EST-SSR标记在谷类作物中的通用性研究进展

EST-SSR标记是基于表达序列标签（Express Sequence Tags,EST）开发简单重复序列（Simple Sequence Repeats,SSR）的一种与功能基因直接相关的新型分子标记技术,因其在不同作物间具有较好的通用性而被广泛应用于作物基因组学研究。不同谷类作物间EST-SSR的通用性可降低引物开发成本、提高效率,为遗传研究较薄弱的作物奠定基础。文章概括介绍了EST-SSR标记,对其在不同谷类作物间及相比较于G-SSR标记的通用性情况进行简单归类分析,评述了EST-SSR标记的不足及其优化措施,以期利用EST-SSR高通用性的特点推动谷类作物基因组学的发展。      

应用SRAP标记分析白芝麻核心种质遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对中国芝麻资源核心收集品中的209份白芝麻种质进行遗传多样性分析,供试材料间成对遗传相似系数介于0.4215～0.9892,平均0.7003。UPGMA聚类分析表明,不同来源的白芝麻种质在聚类图上相互交错分布,其遗传关系相似程度与地理分布远近之间没有明显的关系;我国不同省份白芝麻种质群遗传关系的远近及其在聚类图上的分布趋势与白芝麻的地理分布状况间有一定的规律性;南方白芝麻种质遗传多样性较丰富,其次是中部种质,北方种质遗传多样性较贫乏。国外种质遗传多样性介于我国北方种质和中部、南方种质之间。     

利用微卫星标记分析酿酒酵母的遗传多样性

为研究本土酿酒酵母的种内多态性,以及本土野生酵母与商业酵母之间的差异性,本实验采用4个微卫星标记（ScAAT1、YOR267C、C11、YPL009C）分析18株商业酵母和28株陕西泾阳分离的野生酿酒酵母的遗传多样性,利用PopGen32进行遗传参数的分析。结果表明：4个位点共检测出66个等位基因,每个位点等位基因数为16～18个;平均多态信息含量0.862 3,均为高多态位点;46株菌表现出39种基因型,分辨率为98.94%;观测杂合度0.478 3～0.658 5。野生酵母和商业酵母均具有丰富的遗传多样性,两个群体各具有自己独特的等位基因,且两者在聚类图中有较清晰的界线。     

应用SNP标记分析24份烟草品种的遗传多样性

为了阐明我国烟草主栽品种的遗传基础,利用烟草高密度SNP芯片技术对24份烟草品种进行全基因组扫描,并分析其遗传多样性。在筛选获得的纯合SNP位点中,多态性位点达到103 133个,基本覆盖烟草基因组。品种间遗传相似系数介于0.308 6~0.997 7之间。聚类分析结果,将24个品种划分为不同类群,反映出这些烟草品种间的亲缘关系远近。结果显示,SNP芯片能够在全基因组水平上获得不同烟草品种间的多态性信息,可用于品种间的遗传多样性分析。烟草主栽品种间的亲缘关系较近,在育种中迫切需要引入新的种质资源,以拓宽遗传背景。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星（SSR）标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。     

SSR与SRAP分子标记在烤后烟叶中的应用及烤烟遗传多样性分析

为筛选出适合烤后烟叶的分子标记并用于烤烟遗传多样性分析,以烤后烟叶为材料,利用毛细管电泳技术检测SRAP与SSR标记在烤后烟叶中的多态性和稳定性,并基于稳定性较好的SSR分子标记分析了云烟87、云烟97、云烟116、翠碧1号、红花大金元、中烟100、K326、KRK26、NC297等9个烤烟品种的遗传多样性。结果表明:与新鲜烟叶相比,烤后烟叶DNA降解较为严重,其降解主要发生在烘烤过程中干筋期的中后期。与SRAP相比,SSR标记在烤后烟叶中扩增稳定性更好,但多态性略差。此外,NTGS66290、NTGS66292、NTGS66295、PT30008、PT30169、PT30361、PT30403和PT30424等8对SSR引物能将9个烤烟品种进行有效区分,其遗传相似系数为0.250～0.900,平均值为0.622。     

36个葡萄品种遗传多样性ISSR分析

本研究探究了36份抗病性不同的葡萄种质,构建了不同种之间的遗传关系图谱,为葡萄的选育及其栽培提供一定的依据。提取36份葡萄材料总DNA,并通过ISSR标记筛选出两条多态性丰富的引物,通过非加权配对算术平均法(UPGMA)对ISSR-PCR得到的不同葡萄品种进行聚类分析,建立亲缘关系图。筛选得到的序列ISSR820对36份材料PCR扩增得到不同片段的DNA条带多达208条,多态性比率高达83%。ISSR分子标记将36个葡萄品种主要分为两大类。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

从212对SSR标记引物中筛选出48对引物,对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

双孢蘑菇RAPD标记的遗传多样性分析

随机抽取108个随机引物对40个双孢蘑菇栽培菌株的DNA进行RAPD-PCR扩增实验,发现有71个随机引物能够扩增出清晰的、稳定的、具有多态性的RAPD条带。结果表明,71个随机引物共扩增出567条DNA带,平均每个引物扩增出7.99条DNA带,其中434条DNA带具有多态性,占总数的76.5%。基于RAPD-PCR扩增资料,采用欧氏距离平方系数和组间连接法,应用SPSS 11.0软件进行聚类分析,探讨40个品种间的亲缘关系与类群划分。当取欧氏距离平方系数阈值为20.5时,所有品种分为三大类;当取欧氏距离平方系数阈值取8.5时,40种双孢蘑菇菌株可被分为6个类群,此结果与双孢蘑菇菌株群的同工酶分类研究结果相当吻合。     

43份葡萄种质遗传多样性的SSR分析

SSR(Simple Sequence Repeat,简单序列重复)标记技术被广泛应用于葡萄的品种鉴定和遗传多样性研究。本研究选取43份葡萄种质,采用6对SSR引物对供试品种遗传多样性进行了分析,构建了DNA指纹图谱,并根据遗传相似系数,采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类分析,以期为品种鉴定和亲缘关系分析提供参考依据。结果表明,6对SSR引物共扩增出64个多态性位点,观测杂合度在0.74~0.84;利用获得的DNA指纹图谱,可以实现对葡萄品种的区分;聚类分析表明,在遗传相似系数为0.13时,全部供试品种被分为3大类,可以区分酿酒品种和鲜食品种,并能区分欧亚种和欧美杂种。研究结果表明,SSR标记可以从分子水平上有效区分葡萄品种和分析其亲缘关系。     

SSR标记在甘蔗遗传育种中的应用

SSR(Simple sequence repeat)标记是建立在PCR基础上的一种新型DNA分子标记.SSR数量丰富,信息含量高,呈共显性遗传,易于分析,所以它是进行甘蔗遗传研究的理想工具.本文就SSR标记在甘蔗遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、鉴定品种和分子标记辅助育种等方面的应用进行了综述.     

利用MFLP标记分析栽培种花生遗传多样性

利用5对多态性良好的锚定微卫星片段长度多态性（MFLP）引物,对包含两大亚种四大类型的18份花生栽培种质的遗传多样性进行分析。5对引物共扩增出291条带,其中多态性条带236条,多态率为81.1%。供试材料间的遗传相似系数值在0.3143～0.8286之间,平均为0.5862。UPGMA聚类分析将18份供试材料按照亚种聚为两类（I,II）;在两大类群下,大多数品种基本按照类型聚类,少数存在交叉。本研究结果表明,MFLP分子标记技术能有效检测栽培种花生的遗传变异,且在遗传关系分析及分子分类上有较高的效率。     

利用SRAP标记分析油莎豆遗传多样性

利用SRAP分子标记技术对14份不同地理来源的油莎豆资源进行分析,研究其遗传基础和遗传多样性。结果表明,38对具有多态性的SRAP引物组合共扩增出375条带,其中多态性带共306条,多态性条带比率为81.6%,平均每对引物组合的多态性条带为8.1条。UPGMA聚类分析表明,14个参试材料间的遗传距离在0.09至0.72之间,平均为0.37;材料8与材料9的遗传距离最大,为0.72,二者具有较高的遗传差异。研究结果表明我国油莎豆种质资源遗传基础较为丰富;有利于在不同地理区域间进行引种、利用以及品种培育等。     

ISSR标记分析油菜黑胫病原菌遗传多样性

利用ISSR分子标记技术分析了油菜黑胫病菌（Leptosphaeria biglobosa）的遗传多样性。分离获得国内菌株84株,并以15株国外（英国、加拿大、波兰）油菜黑胫病菌菌株作为参照,利用筛选出的24条引物对这99株病原菌进行ISSR—PCR扩增。共扩增出245条带,遗传相似性系数为0．65～1．00,国内和国外油菜黑胫病菌菌株很明显被分为两个菌群,中国84株菌基本按地理来源分为5个类群,只有江苏省菌株分布于各个类群。各省的Nei’s基因多样性指数范围是0．1081～0．2527,而香农（Shannon’S）信息指数的范围是0．1575～0．3726,顺序为江苏〉湖北〉安徽〉内蒙古〉上海〉四川。中国与英国和加拿大菌株的遗传一致度分别为0．8343和0．7839。     

SRAP分子标记分析辣椒种质资源遗传多样性研究

文章运用SRAP分子标记分析8种辣椒DNA遗传多样性;用12对SRAP引物进行筛选,有12对可扩增出清晰可辨条带,这12对引物在8种材料中共扩增出103个条带,其中70个条带(67.9%)表现出多态性。根据Nei和Li等的遗传相似系数(GS)和遗传距离(GD)对上述8种材料进行分析,利用spss 16.0分析软件体系进行聚类,从而构建遗传相关聚类图谱。     

利用GBS技术开发烟草SNP标记及遗传多样性分析

研究烟草种质资源的遗传背景,为烟草种质资源的高效利用提供依据。采用GBS （genotyping-by-sequencing）技术,挖掘92份烟草种质资源的SNP位点,并进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,测序共获得了147.165 Gb数据,平均每个样本1.599 Gb,筛选后共获得93 685个高质量的SNP位点;不同地理来源烟草群体等位基因数（Na）为1.27~1.93,观测杂合度（Ho）变化范围为0.22~0.76,期望杂合度（He）为0.32~0.59,多态性位点数（PLN）范围为15 877~44 249,多态性位点比率（PPL）为26.61%~74.17%,遗传多样性指数（H）为0.19~0.52,遗传距离（GD）为-0.0148~0.3849。基于遗传距离的NJ聚类将材料划分为两个类群;群体遗传结构分析表明,本研究所用材料基于模型可划分为4个亚群。通过GBS技术得到的测序数据量较大且质量较高,群体多态性较高,整体遗传多样性偏低,群体结构划分与种质来源不完全相关。     

烟草根黑腐病菌ISSR标记的遗传多样性分析

为从分子水平揭示烟草根黑腐病菌的群体遗传学特性,应用简单重复性序列间区(ISSR)分子技术对我国重庆、甘肃、贵州、河南及云南5个不同烟草根黑腐病菌地理种群54株菌株进行了遗传多样性和分化研究。结果表明:用筛选的5个多态性引物扩增ISSR条带平均为9.6条(8~12条),其中多态性条带平均3.6条(2~5条)。总样本Nei's指数h为0.350 7,香农指数I为0.521 5;基因分化系数GST为0.338 9,基因流Nm为0.975 6。5个种群的遗传距离在0.113 4~0.275 2之间,河南种群和其他4个地理种群的遗传相似度均较高,遗传距离较近;贵州种群除与河南种群遗传相似度较高外(0.804 8),与其余种群的相似度均较低。NTsys 2.10e聚类分析结果显示,不同菌株遗传相似系数为0.82~1.00,当相似系数为0.84时,菌株聚为5支。说明我国烟草根黑腐病菌基因多样性较高,不同种群存在遗传分化现象,种群间基因流动大。     

基于SSR分子标记的普通菜豆种质遗传多样性分析

建立SSR-PCR反应体系对69份菜豆种质资源进行遗传多样性分析,并利用UPGMA法进行聚类分析及类群划分。17对SSR标记共检测获得等位变异位点55个,变幅2～5个,平均每对检测到标记3.24个;17对引物的多态性位点数17个,多态性百分含量100%。根据聚类分析结果：材料间遗传相似性系数（GS）变异范围0.392～0.963,平均值为0.659;在遗传相似系数0.67水平上将69份菜豆种子材料分为4个类群,说明普通菜豆种质遗传多样性丰富。     

绵羊EST-SSR分子标记的鉴定及特异性分析

通过SSR Finder软件及MISA技术从NCBI系统中的绵羊表达序列标签(EST)数据库中筛查SSR位点,利用Primer 3.0设计绵羊EST-SSR荧光引物,对宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉进行区分。以3种绵羊的肝脏DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行PCR扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型。结果显示,通过EST-SSR标记设计的荧光引物p2105.1:248-559、p2025.1:896-1059和p2104.1:704-1015在宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉中具有良好特异性,可实现3个绵羊品种的区分。通过EST-SSR标记技术可准确判断3个纯种绵羊肉的品种,这对绵羊遗传资源的开发利用、品种鉴别以及丰富分子标记类型具有重要的意义。     

MLST在乳酸菌鉴定及其多样性分析中的应用

乳酸菌是健康人类及动物肠道中重要的益生菌群,在维持肠道微生态平衡方面发挥重要作用.由于乳酸菌的益生功能具有菌株特异性,因此准确、灵敏的分子鉴定技术对乳酸菌功能的研究十分重要.多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,能够准确地从亚种水平进行菌株...