基于网络药理学和分子对接技术预测山楂治疗冠心病潜在分子机制

通过网络药理学和分子对接技术探究山楂治疗冠心病的活性成分及作用机制,借助TCMSP、Gene Cards、OMIM等数据库搜集靶点信息,通过STRING数据库构建PPI网络图,对共同靶点进行GO、KEGG通路富集分析,最后将活性成分与核心靶点进行分子对接,初步验证网络药理学结果。共筛选出6个山楂活性成分（谷甾醇、山萘酚、豆甾醇、槲皮素、表儿茶素、异鼠李素）,10个山楂治疗冠心病核心靶点（JUN、AKT1、TNF、MAPK1、TP53、RELA、IL6、MAPK8、MAPK14、EGFR）。KEGG通路富集结果显示,山楂防治冠心病通路涉及癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙肝、MAPK信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、异鼠李素和山萘酚均与核心靶点的结合性较好,推测这些成分可能为治疗冠心病的主要活性成分。山楂可能通过多成分（异鼠李素、山萘酚、槲皮素）作用于MAPK8、MAPK1、RELA等关键靶点,调节MAPK等多条信号通路来治疗冠心病,初步揭示山楂治疗冠心病的潜在作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨毛建茶干预高脂血症的作用机制

本研究旨在运用网络药理学方法和分子对接技术综合解释毛建茶干预高脂血症的核心成分和作用机制。利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选得到毛建茶中8 个活性成分和160 个干预高脂血症作用的靶点，构建“毛建茶-活性成分-交集靶点-高脂血症”网络。基因本体通路分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析结果显示，毛建茶干预高脂血症主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、胰岛素抵抗和过氧化物酶体增殖物激活受体等信号通路；分子对接及可视化分析结果表明，毛建茶核心成分与关键靶点间均能稳定结合。综上，毛建茶通过多成分-多靶点-多通路协同作用干预高脂血症，研究结果可为代用茶植物资源的开发与利用提供理论依据。     

基于网络药理学探讨预知子抗抑郁的作用机制

目的:运用网络药理学的方法揭示预知子抗抑郁的作用机制。方法:采用TCMSP、PharmMapper、Swiss TargetPrediction和GeneCards数据库挖掘预知子的活性成分及其抗抑郁的作用靶点,采用String数据库获取蛋白-蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件构建预知子的成分-作用靶点和PPI网络,利用DAVID数据库对关键靶点的GO和KEGG信号通路进行富集分析。最后,采用AutoDockTools-1.5.6 软件进行分子对接验证。结果:筛选得到预知子的木通苯乙醇B、豆甾醇葡萄糖苷、齐墩果酸等6个核心活性成分,EGFR、MAPK1/8、SRC、HSP90AA1、AR等8个重要抗抑郁靶点。参与调控的16条抑郁相关的信号通路包括催乳素信号通路（Prolactin signaling pathway）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、GnRH信号通路（GnRH signaling pathway）、黏着斑（Focal adhesion）等。分子对接结果显示预知子核心活性成分与靶点具有较好的结合活性。结论:预知子抗抑郁的作用机制可通过多成分-多靶点-多通路的综合作用而实现。     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于网络药理学研究核桃改善记忆的功能（网络首发、推荐阅读）

基于网络药理学研究核桃改善记忆的作用机制,采用TCMSP数据库对核桃活性成分和相应的靶点进行筛选,并利用Geencard和OMIM数据库查找记忆相关靶点,通过Cytoscape3.7.1软件构建“活性成分-靶点”关联网络, 并对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析。将网络药理学分析的核桃活性成分和作用靶点通过分子对接验证,核桃主要通过鞣花酸、没食子酰葡萄糖、胡桃醌等8个活性成分改善记忆,通过调控PTGS2、PRKCA、PRKCB等靶点,调节血管内皮生长因子信号通路、NF-κB信号通路、MAPK信号通路来改善记忆功能。分子对接表明核桃的活性成分鞣花酸、没食子酰葡萄糖与PRKCA、PRKCB等靶点有较强的结合。本实验为核桃改善记忆的功能产品开发提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨紫苏籽抗癌抗肿瘤的分子机制

