氏菌的主要方法。     

3种沙门氏菌检测方法能力验证

目的比较国标法、VETIK和荧光定量PCR法3种沙门氏菌检测方法的检测效果。方法 10份盲样经GB4789.4-2010《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》、实时荧光定量PCR方法和VIDAS仪器检测,生化部分用VITEK2 compact执行。结果国标法在10个盲样中检出3种血清型沙门氏菌,分别为5号样品检出阿贡纳沙门氏菌、7号样品检出蒙得维的亚沙门氏菌和肯塔基沙门氏菌。VETIK和荧光定量PCR法检出5号和7号呈沙门氏菌阳性,其他为阴性。结论 VIDAS和实时荧光PCR检测方法快速、可靠、灵敏度高,可作为传统检测方法有效补充。     

3种方法检测食品中致泻大肠埃希氏菌检测能力验证结果分析

目的提高食品中致泻大肠埃希氏菌的检测能力,促进实验室检测能力的提高。方法参照GB4789.6-2016《食品微生物学致泻大肠埃希氏菌检验》方法进行检测,采用VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定系统进行生化鉴定、血清学鉴定,对可疑菌落进行普通PCR确证试验。同时使用多重实时荧光PCR法以及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionizationtime-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)分析鉴定可疑菌落。结果国标法和多重实时荧光PCR法能准确鉴定出目标菌,MALDI-TOF-MS可以检测大肠埃希氏菌,但无法区分致泻大肠埃希氏菌和肠出血性大肠埃希氏菌。结论 3种方法各有优劣,同时使用,综合判断,能确保试验结果准确快速。