晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法的比较

为了找到一种简单高效的晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA提取方法,本文采取对提取的微生物基因组DNA进行浓度测定的方法,比较了溶菌酶-SDS-蛋白酶K法、改良CTAB法和改良CTAB-溶菌酶法三种方法的提取效果。结果表明:溶菌酶-SDS-蛋白酶K法效果最好,可以获得质量较高的微生物基因组DNA,DNA浓度为1657.53 ng/μL;改良CTAB-溶菌酶法比溶菌酶-SDS-蛋白酶K法效果差,DNA浓度为1308.08 ng/μL;改良CTAB法对微生物基因组DNA的提取效果比溶菌酶-SDS-蛋白酶K法更差,DNA浓度为1098.36 ng/μL。以提取到的微生物基因组总DNA为模板,进行16S r DNA基因的PCR扩增,在回收产物中目的条带清晰,表明提取到的微生物基因组DNA含量高、结构完整。整体实验结果表明,溶菌酶-SDS-蛋白酶K法对于提取晋西北酸粥发酵过程中微生物基因组DNA效果最好。     

一种适用于高通量测序的红曲霉基因组DNA提取方法

通过比较5种红曲霉基因组DNA的提取方法,旨在获得一种简便高效、大量提取高质量基因组DNA的优化方法。分别使用改进CTAB法、改进氯化苄法、蜗牛酶法、SDS法、试剂盒法提取红曲霉基因组DNA,结果显示:除蜗牛酶外,其余4种方法均能够提取出红曲霉基因组DNA,其中利用改进CTAB法能够快速、经济地得到大量高纯度的DNA样品,完全满足高通量测序、分子标记等一系列精密分子生物学研究的要求。     

大鼠粪便中细菌基因组DNA提取方法的比较

为获得高质量的肠道细菌基因组DNA,用于研究肠道菌群的多样性,本实验分别采用改良的溶菌酶法和两种试剂盒DNA提取法提取大鼠粪便中的细菌基因组DNA,通过DNA浓度和纯度的测定、PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE技术)对提取效果进行比较,以找到适合于粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果表明,改良的溶菌酶法提取的DNA质量好,纯度高,而且具有菌群多样性丰富等特点,更适合用于肠道微生物菌群后续分子生物学研究。     

可用于基因检测的啤酒发酵液DNA提取方法研究

用玻璃珠法、溶菌酶法、冻融法、氯化苄(phCH2Cl)法提取啤酒发酵液、生产用啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、K氏酵母、啤酒生产污染细菌(T)、G-细菌(E.coli.DH5α)和G+细菌(BacillusYK-1R)的基因组DNA。溶菌酶法和冻融法对细菌的裂解率为99%～100%,对酵母的裂解率只有15%～28%;玻璃珠法对酵母的裂解率为92%～94%;phCH2Cl法对细菌和酵母的裂解率均为100%。对提取的啤酒发酵液基因组DNA浓度进行测定,结果为:玻璃珠法15.4g/ml、溶菌酶法18.0g/ml、冻融法13.8g/ml、phCH2Cl法40.7g/ml。电泳检测结果表明,除冻融法外,其余3种方法得到的混合菌DNA片段均大于23kb,无拖尾、无蛋白污染。phCH2Cl法图谱更清晰,DNA得率108μg/g湿菌体,RAPD-PCR图谱重复性好。为用基因诊断技术在线检测啤酒发酵过程中微生物污染,提供了一种可靠的DNA提取方法。     

