基于网络药理学分析红芪免疫调节的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨红芪药理作用的物质基础和作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索红芪的化学成分和相关作用靶点。进而采用Cytoscape3.6.1、STRING11.0软件构建化合物-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络、运用DAVID6.7在线数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究红芪的作用机制。结果:通过筛选得出20 个化合物和225 个相关靶点。PPI网络包含36 个靶点,关键靶点有NOS3、ESR1、HSP90AA1等。基因本体条目27 个,其中生物过程相关条目22 个,分子功能相关条目3 个,细胞组成相关条目2 个。京都基因与基因组百科全书通路8 条,涉及钙离子信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路、癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、前列腺癌信号通路、卵母细胞减数分裂信号通路、血管平滑肌收缩信号通路和细胞周期信号通路。结论:本研究初步阐明了红芪药理作用的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供参考。     

基于网络药理学分析金钗石斛治疗神经系统疾病的药效物质基础及作用机制

目的:基于网络药理学分析金钗石斛治疗神经系统疾病的药效物质基础及作用机制.方法:检索Si-noMed、中国知网、万方等数据库获取金钗石斛中的化学成分,将成分录入TargetNet数据库以获取潜在靶点,再将靶点导入CTD数据库检索相关疾病,导入DAVID数据库获取靶点的基因功能及作用通路.用Cytoscape软件构建成...     

基于网络药理学和实验验证探究金银花-黄连治疗咽炎的作用机制

目的 通过网络药理学方法对金银花-黄连治疗咽炎的作用机制进行预测,并进行初步动物实验验证。方法 通过TCMSP数据库筛选金银花与黄连的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得咽炎的靶点基因;利用R语言3.6.1截取交集网络获得候选靶点;借助Cytoscape3.7.1将“药物-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建PPI网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行GO富集分析和KEGG通路注释;使用AutoDock Vina 4.2.6,将关键靶点与关键成分进行分子对接,并使用PyMol进行可视化处理。最后通过急性咽炎大鼠实验模型验证金银花-黄连对两种靶点基质金属蛋白酶2(MMP-2)、白介素2(IL-2)的影响。结果 共获得33个有效化合物,183个不重复的靶标信息,46个疾病治疗靶点;GO与KEGG富集分析分别得到48条目和48条信号通路,主要涉及雌激素信号通路、促性腺激素释放信号通路、Ras信号通路、T细胞受体信号通路。分子对接结果显示金银花-黄连中有效成分黄柏酮、掌叶二蒽酮A与关键靶点MMP-2、表皮生长因子受体...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨白果抗氧化作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术初步探讨白果抗氧化的作用机制。方法：通过TCMSP数据库收集白果活性成分及靶点;利用GeneCards、OMIM和NCBI数据库对抗氧化靶点进行收集;利用STRING数据平台对药物和疾病靶标进行蛋白质-蛋白质相互作用分析(PPI),并将结果导入Cytoscape 3.9.1软件,拓扑分析得到核心靶点;基于核心靶点通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,建立“活性成分-核心靶点-通路”网络图并进行拓扑分析,筛选得到核心成分和核心靶点。利用AutoDock Vina进行分子对接对核心成分和核心靶点的相互作用进行验证。结果：共获得白果活性成分15个,对应靶点142个,疾病靶点11 255个,共有靶点139个。经过蛋白互作及拓扑分析,得到核心靶点13个,核心靶点涉及139个基因功能条目和71条通路(P<0.05)。将“活性成分-核心靶点-通路”网络图进行拓扑分析,共筛选出表没食子儿茶素没食子酸酯、槲皮素、β-胡萝卜素、山柰酚、芒柄花素、异鼠李素、β-谷甾醇和(+)-儿茶素共8个核心成分,以及CASP3、CCND1、MYC、CTNN...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

基于网络药理学分析咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法分析咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制。方法:通过文献挖掘和数据库检索获取咖啡酰奎宁酸类化合物作用靶点以及与II型糖尿病相关的疾病靶点,绘制咖啡酰奎宁酸类化合物的“成分-疾病-靶点”功效作用网络,对其进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,并将核心靶点蛋白与关键成分进行分子对接验证。结果:咖啡酰奎宁酸类化合物对应靶点483个,II型糖尿病相关靶点2214个,交集靶点211个,关键靶点37个。咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制主要涉及细胞外基质降解、基质金属蛋白酶的激活、胶原蛋白降解等多条通路,主要涉及AKT1、MMP3、MMP9、HIF1A、IGF1R、MAPK8等基因,这些基因主要通过调控葡萄糖代谢以及调节相关蛋白质发挥作用。化合物与分子靶点对接结果良好,验证了网络构建预测的准确性。结论:本研究预测了咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的关键靶点与作用机制,为深入开展咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的分子机制研究提供了科学依据。     

基于网络药理学探究绿豆养生酒功能成分影响高脂血症的作用机制

研究旨在通过分析绿豆大曲养生酒中的功能成分,研究网络药理学研究养生酒中多功效成分的协同作用,阐明其在高脂血症中的作用机制。利用LC-MS对绿豆大曲养生酒中成分进行检测,并使用TCMSP平台对其成分进一步筛选,确定功能成分组合;通过获取活性成分与高脂血症的交叉靶点,即为绿豆大曲养生酒影响高脂血症的潜在靶点基因。利用Cytoscape3.7.1绘制绿豆大曲活性成分-靶点-疾病网络图,构建蛋白互作（PPI）网络,并对共有靶点进行GO注释和KEGG富集分析获得通路-作用靶点网络图。结果显示：通过成分鉴定及筛选,确定17种绿豆大曲养生酒的关键活性成分及52个潜在作用靶点;富集分析获取20条与高脂血症有关的信号通路,发现支链氨基酸和不饱和脂肪酸在脂质代谢上发挥着主要的作用,其主要通过影响甲状腺通路,发挥降低胆固醇、改善血脂的作用。绿豆大曲养生酒中的微量功能活性成分通过多成分-多靶点-多信号通路协同调控高脂血症。     

基于网络药理学探讨鱼油抗抑郁作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨鱼油抗抑郁的作用机制。方法:通过PharmMapper、SwissTargetPrediction、DrugBank、GeneCards以及Disgenet等数据库获得鱼油治疗抑郁症的作用靶点;利用String网站与Cytoscape软件获得蛋白互作网络分析;通过DAVID 6.8数据库对潜在作用靶点进行富集分析;使用Cytoscape软件绘制成分靶点通路可视化网络图。结果:鱼油主要通过EPA与DHA发挥抗抑郁作用,其治疗抑郁症的相关靶点共115个,主要为MAPK3、MAPK1、CASP3、PPARG、PPARA、PTGS2、DRD2等。这些核心靶点作用于5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、花生四烯酸代谢通路等信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路,调节对药物的反应、类固醇激素介导的信号通路、氧化-还原过程等生物过程,发挥抗抑郁作用。结论:鱼油有助于治疗抑郁症具有多靶点、多通路的特点,可能通过5-羟色胺能突触通路、PPAR信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、花生四烯酸代谢通路等发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨常见酚酸提高机体免疫力的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究常见酚酸类化合物提高机体免疫力的分子机制。方法：利用TCMSP数据库、STITCH数据库、SwissTargetPrediction在线靶点筛选平台收集常见酚酸类化合物潜在靶点,并利用Cytoscape3.8.0软件构建酚酸类化合物-靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集免疫力相关靶点,与常见酚酸类化合物靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）分析,得到酚酸类化合物提高免疫力的核心作用靶点,将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后,应用AutoDock软件对关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果：共收集到常见酚酸类化合物36个,对应靶点496个,提高免疫力靶点16691个,二者取交集,获得酚酸类化合物增强免疫作用靶点454个,其中关键作用的靶点为SRC、MAPK1、HSP90AA1、AKT1、TP53等,发挥作用的主要成分为迷迭香酸、迷迭香酸甲酯、鞣花酸、阿魏酸乙酯、芥子酸等。GO及KEGG分析结果显示,常见酚酸类化合...     

基于网络药理学的葡萄籽油抗癌和抗肿瘤功能成分及机制研究

通过文献检索和TCMSP 数据库获取葡萄籽油主要活性成分信息及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM 数据库筛选出癌症和肿瘤相关靶点,借助Venn 在线平台获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-疾病靶点”网络图。使用String 数据库绘制蛋白互作 （PPI）网络,利用David 数据库对关键靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集及KEGG信号通路分析。研究基于网络药理学方法探讨葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用机制。结果显示,共筛选出葡萄籽油活性成分15种,获得靶点236个,从疾病数据库获得癌症和肿瘤相关靶点686个,通过Venn图获得药物与疾病共同靶点93个,PPI网络分析表明葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的关键靶点依次为信号转导子、转录激活子3、丝裂原激活的蛋白激酶1、丝裂原激活的蛋白激酶3、细胞肿瘤抗原p53等。GO功能分析获得P < 0.05的生物学过程477条,主要参与调控酶结合、蛋白质结合、转录因子结合、蛋白质异二聚活性、转录调控区DNA结合等生物学功能。KEGG通路富集分析获得P < 0.05的通路113条,涉及NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、p53信号通路、ErbB信号通路、mTOR信号通路、VEGF信号通路、Wnt信号通路等经典信号通路。研究预测葡萄籽油抗癌和抗肿瘤的功能成分及作用靶点、生物学过程与富集通路,揭示其作用机制,为葡萄籽油抗癌作用的进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和文献探讨异喹啉类生物碱抗肝癌研究进展

探索五种异喹啉类生物碱抗肝癌的作用机制。借助TCMSP、String、venny数据库与WebGestalt在线分析软件获取靶点并进行蛋白互作网络（PPI）、基因本体（GO）、基因相互作用（KEGG）功能富集分析,利用Cytoscape软件构建网络。同时查阅文献并进行归纳、整理和分析得到小檗碱型中的小檗碱、双苄基类生物碱的粉防己碱、苯菲啶喹啉类的血根碱、吗啡烷类中的青藤碱和吡咯菲里啶中的石蒜碱等几种常见的生物碱,根据结构作用机制阐述每一类代表性异喹啉类生物碱治疗肝癌的潜力及抗肝癌作用机制。五个活性成分共筛选得到52个作用靶标如p53（抑癌基因）、NCOA2（核受体共激活剂2）、IL-2（白介素2）,主要涉及钙离子信号通路、雌激素受体信号通路和PI3K/Akt信号传导途径等通路。通过网络药理学和文献收集证实异喹啉类生物碱可能参与调控PI3K-Akt通路等,可以通过多靶点、多通路对肝癌产生治疗作用,为进一步研究异喹啉类生物碱抗肝癌的临床研究提供参考和依据。     

基于网络药理学和分子对接探究黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病的作用机制

本文利用网络药理学和分子对接技术探索黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病(IDD)的作用机制.综合利用TCMSP、Swiss Tagert Prediction和Genecards等在线数据库搜集黄芪-女贞子化学成分及治疗IDD靶点,构建黄芪-女贞子治疗IDD的"化合物-靶点-疾病"和蛋白互作网络;基于DAVID数据库及Clue...     

基于网络药理学探讨北沙参的抗炎机制

北沙参为伞形科植物珊瑚菜的干燥根,药食两用,具有清肺热、止咳润肺的功能.现代研究表明,北沙参还具有抗菌、抗炎、抗氧化的功效.然而其抗炎功效的分子机制尚不明确.本研究运用TCMSP、PubChem、SEA、UniProt、GeneCards等数据库,收集北沙参所含成分中的活性化合物、活性化合物对应的靶点、抗炎作用相关靶点...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制

目的:通过网络药理学方法和分子对接技术,探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制.方法:利用中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中医药综合数据库(Tradition...     

红曲桔霉素致毒机理的网络药理学分析

为探讨红曲中桔霉素导致毒性的内在机理,通过搜索Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Comparative Toxicogenomics Database和GeneCards数据库,利用Metascape、Kobas 3.0、Cytoscape 3.7.2和AutoDock软件,开展了网络药理学分析。结果显示,通过筛选去重获得桔霉素与“liver toxicity”和“kidney toxicity”相关的潜在靶点110个,GO 富集分析功能条目496条,其中涉及分子功能、生物过程和细胞组成的条目分别为97、354和45条。KEGG信号通路富集靶点数和显著性均较高的是肿瘤MicroRNA通路、肿瘤通路、乙型肝炎等通路。桔霉素可能通过TP53、CASP3、MAPK3和ALB等关键靶点导致肝肾毒性。分子对接实验证明,桔霉素与靶点可以结合,揭示了桔霉素导致肝肾毒性的潜在作用靶点和信号通路,为进一步研究桔霉素致毒机理和健康防护提供理论参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨紫苏籽抗癌抗肿瘤的分子机制

采用网络药理学和分子对接的方法对紫苏籽成分、靶点、通路与癌症肿瘤的治疗进行系统研究。借助TCMSP、Genecards、Uniprot数据库收集紫苏籽成分、靶点以及癌症和肿瘤的靶点,使用Cytoscape软件构建紫苏籽成分、靶点与癌症肿瘤之间的网络图;通过STRING数据库进行蛋白互作网络分析,并借助DAVID平台进行GO功能和KEGG富集,采用Auto Dock将紫苏籽的活性成分和抗癌抗肿瘤靶点进行分子对接。结果表明：共筛选出紫苏籽抗癌抗肿瘤作用的靶点72个,对应17种有效成分。KEGG信号通路涉及的癌种包括膀胱癌、甲状腺癌、胰腺癌等。分子对接结果显示木犀草素和TP53对接活性最好。结论：该研究通过构建紫苏籽成分—靶点—疾病网络,挖掘紫苏籽抗癌抗肿瘤的关键靶点,并模拟靶点蛋白和活性成分的分子对接,为紫苏籽在临床应用及机制研究等方面提供了方向和思路。     

基于网络药理学和分子对接研究鸡血藤抗骨质疏松的药效物质及作用机制

目的:探讨中草药鸡血藤抗骨质疏松的药效物质及作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选化合物,应用PharmMapper数据库获得靶标,通过Cytoscape 3.7.2软件对化合物-靶点网络进行ClueGo注释和KEGG富集分析,确定鸡血藤抗骨质疏松作用的关键通路,并通过CytoNCA插件计算节点的介数、接近中心性和子...