PFGE与16S rDNA对阪崎克罗诺杆菌分型的研究

研究脉冲场凝胶电泳(PFGE)与16S rDNA序列分析在阪崎克罗诺杆菌分型中的应用。对分离自不同来源的10株阪崎克罗诺杆菌进行16S rDNA序列扩增及测序,并构建系统发育树进行聚类分析。再利用限制性内切酶Xba I对这10株菌酶切后,进行PFGE电泳分型。16S rDNA序列分析显示,所有分离菌株与ATCC标准菌株在同一系统发育分支下,其序列相似性达到98.37%,并且不能进一步分型。而PFGE分型结果显示,10株分离菌株和2株标准菌株共分成11种PFGE基因型,说明PFGE的分型能力明显优于16S rDNA序列分析,部分菌株的基因型与分离来源具有一定的相关性,所以PFGE分型方法可用于阪崎克罗诺杆菌分子分型及溯源的研究。     

即食食品中阪崎克罗诺杆菌的分离鉴定及分子分型

为了解即食食品中污染阪崎克罗诺杆菌的流行情况,分析我国阪崎克罗诺杆菌主要流行菌株,对即食食品中分离的10株阪崎克罗诺杆菌进行基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)、VITEK 2、16s rDNA鉴定,采用多位点序列分型(MLST)方法对分离菌株进行分型,并对PubMLST数据库中322株中国分...     

生鲜蔬菜中阪崎克罗诺杆菌的分离与鉴定

从上海市售蔬菜中共采集样品102份,按照国标方法GB 4789.40—2010进行阪崎克罗诺杆菌的分离与鉴定。采用生化实验、PCR检测方法、BAX System Q7全自动病原微生物检测仪、API 20E试剂条鉴定和16S rDNA序列的测定对分离到的可疑菌株进行鉴定与确证。根据国标法的鉴定结果,102份样品中共有18份样品分离到可疑阪崎克罗诺杆菌菌株,进一步结合其他4种鉴定方法确定13份样品中分离到的可疑菌株为阪崎克罗诺杆菌菌株,分离率达13%(13/102)。通过研究说明生鲜蔬菜也是阪崎克罗诺杆菌比较常见的宿主或者污染源之一。     

河南省市售婴幼儿配方食品中克罗诺杆菌的分子分型及系统发育研究

目的 了解河南省市售婴幼儿配方食品中克罗诺杆菌污染情况、分子分型特征及耐药情况,分析不同菌株间的系统发育进化关系。方法 采集婴幼儿配方食品227份,按照GB 4789.40—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验克罗诺杆菌属(阪崎肠杆菌)检验》方法进行克罗诺杆菌的分离鉴定,并用微量肉汤稀释法和脉冲场凝胶电泳(PFGE)对分离株进行药敏实验和溯源分析,采用16S rRNA和多位点序列分型(MLST)方法进行种属鉴定和系统发育进化分析。结果 227份婴幼儿配方食品中检出13株克罗诺杆菌,分别属于阪崎克罗诺杆菌、苏黎世克罗诺杆菌和都柏林克罗诺杆菌。13株克罗诺杆菌药敏结果显示头孢唑啉耐药率达到84.6%(11/13),PFGE分型得到7个带型,MLST共分为6个ST型,其中ST1为优势型别,相同PFGE型的菌株也有相同的MLST型。结论 河南省市售婴幼儿配方食品中克罗诺杆菌污染以阪崎克罗诺杆菌为主,种属和基因型具有多样性,系统进化树分析结果显示MLST能够更好地说明种水平之间的亲缘关系。     

部分茶饮料原辅料中优势菌-克罗诺杆菌(原阪崎肠杆菌)的分离和鉴定

克罗诺杆菌(原阪崎肠杆菌)是新兴的条件致病菌,主要通过污染的婴儿配方奶粉引起2岁以下婴幼儿严重疾病甚至死亡.在对茶饮料原辅料192份样品进行细菌总数测定和优势菌16S rDNA序列分析时,发现2批次绿茶和l批次果葡糖浆中优势菌疑似条件致病菌-克罗诺杆菌,而且其数量较高(4.0× 102cfu/g～104cfu/g).进而通过rpoB序列分析,将4个分离株鉴定为阪崎克罗诺杆菌Cronobacter sakazakii(原阪崎肠杆菌Enterobacter sakazakii).结果表明在常见的食品原料-果葡糖浆和绿茶中存在克罗诺杆菌的污染,rpoB分型方法在对克罗诺杆菌属细菌的鉴定到种上表现出高度特异性,灵敏而准确.     