不同菌龄酿酒酵母细胞壁蛋白差异性分析

以酿酒酵母为研究对象,比较了完整细胞提取法、稀碱缓冲液提取法及溶菌酶和β-葡聚糖酶复合酶法等三种酵母菌细胞壁蛋白提取方法,分析了不同菌龄酵母细胞壁差异性蛋白。结果表明:溶菌酶和β-葡聚糖酶复合酶液水解纯化好细胞壁提取蛋白的方法具有所得胞壁蛋白条带较多,且纯度较高的优点,确定了此方法为提取酵母细胞壁蛋白的最佳提取方法。同时,通过SDS-PAGE电泳分析发现,不同菌龄酵母细胞壁蛋白存在着较大的差异性,并确定了分子质量在36 ku、17 ku和12 ku为不同酵母代数细胞壁的3个主要差异性蛋白,其中36 ku、17 ku处条带蛋白随着菌龄的增加酵母细胞壁蛋白表达量逐渐减少,而12 ku处条带蛋白随着菌龄的增加酵母细胞壁蛋白表达量逐渐增加。     

酵母破壁酶和蜗牛酶辅助TRIzol试剂法提取酿酒酵母总RNA

该研究以酵母破壁酶、蜗牛酶破碎酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）细胞壁,再使用总核糖核酸（RNA）提取试剂（TRIzol）法提取酵母总RNA,通过对总RNA进行浓度与纯度的分析,比较酶处理对RNA提取的影响。结果表明,酵母破壁酶的最佳提取条件为加酶量37.5 μL,提取温度27 ℃,提取时间15 min。在此最佳提取条件下,提取RNA质量浓度为1 079.05 ng/μL,A260 nm/A280 nm为2.10,A260 nm/ A230 nm为2.15;蜗牛酶的最佳提取条件为加酶量30 mg/mL,提取温度37 ℃,提取时间30 min。在此最佳提取条件下,提取RNA质量浓度为1 673.39 ng/μL,A260 nm/A280 nm为1.99,A260 nm/A230 nm为1.81。结果显示,酵母破壁酶的提取效果优于蜗牛酶。     

对酵母细胞酶法破壁的研究

研究了在重组酵母测评系统中，重组酵母细胞破壁条件的优化问题。通过酶法破壁酵母细胞得知，对于0．75mL酵母液来说，最佳反应时间为4h，最适反应温度为40℃，最佳酶量为10mg。同时，蜗牛酶破壁效果明显好于溶菌酶。     

酒醅微生物总DNA提取方法研究

高质量的微生物基因组DNA是进行微生物分子生态研究分析的基础。目前关于微生物基因组DNA的提取方法较多,根据研究对象的不同而方法各异。本实验针对浓香型白酒酒醅环境,对比了SDS高盐提取法和CTAB提取方法获得酒醅中微生物基因组DNA,对提取DNA进行PCR特异性扩增和DGGE多样性检测,获得适合不同研究目标的酒醅环境微生物基因组DNA提取方法。结果表明,(石英砂+CTAB)法可获得最大浓度总DNA;(液氮+SDS+溶菌酶)法可获得最高纯度总DNA。     

葡萄霜霉菌基因组DNA不同提取方法的比较

为了从微量的葡萄霜霉菌样品中得到适合微卫星标记(SSR)实验所需基因组DNA,本文分析了4种不同的真菌DNA提取方法对霜霉菌样品的提取效果。结果发现,改良的CTAB法提取的基因组DNA得率最高;Fungal DNAout Kit法提取的DNA纯度最高;尿素法所用时间最短;蜗牛酶法所用时间最长。由于可用于提取DNA的霜霉菌样品极其有限,加之SSR实验对DNA质量要求不是很高,所以综合考虑得率、纯度、提取时间、经济成本以及PCR结果等因素认为,要从微量的葡萄霜霉菌样品中得到适合微卫星标记(SSR)实验所需基因组DNA,改良的CTAB法是较理想的提取方法。     

葡萄霜霉菌基因组DNA不同提取方法的比较

为了从微量的葡萄霜霉菌样品中得到适合微卫星标记（SSR）实验所需基因组DNA,本文分析了4种不同的真菌DNA提取方法对霜霉菌样品的提取效果。结果发现,改良的CTAB法提取的基因组DNA得率最高;FungalDNAoutKit法提取的DNA纯度最高;尿素法所用时间最短;蜗牛酶法所用时间最长。由于可用于提取DNA的霜霉菌样品极其有限,加之SSR实验对DNA质量要求不是很高,所以综合考虑得率、纯度、提取时间、经济成本以及PCR结果等因素认为,要从微量的葡萄霜霉菌样品中得到适合微卫星标记（SSR）实验所需基因组DNA,改良的CTAB法是较理想的提取方法。     