采用网络药理学和分子对接的方法对紫苏籽成分、靶点、通路与癌症肿瘤的治疗进行系统研究。借助TCMSP、Genecards、Uniprot数据库收集紫苏籽成分、靶点以及癌症和肿瘤的靶点,使用Cytoscape软件构建紫苏籽成分、靶点与癌症肿瘤之间的网络图;通过STRING数据库进行蛋白互作网络分析,并借助DAVID平台进行GO功能和KEGG富集,采用Auto Dock将紫苏籽的活性成分和抗癌抗肿瘤靶点进行分子对接。结果表明：共筛选出紫苏籽抗癌抗肿瘤作用的靶点72个,对应17种有效成分。KEGG信号通路涉及的癌种包括膀胱癌、甲状腺癌、胰腺癌等。分子对接结果显示木犀草素和TP53对接活性最好。结论：该研究通过构建紫苏籽成分—靶点—疾病网络,挖掘紫苏籽抗癌抗肿瘤的关键靶点,并模拟靶点蛋白和活性成分的分子对接,为紫苏籽在临床应用及机制研究等方面提供了方向和思路。     

生姜对新型冠状病毒肺炎的防治作用探讨

采用药物生物信息学方法探讨生姜防治2019年新型冠状病毒疾病（COVID-19）的作用机制。以生姜3种活性成分（6-姜辣素、8-姜酚和10-姜酚）为研究对象,采用化学相似性搜索方法预测潜在作用靶蛋白,同时采用人工数据挖掘病毒性肺炎疾病相关蛋白,并用String 11.0构建蛋白相互作用网络。由交集获得生姜活性治疗病毒性肺炎疾病的核心靶蛋白,通过Omicshare和DAVID数据库分别对核心靶蛋白的基因本体富集和KEGG通路分析,采用Cytoscape构建生姜“活性成分-靶点-通路”网络图。结果显示,生姜活性成分涉及168个靶点,病毒性肺炎疾病相关蛋白有253个。由交集获得的18个核心靶蛋白与生姜防治病毒性肺炎相关。GO富集分析表明核心蛋白作用与炎症反应和免疫调节、细胞因子介导受体等有关。核心靶蛋白参与的KEGG通路有21条,涉及病毒感染、趋化因子通路和众多癌症通路等。研究结果表明生姜活性成分是通过多靶点和多通路对机体起整体调控作用。本研究为生姜防控COVID-19提供理论依据,也为饮食调理提供参考。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨辣木叶抗肥胖的作用机制

目的：本研究基于网络药理学和分子对接技术预测和验证辣木叶活性成分抗肥胖的分子靶点和途径,探索辣木叶活性成分的抗肥胖作用及潜在机制。方法：利用PubChem、DisGeNET数据库和SwissADME、Swiss Target Prediction在线预测平台获取辣木叶活性成分靶点和肥胖相关靶点;利用Venny 2.0.1平台对活性成分靶点和肥胖相关靶点取交集,筛选出关键靶点,并利用STRING 11.0数据库进行PPI网络的核心靶点分析;采用Cytoscape3.8.2软件,构建“成分-靶点”相互作用网络,筛选出核心活性成分;基于David数据库进行GO功能富集和KEGG通路分析;最后,运用Auto Dock 4.2软件对通路富集靶点与核心成分进行分子对接。结果：筛选出辣木叶活性成分50个,共确定了126个辣木叶抗肥胖的核心靶点,其中主要活性成分为鼠李黄素、胆甾-5烯-3醇、杨梅素、木犀草素等。GO及KEGG分析结果显示,辣木叶活性成分通过RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、信号传导、基因表达的正调控、蛋白质磷酸化及凋亡表达的负调控等生物过程,通过HIF-1、胰岛素抵抗、二型糖尿病、胰岛...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制

目的:通过网络药理学方法和分子对接技术,探讨益肝草凉茶解酒保肝的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中医药综合数据库（Traditional Chinese Medicines Integrated Database,TCMID）、中药分子机制生物信息学分析工具(A Bioinformatics Analysis Tool for Molecular MechANism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM）、SwissTargetPrediction和TargetNet等数据库,检索益肝草凉茶中9味中药的活性成分及相关靶点;通过比较毒理基因组学数据库（The Comparative Toxicogenomics Database,CTD）、功能关联蛋白网络数据库（Functional Protein Association Networks,STRING）以及蛋白数据库（Universal Protein,Uniprot）数据库获取肝病相关的靶点;通过药物作用靶点及肝病靶点互作筛选益肝草凉茶解酒保肝的靶点,进一步构建解酒保肝靶点的蛋白相互作用网络;通过生物学信息注释数据库（Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis,DAVID）数据库进行靶点蛋白的基因功能与通路分析;采用Cytoscape软件进行网络构建与分析;借助AutoDock软件,将关键成分与重要靶点进行分子对接验证。结果:本研究共收集到益肝草凉茶的活性成分186个,可作用于298个靶点,其中涉及到肝脏疾病的靶点有78个。预测靶点主要作用于癌症的途径、钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路等通路发挥保肝护肝作用。结论:本研究揭示了益肝草凉茶可通过多成分、多靶点、多通路的作用特点调控网络发挥解酒保肝的功效,为其治疗酒精性肝病的研究和临床应用提供科学依据。     

核桃仁预防动脉硬化性心血管疾病的网络药理学分析

采用网络药理学与分子对接方法探讨核桃仁中活性成分预防动脉硬化性心血管疾病（ASCVD）的作用机制。通过TCMSP筛选得到34种核桃仁主要活性成分,并利用SwissTargetPrediction数据库预测其潜在靶点,用Genecards、OMIM及DRUGBANK数据库筛选ASCVD相关靶点。利用STRING数据库以及Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络图提取核心靶点。运用Metascape数据库对潜在靶点进行GO富集及KEGG通路分析。富集分析发现,核桃仁可调节PPAR信号通路、粘附连接、血小板活化、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥作用。通过分子对接技术验证了关键成分（槲皮素、杨梅素、鞣花酸、山萘酚）与核心靶标（AKT1、EGFR、SRC、CCND1、ERBB2）具有较好的结合活性。结果表明,核桃仁可能通过调控细胞增殖与炎症反应参与发挥延缓ASCVD的作用。     

基于代谢组学及网络药理学分析天麻熟制过程中生物学活性变化

目的:通过代谢组学、网络药理学及分子对接技术阐述天麻在熟制过程中成分及其药理活性变化。方法:使用LC-QTOF-MS及R语言对天麻成分进行检测和分析;通过PubChem数据库及文献查找筛选出具有生物活性的成分;使用Swiss target prediction数据库及SEA数据库对成分靶点进行预测,GeneCards数据库和OMIM数据库获取疾病靶点;通过STRING 11.5数据库及Cytoscape3.8.2软件绘制药物-化合物-靶点网络及靶点蛋白互作网络,筛选关键成分及靶点;通过DAVID数据库和OmicShare Tools对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析。结果:在熟制天麻和新鲜天麻中找出89种在含量方面具有差异的成分;分别筛选出11种具有治疗惊厥作用的成分以及410个潜在靶点,5种具有治疗糖尿病及其并发症作用的成分及698个潜在靶点;GO和KEGG富集分析发现天麻通过IL-17信号通路、cAMP信号通路、神经活性物质受体信号通路、阿尔茨海默病信号通路以及多巴胺能神经突触信号通路治疗惊厥,通过AGE-RAGE信号通路、HIF-1、VEGF以及TNF信号通路治疗糖尿病...     

基于UPLC-Q-Orbitrap HRMS和网络药理学分析五味子治疗非酒精性脂肪肝的物质基础及作用机制

目的:基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱法(UPLC-Q-Orbitrap HRMS)、网络药理学方法及分子对接技术探索五味子治疗非酒精脂肪肝的物质基础与作用机制.方法:利用UPLC-Q-Orbitrap HRMS技术鉴定五味子中的化学成分.利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和SwissT...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制.方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库荻取肥胖疾病靶点.取绞股蓝作...     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制.方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点.应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点.通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释(GO)及通路富集分析(KEGG...     

基于网络药理学与分子对接技术探究逍遥丸治疗乳腺增生的作用机制（网络首发、推荐阅读）

用网络药理学方法进行逍遥丸治疗乳腺增生过程的机制研究.通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)进行逍遥丸活性成分的搜集和筛选,将纳入的化合物成分通过TCMSP数据库进行成分的靶点预测;在GeneCards数据库,NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行乳腺增生疾病靶点筛选;取药物靶点和疾病靶点作韦恩图,并利用共有靶点在String数据库中作PPI网络图,利用拓扑分析和MCODE聚类分析筛选核心靶点和核心基因;在cytoscape 3.8.0软件中进行关键活性成分的筛选;关键靶点使用String数据库进行GO分析和KEGG分析,将相关结果导入Cytoscape3.8.0绘制成分—疾病—通路—靶点网络图.结果表明,筛选得到逍遥丸各药活性成分及靶点,其中与乳腺增生相关的有169个靶点.STAT3、AKT1、MAPK1、JUN、MAPK3等20个靶点为该药治疗乳腺增生的关键靶点,HTR2A、IL2、TOP2A、PCNA、MMP1为该药治疗乳腺增生的核心基因.槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、叶黄素(luteolin)、柚皮素(naringenin)、甘草酮a(licochalcone a)、7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-Methoxy-2-methyl isoflavone)、芒柄花素(formononetin)、醋栗素(acacetin)等可能是逍遥丸治疗乳腺增生发挥作用的主要活性成分.GO富集分析总共富集到2328条生物过程,160项分子功能相关,47项细胞组成相关.通路富集分析显示与166条通路相关,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、TH17细胞分化、流体剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路.分子对接验证结果说明关键活性成分与核心靶点均对接良好.     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖症的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病的作用机制。方法首先利用(中药系统药理学数据库与分析平台)TCMSP数据库,对黄芪、黄连的活性成分进行挖掘。利用UniProt数据库对靶点进行校正。再以儿童肥胖病(childhood obesity)为查找条件,通过Gene Cards、OMIO数据库筛选儿童肥胖病的相关靶点,并与“黄芪-黄连”药对的作用靶点进行选取交集处理,得到该药对治疗儿童肥胖病的有效靶点。利用String数据库对上述靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络预测,之后利用Bioconductor数据库进行GO和KEGG富集分析,最后利用AutoDock软件对度值较高的药物成分和核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出“黄芪-黄连”药对67个药物活性成分及95个治疗儿童肥胖病的靶点。通过PPI网络分析,“黄芪-黄连”药对治疗儿童肥胖病可能与MAPK8、EGFR、IL6、ESR1、VEGFA、CCND1、AR、MYC、CASP3、PPARG等蛋白靶点有关。GO功能富集分析显示“黄芪-黄连”药对的主要功能为蛋白质异源二聚化、近端启动子序列特异性DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、染色质结合、泛素样蛋白连接酶结合等;KEGG通路分析涉及的主要通路为PI3K/Akt、MAPK信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒、人巨细胞病毒感染等。分子对接表明“黄芪-黄连”药对的主要活性成分与疾病的核心靶点有较稳定的结合活性。结论“黄芪-黄连”药对可直接或间接作用于PI3K/Akt通路,主要通过调节细胞分裂、抑制炎症等治疗儿童肥胖症。     

基于网络药理学探讨桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接技术探究桦褐孔菌降血糖功效成分及作用机制研究。方法:通过文献大数据挖掘获取桦褐孔菌主要成分，利用OMIM、DisGeNET和GAD数据库收集降血糖相关基因，Cytoscpe软件构建桦褐孔菌成分-靶点相互关系网络。主要靶点通过DAVID数据库进行GO和KEGG富集，并对KEGG信号通路进行可视化。最后，采用PyRx软件对成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到25, 26-二羟维生素D、桦褐孔菌酸，栓菌酸和桦褐孔菌醇烷D等19种成分为桦褐孔菌降血糖的功效成分，作用于AKT1、AGTR1、ADRA2B和HSP90AA1等21个关键靶点，参与调控89条信号通路。分子对接结果发现疏水作用和氢键连接是其主要的作用形式。结论:本研究通过桦褐孔菌主要成分降血糖的功效研究筛选出19个核心活性成分，为桦褐孔菌相关产品开发及其质量控制提供科学的依据。