牛奶发酵过程中阪崎克罗诺杆菌可形成活的非可培养状态

该研究以保加利亚乳杆菌为牛奶发酵剂,研究了牛奶发酵过程中阪崎克罗诺杆菌与保加利亚乳杆菌的相互作用以及阪崎克罗诺杆菌存活量的变化情况,并结合16S rDNA高通量测序技术和PMA-qPCR方法分析阪崎克罗诺杆菌在牛奶发酵过程中是否形成“活的非可培养”状态。结果显示,保加利亚乳杆菌在牛奶中发酵48 h后pH值可达到3.40,酸度值可达212.00。在发酵前期接种阪崎克罗诺杆菌,48 h后pH值和酸度值分别为3.50和193.30;在发酵中期接种阪崎克罗诺杆菌,48 h后pH值和酸度值分别为3.47和214.30。发酵前期阪崎克罗诺杆菌的污染对保加利亚乳杆菌发酵结果的影响更大。阪崎克罗诺杆菌在牛奶中生长48 h后菌浓度可稳定在9.08 lg(CFU/mL);不论在牛奶经发酵前期或中期接种阪崎克罗诺杆菌,发酵后期平板计数法均检测不到阪崎克罗诺杆菌,但16s rDNA和PMA-qPCR技术均可检测到阪崎克罗诺杆菌活菌的存在。该研究结果说明,阪崎克罗诺杆菌在牛奶发酵后进入了“活的非可培养”状态,该状态的存在会导致该菌检测时活菌数量的低估,从而引发乳及乳制品的安全隐患。     

阪崎克罗诺杆菌分离菌株的核糖体分型研究

利用Riboprinter对分离到的15株阪崎克罗诺杆菌进行了鉴定及核糖体分型,并利用Bio Numeicrus软件对其结果进行分析,如果按照相似性大于80%计算,根据辛普森方程计算该分型方法的分辨率可达到0.808。结果表明,核糖体分型(ribotyping)是一种适用于阪崎克罗诺杆菌的快速分子分型方法,可将不通来源的阪崎克罗诺杆菌分离菌株区别开来,能够对由该菌引起的食品中毒事件能够进行快速的溯源。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对阪崎克罗诺杆菌的鉴定及溯源

目的研究不同样品前处理方法对VITEK~?基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(VITEK~?MALDI-TOF MS,以下简称VITEK MS)鉴定阪崎克罗诺杆菌的影响及该方法对阪崎克罗诺杆菌的分型溯源能力,研究VITEK MS与MALDI 7090~(TM)MALDI-TOF/TOF MS(以下简称MALDI 7090)所得图谱的异同。方法选取3种不同样品前处理方法处理18株阪崎克罗诺杆菌野生菌株、2株阪崎克罗诺杆菌标准菌株和2株非阪崎克罗诺杆菌标准菌株,比较VITEK MS鉴定结果与传统鉴定结果的一致性;通过VITEK MS的鉴定结果和图谱的比对,研究不同样品前处理方法对阪崎克罗诺杆菌鉴定的影响;利用VITEK MS质谱图特征峰的聚类分析,对20株阪崎克罗诺杆菌进行溯源研究;同时比较VITEK MS与MALDI 7090所得图谱,研究两者的异同。结果 20株试验菌株的VITEK MS鉴定结果均为阪崎克罗诺杆菌,与传统的鉴定结果一致,并与2株非阪崎克罗诺杆菌标准菌株能明显地区分;3种不同样品前处理方法得到的鉴定谱图与标准谱图比对获得的鉴定结果可信度之间差异无统计学意义(P0.05),但质谱图中质谱峰数量和相对峰强度有明显差异,其中甲酸提取法在2 000~15 000 m/z范围内,相对峰强度5 m V的质谱峰数量达15个以上。在相似水平为80%的条件下,VITEK MS的聚类分析将甲酸提取法的20株阪崎克罗诺杆菌分为5个群,通过聚类分析及菌株来源能够推测阪崎克罗诺杆菌传播途径。VITEK MS和MALDI 7090得到的谱图,两者特征峰的出峰位置与相对峰强度无明显差异。结论 MALDI-TOF MS技术可以准确鉴定阪崎克罗诺杆菌;甲酸提取法更适用于阪崎克罗诺杆菌的MALDI-TOF MS鉴定;MALDI-TOF MS技术对阪崎克罗诺杆菌的溯源研究具有重要价值;VITEK MS与MALDI 7090所得谱图无明显差异。     

阪崎克罗诺杆菌鉴定分型方法的比较及耐药特征分析

目的 开展乳粉原料中分离的阪崎克罗诺杆菌(Cronobacter sakazakii, C. sakazakii)鉴定分型比较研究及抗生素耐药基因特征分析。方法 采用形态学观察、生理生化特征分析、基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱法、16S rDNA测序分析,和基于全基因组测序技术的平均核苷酸一致性分析、多位点序列分型和基于全基因组的多位点序列分型技术,建立了对分离的2株C. sakazakii的鉴定分型方法,并对不同的方法进行比较,同时预测O-血清型和抗生素抗性基因。结果 本研究中分离菌株16-26、31-3经形态学、生理生化反应、16S rDNA、质谱和平均核苷酸一致性分析,均鉴定为C. sakazakii,可信度均在95%以上; MLST预测16-26为ST新型、31-3为ST4型, O血清型均为gnd 3型、galF 2型,均含有9种抗性基因, 2株C. sakazakii分离株的抗性基因呈现出多样性。结论 通过对分离的C. sakazakii进行鉴定分型比较研究,建立了一种基于表型和分子分型的食源性致病菌鉴定分型方法,为食源性致病菌的有效防控提供了有力的技术支撑和监管依据。     

培养条件对阪崎克罗诺杆菌食品分离菌株生物被膜形成的影响

目的研究不同培养条件对阪崎克罗诺杆菌食品分离菌株生物被膜形成的影响。方法从23株阪崎克罗诺杆菌食品分离菌株中筛选5株菌株作为研究对象,利用试管法和96孔微板法检测不同培养条件下阪崎克罗诺杆菌的菌膜形成情况。结果 5株菌株在胰蛋白胨大豆肉汤培养基(triptych soy broth,TSB)中均具有较强的成膜能力;培养基中添加不同浓度的营养因子对阪崎克罗诺杆菌生物被膜的形成影响不同,葡萄糖对5株阪崎克罗诺杆菌食品分离菌株的成膜能力有明显促进作用,乳糖的添加对阪崎克罗诺杆菌生物被膜形成有一定影响,但蔗糖的添加对阪崎克罗诺杆菌生物被膜形成影响不明显;培养基中添加一定浓度的氯化钠可以有效抑制阪崎克罗诺杆菌生物被膜形成;p H对阪崎克罗诺杆菌的成膜能力也有一定影响,中性环境有利于阪崎克罗诺杆菌的被膜形成。结论阪崎克罗诺杆菌食品分离菌株具有形成细菌生物被膜的能力,并且不同培养条件对阪崎克罗诺杆菌生物被膜的形成影响不同。     

婴幼儿食品源阪崎克罗诺杆菌的3种分型方法

阪崎克罗诺杆菌污染婴幼儿食品可能导致新生儿和婴幼儿脑膜炎、败血症和坏死性小肠结肠炎,对其健康造成严重威胁。采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)和肠杆菌间保守重复序列PCR(ERIC-PCR)对分离于婴幼儿配方乳粉、米粉和辅食中的阪崎克罗诺杆菌进行分子分型,计算3种分型方法的辛普森多样性指数(DI)值,评价3种方法的分型效率,以便精确和快速开展阪崎克罗诺杆菌流行病学研究。PFGE、MLST和ERIC-PCR可分别将37株阪崎克罗诺杆菌分为35个PFGE基因型、28个ERIC-PCR型和23个序列(ST)型,分型结果的DI值分别为99.55%,96.40%和98.05%。3种方法对阪崎克罗诺杆菌均具有较高的分型能力,其中PFEG分型能力最高,分型效率最佳。     

阪崎克罗诺杆菌的ITS序列分析

以分离自不同来源(不同地区乳制品及某一企业婴儿配方乳粉加工生产环境)、经API20E鉴定为阪崎克罗诺杆菌的37株分离株为研究对象,采用ITS序列对其进行鉴定分析。结果表明,ITS序列分析在阪崎克罗诺杆菌鉴定中具有一定的优越性,且研究发现,ITS序列中含有两种功能基因tRNAgul和tRNAile+ala,这为今后阪崎克罗诺杆菌的鉴定及ITS基因的进一步分析提供了可供参考的理论依据。     

阪崎克罗诺杆菌耐热性和耐酸碱性的研究

研究阪崎克罗诺杆菌分离菌株对温度及酸碱的耐受性,从而对婴儿配方粉生产过程中的阪崎克罗诺杆菌的污染进行控制。对4株来源不同的阪崎克罗诺杆菌进行不同温度和酸碱条件的处理,并将处理后的菌液涂布于TSA培养基观察菌株的存活情况;以阪崎克罗诺杆菌ATCC 29544为阳性对照。结果显示,不同来源的菌株对温度及酸碱的耐受性存在一定的差异,这为降低该菌的感染风险提供了依据。     

16S rDNA技术在乳粉阪崎肠杆菌监测中的应用

通过对婴幼儿奶粉中阪崎肠杆菌的检测,利用16S r DNA基因测序方法验证沙门显色培养基上分离到的蓝绿色的菌落进行监控的必要性。在进行监测的环境和原料样品中,通过对依据GB4789.4-2010监测沙门氏菌时从沙门氏菌显色培养基上分离出的,经API20E鉴定为阳性的阪崎肠杆菌的蓝绿色菌落进行基因测序。利用Micro SEQ ID微生物鉴定系统(ABI)进行16S r DNA基因测序分析,构建系统发育树,鉴定种属。结果表明:7株从沙门显色培养基上分离到的环境中的阪崎肠杆菌,经16S r DNA基因测序验证其中5株为阪崎肠杆菌,其余两株均为梨形肠杆菌。2株从沙门显色培养基上分离到的原料中的阪崎肠杆菌,经16S r DNA基因测序验证一株为梨形肠杆菌,另一株为溶解肠杆菌。实验过程中的9株菌,被证实为阪崎肠杆菌阳性的为5株,比例高达55.6%。由此可见,对沙门显色培养基上蓝绿色菌落进行监控十分必要,这一结论也为乳品企业中阪崎肠杆菌的防治、排查及溯源提供依据。     

限制性内切酶组合对阪崎克罗诺杆菌的脉冲场凝胶电泳基因分型效果的影响

目的利用多种限制性内切酶提高脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)技术对阪崎克罗诺杆菌(Cronobacter Sakazakii)的分型效果,找到更多的以PFGE为基础的阪崎克罗诺杆菌分子分型信息。方法本研究选用XbaⅠ、SpeⅠ、NheⅠ和BlnⅠ分别酶切34株克罗诺杆菌分离株的DNA,并经PFGE得到相应的基因图谱,通过束平均数、束菌株百分比、结与菌株比值与Simpson多样性指数对各限制内切酶以及结合酶的相对分辨率进行评价。结果 NheⅠ是PFGE单酶切分型中效果最好的一种限制性内切酶;4种限制性内切酶相结合的分型方法可提高PFGE阪崎克罗诺杆菌基因分型效果。结论运用PFGE技术对菌株进行亚分型时,选用的酶种类越多,则结果越可靠,使用XbaⅠ、SpeⅠ、NheⅠ、BlnⅠ4种内切酶结合分析,可以得到理想的菌株亚分型结果。     

粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌的污染状况及致病性阪崎克罗诺杆菌生物膜形成能力研究

目的 克罗诺杆菌是重要的常见食源性致病菌,了解我国粮食加工品和肉制品中克罗诺杆菌的污染情况及致病性,为食品中该菌的防控提供理论依据。方法 本研究对黑龙江、北京、河北等八个省份的226份食品样品的克罗诺杆菌污染情况进行检测分离,对分离菌株基于重组和修复蛋白(recombination and repair protein gene, recN)基因序列进行种间鉴定,并针对阪崎克罗诺杆菌应用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)进行分子分型以及对生物膜形成能力进行研究。结果 所有样品中克罗诺杆菌的检出率为18.58%,其中146份粮食加工品中32份检出克罗诺杆菌(检出率21.2%),80份肉制品中有10份检出克罗诺杆菌(检出率12.5%)。种间鉴定显示,94株为阪崎克罗诺杆菌,6株为丙二酸盐克罗诺杆菌,3株为都柏林克罗诺杆菌,3株为尤尼沃斯克罗诺杆菌,9株为苏黎世克罗诺杆菌。PFGE分型结果表明,94株阪崎克罗诺杆菌可被分为49个型别。结晶紫染色实验结果表明所有阪崎克罗诺杆菌均在36 h~60 h时间范围内达到最大菌膜生产量。结论 上述八个省份粮食加工品和肉制品中存在克罗诺杆菌的污染,其中阪崎克罗诺杆菌有多种PFGE带型,且均具有生物膜形成能力,为食品安全风险评估及标准制定提供基础数据,对公众卫生和健康具有重要意义。     

婴儿配方乳粉中克罗诺杆菌的分离鉴定及分型

采集了市场中的220份婴儿配方乳粉,利用生理生化和分子鉴定的方法对采集样品中的克罗诺杆菌进行了分离鉴定,检出10株克罗诺杆菌,污染率为4.55%。利用16S r RNA和omp A基因对克罗诺杆菌进行分型分析,都将10株克罗诺杆菌分为了2个簇,但是不同分型方法各个簇中的菌株不同。结果表明16S r RNA和omp A基因可以用于克罗诺杆菌的分型,但是辨识度不高。     