不同破壁方法提取酵母总RNA的比较

选择液氮碾磨、反复冻融、超声波、加玻璃珠漩涡振荡和蜗牛酶酶解5种方法破碎酵母菌细胞壁,再使用Trizol法提取酵母菌总RNA,通过对总RNA进行质量浓度和纯度分析,比较不同破壁方法对酵母菌总RNA提取的影响。结果表明：在使用Trizol法提取酵母菌总RNA的实验中,反复冻融和液氮碾磨是较为有效且简便的酵母菌细胞壁破碎方法。     

Improvement of FISH-FCM enumeration performance in filamentous yeast species in activated sludge by snailase partial digestion

This paper developed a novel strategy to improve the fluorescence in situ hybridization–flow cytometry (FISH–FCM) enumeration performance in filamentous yeast species in activated sludge by snailase partial digestion to fully disaggregate filamentous yeast chains into single cells. A 2 h 2% snailase partial digestion liberated more rod‐shaped yeast single cells from intertwined filamentous yeast samples than did sonication disaggregation, based on an optical microscopic observation and the forward‐light‐scatter frequency histogram of FCM analysis. However, adding snailase resulted in a fluorescence‐quenching phenomenon of the hybridized filamentous yeast cells, which was minimized by lowering the snailase concentration. An approximately 3 h 0.5% snailase partial digestion conducted between sonication and hybridization significantly improved the FISH–FCM enumeration performance for filamentous yeast species by 37%. The results presented here will facilitate the rapid detection, identification and exact enumeration of specific filamentous fungal species in environmental samples. Copyright © 2012 John Wiley & Sons, Ltd.     

一种快速高效提取酵母质粒的方法

质粒提取是遗传工程操作的重要步骤。酵母细胞壁坚韧,不易破壁,使酵母质粒提取变得非常困难。为了获得一种快速、简便、高效、稳定的提取酵母质粒的方法,利用琼脂糖凝胶电泳、核酸蛋白测定仪和PCR扩增等方法,对玻璃珠液氮法、蜗牛酶法和试剂盒法提取的酵母质粒,在产率、纯度和对后续实验的影响等方面进行了比较。结果表明,与另外两种方法比较,玻璃珠液氮法提取酵母质粒具有效率高、质量好、成本低、时间短、操作简单的优点,可作为实验室规模化提取酵母质粒的常用方法。     

改良十六烷基三甲基溴化铵-磁珠核酸提取方法及在植物转基因检测中的应用

目的 建立一种快速、高效、便捷的植物基因组DNA提取方法并运用于植物转基因检测。方法 改良传统的十六烷基三甲基溴化铵(cetyltrimethylammonium ammonium bromide, CTAB)方法, 并结合磁珠吸附基因组DNA, 配合核酸自动提取系统提取水稻和加工米粉中的核酸, 荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)检测Bt63大米转基因成分, 并与另外4种提取方法的结果进行对比, 评价提取效果。结果 5种不同方法中CTAB-磁珠法提取的样品基因组DNA浓度和质量最佳, 荧光PCR检测低浓度Bt63转基因成分(0.01%)的Ct值最小, 检测结果最好。结论 该方法可高效快速地提取植物核酸, 在低含量的转基因成分检测中相比其他几种方法具有绝对优势。     

