PCR-DGGE分析东北自然发酵酸菜中的微生物多样性

为了探明传统的自然发酵酸菜中微生物的多样性和优势菌群,通过聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析酸菜发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:东北自然发酵酸菜中的细菌种类比较丰富,真菌在酸菜中存在相对较少。东北自然发酵酸菜在发酵早期的活跃菌为明串珠菌(Leuconostoc sp.),而后是发酵产酸的嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、发酵乳杆菌(L.fermentum)和植物乳杆菌(L.plantarum),最后是由植物乳杆菌完成发酵过程。其中明串菌株为酸菜发酵前期优势细菌,植物乳杆菌为发酵中后期优势细菌,东北自然发酵酸菜发酵过程中主要真菌为汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)、热带假丝酵母(Candida tropicalis)、扩展青霉(Penicillium expansum),真菌数量随发酵时间的增加而减少,且种类也随时间的变化而不断变化。     

PCR-DGGE分析木瓜酵素自然发酵过程中微生物的多样性

为探究木瓜酵素自然发酵过程中的微生物多样性及变化规律,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析木瓜酵素自然发酵过程中细菌和酵母的多样性及变化规律。结果表明,木瓜酵素自然发酵过程中主要细菌有植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、假肠膜明串珠菌(Leuconostoc pseudomesenteroides)、类肠膜魏斯氏菌(Weissella paramesenteroides)及不可培养的丙酸菌(Uncultured Propionibacterium sp.),其中植物乳杆菌为主要优势细菌;主要酵母有:酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、假丝酵母(Candida xestobii、Candida intermedia)、毕赤酵母(Pichia guilliermondii、Komagataella phaffii、Pichia punctispora、Pichia galeiformis)、棒孢酵母(Clavispora sp.)及Cyberlindnera fabianii,其中酿酒酵母和毕赤酵母为主要优势酵母;Lac plantarum、Pic galeiformis分别与Uncultured Propionibacterium sp.、Cyb fabianii之间的亲缘性较高,与其他菌之间的亲缘性较小。木瓜酵素自然发酵过程中菌群交替生长,有一定的亲缘性,菌落结构变化较小,分布较为均匀,这为进一步的研究提供理论基础。     

PCR-DGGE分析吉林市传统发酵豆酱中细菌的多样性

该研究以吉林市农家传统发酵豆酱为试材,利用PCR-DGGE技术分析豆酱不同发酵阶段细菌的生物多样性及变化规律。结果表明,豆酱发酵过程中细菌菌群种类较为丰富,主要有戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceu）、乳明串珠菌（Leuconostoc lactis）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、屎肠球菌（Enterococcus faecium）、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、弗氏柠檬酸杆菌（Citrobacter freundii）、霍氏肠杆菌（Enterobacter hormaechei）、产酸克雷伯氏菌（Klebsiella oxytoca）、不可培养杆菌（uncultured bacterium）。其中乳酸菌是发酵过程中的优势菌,对豆酱的风味起着主要作用。传统豆酱发酵过程中菌群有一定的亲缘性,菌落结构变化较小,为传统发酵豆酱的进一步开发和研究提供理论基础。     

PCR-DGGE分析西藏雪莲菌细菌多样性

细菌是雪莲菌中的重要功能菌群,对于雪莲菌的形成及其功能作用的发挥有着重要作用,因而探明其细菌的种群特征具有重大意义。本文采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和16S r DNA测序技术对3个西藏雪莲菌颗粒(A、B和C)中细菌多样性进行了研究。DGGE电泳结果显示,样品的丰度值介于12~16之间,细菌多样性指数在1.79~2.11之间,相似性指数在0.62~0.77之间。通过对DGGE指纹图谱优势条带切胶测序结果显示:它们分别属于马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir)、气单胞菌属(Aeromonas)和醋酸菌属(Acetobacter)。旨在为雪莲菌微生物资源开发以及加快雪莲菌工业化生产奠定基础。     

应用PCR-DGGE方法研究甜酒曲中真菌多样性

提取6种甜酒酒曲的总DNA,利用真菌18S rRNA基因片段的通用引物NS1、Fung-GC,采用变性梯度凝胶电泳（PCR-DGGE）方法,进行不同甜酒酒曲中真菌多样性的分析。结果表明,6种甜酒酒曲中共分离出3属真菌和不可培养真菌,湖南韶山的甜酒曲中主要是扣囊复膜酵母属和根霉属的菌株;湖南湘潭甜酒曲中的真菌为酿酒酵母属、扣囊复膜酵母属和根霉属;湖南祁东、福建福州和浙江丽水甜酒曲中的真菌均为酿酒酵母属、扣囊复膜酵母属、根霉属和不可培养真菌;浙江兰溪甜酒曲中的真菌为根霉属和不可培养真菌。在传统的酒曲中的真菌主要是酿酒酵母属和扣囊复膜酵母属,此外不可培养真菌在甜酒酒曲中也起到非常重要的作用。     

新疆酸驼乳微生物种群结构的PCR-DGGE 分析

采用PCR-DGGE 技术,比较新疆传统发酵酸驼乳中微生物种群结构及图谱相似性。结果表明：不同来源的酸驼乳中微生物组分存在差异,9 份样品间细菌种群结构的相似性为78%～84%,5 份样品间酵母菌种群结构的相似性为80%～92%。对酸驼乳细菌和酵母菌DGGE 图谱上主要条带的DNA 进行测序和序列分析。结果表明：酸驼乳中细菌组成包括巨型球菌(Macrococcus caseolyticus)、瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、希腊魏氏菌(Weissella hellenica)、清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)、肠球菌(Enterococcusdurans)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)及乳酸明串珠菌(Leuconostoc lactis)等;酵母菌主要包括巨大克洛维酵母(Kluyveromyces marxianus)、单孢酿酒酵母(Kazachstania unispora)、嗜酒假丝酵母(Candida ethanolica)及一种地霉菌(Geotrichum sp.)。     

基于PCR-DGGE分析不同品牌郫县豆瓣酱真菌多样性

以不同品牌的郫县豆瓣酱为研究对象,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳免培养技术分析样品中微生物真菌菌群结构,并对典型条带进行测序,构建系统发育进化树。结果表明:郫县豆瓣酱真菌菌群种类较丰富,不同品牌的郫县豆瓣酱真菌菌群既包含共有菌群又存在一定差异。假丝酵母(Candida sp.)、曲霉(Aspergillus)、鲁氏酵母(Zygosaccharomyces rouxii)、奥默柯达酵母菌(Kodamaea ohmeri)是优势种群,尤其是黄曲霉(Aspergillus flavus)共有10个条带,占整个测序条带32.25%,表明郫县豆瓣酱的生产应特别注意防控黄曲霉。     

PCR-DGGE分析天源酱园豆酱发酵过程中微生物多样性

以天源酱园生产豆酱为研究对象,通过PCR-DGGE指纹图谱技术分析豆酱发酵过程中微生物群落动态变化。结果表明:豆酱发酵过程中的优势细菌为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis,相似率98%)和未培养明串珠菌克隆(uncultured Leuconostoc sp.clone,相似率100%)的近缘种,其中芽孢杆菌协助真菌分解原料中蛋白质和淀粉,明串珠菌有助于豆酱风味物质的形成;豆酱发酵过程中主要真菌为米曲霉(Aspergillus oryzae,相似率99%)的近缘种,在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀粉。     

PCR-DGGE技术检测羊羔美酒大曲中细菌多样性

目的：使用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denatured gradientgelelectrophoresis,PCR-DGGE）技术检测羊羔美酒大曲中的细菌,探寻酒曲中细菌菌群的多样性组成,研究羊羔美酒的风味特征。方法：对羊羔美酒大曲进行样品处理、提取总DNA、PCR扩增、DGGE条带的切胶与测序分析。结果：利用PCR-DGGE技术检测到羊羔美酒大曲中包含魏斯氏菌属（Weissella）、乳杆菌属（Lactobacillus）、片球菌（Pediococcus）、芽孢乳杆菌（Sporolactobacillus）、葡萄球菌（Staphylococcus）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）和4 个不可培养的细菌种类。结论：羊羔美酒大曲中细菌菌群多样性丰富,其中乳酸菌菌群是最大的细菌群系。     

PCR-DGGE分析资中冬尖发酵过程中细菌多样性

目的:采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析资中冬尖发酵过程中微生物群落结构及其动态变化。方法:从资中采集4份不同发酵年份冬尖样品,提取样品总DNA,采用巢式PCR法扩增细菌16S r DNA V3区,扩增产物采用DGGE分离,对细菌主要优势条带进行克隆、测序、构建系统发育树。结果:冬尖在发酵过程中细菌多样性较丰富,且群落结构发生了较大变化。不同发酵时间样品间,细菌群落结构相似性为9%~67%,其中第2年与第3年样品相似性最高,达67%。资中冬尖发酵过程中,所涉及的细菌主要分为3类,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)和非培养菌,其中厚壁菌门为优势菌群,占53%;变形杆菌门占37%;非培养菌仅占10%。结论:采用PCR-DGGE技术能更全面、更真实地反映资中冬尖在发酵过程中微生物群落的多样性及其动态变化,为冬尖的生产工艺和风味物质的形成提供理论支撑。     

基于PCR-DGGE技术的古襄阳白酒窖泥微生物多样性分析

为明确湖北省襄阳市古襄阳酒厂新老窖泥的细菌与乳酸菌群落多样性,使用变性梯度凝胶电泳法对窖泥样品中的总细菌与乳酸菌群落结构进行研究。结果显示,古襄阳新窖与老窖窖泥中的微生物群落结构具有极大差异,老窖窖泥中的细菌群落多样性更高,可以分为2个菌门:厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),其中厚壁菌门的细菌最为丰富,可以分为6个科,进一步可分为6个已知属,及3个待定属。总体上来说,老窖窖泥中的细菌以梭菌为代表的厚壁菌门为主;而新窖中的细菌群落结构风度低于老窖,主要以耐酸乳杆菌为主。进一步的研究表明,老窖中的乳酸菌以肠球菌属(Enterococcus)以及乳杆菌属(Lactobacillus)为主。从垂直空间分布上来看,新窖窖泥中的细菌与乳酸菌群落结构并明显变化。     

PCR-DGGE技术分析腌制麻竹笋中微生物多样性

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳（polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE）技术对盐质量浓度5 g/100 mL和19 g/100 mL腌制麻竹笋的微生物区系进行研究。结果表明,经DNA提取、巢式PCR、DGGE电泳和克隆测序后,从低盐质量浓度（5 g/100 mL）腌制笋中分离出4 条明显的亮带,经鉴定分别为食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）、乳球菌属（Lactococcus sp.）、魏斯氏菌属（Weissella sp.）和乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）;从高盐质量浓度（19 g/100 mL）腌制笋中分离出5 条明显的亮带,经鉴定分别为绿色气球菌（Aerococcus viridans）、赖氨酸芽孢杆菌属（Lysinibacillus sp.）、未得到培养的细菌（unculturedbacterium）、厌氧芽孢杆菌属（Anoxybacillus sp.）和芽孢杆菌属（Bacillus sp.）;低盐腌制笋的优势菌多为益生菌,而高盐腌制笋的优势菌则多为抗性较强的菌。基于16S rDNA的PCR-DGGE技术为分析腌制麻竹笋中微生物多样性提供了一条可靠、快速的有效途径。     

PCR-DGGE技术对中华开菲尔微生物菌群的分析

为了解中华开菲尔微生物菌群的结构特征,本论文运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对开菲尔菌株发酵过程中微生物菌群的结构变化进行了实验分析,结果表明:细菌菌群DGGE图谱上出现有三种不同迁移位置的斑带,而酵母菌群DGGE图谱上只有一条斑带;经过DNA序列的对比分析可知:细菌菌群分别为肠膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)、马乳样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)和开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir),它们的序列同源性都达到100%;酵母菌群为德尔布有孢圆酵母(Torulaspora delbrueckii),其序列同源性为99%。本论文首次报道了德尔布有孢圆酵母在开菲尔菌落中的存在。     

鲫鱼贮藏过程中微生物菌相PCR-DGGE分析及其防腐保鲜

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-amplification and denaturing gradient gel electrophorsis,PCR-DGGE)技术,分析4℃冷藏条件下鲫鱼肌肉和鱼鳃的菌相组成及变化,并利用不同浓度(效价分别为67 608、32 359、2 239、1 820、1 157 IU/m L)抗菌脂肽溶液对鲫鱼进行浸泡处理,以未处理作为对照,分别测定其菌落总数、挥发性盐基氮(total volatile basic nitrogen,TVB-N)、p H值和硫代巴比妥酸(thiobarbituric acid,TBA)等指标,评价抗菌脂肽对鲫鱼冷藏保鲜效果。结果表明:鲫鱼贮藏过程中的微生物具有多样性,PCRDGGE技术确定气单胞菌属(Aeromonas sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、不动杆菌属(Acinetobacter sp.)和热杀索丝菌属(Brochothrix thermosphacta)为鲫鱼鱼肉的主要腐败菌群,荧光假单胞菌是鲫鱼贮藏过程中的优势腐败菌。而棉子糖乳球菌属(Lactococcus raffinolactis)、从毛单胞菌属(Comamonas sp.)和气单胞菌属(Aeromonas sp.)为鲫鱼鱼鳃的主要腐败菌群,表明鱼肉和鱼鳃在贮藏过程中,导致腐败的主要腐败菌群有一定差异性。同时,不同浓度的抗菌脂肽对鲫鱼均有明显的防腐保鲜作用,有效抑制了鲫鱼菌落总数、TVB-N值和TBA值的增加以及p H值的升高。其中,高浓度抗菌脂肽(效价为67 608 IU/m L)在4℃贮藏条件下使鲫鱼的货架期延长了6 d,说明抗菌脂肽对鲫鱼具有良好的保鲜作用,能明显延缓鲫鱼的腐败变质。     

基于宏基因组技术分析固态发酵枣酒酒醅的微生物多样性及关键风味基因

采用宏基因组技术分析枣酒酒醅的微生物多样性及风味形成的功能基因.结果 表明:酒醅中共鉴定出微生物37个门、1247个属、3937个种,核心菌群主要是来自厚壁菌门、乳杆菌属的布氏乳杆菌(Lactobacillus buchneri)、植物乳杆菌(L.plantarum)、类布氏乳杆菌(L.parabuchneri)等.直...