添加扩增内标的PCR方法快速检测食品中的阪崎克罗诺杆菌

为了解决常规PCR方法检测阪崎克罗诺杆菌时因检测过程中环境和食品理化因素的影响而导致的假阴性结果的产生,本研究以细菌16S rRNA基因为扩增内标对照,以阪崎克罗诺杆菌特异性基因grx B为靶基因设计了一对特异性引物,并通过优化PCR反应条件,最终建立了一种添加扩增内标的阪崎克罗诺杆菌PCR检测方法,可以指示PCR过程中因存在DNA聚合酶抑制剂而导致的假阴性结果。通过对20种细菌进行PCR检测显示,该方法对阪崎克罗诺杆菌具有良好的特异性。灵敏度实验结果表明,该检测方法对阪崎克罗诺菌纯DNA模板的检测灵敏度为2.15×102fg/μL,对阪崎克罗诺杆菌纯培养物的检测灵敏度为9.4×103CFU/m L。对人工污染婴幼儿奶粉的检测结果显示,阪崎克罗诺杆菌接种量为0.94 CFU/g的婴幼儿奶粉样品经过8 h增菌培养后,即可检出。食品样品检测结果表明,不添加扩增内标的PCR检测方法中出现的假阴性结果可被本方法检出。该检测方法特异性强、灵敏度较高,能消除阪崎克罗诺杆菌常规PCR检测方法中可能出现的假阴性结果,适用于婴幼儿配方乳粉、乳制品等食品中阪崎克罗诺杆菌的快速检测。     

硫辛酸对阪崎克罗诺杆菌感染能力的抑制作用

硫辛酸是一类天然的类维生素化合物,广泛分布于水果、蔬菜中。为评价硫辛酸对阪崎克罗诺杆菌感染能力的抑制作用,本研究探究了硫辛酸对阪崎克罗诺杆菌泳动及群集运动能力、生物被膜形成能力、黏附及侵入宿主细胞能力以及在巨噬细胞中存活及增殖能力的影响。结果表明,硫辛酸对阪崎克罗诺杆菌3株标准菌株和3株分离菌株的最小抑菌浓度均为5.00 mg/mL,硫辛酸对阪崎克罗诺杆菌ATCC 29544的亚抑制浓度为30、60μg/mL。亚抑制浓度的硫辛酸可抑制阪崎克罗诺杆菌的泳动及群集运动能力、生物被膜形成能力、黏附及侵入Caco-2细胞能力。此外,硫辛酸可降低阪崎克罗诺杆菌在小鼠巨噬细胞RAW 264.7中存活及增殖的能力。综上,硫辛酸可有效抑制阪崎克罗诺杆菌并降低其感染宿主的能力。硫辛酸有潜力作为膳食补充剂用于预防或控制由阪崎克罗诺杆菌引起的相关食源性疾病。     

食品中克罗诺杆菌分离菌株生物被膜形成、耐药性及毒力基因检测

研究食品中克罗诺杆菌分离菌株的生物被膜形成、耐药性以及携带毒力基因情况。在成都市周边农贸市场和路边小摊采集食品样品129份,采用DFI 阪崎肠杆菌显色培养基分离克罗诺杆菌;通过16S rRNA序列比对分析鉴定分离菌株;采用试管法和微孔板法分析菌株生物被膜形成能力,同时研究温度对细菌成膜能力影响;采用纸片法检测分离菌株对18种抗生素的耐药性;采用PCR方法检测分离菌株携带cpa、hly、sip 和ompX毒力基因情况。结果发现从129份食品样本中共检出克罗诺杆菌43株,检出率为33.3%。43株克罗诺杆菌食品分离菌株的成膜率为90.7%,并且温度对细菌成膜影响明显。四种毒力基因中,ompX检出率为100%;cpa检出率为13.9%;hly检出率为11.6%;sip基因未检出。耐药表型检测发现43株克罗诺杆菌食品分离菌株对青霉素、克林霉素、万古霉素、苯唑西林和杆菌肽B的耐药率为100%,对利福平的耐药率达97.7%;对红霉素的耐药率为7%;对环丙沙星、庆大霉素、四环素、氯霉素、亚胺培南、磺胺甲恶挫、呋喃妥因、头孢西丁、链霉素、阿米卡星、氧氟沙星等100%敏感。本研究表明克罗诺杆菌食品分离菌株具有较好的形成生物被膜能力,对常见的抗生素耐药率较高,并且分离菌株携带一定的毒力基因,对食品安全造成潜在威胁。