磁珠法提取植物蛋白饮料DNA

目的 建立一种快速、高效的植物蛋白饮料基因组DNA提取方法并应用于植物蛋白饮料中植物源性成分的检测。方法 以豆浆、豆奶、芝麻糊、花生牛奶、榛子乳5种植物蛋白饮料为研究对象, 建立利用硅羟基磁珠提取植物蛋白饮料DNA的方法, 通过分析所提取DNA的浓度和纯度, 实时荧光PCR扩增效率, 并与十六烷基三甲基溴化铵法(cetyltrimethylammonium ammonium bromide, CTAB)比较, 综合评价磁珠法提取植物蛋白饮料的效果。结果 大部分样品磁珠法提取的DNA浓度比CTAB法高, ODA260/A280均大于1.70。 结论 磁珠法提取的DNA纯度较高, 杂质少, 能满足植物蛋白饮料源性成分的分析要求, 尤其适用于大豆类蛋白饮料的DNA提取, 为快速、高效获取质量好的植物蛋白饮料基因组DNA提供参考。     

DNA 提取方法对实时荧光定量 PCR 检测花生过敏原 Ara h 2 基因的比较研究

目前,食物过敏是一个世界性的公共卫生问题,其中花生过敏最为严重。基于DNA的分子生物学检测方法目前已广泛应用于花生过敏原检测,样品DNA的提取质量会显著影响检测的灵敏度及准确率。本研究比较了5种DNA提取方法,包括十六烷基三甲基溴化铵（cetyl trimethyl ammonium bromide,CTAB）法、柱式法及3种基于磁珠纯化技术的DNA快速提取法,对生花生、煮花生、炸花生、烤花生、花生酥和花生酱6种不同加工方式的花生基质样品进行DNA提取,考察了不同方法获得的DNA浓度、纯度指标,并采用实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR, qPCR）对花生过敏原Ara h 2基因进行了检测分析。结果表明,月桂酰肌氨酸钠（Sodium Lauroyl Sarcosine）磁珠法（简称SLS磁珠法）的适用性广、提取率高,对于6种花生基质提取的DNA均能高效检出花生过敏原Ara h 2基因;对于花生含量为0.05%～1.00%的小麦粉二元混合物,SLS磁珠法的DNA提取率总体优于CTAB法,并且能有效提取出与花生共用一条生产线的燕麦片中污染的花生DNA,证实SLS磁珠法提取的实际样品DNA能够满足花生过敏原检测目的。本研究为花生及其制品DNA提取方法提供了参考,特别是磁珠类方法,高效快速,提取质量能够保障后续基于DNA的花生过敏原分子生物学方法检测结果的准确性。     

一种蚜茧蜂基因组DNA提取方法

为有效获得蚜茧蜂基因组DNA,并保留其虫体做形态鉴定。本文对常规试剂盒提取方法（柱离心法）进行改进,采用穿刺法提取7种蚜茧蜂的基因组DNA,同时以研磨法提取4种常见蚜茧蜂成虫基因组DNA做对照,比较两种方法提取的基因组DNA的纯度和产量,并通过线粒体COI基因序列扩增进行验证。结果表明:穿刺法能从单头蚜茧蜂中提取DNA而不影响形态鉴定。该方法提取的DNA产物产量在29~55 ng/μL,提取物的OD₂₆₀/OD₂₈₀在1.51~1.91,可以稳定地进行线粒体COI基因序列扩增,PCR扩增条带清晰完整。      

四川泡菜盐卤中微生物总基因组DNA提取方法的比较

了得到较高质量的基因组脱氧核糖核酸（DNA）,本实验采取了5种方法对四川泡菜盐卤总基因组进行提取,对其提取的浓度、纯度进行分析比较,并以此为模版进行聚合酶链反应（PCR）体外扩增。结果表明,F1所得的基因组DNA纯度及浓度最高,F4方法提取的基因组DNA浓度较高,但受到蛋白或酚类物质的污染,F2以及F5两种方法得到的基因组DNA浓度较低,F3所得的基因组DNA浓度低并且含有较多RNA杂质。因此,本研究采用的5种对四川泡菜盐卤进行总基因组提取方法中,方法F1最合理、高效。: